ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52233

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.003, 0.059, 0.115, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.059 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.012, 0.076, 0.141, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.076 std_dev=0.065
O2' A 0, 0.026, 0.097, 0.167, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.097 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.011, 0.101, 0.192, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.101 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.024, 0.123, 0.222, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.123 std_dev=0.099
O3' B 0, 0.053, 0.181, 0.309, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.181 std_dev=0.128
C3' B 0, 0.049, 0.183, 0.317, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.183 std_dev=0.134
O3' A 0, 0.047, 0.184, 0.320, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.184 std_dev=0.137
C4' B 0, 0.054, 0.206, 0.358, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.206 std_dev=0.152
O5' A 0, 0.037, 0.197, 0.357, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.197 std_dev=0.160
O5' B 0, 0.060, 0.222, 0.383, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.222 std_dev=0.161
C5' A 0, 0.017, 0.180, 0.343, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.180 std_dev=0.163
C5' B 0, 0.068, 0.236, 0.404, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.236 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.057, 0.228, 0.399, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.228 std_dev=0.171
P B 0, 0.047, 0.228, 0.409, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.228 std_dev=0.181
P A 0, 0.041, 0.227, 0.412, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.185
C2' B 0, 0.057, 0.257, 0.457, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.257 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.048, 0.254, 0.461, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.254 std_dev=0.206
C1' B 0, 0.046, 0.259, 0.472, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.259 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.007, 0.239, 0.470, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.239 std_dev=0.231
OP2 A 0, 0.089, 0.322, 0.555, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.322 std_dev=0.233
OP2 B 0, 0.054, 0.296, 0.539, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.296 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.008, 0.255, 0.503, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.255 std_dev=0.247
O2' B 0, 0.099, 0.359, 0.619, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.359 std_dev=0.260
OP1 A 0, -0.007, 0.267, 0.541, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.267 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.008, 0.302, 0.596, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.302 std_dev=0.294
OP1 B 0, 0.012, 0.310, 0.609, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.310 std_dev=0.299
C4 B 0, -0.007, 0.302, 0.612, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.302 std_dev=0.309
N3 B 0, 0.034, 0.353, 0.672, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.353 std_dev=0.319
O2 B 0, 0.042, 0.368, 0.695, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.368 std_dev=0.327
O4 B 0, 0.011, 0.361, 0.710, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.361 std_dev=0.349

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05
C2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.08 0.11 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.07 0.09 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.11 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05
N1 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.07 0.08 0.12 0.09
N3 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.08 0.10 0.08
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.08 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05
O5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.08 0.06 0.05 0.05 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.11 0.06 0.12 0.10 0.10 0.08 0.06 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.08 0.05 0.09 0.08 0.07 0.05 0.06 0.01 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.14 0.09 0.11 0.07 0.12 0.04 0.13 0.12 0.11 0.12 0.17 0.07 0.10 0.10 0.08 0.05 0.23 0.10
C2 0.11 0.05 0.13 0.09 0.02 0.06 0.05 0.05 0.08 0.07 0.03 0.07 0.16 0.09 0.00 0.08 0.08 0.06 0.24 0.10
C2' 0.10 0.10 0.11 0.06 0.09 0.03 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.10 0.14 0.04 0.09 0.06 0.04 0.03 0.20 0.07
C3' 0.06 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.08 0.10 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.16 0.04
C4 0.12 0.07 0.13 0.09 0.05 0.07 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.08 0.16 0.09 0.04 0.09 0.08 0.06 0.24 0.11
C4' 0.09 0.09 0.08 0.04 0.07 0.03 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08 0.10 0.13 0.02 0.07 0.06 0.03 0.01 0.18 0.05
C5 0.10 0.05 0.12 0.09 0.03 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04 0.06 0.14 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.24 0.11
C5' 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.08 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.15 0.03
C6 0.09 0.04 0.12 0.08 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.13 0.08 0.01 0.07 0.08 0.08 0.24 0.11
C8 0.12 0.09 0.13 0.10 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.10 0.08 0.09 0.14 0.08 0.06 0.09 0.08 0.07 0.24 0.11
N1 0.10 0.04 0.12 0.09 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.14 0.09 0.02 0.07 0.07 0.07 0.24 0.10
N3 0.12 0.07 0.13 0.09 0.04 0.07 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.08 0.16 0.09 0.03 0.09 0.08 0.06 0.24 0.10
N6 0.08 0.03 0.11 0.08 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.00 0.04 0.12 0.08 0.03 0.06 0.07 0.09 0.22 0.10
N7 0.10 0.06 0.12 0.09 0.04 0.06 0.06 0.05 0.08 0.08 0.04 0.07 0.12 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.24 0.12
N9 0.13 0.09 0.14 0.10 0.08 0.07 0.09 0.05 0.11 0.11 0.08 0.10 0.16 0.08 0.07 0.10 0.08 0.06 0.24 0.11
O2' 0.12 0.13 0.12 0.07 0.13 0.04 0.13 0.02 0.13 0.12 0.14 0.14 0.15 0.04 0.14 0.08 0.05 0.04 0.21 0.08
O3' 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.08 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01
O4' 0.14 0.12 0.14 0.09 0.10 0.07 0.11 0.04 0.13 0.12 0.11 0.12 0.18 0.06 0.10 0.11 0.07 0.03 0.21 0.09
O5' 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.15 0.03
OP1 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.13 0.05
OP2 0.03 0.04 0.02 0.02 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.08 0.05 0.04 0.03 0.12 0.03
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.07 0.17 0.07 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.10 0.26 0.14 0.15
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.12 0.28 0.15 0.15
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.11 0.22 0.11 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.16 0.06 0.08
N3 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.09 0.22 0.10 0.12
O2 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.06 0.06 0.15 0.06 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.17 0.05
O4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.11 0.29 0.16 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
O5' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.06 0.02 0.01 0.11 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.17 0.06 0.03 0.26 0.01 0.28 0.02 0.22 0.16 0.22 0.15 0.05 0.00 0.29 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.07 0.09 0.12 0.14 0.04 0.15 0.00 0.11 0.06 0.10 0.06 0.09 0.17 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.04 0.04 0.15 0.01 0.15 0.01 0.12 0.08 0.12 0.08 0.03 0.05 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00