ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52234

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C4 A 0, -0.003, 0.023, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.013, 0.046, 0.080, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.046 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.013, 0.046, 0.080, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.046 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.002, 0.036, 0.069, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.034
N3 A 0, -0.002, 0.034, 0.070, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.034 std_dev=0.036
C2 A 0, 0.004, 0.041, 0.077, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.041 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.011, 0.048, 0.086, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.048 std_dev=0.037
C1' A 0, -0.007, 0.047, 0.100, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.047 std_dev=0.054
C2' A 0, -0.069, 0.362, 0.794, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.362 std_dev=0.432
C2' B 0, 0.204, 0.707, 1.211, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.707 std_dev=0.503
O4' A 0, -0.093, 0.414, 0.921, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.414 std_dev=0.507
C2 B 0, 0.164, 0.693, 1.222, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.693 std_dev=0.529
O2' B 0, 0.179, 0.731, 1.284, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.731 std_dev=0.553
O2 B 0, 0.228, 0.785, 1.343, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.785 std_dev=0.557
N3 B 0, 0.254, 0.866, 1.479, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.866 std_dev=0.613
C1' B 0, 0.230, 0.847, 1.464, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.847 std_dev=0.617
N1 B 0, 0.194, 0.836, 1.477, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.836 std_dev=0.641
C3' A 0, -0.181, 0.603, 1.386, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.603 std_dev=0.784
C4 B 0, 0.329, 1.145, 1.960, 1.838 max_d=1.838 avg_d=1.145 std_dev=0.815
C4' A 0, -0.043, 0.774, 1.590, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.774 std_dev=0.817
C6 B 0, 0.368, 1.261, 2.153, 1.940 max_d=1.940 avg_d=1.261 std_dev=0.892
O4 B 0, 0.302, 1.261, 2.220, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.261 std_dev=0.959
O2' A 0, -0.085, 0.884, 1.853, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.884 std_dev=0.969
O4' B 0, 0.401, 1.382, 2.364, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.382 std_dev=0.982
C5 B 0, 0.405, 1.394, 2.383, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.394 std_dev=0.989
C5' A 0, 0.178, 1.234, 2.291, 2.581 max_d=2.581 avg_d=1.234 std_dev=1.057
O5' A 0, 0.316, 1.380, 2.444, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.380 std_dev=1.064
C3' B 0, 0.443, 1.523, 2.603, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.523 std_dev=1.080
C4' B 0, 0.499, 1.706, 2.912, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.706 std_dev=1.207
O3' A 0, -0.302, 0.910, 2.122, 2.623 max_d=2.623 avg_d=0.910 std_dev=1.212
O3' B 0, 0.538, 1.864, 3.191, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.864 std_dev=1.326
P A 0, 0.568, 2.007, 3.446, 3.303 max_d=3.303 avg_d=2.007 std_dev=1.439
C5' B 0, 0.582, 2.045, 3.509, 3.342 max_d=3.342 avg_d=2.045 std_dev=1.463
OP2 A 0, 0.665, 2.269, 3.873, 3.417 max_d=3.417 avg_d=2.269 std_dev=1.604
OP1 A 0, 0.705, 2.513, 4.322, 4.181 max_d=4.181 avg_d=2.513 std_dev=1.809
O5' B 0, 0.742, 2.829, 4.917, 4.973 max_d=4.973 avg_d=2.829 std_dev=2.087
P B 0, 1.052, 4.056, 7.061, 7.179 max_d=7.179 avg_d=4.056 std_dev=3.004
OP1 B 0, 1.209, 4.446, 7.682, 7.611 max_d=7.611 avg_d=4.446 std_dev=3.236
OP2 B 0, 1.540, 5.634, 9.727, 9.604 max_d=9.604 avg_d=5.634 std_dev=4.093

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.11 0.06 0.02 0.07 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.38 0.00 0.29 0.24 0.41 0.21
C2 0.09 0.00 0.22 0.23 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.28 0.25 0.13 0.30 0.37 0.61 0.38
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.04 0.04 0.18 0.09 0.12 0.17 0.23 0.06 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.56 0.63 0.85 0.60
C3' 0.03 0.23 0.00 0.00 0.23 0.01 0.29 0.00 0.31 0.21 0.29 0.18 0.35 0.28 0.17 0.01 0.01 0.04 0.18 0.36 0.33 0.23
C4 0.06 0.01 0.11 0.23 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.19 0.07 0.29 0.33 0.55 0.34
C4' 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.12 0.06 0.01 0.12 0.13 0.06 0.30 0.02 0.00 0.07 0.09 0.11 0.03
C5 0.05 0.03 0.04 0.29 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.40 0.08 0.04 0.31 0.40 0.60 0.41
C5' 0.11 0.11 0.18 0.00 0.14 0.01 0.20 0.00 0.19 0.22 0.15 0.11 0.23 0.24 0.15 0.12 0.28 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02
C6 0.06 0.02 0.09 0.31 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.42 0.08 0.06 0.32 0.45 0.66 0.46
C8 0.02 0.03 0.12 0.21 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.33 0.05 0.08 0.27 0.30 0.45 0.31
N1 0.07 0.01 0.17 0.29 0.01 0.06 0.02 0.15 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.37 0.15 0.10 0.31 0.42 0.66 0.43
N3 0.09 0.00 0.23 0.18 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.31 0.14 0.29 0.33 0.56 0.34
N6 0.05 0.03 0.06 0.35 0.01 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.46 0.01 0.03 0.34 0.51 0.71 0.51
N7 0.02 0.03 0.08 0.28 0.01 0.13 0.01 0.24 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.41 0.02 0.05 0.29 0.39 0.55 0.41
N9 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.06 0.02 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.23 0.18 0.01 0.29 0.28 0.47 0.28
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.30 0.30 0.40 0.12 0.42 0.33 0.37 0.22 0.46 0.41 0.23 0.00 0.09 0.18 0.41 0.46 0.88 0.47
O3' 0.38 0.25 0.07 0.01 0.19 0.02 0.08 0.28 0.08 0.05 0.15 0.31 0.01 0.02 0.18 0.09 0.00 0.22 0.20 0.16 0.17 0.18
O4' 0.00 0.13 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.05 0.06 0.08 0.10 0.14 0.03 0.05 0.01 0.18 0.22 0.00 0.05 0.04 0.04 0.07
O5' 0.29 0.30 0.56 0.18 0.29 0.07 0.31 0.01 0.32 0.27 0.31 0.29 0.34 0.29 0.29 0.41 0.20 0.05 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.24 0.37 0.63 0.36 0.33 0.09 0.40 0.03 0.45 0.30 0.42 0.33 0.51 0.39 0.28 0.46 0.16 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.41 0.61 0.85 0.33 0.55 0.11 0.60 0.05 0.66 0.45 0.66 0.56 0.71 0.55 0.47 0.88 0.17 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00
P 0.21 0.38 0.60 0.23 0.34 0.03 0.41 0.02 0.46 0.31 0.43 0.34 0.51 0.41 0.28 0.47 0.18 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.21 0.38 0.32 0.14 0.34 0.18 0.26 0.15 0.16 0.04 0.45 0.16 0.14 0.30 0.27 0.75 0.41 0.74 0.71
C2 0.27 0.38 0.26 0.40 0.29 0.35 0.43 0.33 0.37 0.28 0.25 0.67 0.29 0.28 0.37 0.29 0.96 0.77 1.24 1.04
C2' 0.10 0.13 0.02 0.10 0.20 0.05 0.30 0.11 0.24 0.07 0.08 0.36 0.43 0.23 0.32 0.09 0.35 0.25 0.50 0.41
C3' 0.04 0.18 0.28 0.24 0.11 0.21 0.19 0.28 0.20 0.13 0.15 0.29 0.16 0.09 0.03 0.08 0.71 0.57 0.86 0.78
C4 0.25 0.36 0.26 0.37 0.21 0.33 0.35 0.28 0.31 0.25 0.19 0.67 0.31 0.25 0.32 0.28 0.88 0.64 1.06 0.91
C4' 0.04 0.16 0.33 0.31 0.15 0.26 0.12 0.33 0.11 0.04 0.19 0.25 0.07 0.18 0.25 0.04 0.70 0.42 0.77 0.69
C5 0.30 0.46 0.24 0.44 0.24 0.39 0.42 0.37 0.39 0.33 0.32 0.76 0.40 0.35 0.28 0.34 0.98 0.77 1.27 1.05
C5' 0.37 0.38 0.13 0.14 0.29 0.12 0.24 0.21 0.24 0.29 0.36 0.46 0.23 0.08 0.35 0.27 0.51 0.36 0.74 0.56
C6 0.32 0.49 0.24 0.47 0.32 0.42 0.50 0.44 0.44 0.36 0.38 0.76 0.40 0.39 0.34 0.37 1.07 0.91 1.48 1.19
C8 0.26 0.40 0.24 0.37 0.07 0.33 0.23 0.26 0.24 0.25 0.22 0.69 0.43 0.27 0.22 0.29 0.84 0.53 0.93 0.83
N1 0.30 0.44 0.25 0.45 0.33 0.40 0.49 0.40 0.42 0.33 0.33 0.73 0.34 0.35 0.37 0.34 1.05 0.89 1.44 1.16
N3 0.24 0.32 0.27 0.35 0.25 0.32 0.37 0.27 0.31 0.24 0.17 0.61 0.27 0.22 0.36 0.26 0.87 0.65 1.05 0.91
N6 0.35 0.53 0.25 0.52 0.38 0.48 0.56 0.52 0.50 0.40 0.47 0.78 0.44 0.46 0.34 0.42 1.15 1.03 1.71 1.33
N7 0.32 0.52 0.24 0.46 0.15 0.41 0.36 0.38 0.38 0.35 0.38 0.79 0.47 0.38 0.18 0.36 0.97 0.72 1.22 1.02
N9 0.23 0.30 0.27 0.33 0.15 0.30 0.26 0.22 0.23 0.20 0.12 0.60 0.28 0.19 0.29 0.25 0.79 0.50 0.86 0.78
O2' 0.08 0.12 0.13 0.04 0.36 0.13 0.42 0.02 0.28 0.03 0.11 0.43 0.20 0.04 0.55 0.12 0.40 0.26 0.61 0.47
O3' 0.03 0.17 0.29 0.36 0.12 0.31 0.11 0.42 0.12 0.02 0.19 0.29 0.12 0.28 0.24 0.07 0.86 0.73 1.13 0.98
O4' 0.18 0.11 0.52 0.49 0.17 0.44 0.08 0.43 0.09 0.08 0.17 0.20 0.21 0.33 0.31 0.25 0.87 0.44 0.80 0.79
O5' 0.27 0.21 0.07 0.09 0.09 0.07 0.10 0.26 0.10 0.13 0.16 0.30 0.54 0.02 0.14 0.13 0.69 0.64 1.07 0.86
OP1 0.20 0.14 0.06 0.03 0.10 0.14 0.23 0.47 0.18 0.04 0.06 0.27 0.21 0.03 0.11 0.06 0.57 0.93 1.21 0.89
OP2 0.09 0.09 0.25 0.03 0.28 0.18 0.37 0.47 0.31 0.12 0.16 0.07 0.64 0.01 0.25 0.10 0.95 1.26 1.73 1.41
P 0.20 0.09 0.12 0.04 0.11 0.11 0.21 0.38 0.18 0.03 0.02 0.20 0.40 0.01 0.10 0.05 0.67 0.84 1.18 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.19 0.08 0.00 0.36 0.33 0.19 0.09
C2 0.02 0.00 0.04 0.12 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.11 0.02 0.07 0.60 0.33 0.51 0.35
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.21 0.01 0.27 0.15 0.25 0.09 0.09 0.18 0.01 0.02 0.27 0.01 0.27 0.14 0.16 0.15
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.01 0.17 0.05 0.17 0.12 0.12 0.12 0.03 0.01 0.12 0.02 0.32 0.14 0.31 0.28
C4 0.06 0.01 0.21 0.14 0.00 0.07 0.02 0.11 0.03 0.04 0.00 0.01 0.57 0.08 0.01 0.05 0.84 0.24 1.12 0.80
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.04 0.03 0.24 0.06 0.08 0.00 0.02 0.26 0.39 0.20
C5 0.04 0.01 0.27 0.17 0.02 0.09 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.55 0.14 0.04 0.05 0.88 0.31 1.19 0.88
C5' 0.07 0.10 0.15 0.05 0.11 0.01 0.09 0.00 0.07 0.08 0.11 0.11 0.06 0.25 0.13 0.02 0.01 0.05 0.11 0.02
C6 0.03 0.01 0.25 0.17 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.44 0.13 0.05 0.06 0.79 0.17 0.84 0.67
N1 0.02 0.00 0.09 0.12 0.04 0.03 0.02 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.28 0.07 0.05 0.02 0.61 0.23 0.47 0.37
N3 0.04 0.01 0.09 0.12 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.43 0.07 0.01 0.06 0.73 0.25 0.81 0.57
O2 0.01 0.00 0.18 0.12 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.19 0.02 0.12 0.47 0.50 0.37 0.19
O2' 0.03 0.27 0.01 0.03 0.57 0.24 0.55 0.06 0.44 0.28 0.43 0.11 0.00 0.04 0.68 0.16 0.34 0.03 0.29 0.25
O3' 0.19 0.11 0.02 0.01 0.08 0.06 0.14 0.25 0.13 0.07 0.07 0.19 0.04 0.00 0.10 0.10 0.37 0.34 0.56 0.41
O4 0.08 0.02 0.27 0.12 0.01 0.08 0.04 0.13 0.05 0.05 0.01 0.02 0.68 0.10 0.00 0.06 0.87 0.32 1.30 0.91
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.12 0.16 0.10 0.06 0.00 0.22 0.49 0.45 0.23
O5' 0.36 0.60 0.27 0.32 0.84 0.02 0.88 0.01 0.79 0.61 0.73 0.47 0.34 0.37 0.87 0.22 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.33 0.33 0.14 0.14 0.24 0.26 0.31 0.05 0.17 0.23 0.25 0.50 0.03 0.34 0.32 0.49 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.51 0.16 0.31 1.12 0.39 1.19 0.11 0.84 0.47 0.81 0.37 0.29 0.56 1.30 0.45 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.35 0.15 0.28 0.80 0.20 0.88 0.02 0.67 0.37 0.57 0.19 0.25 0.41 0.91 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00