ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52235

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.005, 0.027, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.007, 0.035, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.004, 0.033, 0.061, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.006, 0.036, 0.067, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.036 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.008, 0.050, 0.091, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.050 std_dev=0.042
N6 A 0, -0.002, 0.060, 0.122, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.060 std_dev=0.062
O3' A 0, 0.089, 0.303, 0.517, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.303 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.092, 0.315, 0.538, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.315 std_dev=0.223
C4' B 0, 0.095, 0.326, 0.557, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.326 std_dev=0.231
O4' B 0, 0.086, 0.320, 0.555, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.320 std_dev=0.234
C2' B 0, 0.085, 0.346, 0.608, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.346 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.084, 0.347, 0.609, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.347 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.127, 0.435, 0.743, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.435 std_dev=0.308
C6 B 0, 0.124, 0.442, 0.761, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.442 std_dev=0.318
C5' B 0, 0.134, 0.459, 0.785, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.459 std_dev=0.325
C2' A 0, 0.139, 0.478, 0.816, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.478 std_dev=0.339
O5' A 0, 0.145, 0.500, 0.854, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.500 std_dev=0.354
O4' A 0, 0.148, 0.513, 0.878, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.513 std_dev=0.365
O5' B 0, 0.142, 0.508, 0.875, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.508 std_dev=0.366
C3' A 0, 0.153, 0.525, 0.897, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.525 std_dev=0.372
O3' B 0, 0.102, 0.488, 0.874, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.488 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.158, 0.570, 0.981, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.570 std_dev=0.411
O2 B 0, 0.170, 0.587, 1.004, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.587 std_dev=0.417
O2' B 0, 0.113, 0.532, 0.951, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.532 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.153, 0.613, 1.073, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.613 std_dev=0.460
P B 0, 0.191, 0.660, 1.129, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.660 std_dev=0.469
P A 0, 0.189, 0.686, 1.182, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.686 std_dev=0.496
C4' A 0, 0.205, 0.711, 1.218, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.711 std_dev=0.507
N3 B 0, 0.181, 0.724, 1.267, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.724 std_dev=0.543
OP2 B 0, 0.220, 0.772, 1.323, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.772 std_dev=0.551
O2' A 0, 0.235, 0.801, 1.368, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.801 std_dev=0.567
OP1 B 0, 0.233, 0.818, 1.403, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.818 std_dev=0.585
C4 B 0, 0.184, 0.771, 1.358, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.771 std_dev=0.587
O4 B 0, 0.248, 1.018, 1.787, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.018 std_dev=0.770
C5' A 0, 0.336, 1.155, 1.973, 1.798 max_d=1.798 avg_d=1.155 std_dev=0.818
OP1 A 0, 0.417, 1.423, 2.430, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.423 std_dev=1.006
OP2 A 0, 0.414, 1.531, 2.648, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.531 std_dev=1.117

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.16 0.18 0.37 0.17
C2 0.07 0.00 0.14 0.14 0.01 0.12 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.24 0.26 0.12 0.20 0.36 0.31 0.20
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.10 0.02 0.12 0.13 0.09 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.32 0.18 0.64 0.35
C3' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.11 0.13 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.19 0.57 0.25
C4 0.03 0.01 0.08 0.07 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.06 0.19 0.34 0.27 0.18
C4' 0.02 0.12 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.11 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.13 0.27 0.07
C5 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.13 0.03 0.19 0.40 0.15 0.16
C5' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.04 0.09 0.06 0.07 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.23 0.15 0.01
C6 0.03 0.01 0.10 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.17 0.05 0.19 0.42 0.14 0.16
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.09 0.05 0.07 0.18 0.37 0.14 0.16
N1 0.05 0.00 0.12 0.11 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.23 0.10 0.19 0.40 0.23 0.17
N3 0.07 0.00 0.13 0.13 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.24 0.12 0.19 0.32 0.35 0.21
N6 0.02 0.01 0.09 0.06 0.00 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.12 0.15 0.02 0.18 0.46 0.04 0.15
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.08 0.04 0.18 0.42 0.08 0.16
N9 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.19 0.30 0.27 0.18
O2' 0.02 0.24 0.01 0.01 0.13 0.01 0.10 0.03 0.14 0.09 0.21 0.22 0.12 0.07 0.05 0.00 0.03 0.02 0.33 0.26 0.77 0.43
O3' 0.08 0.26 0.02 0.01 0.16 0.01 0.13 0.04 0.17 0.05 0.23 0.24 0.15 0.08 0.09 0.03 0.00 0.04 0.14 0.16 0.53 0.19
O4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.10 0.12 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.28 0.22 0.19
O5' 0.16 0.20 0.32 0.22 0.19 0.03 0.19 0.01 0.19 0.18 0.19 0.19 0.18 0.18 0.19 0.33 0.14 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.18 0.36 0.18 0.19 0.34 0.13 0.40 0.23 0.42 0.37 0.40 0.32 0.46 0.42 0.30 0.26 0.16 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.31 0.64 0.57 0.27 0.27 0.15 0.15 0.14 0.14 0.23 0.35 0.04 0.08 0.27 0.77 0.53 0.22 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.20 0.35 0.25 0.18 0.07 0.16 0.01 0.16 0.16 0.17 0.21 0.15 0.16 0.18 0.43 0.19 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.20 0.22 0.09 0.21 0.09 0.19 0.08 0.17 0.17 0.22 0.21 0.44 0.35 0.22 0.05 0.02 0.10 0.03 0.02
C2 0.09 0.10 0.16 0.13 0.09 0.12 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.34 0.37 0.10 0.08 0.04 0.09 0.06 0.00
C2' 0.10 0.19 0.20 0.09 0.23 0.10 0.22 0.11 0.20 0.18 0.22 0.14 0.40 0.37 0.23 0.09 0.12 0.05 0.14 0.12
C3' 0.11 0.16 0.28 0.07 0.22 0.04 0.24 0.04 0.23 0.18 0.19 0.10 0.46 0.22 0.22 0.03 0.04 0.12 0.07 0.05
C4 0.10 0.13 0.18 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.38 0.36 0.12 0.07 0.03 0.10 0.04 0.02
C4' 0.20 0.16 0.36 0.24 0.21 0.19 0.26 0.20 0.27 0.22 0.18 0.10 0.55 0.28 0.20 0.15 0.19 0.31 0.22 0.22
C5 0.14 0.11 0.19 0.12 0.05 0.11 0.07 0.11 0.10 0.13 0.06 0.11 0.37 0.30 0.03 0.07 0.06 0.12 0.04 0.03
C5' 0.30 0.24 0.47 0.35 0.31 0.27 0.39 0.30 0.40 0.33 0.25 0.13 0.61 0.26 0.29 0.25 0.31 0.43 0.40 0.36
C6 0.16 0.12 0.19 0.12 0.04 0.11 0.06 0.11 0.11 0.14 0.06 0.14 0.36 0.29 0.02 0.09 0.10 0.13 0.07 0.06
C8 0.13 0.12 0.19 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.14 0.11 0.12 0.39 0.32 0.09 0.06 0.05 0.12 0.02 0.05
N1 0.13 0.10 0.18 0.12 0.03 0.11 0.06 0.10 0.09 0.12 0.05 0.13 0.34 0.32 0.02 0.08 0.08 0.11 0.07 0.04
N3 0.07 0.13 0.16 0.13 0.14 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.15 0.13 0.34 0.39 0.15 0.09 0.03 0.09 0.06 0.03
N6 0.21 0.16 0.23 0.14 0.09 0.13 0.10 0.12 0.15 0.18 0.11 0.18 0.37 0.23 0.10 0.13 0.17 0.18 0.13 0.13
N7 0.16 0.09 0.19 0.12 0.04 0.12 0.06 0.12 0.10 0.13 0.05 0.08 0.36 0.27 0.02 0.07 0.07 0.13 0.01 0.04
N9 0.10 0.17 0.19 0.11 0.15 0.11 0.14 0.11 0.14 0.15 0.17 0.17 0.41 0.36 0.16 0.06 0.03 0.10 0.04 0.04
O2' 0.27 0.32 0.26 0.27 0.37 0.28 0.36 0.30 0.33 0.31 0.35 0.28 0.29 0.48 0.38 0.29 0.33 0.27 0.39 0.35
O3' 0.06 0.18 0.24 0.05 0.25 0.02 0.23 0.00 0.20 0.15 0.24 0.18 0.41 0.25 0.28 0.05 0.05 0.11 0.09 0.06
O4' 0.18 0.15 0.33 0.26 0.16 0.21 0.19 0.21 0.21 0.19 0.16 0.13 0.53 0.38 0.16 0.14 0.19 0.31 0.18 0.21
O5' 0.30 0.36 0.39 0.16 0.37 0.11 0.36 0.10 0.35 0.35 0.37 0.35 0.58 0.03 0.37 0.19 0.08 0.21 0.13 0.10
OP1 0.20 0.17 0.18 0.27 0.15 0.33 0.15 0.34 0.16 0.17 0.15 0.20 0.18 0.04 0.15 0.30 0.44 0.38 0.41 0.43
OP2 0.22 0.38 0.29 0.14 0.37 0.18 0.32 0.30 0.28 0.29 0.40 0.45 0.46 0.01 0.40 0.07 0.17 0.49 0.21 0.29
P 0.09 0.17 0.14 0.01 0.15 0.08 0.13 0.11 0.11 0.11 0.18 0.24 0.25 0.00 0.16 0.05 0.08 0.20 0.07 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.18 0.04 0.00 0.03 0.00 0.12 0.07
C2 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.26 0.02 0.08 0.02 0.02 0.11 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.12 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.18 0.13 0.24 0.21
C3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.07 0.06
C4 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.05 0.12 0.10 0.15 0.09
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.01 0.15 0.12 0.16 0.11
C5' 0.06 0.10 0.12 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.08 0.14 0.11 0.07 0.05 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.02 0.11 0.08 0.12 0.08
N1 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.17 0.03 0.02 0.04 0.04 0.11 0.06
N3 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.24 0.02 0.08 0.07 0.06 0.12 0.06
O2 0.07 0.00 0.02 0.12 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.36 0.01 0.14 0.05 0.04 0.13 0.09
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.11 0.05 0.02 0.06 0.10 0.00 0.05 0.06 0.02 0.24 0.21 0.36 0.29
O3' 0.18 0.26 0.06 0.01 0.18 0.01 0.10 0.07 0.09 0.17 0.24 0.36 0.05 0.00 0.19 0.13 0.05 0.15 0.04 0.03
O4 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.05 0.14 0.13 0.17 0.11
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.14 0.02 0.13 0.05 0.00 0.08 0.10 0.08 0.07
O5' 0.03 0.02 0.18 0.08 0.12 0.02 0.15 0.01 0.11 0.04 0.07 0.05 0.24 0.05 0.14 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.02 0.13 0.04 0.10 0.08 0.12 0.09 0.08 0.04 0.06 0.04 0.21 0.15 0.13 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.11 0.24 0.07 0.15 0.03 0.16 0.03 0.12 0.11 0.12 0.13 0.36 0.04 0.17 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.06 0.21 0.06 0.09 0.02 0.11 0.02 0.08 0.06 0.06 0.09 0.29 0.03 0.11 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00