ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52236

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.017, 0.064, 0.111, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.064 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.036, 0.146, 0.256, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.146 std_dev=0.110
C4' A 0, 0.070, 0.240, 0.410, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.240 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.068, 0.266, 0.463, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.266 std_dev=0.197
O2' B 0, 0.075, 0.297, 0.520, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.297 std_dev=0.223
O2' A 0, 0.104, 0.357, 0.610, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.357 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.108, 0.373, 0.638, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.373 std_dev=0.265
O3' A 0, 0.094, 0.381, 0.668, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.381 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.122, 0.433, 0.744, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.433 std_dev=0.311
OP2 A 0, 0.136, 0.463, 0.791, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.463 std_dev=0.328
P A 0, 0.134, 0.470, 0.807, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.470 std_dev=0.336
O5' A 0, 0.132, 0.473, 0.813, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.473 std_dev=0.340
O3' B 0, 0.151, 0.549, 0.947, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.549 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.151, 0.585, 1.019, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.585 std_dev=0.434
C3' B 0, 0.189, 0.709, 1.229, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.709 std_dev=0.520
C1' B 0, 0.214, 0.843, 1.472, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.843 std_dev=0.629
C4' B 0, 0.233, 0.898, 1.562, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.898 std_dev=0.664
O4' B 0, 0.256, 1.004, 1.751, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.004 std_dev=0.747
N1 B 0, 0.291, 1.112, 1.933, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.112 std_dev=0.821
C5' B 0, 0.292, 1.116, 1.939, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.116 std_dev=0.823
O5' B 0, 0.309, 1.168, 2.028, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.168 std_dev=0.859
O2 B 0, 0.318, 1.214, 2.111, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.214 std_dev=0.897
C2 B 0, 0.328, 1.257, 2.187, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.257 std_dev=0.930
C6 B 0, 0.342, 1.276, 2.209, 2.208 max_d=2.208 avg_d=1.276 std_dev=0.933
OP1 B 0, 0.361, 1.361, 2.361, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.361 std_dev=1.000
OP2 B 0, 0.358, 1.359, 2.359, 2.382 max_d=2.382 avg_d=1.359 std_dev=1.001
P B 0, 0.366, 1.379, 2.391, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.379 std_dev=1.012
C5 B 0, 0.408, 1.510, 2.612, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.510 std_dev=1.102
N3 B 0, 0.404, 1.530, 2.657, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.530 std_dev=1.127
C4 B 0, 0.439, 1.643, 2.846, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.643 std_dev=1.204
O4 B 0, 0.494, 1.839, 3.184, 3.181 max_d=3.181 avg_d=1.839 std_dev=1.345

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.02 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.01 0.05 0.10 0.03 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.02 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.06 0.11 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.11 0.06 0.06
C5' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.02 0.09 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.10 0.11 0.07 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.11 0.11 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.03 0.00 0.08 0.11 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.03
N6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.03 0.13 0.13 0.10 0.10
N7 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03 0.13 0.11 0.08 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.11 0.02 0.02
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.05 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.05 0.08 0.03 0.02 0.07 0.09 0.04 0.03 0.00 0.00 0.04 0.06 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.14 0.04 0.07
O5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.04 0.13 0.13 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.10 0.10 0.07 0.11 0.08 0.11 0.03 0.11 0.11 0.11 0.10 0.13 0.11 0.11 0.09 0.06 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.01 0.10 0.08 0.02 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.04 0.05 0.03 0.10 0.07 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.29 0.14 0.11 0.28 0.09 0.22 0.08 0.19 0.22 0.32 0.32 0.08 0.05 0.28 0.13 0.12 0.03 0.10 0.09
C2 0.13 0.30 0.12 0.06 0.30 0.03 0.22 0.01 0.18 0.21 0.33 0.34 0.06 0.02 0.31 0.08 0.05 0.06 0.05 0.02
C2' 0.17 0.32 0.14 0.12 0.32 0.11 0.26 0.10 0.22 0.24 0.35 0.34 0.07 0.05 0.32 0.15 0.14 0.03 0.13 0.11
C3' 0.13 0.26 0.09 0.09 0.28 0.09 0.23 0.09 0.19 0.20 0.30 0.27 0.03 0.04 0.27 0.12 0.13 0.04 0.13 0.11
C4 0.12 0.26 0.12 0.06 0.24 0.04 0.18 0.02 0.15 0.18 0.28 0.31 0.07 0.01 0.25 0.08 0.05 0.06 0.04 0.02
C4' 0.10 0.22 0.07 0.08 0.23 0.07 0.18 0.08 0.14 0.16 0.25 0.24 0.00 0.03 0.23 0.10 0.13 0.07 0.10 0.09
C5 0.07 0.18 0.06 0.01 0.16 0.03 0.10 0.04 0.08 0.11 0.19 0.23 0.04 0.05 0.16 0.03 0.02 0.10 0.02 0.04
C5' 0.06 0.16 0.03 0.05 0.18 0.05 0.14 0.06 0.10 0.12 0.19 0.17 0.04 0.01 0.18 0.07 0.12 0.08 0.09 0.09
C6 0.06 0.18 0.05 0.02 0.16 0.05 0.10 0.07 0.07 0.10 0.19 0.23 0.03 0.07 0.17 0.03 0.04 0.13 0.04 0.07
C8 0.07 0.16 0.07 0.02 0.13 0.02 0.08 0.01 0.06 0.10 0.16 0.20 0.06 0.02 0.12 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02
N1 0.09 0.23 0.08 0.02 0.23 0.02 0.16 0.04 0.12 0.15 0.26 0.28 0.04 0.05 0.24 0.03 0.02 0.10 0.01 0.03
N3 0.16 0.32 0.14 0.08 0.32 0.06 0.24 0.04 0.20 0.23 0.36 0.37 0.08 0.02 0.33 0.11 0.08 0.04 0.08 0.05
N6 0.04 0.12 0.00 0.07 0.10 0.10 0.05 0.12 0.04 0.05 0.13 0.17 0.01 0.11 0.11 0.08 0.10 0.17 0.09 0.12
N7 0.05 0.12 0.04 0.03 0.09 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.12 0.17 0.04 0.07 0.08 0.05 0.05 0.12 0.06 0.07
N9 0.13 0.25 0.12 0.07 0.23 0.06 0.17 0.04 0.14 0.18 0.26 0.29 0.07 0.02 0.22 0.09 0.07 0.04 0.05 0.04
O2' 0.17 0.33 0.13 0.10 0.34 0.10 0.26 0.09 0.22 0.24 0.37 0.36 0.07 0.03 0.34 0.15 0.12 0.04 0.10 0.09
O3' 0.11 0.25 0.06 0.09 0.30 0.09 0.24 0.11 0.20 0.19 0.30 0.24 0.06 0.04 0.29 0.13 0.14 0.06 0.15 0.13
O4' 0.15 0.27 0.14 0.12 0.26 0.10 0.20 0.10 0.17 0.20 0.29 0.29 0.08 0.08 0.25 0.13 0.14 0.06 0.11 0.10
O5' 0.06 0.15 0.04 0.06 0.17 0.05 0.14 0.07 0.11 0.12 0.17 0.15 0.05 0.01 0.16 0.07 0.12 0.05 0.10 0.09
OP1 0.02 0.10 0.04 0.00 0.07 0.03 0.02 0.07 0.01 0.04 0.10 0.14 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.17 0.10 0.10
OP2 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.01 0.10 0.03 0.10 0.07 0.05 0.03 0.07 0.00 0.09 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03
P 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.12 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.12 0.07
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.10 0.05
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01
O4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.13 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01
O5' 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.04 0.03 0.12 0.01 0.12 0.01 0.09 0.07 0.10 0.06 0.03 0.03 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00