ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52237

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C5' A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O5' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
OP1 A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
P A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O3' B 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
OP2 A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
OP2 B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C5' B 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C3' B 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C4' B 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O4' B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
P B 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
OP1 B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O5' B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C2' B 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
N1 B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C6 B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O2' B 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O2 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5 B 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C4 B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
O4 B 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C8 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
O2' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
O5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
OP1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
P 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
O5' 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00