ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52238

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C4' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.000, 0.069, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O5' A 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O3' B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
P A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C3' B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O2' B 0, 0.000, 0.328, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.328 std_dev=0.328
OP2 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C2' B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C4' B 0, 0.000, 0.509, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.509 std_dev=0.509
C5' B 0, 0.000, 0.593, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.593 std_dev=0.593
O5' B 0, 0.000, 0.621, 1.242, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.621 std_dev=0.621
O4' B 0, 0.000, 0.647, 1.295, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.647 std_dev=0.647
C1' B 0, 0.000, 0.909, 1.818, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.909 std_dev=0.909
OP2 A 0, 0.000, 1.011, 2.021, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.011 std_dev=1.011
P B 0, 0.000, 1.087, 2.174, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.087 std_dev=1.087
N1 B 0, 0.000, 1.527, 3.054, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.527 std_dev=1.527
OP1 A 0, 0.000, 1.558, 3.116, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.558 std_dev=1.558
C6 B 0, 0.000, 1.628, 3.255, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.628 std_dev=1.627
C2 B 0, 0.000, 2.368, 4.736, 4.736 max_d=4.736 avg_d=2.368 std_dev=2.368
C5 B 0, 0.000, 2.445, 4.891, 4.891 max_d=4.891 avg_d=2.445 std_dev=2.445
OP1 B 0, 0.000, 2.547, 5.095, 5.095 max_d=5.095 avg_d=2.547 std_dev=2.547
O2 B 0, 0.000, 2.698, 5.395, 5.395 max_d=5.395 avg_d=2.698 std_dev=2.698
N3 B 0, 0.000, 3.008, 6.017, 6.017 max_d=6.017 avg_d=3.008 std_dev=3.008
C4 B 0, 0.000, 3.093, 6.185, 6.185 max_d=6.185 avg_d=3.093 std_dev=3.093
O4 B 0, 0.000, 3.838, 7.677, 7.677 max_d=7.677 avg_d=3.838 std_dev=3.838

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.02 0.08
C2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.58 0.30 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.15 0.12 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.10 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.52 0.25 0.12
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.15 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.68 0.33 0.15
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.33 0.29 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.08 0.76 0.37 0.15
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.53 0.23 0.13
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.70 0.36 0.14
N3 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.47 0.25 0.10
N6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.09 0.86 0.41 0.18
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.71 0.33 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.40 0.17 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.15 0.10
O5' 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.06 0.04 0.09 0.07 0.05 0.01 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.18 0.58 0.15 0.06 0.52 0.14 0.68 0.33 0.76 0.53 0.70 0.47 0.86 0.71 0.40 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.30 0.12 0.10 0.25 0.15 0.33 0.29 0.37 0.23 0.36 0.25 0.41 0.33 0.17 0.02 0.07 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.03 0.01 0.12 0.02 0.15 0.00 0.15 0.13 0.14 0.10 0.18 0.15 0.11 0.02 0.04 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.37 0.19 0.18 0.20 0.26 0.45 0.11 0.30 0.15 0.16 0.71 0.04 0.14 0.28 0.35 0.43 1.51 0.16 0.67
C2 0.55 0.90 0.16 0.13 0.40 0.13 0.02 0.28 0.05 0.50 0.79 1.29 0.08 0.13 0.39 0.38 0.42 1.51 0.21 0.70
C2' 0.33 0.24 0.12 0.13 0.37 0.23 0.60 0.08 0.42 0.04 0.00 0.58 0.02 0.08 0.49 0.30 0.43 1.49 0.13 0.65
C3' 0.21 0.02 0.05 0.08 0.58 0.17 0.77 0.07 0.56 0.13 0.23 0.34 0.03 0.03 0.71 0.19 0.44 1.32 0.12 0.59
C4 0.51 0.74 0.16 0.14 0.25 0.14 0.08 0.27 0.03 0.41 0.61 1.11 0.05 0.13 0.22 0.36 0.42 1.41 0.18 0.65
C4' 0.20 0.05 0.12 0.13 0.65 0.23 0.82 0.00 0.60 0.17 0.32 0.24 0.11 0.08 0.79 0.21 0.43 1.29 0.13 0.58
C5 0.54 0.89 0.15 0.12 0.46 0.07 0.11 0.32 0.11 0.52 0.80 1.25 0.08 0.14 0.46 0.34 0.38 1.23 0.16 0.59
C5' 0.05 0.28 0.05 0.06 0.83 0.13 0.95 0.03 0.73 0.34 0.54 0.01 0.13 0.02 0.96 0.06 0.43 0.96 0.14 0.49
C6 0.57 1.04 0.14 0.11 0.63 0.05 0.25 0.34 0.21 0.62 0.98 1.42 0.10 0.13 0.66 0.35 0.37 1.24 0.17 0.59
C8 0.46 0.61 0.14 0.12 0.16 0.10 0.11 0.28 0.06 0.33 0.47 0.92 0.03 0.13 0.13 0.30 0.38 1.12 0.13 0.54
N1 0.57 1.02 0.15 0.12 0.58 0.08 0.19 0.32 0.17 0.59 0.96 1.42 0.10 0.13 0.61 0.37 0.40 1.38 0.20 0.65
N3 0.51 0.75 0.16 0.14 0.22 0.16 0.12 0.25 0.06 0.40 0.61 1.13 0.06 0.12 0.19 0.38 0.44 1.55 0.21 0.71
N6 0.59 1.17 0.14 0.10 0.83 0.00 0.42 0.36 0.34 0.71 1.16 1.54 0.12 0.13 0.89 0.32 0.33 1.09 0.15 0.53
N7 0.51 0.82 0.13 0.10 0.42 0.03 0.11 0.34 0.11 0.48 0.73 1.15 0.08 0.13 0.42 0.29 0.36 1.04 0.14 0.51
N9 0.46 0.57 0.16 0.15 0.06 0.17 0.23 0.23 0.14 0.29 0.40 0.91 0.01 0.13 0.01 0.34 0.42 1.37 0.16 0.64
O2' 0.34 0.20 0.16 0.16 0.46 0.30 0.68 0.01 0.46 0.02 0.06 0.55 0.06 0.09 0.60 0.34 0.40 1.58 0.11 0.64
O3' 0.15 0.11 0.03 0.07 0.76 0.19 0.91 0.00 0.66 0.22 0.40 0.21 0.05 0.01 0.92 0.17 0.41 1.27 0.08 0.54
O4' 0.34 0.20 0.20 0.20 0.36 0.28 0.57 0.07 0.40 0.03 0.03 0.50 0.10 0.15 0.46 0.31 0.44 1.41 0.16 0.65
O5' 0.09 0.14 0.00 0.02 0.63 0.07 0.75 0.10 0.58 0.24 0.36 0.11 0.11 0.00 0.73 0.06 0.39 0.80 0.11 0.42
OP1 0.22 0.50 0.27 0.34 1.06 0.27 1.19 0.47 1.01 0.62 0.76 0.19 0.25 0.00 1.15 0.28 0.80 0.89 0.83 0.85
OP2 0.21 0.01 0.17 0.28 0.14 0.23 0.11 0.33 0.02 0.04 0.10 0.03 0.20 0.02 0.20 0.23 0.35 0.36 0.67 0.47
P 0.05 0.17 0.03 0.01 0.53 0.01 0.61 0.09 0.49 0.23 0.34 0.03 0.17 0.00 0.60 0.02 0.26 0.40 0.07 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.16 0.01 0.00 0.07 0.28 0.14 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.17 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.05 0.00 0.02 0.14 0.25 0.67 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.10 0.09 0.01 0.04 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00 0.24 0.48 0.18 0.27
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.35 0.00 0.39 0.01 0.36 0.21 0.26 0.07 0.01 0.00 0.37 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00
C4 0.01 0.00 0.02 0.35 0.00 0.20 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.24 0.00 0.04 0.37 0.21 1.18 0.47
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.20 0.00 0.27 0.00 0.26 0.11 0.10 0.05 0.25 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.14 0.01
C5 0.00 0.00 0.08 0.39 0.00 0.27 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.35 0.00 0.09 0.42 0.21 1.19 0.49
C5' 0.01 0.10 0.10 0.01 0.29 0.00 0.37 0.00 0.32 0.14 0.18 0.00 0.13 0.13 0.32 0.00 0.00 0.28 0.27 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.36 0.00 0.26 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.29 0.00 0.10 0.32 0.24 0.85 0.34
N1 0.00 0.00 0.01 0.21 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.05 0.00 0.02 0.14 0.26 0.57 0.18
N3 0.01 0.00 0.04 0.26 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.07 0.00 0.00 0.26 0.23 0.95 0.35
O2 0.02 0.00 0.13 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.22 0.01 0.06 0.06 0.25 0.51 0.14
O2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.36 0.25 0.37 0.13 0.31 0.21 0.29 0.08 0.00 0.02 0.39 0.19 0.13 0.37 0.18 0.18
O3' 0.16 0.05 0.01 0.00 0.24 0.01 0.35 0.13 0.29 0.05 0.07 0.22 0.02 0.00 0.27 0.07 0.21 0.36 0.03 0.20
O4 0.01 0.00 0.02 0.37 0.00 0.21 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.01 0.39 0.27 0.00 0.04 0.41 0.18 1.34 0.54
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.00 0.06 0.19 0.07 0.04 0.00 0.06 0.11 0.05 0.00
O5' 0.07 0.14 0.24 0.03 0.37 0.01 0.42 0.00 0.32 0.14 0.26 0.06 0.13 0.21 0.41 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.28 0.25 0.48 0.00 0.21 0.11 0.21 0.28 0.24 0.26 0.23 0.25 0.37 0.36 0.18 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.67 0.18 0.07 1.18 0.14 1.19 0.27 0.85 0.57 0.95 0.51 0.18 0.03 1.34 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.22 0.27 0.00 0.47 0.01 0.49 0.01 0.34 0.18 0.35 0.14 0.18 0.20 0.54 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00