ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52240

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O4' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O2' A 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C3' A 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
C4' A 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O3' A 0, 0.000, 0.515, 1.030, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.515 std_dev=0.515
OP1 A 0, 0.000, 0.559, 1.118, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.559 std_dev=0.559
C5' A 0, 0.000, 0.603, 1.206, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.603 std_dev=0.603
C2' B 0, 0.000, 0.668, 1.335, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.668 std_dev=0.668
O5' A 0, 0.000, 0.953, 1.906, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.953 std_dev=0.953
C1' B 0, 0.000, 1.008, 2.017, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.008 std_dev=1.008
O3' B 0, 0.000, 1.211, 2.422, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.211 std_dev=1.211
C3' B 0, 0.000, 1.211, 2.422, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.211 std_dev=1.211
O4' B 0, 0.000, 1.224, 2.448, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.224 std_dev=1.224
P A 0, 0.000, 1.264, 2.528, 2.528 max_d=2.528 avg_d=1.264 std_dev=1.264
C4' B 0, 0.000, 1.495, 2.990, 2.990 max_d=2.990 avg_d=1.495 std_dev=1.495
N1 B 0, 0.000, 1.866, 3.733, 3.733 max_d=3.733 avg_d=1.866 std_dev=1.866
O2 B 0, 0.000, 2.066, 4.132, 4.132 max_d=4.132 avg_d=2.066 std_dev=2.066
C2 B 0, 0.000, 2.201, 4.402, 4.402 max_d=4.402 avg_d=2.201 std_dev=2.201
C5' B 0, 0.000, 2.465, 4.929, 4.929 max_d=4.929 avg_d=2.465 std_dev=2.465
C6 B 0, 0.000, 2.552, 5.105, 5.105 max_d=5.105 avg_d=2.552 std_dev=2.552
OP2 A 0, 0.000, 2.666, 5.332, 5.332 max_d=5.332 avg_d=2.666 std_dev=2.666
O5' B 0, 0.000, 2.922, 5.843, 5.843 max_d=5.843 avg_d=2.922 std_dev=2.922
N3 B 0, 0.000, 2.998, 5.996, 5.996 max_d=5.996 avg_d=2.998 std_dev=2.998
OP1 B 0, 0.000, 3.291, 6.581, 6.581 max_d=6.581 avg_d=3.291 std_dev=3.291
C5 B 0, 0.000, 3.299, 6.598, 6.598 max_d=6.598 avg_d=3.299 std_dev=3.299
C4 B 0, 0.000, 3.506, 7.013, 7.013 max_d=7.013 avg_d=3.506 std_dev=3.506
P B 0, 0.000, 3.942, 7.884, 7.884 max_d=7.884 avg_d=3.942 std_dev=3.942
O4 B 0, 0.000, 4.211, 8.423, 8.423 max_d=8.423 avg_d=4.211 std_dev=4.211
OP2 B 0, 0.000, 5.219, 10.438, 10.438 max_d=10.438 avg_d=5.219 std_dev=5.219

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.17 0.10 0.22 0.22
C2 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.09 0.46 0.14 0.94 0.56
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.24 0.06 0.15
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.29 0.29 0.03
C4 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.06 0.42 0.17 0.81 0.52
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.07 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.14 0.20 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.47 0.22 1.05 0.64
C5' 0.05 0.19 0.02 0.01 0.19 0.00 0.23 0.00 0.25 0.19 0.23 0.16 0.27 0.24 0.15 0.07 0.04 0.01 0.00 0.14 0.25 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.51 0.22 1.18 0.69
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.35 0.24 0.75 0.52
N1 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.08 0.50 0.18 1.12 0.65
N3 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.09 0.40 0.12 0.76 0.48
N6 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.52 0.25 1.32 0.74
N7 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.43 0.26 1.03 0.65
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.33 0.17 0.59 0.43
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.08 0.04 0.07 0.07 0.02 0.09 0.10 0.06 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.18 0.22 0.05
O3' 0.03 0.07 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.17 0.38 0.61 0.08
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.04 0.11 0.09
O5' 0.17 0.46 0.05 0.07 0.42 0.00 0.47 0.00 0.51 0.35 0.50 0.40 0.52 0.43 0.33 0.01 0.17 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.14 0.24 0.29 0.17 0.14 0.22 0.14 0.22 0.24 0.18 0.12 0.25 0.26 0.17 0.18 0.38 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.94 0.06 0.29 0.81 0.20 1.05 0.25 1.18 0.75 1.12 0.76 1.32 1.03 0.59 0.22 0.61 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.56 0.15 0.03 0.52 0.02 0.64 0.01 0.69 0.52 0.65 0.48 0.74 0.65 0.43 0.05 0.08 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.53 0.23 0.11 0.68 0.25 0.63 0.39 0.53 0.46 0.63 0.46 0.13 0.40 0.73 0.01 0.20 0.07 0.47 0.27
C2 0.13 0.51 0.11 0.41 0.49 0.63 0.29 0.97 0.19 0.29 0.59 0.62 0.20 0.68 0.56 0.27 0.82 0.69 1.48 1.04
C2' 0.31 0.63 0.22 0.06 0.88 0.20 0.82 0.26 0.68 0.57 0.79 0.51 0.03 0.37 0.95 0.06 0.03 0.06 0.11 0.04
C3' 0.35 0.55 0.26 0.07 0.82 0.02 0.85 0.04 0.75 0.58 0.68 0.36 0.02 0.22 0.86 0.18 0.17 0.23 0.16 0.18
C4 0.14 0.46 0.11 0.38 0.46 0.56 0.30 0.85 0.21 0.28 0.53 0.54 0.19 0.66 0.51 0.22 0.69 0.55 1.23 0.86
C4' 0.30 0.38 0.25 0.07 0.64 0.01 0.71 0.05 0.63 0.46 0.49 0.22 0.08 0.16 0.65 0.15 0.10 0.20 0.01 0.09
C5 0.05 0.37 0.04 0.50 0.27 0.70 0.09 1.06 0.02 0.15 0.40 0.52 0.22 0.76 0.31 0.34 0.93 0.77 1.58 1.14
C5' 0.19 0.16 0.16 0.06 0.38 0.01 0.51 0.01 0.48 0.29 0.23 0.01 0.06 0.09 0.38 0.10 0.08 0.20 0.01 0.09
C6 0.02 0.37 0.02 0.56 0.23 0.78 0.00 1.20 0.06 0.11 0.40 0.56 0.23 0.79 0.27 0.41 1.08 0.95 1.86 1.35
C8 0.10 0.34 0.08 0.40 0.30 0.55 0.18 0.79 0.12 0.19 0.37 0.42 0.21 0.68 0.32 0.23 0.66 0.49 1.11 0.78
N1 0.07 0.45 0.06 0.51 0.35 0.73 0.12 1.14 0.03 0.19 0.49 0.61 0.22 0.75 0.40 0.36 1.01 0.89 1.78 1.28
N3 0.18 0.53 0.14 0.33 0.57 0.53 0.41 0.82 0.30 0.35 0.62 0.59 0.18 0.62 0.63 0.19 0.65 0.51 1.19 0.82
N6 0.05 0.30 0.03 0.63 0.08 0.87 0.17 1.36 0.22 0.01 0.29 0.54 0.24 0.83 0.11 0.50 1.27 1.14 2.16 1.58
N7 0.01 0.29 0.01 0.54 0.16 0.73 0.01 1.06 0.06 0.08 0.29 0.44 0.23 0.79 0.18 0.37 0.94 0.77 1.54 1.12
N9 0.18 0.45 0.15 0.29 0.49 0.45 0.39 0.67 0.30 0.32 0.52 0.48 0.18 0.58 0.53 0.14 0.51 0.36 0.92 0.62
O2' 0.32 0.70 0.22 0.00 1.06 0.16 1.00 0.19 0.81 0.64 0.92 0.53 0.10 0.31 1.17 0.09 0.09 0.18 0.08 0.10
O3' 0.36 0.58 0.22 0.16 1.02 0.09 1.08 0.15 0.93 0.66 0.79 0.29 0.18 0.12 1.07 0.25 0.40 0.41 0.59 0.46
O4' 0.34 0.46 0.32 0.04 0.61 0.06 0.63 0.18 0.57 0.47 0.53 0.36 0.27 0.19 0.62 0.14 0.06 0.08 0.34 0.12
O5' 0.37 0.34 0.39 0.19 0.47 0.11 0.56 0.01 0.56 0.43 0.37 0.23 0.34 0.00 0.45 0.24 0.08 0.21 0.17 0.03
OP1 0.48 0.83 0.45 0.32 0.79 0.17 0.58 0.10 0.49 0.63 0.89 0.89 0.23 0.02 0.85 0.34 0.28 0.00 0.36 0.21
OP2 0.32 0.41 0.34 0.18 0.61 0.02 0.69 0.10 0.64 0.47 0.49 0.30 0.23 0.01 0.61 0.16 0.03 0.16 0.23 0.03
P 0.04 0.06 0.06 0.00 0.06 0.02 0.19 0.05 0.21 0.06 0.04 0.15 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.16 0.25 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.19 0.02
C2 0.00 0.00 0.10 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.08 0.00 0.07 0.10 0.34 0.55 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.08 0.17 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.14 0.03 0.02 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.10 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.14 0.53 0.85 0.17
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.17 0.15 0.00
C5 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.02 0.12 0.54 0.82 0.13
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.08 0.00 0.06 0.05 0.10 0.07 0.02 0.01 0.12 0.00 0.00 0.30 0.28 0.00
C6 0.00 0.00 0.10 0.14 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.16 0.00 0.05 0.09 0.42 0.59 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.31 0.45 0.08
N3 0.00 0.00 0.08 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.00 0.06 0.13 0.45 0.73 0.16
O2 0.01 0.00 0.17 0.10 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.16 0.00 0.10 0.09 0.28 0.47 0.12
O2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.10 0.20 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.09 0.02 0.03
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.16 0.03 0.05 0.16 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.30 0.19 0.04
O4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.15 0.59 0.96 0.19
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.10 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01
O5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.14 0.00 0.12 0.00 0.09 0.08 0.13 0.09 0.03 0.02 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.34 0.03 0.10 0.53 0.17 0.54 0.30 0.42 0.31 0.45 0.28 0.09 0.30 0.59 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.55 0.09 0.04 0.85 0.15 0.82 0.28 0.59 0.45 0.73 0.47 0.02 0.19 0.96 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.12 0.02 0.03 0.17 0.00 0.13 0.00 0.08 0.08 0.16 0.12 0.03 0.04 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00