ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52241

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N6 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C2' B 0, 0.000, 0.600, 1.200, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.600 std_dev=0.600
O2' B 0, 0.000, 0.847, 1.693, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.847 std_dev=0.847
C1' B 0, 0.000, 0.995, 1.990, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.995 std_dev=0.995
O4' A 0, 0.000, 1.215, 2.429, 2.429 max_d=2.429 avg_d=1.215 std_dev=1.215
N1 B 0, 0.000, 1.266, 2.531, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.266 std_dev=1.266
C2' A 0, 0.000, 1.295, 2.590, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.295 std_dev=1.295
C3' B 0, 0.000, 1.568, 3.135, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.568 std_dev=1.568
C4' A 0, 0.000, 1.592, 3.184, 3.184 max_d=3.184 avg_d=1.592 std_dev=1.592
C6 B 0, 0.000, 1.670, 3.341, 3.341 max_d=3.341 avg_d=1.670 std_dev=1.670
C3' A 0, 0.000, 1.778, 3.556, 3.556 max_d=3.556 avg_d=1.778 std_dev=1.778
O4' B 0, 0.000, 1.788, 3.577, 3.577 max_d=3.577 avg_d=1.788 std_dev=1.788
O2' A 0, 0.000, 1.909, 3.819, 3.819 max_d=3.819 avg_d=1.909 std_dev=1.909
C2 B 0, 0.000, 2.013, 4.025, 4.025 max_d=4.025 avg_d=2.013 std_dev=2.013
C4' B 0, 0.000, 2.107, 4.215, 4.215 max_d=4.215 avg_d=2.107 std_dev=2.107
O3' A 0, 0.000, 2.136, 4.272, 4.272 max_d=4.272 avg_d=2.136 std_dev=2.136
C5 B 0, 0.000, 2.251, 4.503, 4.503 max_d=4.503 avg_d=2.251 std_dev=2.251
O2 B 0, 0.000, 2.340, 4.679, 4.679 max_d=4.679 avg_d=2.340 std_dev=2.340
O3' B 0, 0.000, 2.522, 5.044, 5.044 max_d=5.044 avg_d=2.522 std_dev=2.522
C5' B 0, 0.000, 2.785, 5.569, 5.569 max_d=5.569 avg_d=2.785 std_dev=2.785
N3 B 0, 0.000, 2.796, 5.591, 5.591 max_d=5.591 avg_d=2.796 std_dev=2.796
C4 B 0, 0.000, 2.817, 5.633, 5.633 max_d=5.633 avg_d=2.817 std_dev=2.817
C5' A 0, 0.000, 3.060, 6.121, 6.121 max_d=6.121 avg_d=3.060 std_dev=3.060
O5' B 0, 0.000, 3.387, 6.775, 6.775 max_d=6.775 avg_d=3.387 std_dev=3.387
O4 B 0, 0.000, 3.610, 7.221, 7.221 max_d=7.221 avg_d=3.610 std_dev=3.610
O5' A 0, 0.000, 3.684, 7.369, 7.369 max_d=7.369 avg_d=3.684 std_dev=3.684
P B 0, 0.000, 4.349, 8.698, 8.698 max_d=8.698 avg_d=4.349 std_dev=4.349
OP2 B 0, 0.000, 4.703, 9.406, 9.406 max_d=9.406 avg_d=4.703 std_dev=4.703
P A 0, 0.000, 5.034, 10.068, 10.068 max_d=10.068 avg_d=5.034 std_dev=5.034
OP1 A 0, 0.000, 5.179, 10.359, 10.359 max_d=10.359 avg_d=5.179 std_dev=5.179
OP2 A 0, 0.000, 5.484, 10.967, 10.967 max_d=10.967 avg_d=5.484 std_dev=5.484
OP1 B 0, 0.000, 5.533, 11.067, 11.067 max_d=11.067 avg_d=5.533 std_dev=5.533

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.17 0.01 0.35 0.15 0.04 0.23
C2 0.04 0.00 0.08 0.04 0.00 0.45 0.01 0.88 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.08 0.45 0.31 0.31 0.24 0.26
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.10 0.05 0.02 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.01 0.34 0.00
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.11 0.01 0.25 0.02 0.21 0.39 0.09 0.07 0.28 0.39 0.21 0.02 0.01 0.02 0.25 0.03 0.43 0.07
C4 0.02 0.00 0.04 0.11 0.00 0.14 0.00 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.23 0.33 0.27 0.32 0.39
C4' 0.01 0.45 0.02 0.01 0.14 0.00 0.04 0.01 0.07 0.41 0.28 0.45 0.03 0.32 0.10 0.26 0.02 0.00 0.01 0.05 0.46 0.14
C5 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.08 0.74 0.74 0.92 0.91
C5' 0.00 0.88 0.10 0.02 0.29 0.01 0.02 0.00 0.20 0.66 0.60 0.84 0.02 0.53 0.13 0.13 0.17 0.01 0.00 0.32 0.32 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.21 0.02 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.19 0.18 0.52 0.58 0.80 0.73
C8 0.01 0.01 0.02 0.39 0.00 0.41 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.38 0.13 0.27 1.36 1.24 1.32 1.46
N1 0.04 0.01 0.07 0.09 0.01 0.28 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.33 0.05 0.09 0.26 0.18
N3 0.04 0.00 0.08 0.07 0.01 0.45 0.00 0.84 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.19 0.02 0.45 0.28 0.31 0.32 0.27
N6 0.02 0.01 0.04 0.28 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.23 0.10 0.75 0.87 1.18 1.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.39 0.00 0.32 0.01 0.53 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.37 0.18 0.15 1.30 1.30 1.52 1.53
N9 0.00 0.01 0.01 0.21 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.03 0.01 0.70 0.56 0.53 0.69
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.04 0.26 0.20 0.13 0.13 0.38 0.03 0.19 0.21 0.37 0.16 0.00 0.04 0.21 0.33 0.07 0.43 0.02
O3' 0.17 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.16 0.17 0.19 0.13 0.15 0.02 0.23 0.18 0.03 0.04 0.00 0.10 0.20 0.15 0.49 0.15
O4' 0.01 0.45 0.00 0.02 0.23 0.00 0.08 0.01 0.18 0.27 0.33 0.45 0.10 0.15 0.01 0.21 0.10 0.00 0.21 0.15 0.12 0.15
O5' 0.35 0.31 0.25 0.25 0.33 0.01 0.74 0.00 0.52 1.36 0.05 0.28 0.75 1.30 0.70 0.33 0.20 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.15 0.31 0.01 0.03 0.27 0.05 0.74 0.32 0.58 1.24 0.09 0.31 0.87 1.30 0.56 0.07 0.15 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.24 0.34 0.43 0.32 0.46 0.92 0.32 0.80 1.32 0.26 0.32 1.18 1.52 0.53 0.43 0.49 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.26 0.00 0.07 0.39 0.14 0.91 0.01 0.73 1.46 0.18 0.27 1.04 1.53 0.69 0.02 0.15 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.53 0.01 0.03 0.04 0.61 0.52 1.07 0.69 1.06 0.57 0.12 0.58 0.02 0.33 0.58 0.84 1.25 1.58 0.35 1.11
C2 0.46 0.43 0.13 0.43 1.17 0.01 1.38 0.09 1.15 0.71 0.71 0.07 0.18 0.88 1.32 0.55 0.26 0.41 1.05 0.07
C2' 0.72 0.25 0.21 0.18 1.01 0.68 1.53 0.87 1.45 0.84 0.41 0.41 0.10 0.18 1.02 1.00 1.64 1.97 0.93 1.64
C3' 0.19 0.33 0.30 0.18 0.43 0.37 0.96 0.75 0.90 0.27 0.16 0.96 0.44 0.50 0.44 0.56 1.61 2.36 1.33 1.98
C4 0.48 0.42 0.13 0.43 1.11 0.03 1.33 0.03 1.14 0.71 0.68 0.09 0.17 0.89 1.21 0.61 0.35 0.53 0.88 0.05
C4' 0.44 1.06 0.93 0.74 0.43 0.06 0.06 0.44 0.06 0.47 0.95 1.61 0.97 0.91 0.43 0.04 1.15 2.23 0.95 1.58
C5 0.46 0.68 0.19 0.62 1.35 0.22 1.41 0.40 1.16 0.80 1.00 0.24 0.26 1.16 1.51 0.50 0.11 0.08 1.47 0.51
C5' 1.30 1.68 1.88 1.64 0.98 0.88 0.60 0.25 0.70 1.23 1.48 2.18 1.98 1.85 0.90 0.75 0.47 1.73 0.51 1.04
C6 0.44 0.75 0.21 0.66 1.46 0.30 1.47 0.52 1.17 0.81 1.12 0.34 0.28 1.22 1.68 0.43 0.30 0.36 1.75 0.75
C8 0.50 0.57 0.17 0.58 1.15 0.08 1.29 0.21 1.13 0.78 0.82 0.11 0.22 1.08 1.22 0.63 0.16 0.27 0.92 0.15
N1 0.44 0.62 0.18 0.57 1.36 0.19 1.45 0.35 1.17 0.77 0.96 0.17 0.24 1.09 1.56 0.47 0.09 0.09 1.52 0.50
N3 0.46 0.30 0.10 0.35 1.01 0.11 1.29 0.10 1.12 0.66 0.53 0.24 0.14 0.75 1.10 0.62 0.51 0.77 0.68 0.26
N6 0.42 0.93 0.24 0.77 1.62 0.47 1.51 0.75 1.15 0.86 1.35 0.59 0.33 1.37 1.89 0.32 0.63 0.82 2.13 1.13
N7 0.46 0.80 0.23 0.73 1.39 0.33 1.39 0.57 1.14 0.84 1.13 0.41 0.30 1.30 1.54 0.47 0.29 0.27 1.53 0.67
N9 0.51 0.32 0.09 0.35 0.95 0.17 1.24 0.17 1.12 0.69 0.53 0.22 0.13 0.77 1.00 0.71 0.62 0.83 0.48 0.35
O2' 1.22 0.65 0.77 0.75 1.41 1.15 2.04 1.23 2.00 1.33 0.77 0.04 0.66 0.43 1.35 1.44 2.02 2.05 1.30 1.87
O3' 0.68 0.03 0.27 0.50 0.70 1.00 1.30 1.41 1.32 0.69 0.11 0.59 0.10 0.23 0.65 1.08 2.34 3.06 2.33 2.86
O4' 0.29 0.89 0.77 0.72 0.32 0.07 0.13 0.29 0.14 0.34 0.79 1.44 0.72 0.88 0.32 0.12 0.84 1.64 0.29 0.98
O5' 1.63 1.89 2.19 2.05 1.18 1.32 0.84 0.69 0.96 1.50 1.65 2.38 2.32 2.35 1.07 1.15 0.02 1.48 0.18 0.69
OP1 2.23 2.39 2.76 2.21 1.79 1.54 1.50 0.66 1.62 2.10 2.18 2.72 3.11 2.42 1.69 1.58 0.01 1.70 0.78 0.97
OP2 1.59 1.53 2.10 1.91 0.67 1.42 0.39 0.74 0.65 1.24 1.18 2.02 2.54 2.48 0.49 1.18 0.07 1.42 0.54 0.91
P 2.10 2.16 2.65 2.40 1.41 1.75 1.12 0.99 1.32 1.86 1.87 2.59 2.96 2.84 1.26 1.60 0.24 1.31 0.28 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.08 0.07
C2 0.03 0.00 0.21 0.36 0.00 0.23 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.36 0.00 0.07 0.28 0.43 0.44 0.50
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.02 0.21 0.00 0.13 0.37 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.25 0.38 0.21
C3' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.03 0.01 0.33 0.02 0.40 0.01 0.24 0.71 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.45 0.46 0.35
C4 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.11 0.20 0.08 0.09
C4' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.01 0.20 0.01 0.17 0.43 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.18 0.03 0.01
C5 0.04 0.01 0.16 0.33 0.00 0.16 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.02 0.02 0.41 0.11 0.57 0.31
C5' 0.02 0.38 0.02 0.02 0.05 0.01 0.22 0.00 0.26 0.04 0.30 0.68 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.31 0.19 0.01
C6 0.05 0.00 0.21 0.40 0.01 0.20 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.38 0.02 0.03 0.42 0.17 0.61 0.35
N1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07
N3 0.02 0.01 0.13 0.24 0.00 0.17 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.25 0.00 0.05 0.18 0.43 0.36 0.43
O2 0.07 0.00 0.37 0.71 0.00 0.43 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.70 0.01 0.10 0.60 0.67 0.92 0.86
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.24 0.38 0.18
O3' 0.03 0.36 0.01 0.01 0.03 0.02 0.34 0.01 0.38 0.00 0.25 0.70 0.03 0.00 0.02 0.03 0.32 0.63 0.66 0.51
O4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.10 0.25 0.05 0.11
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.10 0.01 0.03 0.03 0.00 0.16 0.12 0.12 0.20
O5' 0.02 0.28 0.18 0.31 0.11 0.02 0.41 0.01 0.42 0.05 0.18 0.60 0.09 0.32 0.10 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.05 0.43 0.25 0.45 0.20 0.18 0.11 0.31 0.17 0.10 0.43 0.67 0.24 0.63 0.25 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.44 0.38 0.46 0.08 0.03 0.57 0.19 0.61 0.09 0.36 0.92 0.38 0.66 0.05 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.50 0.21 0.35 0.09 0.01 0.31 0.01 0.35 0.07 0.43 0.86 0.18 0.51 0.11 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00