ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52249

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 3, 17, 12, 8, 5, 5, 1, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.014, 0.040, 0.065, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.040 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.005, 0.046, 0.086, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.046 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.057, 0.141, 0.226, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.141 std_dev=0.085
O4' A 0, 0.041, 0.127, 0.213, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.127 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.064, 0.176, 0.287, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.176 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.054, 0.204, 0.354, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.204 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.100, 0.251, 0.402, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.251 std_dev=0.151
O5' A 0, 0.192, 0.370, 0.548, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.370 std_dev=0.178
O5' B 0, 0.323, 0.512, 0.700, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.512 std_dev=0.189
C5' A 0, 0.116, 0.325, 0.534, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.325 std_dev=0.209
C8 B 0, 0.260, 0.473, 0.687, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.473 std_dev=0.213
P B 0, 0.297, 0.533, 0.769, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.533 std_dev=0.236
C3' B 0, 0.171, 0.426, 0.682, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.426 std_dev=0.256
O3' A 0, 0.155, 0.420, 0.684, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.420 std_dev=0.265
P A 0, 0.200, 0.469, 0.738, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.469 std_dev=0.269
C5' B 0, 0.309, 0.588, 0.866, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.588 std_dev=0.278
N9 B 0, 0.177, 0.459, 0.740, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.459 std_dev=0.281
OP1 B 0, 0.394, 0.676, 0.958, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.676 std_dev=0.282
C4' B 0, 0.245, 0.535, 0.825, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.535 std_dev=0.290
C2' B 0, 0.176, 0.468, 0.761, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.468 std_dev=0.292
O3' B 0, 0.183, 0.482, 0.781, 2.159 max_d=2.159 avg_d=0.482 std_dev=0.299
C1' B 0, 0.191, 0.498, 0.805, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.498 std_dev=0.307
O4' B 0, 0.249, 0.558, 0.866, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.558 std_dev=0.309
OP2 B 0, 0.210, 0.522, 0.835, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.522 std_dev=0.313
OP2 A 0, 0.216, 0.537, 0.859, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.537 std_dev=0.321
OP1 A 0, 0.261, 0.584, 0.907, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.584 std_dev=0.323
N7 B 0, 0.291, 0.617, 0.942, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.617 std_dev=0.326
O2' B 0, 0.212, 0.590, 0.969, 2.617 max_d=2.617 avg_d=0.590 std_dev=0.378
C5 B 0, 0.209, 0.727, 1.244, 2.368 max_d=2.368 avg_d=0.727 std_dev=0.518
C4 B 0, 0.148, 0.697, 1.247, 2.597 max_d=2.597 avg_d=0.697 std_dev=0.550
C6 B 0, 0.234, 1.018, 1.802, 3.499 max_d=3.499 avg_d=1.018 std_dev=0.784
N6 B 0, 0.350, 1.159, 1.967, 3.441 max_d=3.441 avg_d=1.159 std_dev=0.808
N3 B 0, 0.152, 0.999, 1.846, 3.849 max_d=3.849 avg_d=0.999 std_dev=0.847
N1 B 0, 0.191, 1.253, 2.314, 4.748 max_d=4.748 avg_d=1.253 std_dev=1.062
C2 B 0, 0.161, 1.243, 2.324, 4.847 max_d=4.847 avg_d=1.243 std_dev=1.082

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.03 0.08 0.10 0.20 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.09 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.08 0.06 0.11 0.12 0.10 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.15 0.03 0.12 0.15 0.24 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.03 0.12 0.16 0.24 0.16
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.10 0.12 0.20 0.13
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.09 0.18 0.11
N3 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.03 0.10 0.13 0.22 0.14
N4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.17 0.03 0.13 0.18 0.25 0.17
O2 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.11 0.05 0.07 0.08 0.18 0.10
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.05 0.07 0.00 0.06 0.05 0.05 0.08 0.08 0.05
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.15 0.02 0.13 0.04 0.10 0.06 0.13 0.17 0.11 0.06 0.00 0.02 0.10 0.14 0.14 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.06 0.07 0.13 0.09
O5' 0.05 0.08 0.04 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.10 0.08 0.10 0.13 0.07 0.05 0.10 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.10 0.05 0.07 0.15 0.06 0.16 0.07 0.12 0.09 0.13 0.18 0.08 0.08 0.14 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.20 0.09 0.08 0.24 0.05 0.24 0.02 0.20 0.18 0.22 0.25 0.18 0.08 0.14 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.05 0.06 0.15 0.02 0.16 0.01 0.13 0.11 0.14 0.17 0.10 0.05 0.11 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 1.02 0.17 0.13 0.62 0.14 0.59 0.14 0.79 0.29 0.98 0.86 0.75 0.41 0.31 0.21 0.14 0.17 0.17 0.18 0.18 0.13
C2 0.15 0.87 0.14 0.10 0.51 0.12 0.54 0.14 0.75 0.26 0.90 0.70 0.75 0.37 0.23 0.18 0.12 0.15 0.17 0.19 0.18 0.15
C2' 0.21 1.07 0.16 0.10 0.61 0.11 0.60 0.13 0.83 0.28 1.04 0.87 0.82 0.40 0.31 0.21 0.10 0.15 0.18 0.20 0.21 0.15
C3' 0.20 0.95 0.17 0.10 0.56 0.11 0.55 0.13 0.74 0.27 0.92 0.79 0.74 0.38 0.30 0.21 0.09 0.14 0.19 0.24 0.22 0.16
C4 0.13 0.60 0.15 0.11 0.39 0.12 0.43 0.15 0.57 0.16 0.64 0.49 0.59 0.28 0.19 0.16 0.12 0.16 0.17 0.21 0.20 0.17
C4' 0.22 0.87 0.18 0.12 0.53 0.13 0.50 0.12 0.66 0.28 0.82 0.75 0.63 0.36 0.30 0.22 0.11 0.17 0.16 0.19 0.19 0.12
C5 0.15 0.61 0.16 0.12 0.43 0.12 0.45 0.14 0.55 0.17 0.62 0.53 0.55 0.31 0.24 0.17 0.13 0.14 0.17 0.20 0.20 0.15
C5' 0.21 0.70 0.20 0.13 0.44 0.12 0.41 0.11 0.53 0.25 0.66 0.61 0.51 0.30 0.26 0.23 0.10 0.16 0.16 0.19 0.19 0.12
C6 0.19 0.75 0.18 0.12 0.53 0.12 0.51 0.14 0.63 0.22 0.74 0.66 0.59 0.34 0.29 0.19 0.13 0.15 0.17 0.19 0.19 0.13
N1 0.18 0.89 0.15 0.11 0.57 0.12 0.56 0.13 0.73 0.26 0.88 0.76 0.70 0.38 0.28 0.19 0.12 0.15 0.17 0.19 0.18 0.14
N3 0.14 0.71 0.15 0.11 0.43 0.12 0.47 0.14 0.66 0.21 0.76 0.57 0.68 0.31 0.20 0.17 0.12 0.16 0.17 0.20 0.19 0.16
N4 0.16 0.49 0.18 0.13 0.33 0.15 0.38 0.17 0.51 0.16 0.55 0.39 0.56 0.27 0.18 0.17 0.13 0.20 0.18 0.22 0.21 0.19
O2 0.17 0.97 0.14 0.11 0.53 0.13 0.56 0.14 0.83 0.29 1.01 0.75 0.86 0.40 0.24 0.20 0.13 0.16 0.17 0.19 0.18 0.15
O2' 0.25 1.16 0.19 0.13 0.64 0.14 0.62 0.13 0.87 0.30 1.13 0.94 0.87 0.42 0.33 0.23 0.13 0.19 0.17 0.20 0.21 0.14
O3' 0.20 0.96 0.18 0.12 0.55 0.12 0.54 0.14 0.75 0.27 0.94 0.79 0.75 0.37 0.29 0.23 0.12 0.15 0.20 0.29 0.25 0.19
O4' 0.23 0.89 0.18 0.15 0.56 0.15 0.52 0.15 0.66 0.30 0.82 0.78 0.62 0.37 0.31 0.22 0.15 0.19 0.17 0.18 0.17 0.13
O5' 0.16 0.59 0.18 0.08 0.38 0.06 0.36 0.09 0.46 0.18 0.57 0.52 0.45 0.24 0.21 0.21 0.02 0.10 0.16 0.20 0.22 0.13
OP1 0.08 0.39 0.12 0.02 0.22 0.07 0.23 0.15 0.30 0.13 0.37 0.33 0.31 0.17 0.10 0.19 0.02 0.05 0.18 0.25 0.22 0.17
OP2 0.08 0.36 0.04 0.06 0.25 0.15 0.30 0.24 0.35 0.23 0.38 0.30 0.38 0.29 0.17 0.06 0.02 0.15 0.30 0.26 0.28 0.24
P 0.04 0.38 0.08 0.01 0.24 0.06 0.25 0.13 0.32 0.15 0.38 0.33 0.33 0.20 0.11 0.13 0.01 0.04 0.18 0.21 0.20 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.11 0.13 0.09
C2 0.03 0.00 0.20 0.19 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.12 0.20 0.25 0.35 0.26
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.02 0.11 0.09 0.16 0.20 0.09 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.14 0.15 0.09
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.02 0.16 0.10 0.18 0.17 0.15 0.11 0.07 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.13 0.08
C4 0.02 0.01 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.07 0.20 0.23 0.29 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.04 0.04 0.08 0.10 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.04 0.25 0.30 0.37 0.29
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.20 0.12 0.09 0.18 0.21 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.11 0.16 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.07 0.26 0.33 0.41 0.32
C8 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.07 0.26 0.27 0.27 0.25
N1 0.03 0.00 0.16 0.18 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.22 0.10 0.23 0.30 0.40 0.30
N3 0.03 0.00 0.20 0.17 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.12 0.17 0.21 0.29 0.22
N6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.19 0.06 0.29 0.38 0.46 0.36
N7 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.12 0.04 0.29 0.34 0.37 0.32
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.18 0.19 0.22 0.17
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.09 0.13 0.15 0.08 0.07 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04 0.13 0.12 0.05
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.14 0.02 0.14 0.03 0.18 0.11 0.22 0.20 0.19 0.12 0.06 0.05 0.00 0.02 0.10 0.19 0.15 0.09
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.10 0.12 0.06 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.09 0.11 0.08
O5' 0.08 0.20 0.07 0.08 0.20 0.02 0.25 0.01 0.26 0.26 0.23 0.17 0.29 0.29 0.18 0.04 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.25 0.14 0.15 0.23 0.09 0.30 0.08 0.33 0.27 0.30 0.21 0.38 0.34 0.19 0.13 0.19 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.35 0.15 0.13 0.29 0.07 0.37 0.04 0.41 0.27 0.40 0.29 0.46 0.37 0.22 0.12 0.15 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.26 0.09 0.08 0.22 0.02 0.29 0.01 0.32 0.25 0.30 0.22 0.36 0.32 0.17 0.05 0.09 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00