ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52250

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 11, 13, 5, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.013 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.005, 0.035, 0.065, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.035 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.025, 0.068, 0.112, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.068 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.018, 0.063, 0.109, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.063 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.042, 0.103, 0.164, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.103 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.027, 0.097, 0.166, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.097 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.035, 0.106, 0.178, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.106 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.067, 0.157, 0.246, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.157 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.056, 0.158, 0.261, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.158 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.046, 0.153, 0.260, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.153 std_dev=0.107
P A 0, 0.098, 0.215, 0.333, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.215 std_dev=0.118
OP2 A 0, 0.112, 0.234, 0.357, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.234 std_dev=0.123
P B 0, 0.114, 0.256, 0.398, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.256 std_dev=0.142
OP1 A 0, 0.125, 0.269, 0.414, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.269 std_dev=0.145
OP2 B 0, 0.134, 0.296, 0.458, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.296 std_dev=0.162
OP1 B 0, 0.109, 0.273, 0.438, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.273 std_dev=0.165
C8 B 0, 0.173, 0.343, 0.513, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.343 std_dev=0.170
O4' B 0, 0.178, 0.350, 0.521, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.350 std_dev=0.172
C3' B 0, 0.170, 0.344, 0.517, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.344 std_dev=0.173
C4' B 0, 0.174, 0.349, 0.523, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.349 std_dev=0.175
O3' B 0, 0.155, 0.337, 0.519, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.337 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.166, 0.352, 0.537, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.352 std_dev=0.186
C1' B 0, 0.161, 0.348, 0.536, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.348 std_dev=0.187
N7 B 0, 0.190, 0.378, 0.567, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.378 std_dev=0.188
N9 B 0, 0.170, 0.359, 0.548, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.359 std_dev=0.189
O5' B 0, 0.121, 0.316, 0.511, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.316 std_dev=0.195
C5 B 0, 0.200, 0.416, 0.632, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.416 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.185, 0.403, 0.621, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.403 std_dev=0.218
O2' B 0, 0.169, 0.394, 0.620, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.394 std_dev=0.225
C5' B 0, 0.137, 0.366, 0.594, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.366 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.187, 0.435, 0.684, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.435 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.224, 0.474, 0.723, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.474 std_dev=0.249
N6 B 0, 0.246, 0.511, 0.776, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.511 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.207, 0.481, 0.754, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.481 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.227, 0.502, 0.777, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.502 std_dev=0.275

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.11 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.08 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.09 0.12 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.05 0.03 0.06 0.09 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.05 0.05 0.11 0.02 0.11 0.02 0.08 0.06 0.09 0.12 0.07 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.10 0.09 0.14 0.05
C2 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.11 0.07 0.09 0.12 0.09 0.12 0.06
C2' 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.10 0.05 0.08 0.08 0.10 0.15 0.05
C3' 0.06 0.09 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.10 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.08 0.11 0.15 0.05
C4 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.11 0.07 0.09 0.11 0.10 0.13 0.06
C4' 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.07 0.08 0.05 0.07 0.08 0.10 0.16 0.05
C5 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.10 0.14 0.05
C5' 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.09 0.10 0.16 0.06
C6 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.06 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.10 0.14 0.06
N1 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.07 0.10 0.06 0.08 0.10 0.09 0.13 0.05
N3 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.12 0.07 0.10 0.13 0.10 0.12 0.07
N4 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.07 0.11 0.13 0.11 0.13 0.08
O2 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.12 0.08 0.10 0.13 0.10 0.12 0.07
O2' 0.06 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.10 0.06 0.08 0.09 0.10 0.14 0.05
O3' 0.06 0.09 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.09 0.05 0.09 0.08 0.12 0.14 0.06
O4' 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.15 0.06
O5' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.09 0.11 0.16 0.07
OP1 0.11 0.13 0.09 0.09 0.13 0.09 0.14 0.09 0.15 0.12 0.14 0.12 0.16 0.13 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.13 0.17 0.10
OP2 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.13 0.16 0.17 0.12
P 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.12 0.17 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.07 0.14 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.15 0.07 0.14 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.12 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.11 0.11 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.15 0.07 0.13 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.17 0.07 0.13 0.08
C5' 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.17 0.08 0.13 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.17 0.07 0.13 0.07
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.16 0.07 0.13 0.07
N3 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.14 0.07 0.14 0.06
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.17 0.08 0.13 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.17 0.08 0.13 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.15 0.06 0.13 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.17 0.12 0.12 0.10
O3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.06 0.10 0.12 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.08 0.16 0.05
O5' 0.10 0.15 0.16 0.11 0.15 0.01 0.17 0.01 0.17 0.17 0.16 0.14 0.17 0.17 0.15 0.17 0.06 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.07 0.11 0.11 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.12 0.10 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.14 0.12 0.11 0.13 0.14 0.13 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.09 0.07 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.10 0.04 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00