ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52251

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 5, 9, 6, 7, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.010, 0.042, 0.073, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.042 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.004, 0.042, 0.081, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.042 std_dev=0.039
C2' A 0, -0.010, 0.104, 0.217, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.104 std_dev=0.114
O4' A 0, -0.025, 0.098, 0.221, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.098 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.014, 0.138, 0.262, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.138 std_dev=0.124
OP2 B 0, 0.182, 0.348, 0.513, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.348 std_dev=0.165
P B 0, 0.254, 0.428, 0.602, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.428 std_dev=0.174
C4' A 0, 0.039, 0.224, 0.409, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.224 std_dev=0.185
C3' A 0, -0.003, 0.193, 0.389, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.193 std_dev=0.196
OP1 B 0, 0.337, 0.565, 0.793, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.565 std_dev=0.228
O5' B 0, 0.192, 0.430, 0.668, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.430 std_dev=0.238
O3' A 0, -0.045, 0.240, 0.526, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.240 std_dev=0.285
C5' A 0, 0.098, 0.396, 0.693, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.396 std_dev=0.297
O3' B 0, -0.057, 0.454, 0.965, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.454 std_dev=0.511
C4' B 0, -0.017, 0.529, 1.075, 3.147 max_d=3.147 avg_d=0.529 std_dev=0.546
C5' B 0, 0.006, 0.569, 1.133, 3.292 max_d=3.292 avg_d=0.569 std_dev=0.563
C3' B 0, -0.076, 0.519, 1.115, 3.473 max_d=3.473 avg_d=0.519 std_dev=0.596
O5' A 0, -0.034, 0.573, 1.180, 3.727 max_d=3.727 avg_d=0.573 std_dev=0.607
O2' B 0, -0.091, 0.527, 1.145, 3.462 max_d=3.462 avg_d=0.527 std_dev=0.618
C2' B 0, -0.124, 0.556, 1.237, 4.012 max_d=4.012 avg_d=0.556 std_dev=0.681
O4' B 0, -0.078, 0.610, 1.298, 4.123 max_d=4.123 avg_d=0.610 std_dev=0.688
C1' B 0, -0.190, 0.641, 1.472, 5.098 max_d=5.098 avg_d=0.641 std_dev=0.831
P A 0, -0.356, 0.524, 1.404, 5.680 max_d=5.680 avg_d=0.524 std_dev=0.880
OP1 A 0, -0.433, 0.583, 1.599, 6.490 max_d=6.490 avg_d=0.583 std_dev=1.016
N9 B 0, -0.332, 0.753, 1.838, 6.781 max_d=6.781 avg_d=0.753 std_dev=1.085
C8 B 0, -0.328, 0.813, 1.953, 7.164 max_d=7.164 avg_d=0.813 std_dev=1.140
OP2 A 0, -0.573, 0.731, 2.036, 8.273 max_d=8.273 avg_d=0.731 std_dev=1.305
C4 B 0, -0.509, 0.855, 2.219, 8.602 max_d=8.602 avg_d=0.855 std_dev=1.364
N3 B 0, -0.573, 0.863, 2.300, 9.074 max_d=9.074 avg_d=0.863 std_dev=1.437
N7 B 0, -0.497, 0.951, 2.400, 9.165 max_d=9.165 avg_d=0.951 std_dev=1.449
C5 B 0, -0.612, 0.973, 2.559, 10.038 max_d=10.038 avg_d=0.973 std_dev=1.585
C2 B 0, -0.754, 0.984, 2.722, 11.017 max_d=11.017 avg_d=0.984 std_dev=1.738
C6 B 0, -0.804, 1.106, 3.015, 12.122 max_d=12.122 avg_d=1.106 std_dev=1.909
N1 B 0, -0.873, 1.100, 3.073, 12.525 max_d=12.525 avg_d=1.100 std_dev=1.973
N6 B 0, -0.918, 1.251, 3.419, 13.794 max_d=13.794 avg_d=1.251 std_dev=2.168

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.22 0.22 0.30 0.14
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.02 0.36 0.28 0.57 0.34
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.11 0.00 0.01 0.01 0.12 0.23 0.26 0.11
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.08 0.09 0.11 0.02 0.01 0.01 0.17 0.29 0.24 0.12
C4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.48 0.39 0.84 0.52
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.05 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.26 0.26 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.46 0.38 0.79 0.50
C5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.17 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.29 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.40 0.31 0.58 0.37
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.34 0.26 0.48 0.28
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.02 0.43 0.34 0.74 0.45
N4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.03 0.51 0.45 0.96 0.60
O2 0.03 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.13 0.03 0.31 0.24 0.49 0.28
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.03 0.04 0.06 0.22 0.26 0.09
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.08 0.04 0.10 0.12 0.13 0.03 0.00 0.01 0.29 0.30 0.23 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.25 0.26 0.26 0.11
O5' 0.22 0.36 0.12 0.17 0.48 0.01 0.46 0.01 0.40 0.34 0.43 0.51 0.31 0.06 0.29 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.28 0.23 0.29 0.39 0.26 0.38 0.29 0.31 0.26 0.34 0.45 0.24 0.22 0.30 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.57 0.26 0.24 0.84 0.26 0.79 0.25 0.58 0.48 0.74 0.96 0.49 0.26 0.23 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.34 0.11 0.12 0.52 0.07 0.50 0.01 0.37 0.28 0.45 0.60 0.28 0.09 0.12 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.76 1.49 0.61 0.54 1.28 0.52 1.47 0.55 1.68 1.11 1.68 1.28 1.80 1.35 1.05 0.42 0.28 0.66 0.21 0.14 0.11 0.14
C2 0.68 1.36 0.50 0.44 1.21 0.45 1.47 0.50 1.66 1.13 1.59 1.15 1.86 1.42 1.00 0.31 0.18 0.60 0.19 0.14 0.11 0.14
C2' 0.69 1.38 0.56 0.53 1.18 0.50 1.37 0.55 1.57 1.04 1.57 1.17 1.71 1.27 0.96 0.35 0.31 0.61 0.20 0.14 0.13 0.15
C3' 0.62 1.17 0.52 0.53 1.02 0.50 1.17 0.55 1.32 0.92 1.32 1.01 1.43 1.10 0.85 0.33 0.35 0.57 0.21 0.15 0.15 0.16
C4 0.57 1.06 0.38 0.33 1.01 0.38 1.24 0.46 1.35 1.03 1.25 0.91 1.51 1.27 0.86 0.22 0.12 0.52 0.17 0.14 0.11 0.14
C4' 0.68 1.22 0.60 0.57 1.06 0.53 1.16 0.55 1.29 0.91 1.32 1.08 1.35 1.06 0.88 0.43 0.39 0.61 0.23 0.15 0.13 0.15
C5 0.60 1.02 0.41 0.38 1.00 0.43 1.20 0.51 1.28 1.03 1.18 0.91 1.39 1.22 0.88 0.25 0.12 0.57 0.19 0.14 0.12 0.14
C5' 0.61 0.94 0.56 0.56 0.86 0.53 0.92 0.54 0.99 0.76 1.00 0.87 1.02 0.86 0.75 0.42 0.43 0.57 0.26 0.20 0.18 0.20
C6 0.69 1.19 0.51 0.47 1.14 0.49 1.32 0.54 1.42 1.08 1.35 1.06 1.52 1.29 0.98 0.32 0.18 0.62 0.21 0.15 0.12 0.15
N1 0.72 1.36 0.54 0.49 1.23 0.49 1.45 0.53 1.62 1.12 1.56 1.18 1.76 1.37 1.02 0.35 0.22 0.63 0.20 0.14 0.11 0.14
N3 0.62 1.22 0.43 0.38 1.11 0.40 1.37 0.47 1.54 1.09 1.44 1.04 1.74 1.36 0.93 0.25 0.14 0.55 0.18 0.14 0.11 0.14
N4 0.47 0.91 0.30 0.26 0.87 0.30 1.09 0.39 1.20 0.93 1.09 0.78 1.36 1.14 0.75 0.17 0.14 0.44 0.16 0.15 0.12 0.14
O2 0.70 1.46 0.52 0.46 1.26 0.46 1.53 0.50 1.77 1.16 1.71 1.22 1.99 1.46 1.03 0.33 0.20 0.61 0.19 0.14 0.11 0.14
O2' 0.73 1.50 0.61 0.55 1.23 0.52 1.41 0.55 1.65 1.06 1.69 1.26 1.79 1.30 1.00 0.42 0.34 0.63 0.20 0.14 0.12 0.14
O3' 0.58 1.10 0.50 0.53 0.95 0.50 1.10 0.56 1.24 0.86 1.24 0.94 1.36 1.04 0.79 0.32 0.40 0.54 0.22 0.16 0.17 0.18
O4' 0.78 1.44 0.66 0.57 1.24 0.56 1.36 0.56 1.52 1.04 1.56 1.27 1.57 1.23 1.02 0.49 0.34 0.68 0.24 0.16 0.12 0.15
O5' 0.76 0.87 0.68 0.81 0.94 0.82 1.05 0.91 1.07 1.01 0.98 0.84 1.13 1.09 0.91 0.49 0.69 0.81 0.58 0.58 0.56 0.57
OP1 0.47 0.38 0.46 0.58 0.43 0.66 0.47 0.69 0.48 0.49 0.43 0.39 0.52 0.50 0.46 0.49 0.70 0.57 0.50 0.49 0.50 0.45
OP2 0.85 0.58 0.73 0.98 0.79 1.15 0.88 1.32 0.81 1.02 0.66 0.63 0.86 1.01 0.89 0.62 0.95 1.04 1.04 1.10 1.13 1.07
P 0.70 0.55 0.63 0.83 0.68 0.90 0.75 0.98 0.71 0.81 0.61 0.57 0.75 0.82 0.74 0.55 0.85 0.82 0.70 0.71 0.71 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.12 0.24 0.18
C2 0.03 0.00 0.08 0.17 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.19 0.03 0.26 0.24 0.47 0.36
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.11 0.06
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.17 0.09 0.18 0.14 0.18 0.12 0.08 0.02 0.01 0.01 0.15 0.18 0.09 0.12
C4 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.29 0.25 0.47 0.37
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.09 0.11 0.07 0.14 0.12 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.13 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.16 0.02 0.38 0.35 0.62 0.49
C5' 0.03 0.17 0.02 0.01 0.16 0.01 0.21 0.00 0.24 0.18 0.21 0.14 0.27 0.22 0.13 0.04 0.04 0.01 0.01 0.17 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.19 0.03 0.39 0.37 0.66 0.52
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.41 0.34 0.58 0.48
N1 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.20 0.03 0.33 0.31 0.58 0.45
N3 0.02 0.00 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.15 0.03 0.23 0.20 0.39 0.30
N6 0.03 0.02 0.07 0.18 0.02 0.14 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.21 0.04 0.44 0.44 0.76 0.60
N7 0.01 0.02 0.05 0.12 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.44 0.41 0.69 0.56
N9 0.00 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.29 0.22 0.42 0.34
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.09 0.06 0.04 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.14 0.09 0.07
O3' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.04 0.19 0.09 0.20 0.15 0.21 0.13 0.07 0.05 0.00 0.01 0.32 0.29 0.19 0.27
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.22 0.12 0.26 0.19
O5' 0.16 0.26 0.06 0.15 0.29 0.02 0.38 0.01 0.39 0.41 0.33 0.23 0.44 0.44 0.29 0.08 0.32 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.24 0.11 0.18 0.25 0.13 0.35 0.17 0.37 0.34 0.31 0.20 0.44 0.41 0.22 0.14 0.29 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.47 0.11 0.09 0.47 0.15 0.62 0.21 0.66 0.58 0.58 0.39 0.76 0.69 0.42 0.09 0.19 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.06 0.12 0.37 0.03 0.49 0.01 0.52 0.48 0.45 0.30 0.60 0.56 0.34 0.07 0.27 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00