ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52252

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 10, 8, 8, 5, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.013, 0.037, 0.060, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.037 std_dev=0.024
OP2 B 0, 0.095, 0.220, 0.345, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.220 std_dev=0.125
O4' A 0, 0.033, 0.181, 0.329, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.181 std_dev=0.148
C2' A 0, 0.032, 0.180, 0.328, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.180 std_dev=0.148
C4' A 0, 0.030, 0.184, 0.338, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.184 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.023, 0.182, 0.340, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.182 std_dev=0.158
P B 0, 0.106, 0.271, 0.437, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.271 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.112, 0.282, 0.452, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.282 std_dev=0.170
O3' B 0, 0.142, 0.338, 0.535, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.338 std_dev=0.197
OP1 B 0, 0.149, 0.357, 0.565, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.357 std_dev=0.208
C3' B 0, 0.110, 0.325, 0.541, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.325 std_dev=0.215
O5' A 0, 0.042, 0.262, 0.482, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.262 std_dev=0.220
N7 B 0, 0.018, 0.248, 0.478, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.248 std_dev=0.230
C8 B 0, 0.012, 0.254, 0.495, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.254 std_dev=0.242
C5' A 0, 0.081, 0.330, 0.579, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.330 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.090, 0.346, 0.603, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.346 std_dev=0.257
O2' A 0, 0.044, 0.308, 0.572, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.308 std_dev=0.264
C4' B 0, 0.082, 0.354, 0.626, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.354 std_dev=0.272
C5 B 0, 0.044, 0.329, 0.613, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.329 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.078, 0.365, 0.652, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.365 std_dev=0.287
O3' A 0, -0.088, 0.204, 0.497, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.204 std_dev=0.293
N9 B 0, 0.030, 0.326, 0.623, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.326 std_dev=0.297
N6 B 0, 0.120, 0.417, 0.715, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.417 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.092, 0.405, 0.718, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.405 std_dev=0.313
P A 0, -0.009, 0.307, 0.624, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.307 std_dev=0.316
O4' B 0, 0.051, 0.368, 0.686, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.368 std_dev=0.318
C4 B 0, 0.044, 0.369, 0.694, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.369 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.039, 0.365, 0.692, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.365 std_dev=0.327
O2' B 0, 0.089, 0.435, 0.781, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.435 std_dev=0.346
N1 B 0, 0.122, 0.496, 0.871, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.496 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.079, 0.464, 0.850, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.464 std_dev=0.386
OP1 A 0, 0.044, 0.431, 0.818, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.431 std_dev=0.387
C2 B 0, 0.113, 0.516, 0.919, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.516 std_dev=0.403
OP2 A 0, 0.029, 0.433, 0.837, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.433 std_dev=0.404

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.00 0.06 0.08 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.17 0.07 0.12 0.13 0.10 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.16 0.12 0.22 0.17
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.11 0.02 0.10 0.10 0.10 0.08
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.05 0.09 0.10 0.14 0.10
C5' 0.03 0.12 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.11 0.07 0.17 0.04 0.07 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.06 0.09 0.11 0.13 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.08 0.09 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.15 0.05 0.12 0.13 0.10 0.10
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.10 0.02 0.10 0.11 0.11 0.08
O2 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.21 0.13 0.16 0.18 0.13 0.14
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.08 0.04 0.13 0.04 0.13 0.05 0.07 0.09 0.12 0.00 0.06 0.02 0.16 0.11 0.27 0.18
O3' 0.14 0.17 0.04 0.01 0.11 0.02 0.06 0.07 0.06 0.12 0.15 0.10 0.21 0.06 0.00 0.10 0.09 0.09 0.13 0.08
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.13 0.02 0.10 0.00 0.09 0.14 0.09 0.11
O5' 0.06 0.12 0.16 0.07 0.10 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.12 0.10 0.16 0.16 0.09 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.13 0.12 0.06 0.10 0.08 0.10 0.06 0.11 0.09 0.13 0.11 0.18 0.11 0.09 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.22 0.10 0.10 0.05 0.14 0.08 0.13 0.08 0.10 0.11 0.13 0.27 0.13 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.17 0.07 0.08 0.03 0.10 0.01 0.11 0.06 0.10 0.08 0.14 0.18 0.08 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.11 0.09 0.09
C2 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09
C2' 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.13 0.11 0.14 0.11 0.11
C3' 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.14 0.11 0.12
C4 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10
C4' 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10
C5 0.11 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09
C5' 0.11 0.12 0.09 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.13 0.12 0.14 0.10 0.11 0.10 0.07 0.12 0.10 0.15 0.11 0.12
C6 0.11 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.12 0.08 0.12 0.09 0.09
N1 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.11 0.09 0.09
N3 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11
N4 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.08 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12
O2 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09 0.13 0.10 0.10 0.10 0.10
O2' 0.15 0.12 0.14 0.14 0.12 0.16 0.12 0.16 0.12 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.15 0.15 0.16 0.17 0.25 0.20 0.19
O3' 0.17 0.18 0.14 0.13 0.17 0.14 0.16 0.12 0.18 0.16 0.19 0.18 0.19 0.15 0.17 0.16 0.11 0.17 0.11 0.15 0.12 0.12
O4' 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09
O5' 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.10 0.14 0.12 0.15 0.13 0.13
OP1 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.09 0.14 0.11 0.11
OP2 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.14 0.11 0.12 0.18 0.13 0.14
P 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.14 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03 0.07 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.08 0.10 0.07
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07
N1 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
N3 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.03 0.07 0.07 0.08 0.07
N6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.10 0.06 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.07
O5' 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.05 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.04 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.07 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.04 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00