ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52253

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 2, 4, 5, 11, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.006, 0.009, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.008, 0.014, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.020, 0.034, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.018
O3' A 0, 0.159, 0.221, 0.283, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.221 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.080, 0.143, 0.207, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.143 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.074, 0.143, 0.212, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.143 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.144, 0.216, 0.289, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.216 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.119, 0.201, 0.284, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.201 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.118, 0.233, 0.349, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.233 std_dev=0.116
C5' A 0, 0.242, 0.394, 0.547, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.394 std_dev=0.153
P B 0, 0.240, 0.416, 0.592, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.416 std_dev=0.176
O5' A 0, 0.340, 0.529, 0.718, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.529 std_dev=0.189
OP1 B 0, 0.217, 0.413, 0.609, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.413 std_dev=0.196
O5' B 0, 0.345, 0.552, 0.758, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.552 std_dev=0.206
C5' B 0, 0.400, 0.610, 0.820, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.610 std_dev=0.210
OP2 B 0, 0.316, 0.544, 0.771, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.544 std_dev=0.228
P A 0, 0.380, 0.614, 0.849, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.614 std_dev=0.235
C4' B 0, 0.450, 0.687, 0.923, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.687 std_dev=0.236
OP2 A 0, 0.294, 0.539, 0.784, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.539 std_dev=0.245
OP1 A 0, 0.492, 0.757, 1.021, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.757 std_dev=0.265
O4' B 0, 0.484, 0.752, 1.019, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.752 std_dev=0.268
C3' B 0, 0.507, 0.815, 1.122, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.815 std_dev=0.307
O3' B 0, 0.510, 0.829, 1.148, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.829 std_dev=0.319
C1' B 0, 0.546, 0.890, 1.233, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.890 std_dev=0.343
C2' B 0, 0.580, 0.958, 1.336, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.958 std_dev=0.378
N9 B 0, 0.596, 0.989, 1.382, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.989 std_dev=0.393
C8 B 0, 0.610, 1.021, 1.432, 1.712 max_d=1.712 avg_d=1.021 std_dev=0.411
C4 B 0, 0.639, 1.082, 1.525, 1.754 max_d=1.754 avg_d=1.082 std_dev=0.443
N3 B 0, 0.656, 1.105, 1.553, 1.823 max_d=1.823 avg_d=1.105 std_dev=0.448
N7 B 0, 0.654, 1.120, 1.586, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.120 std_dev=0.466
O2' B 0, 0.639, 1.115, 1.591, 1.905 max_d=1.905 avg_d=1.115 std_dev=0.476
C5 B 0, 0.672, 1.158, 1.643, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.158 std_dev=0.486
C2 B 0, 0.706, 1.200, 1.693, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.200 std_dev=0.493
N1 B 0, 0.739, 1.277, 1.816, 2.220 max_d=2.220 avg_d=1.277 std_dev=0.539
C6 B 0, 0.721, 1.260, 1.800, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.260 std_dev=0.539
N6 B 0, 0.758, 1.350, 1.941, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.350 std_dev=0.591

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.09 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.08 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.08 0.09 0.12 0.09
C5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.08 0.11 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.09 0.13 0.08
O2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.06 0.10 0.00 0.03 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
O3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04
O5' 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.05 0.09 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.09 0.05 0.12 0.02 0.12 0.01 0.11 0.08 0.10 0.13 0.07 0.13 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.08 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.08 0.05 0.10 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.09 0.09 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.15 0.15 0.07 0.09 0.11 0.05 0.05
C2 0.13 0.09 0.13 0.13 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.18 0.20 0.10 0.11 0.13 0.08 0.08
C2' 0.09 0.07 0.08 0.09 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.13 0.15 0.07 0.09 0.10 0.05 0.05
C3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.13 0.14 0.07 0.09 0.10 0.06 0.05
C4 0.13 0.11 0.13 0.14 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.17 0.20 0.12 0.11 0.12 0.07 0.07
C4' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.14 0.14 0.07 0.09 0.11 0.07 0.06
C5 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.13 0.15 0.09 0.09 0.10 0.05 0.05
C5' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.13 0.13 0.08 0.08 0.11 0.09 0.06
C6 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.12 0.14 0.07 0.09 0.10 0.06 0.05
N1 0.10 0.08 0.10 0.10 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.15 0.17 0.08 0.10 0.11 0.06 0.05
N3 0.14 0.11 0.14 0.15 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09 0.12 0.12 0.19 0.22 0.12 0.12 0.14 0.09 0.09
N4 0.15 0.13 0.15 0.16 0.13 0.15 0.13 0.11 0.12 0.15 0.12 0.13 0.12 0.14 0.14 0.18 0.21 0.14 0.13 0.13 0.10 0.09
O2 0.14 0.09 0.14 0.15 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08 0.09 0.08 0.11 0.11 0.21 0.22 0.10 0.12 0.15 0.09 0.09
O2' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.05 0.08 0.06 0.10 0.06 0.10 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.12 0.15 0.08 0.10 0.11 0.08 0.07
O3' 0.09 0.08 0.09 0.09 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.15 0.16 0.07 0.09 0.11 0.06 0.05
O4' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.15 0.14 0.07 0.09 0.11 0.07 0.05
O5' 0.08 0.11 0.08 0.09 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.06 0.10 0.09 0.08 0.05 0.05 0.11 0.15 0.07 0.10 0.08 0.07 0.04
OP1 0.08 0.09 0.08 0.09 0.05 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.09 0.06 0.09 0.13 0.08 0.07 0.08 0.10 0.05
OP2 0.12 0.13 0.12 0.13 0.10 0.13 0.10 0.14 0.11 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.12 0.16 0.13 0.11 0.09 0.12 0.09
P 0.08 0.11 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.06 0.09 0.13 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.07 0.13 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.16 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.10 0.15 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.10 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.15 0.05
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.14 0.05
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.15 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.10 0.07 0.13 0.05
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.15 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.16 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.07 0.14 0.05
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.10 0.07 0.13 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.14 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.12 0.17 0.08
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.11 0.07 0.04
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.02
O5' 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.04 0.04 0.07 0.10 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.06 0.10 0.10 0.06 0.08 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.12 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.16 0.15 0.10 0.15 0.08 0.14 0.09 0.15 0.13 0.15 0.16 0.14 0.13 0.14 0.17 0.07 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00