ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52254

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 3, 3, 2, 3, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.016, 0.030, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.021, 0.043, 0.065, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.043 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.023, 0.057, 0.091, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.057 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.019, 0.059, 0.099, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.059 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.045, 0.108, 0.172, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.108 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.056, 0.122, 0.188, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.122 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.031, 0.098, 0.166, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.098 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.052, 0.152, 0.252, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.152 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.095, 0.199, 0.303, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.199 std_dev=0.104
P B 0, 0.226, 0.457, 0.687, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.457 std_dev=0.231
OP1 B 0, 0.229, 0.508, 0.786, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.508 std_dev=0.278
O5' A 0, 0.022, 0.305, 0.589, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.305 std_dev=0.284
P A 0, 0.201, 0.562, 0.922, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.562 std_dev=0.360
C4' B 0, 0.313, 0.676, 1.038, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.676 std_dev=0.362
C5' B 0, 0.255, 0.645, 1.035, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.645 std_dev=0.390
C3' B 0, 0.299, 0.689, 1.079, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.689 std_dev=0.390
OP2 B 0, 0.292, 0.684, 1.076, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.684 std_dev=0.392
O5' B 0, 0.244, 0.638, 1.031, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.638 std_dev=0.394
C2' B 0, 0.277, 0.674, 1.071, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.674 std_dev=0.397
OP1 A 0, 0.181, 0.610, 1.039, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.610 std_dev=0.429
OP2 A 0, 0.326, 0.818, 1.311, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.818 std_dev=0.492
C1' B 0, 0.278, 0.789, 1.300, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.789 std_dev=0.511
O2' B 0, 0.360, 0.910, 1.459, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.910 std_dev=0.549
O4' B 0, 0.203, 0.767, 1.330, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.767 std_dev=0.563
O3' B 0, 0.334, 0.924, 1.514, 2.419 max_d=2.419 avg_d=0.924 std_dev=0.590
N9 B 0, 0.235, 0.874, 1.513, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.874 std_dev=0.639
C8 B 0, 0.183, 0.876, 1.570, 2.571 max_d=2.571 avg_d=0.876 std_dev=0.693
C4 B 0, 0.248, 0.996, 1.743, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.996 std_dev=0.748
N3 B 0, 0.309, 1.067, 1.825, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.067 std_dev=0.758
N7 B 0, 0.158, 0.990, 1.822, 3.086 max_d=3.086 avg_d=0.990 std_dev=0.832
C5 B 0, 0.195, 1.058, 1.922, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.058 std_dev=0.863
C2 B 0, 0.308, 1.192, 2.075, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.192 std_dev=0.883
C6 B 0, 0.196, 1.193, 2.191, 3.600 max_d=3.600 avg_d=1.193 std_dev=0.998
N1 B 0, 0.252, 1.252, 2.253, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.252 std_dev=1.001
N6 B 0, 0.149, 1.282, 2.415, 4.135 max_d=4.135 avg_d=1.282 std_dev=1.133

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.19 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.12 0.10 0.24 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.10 0.12 0.12 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.16 0.17 0.12 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.20 0.20 0.30 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.21 0.21 0.30 0.23
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.07 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.18 0.15 0.25 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.11 0.09 0.22 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.16 0.15 0.27 0.19
N4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.22 0.24 0.33 0.25
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.02 0.08 0.06 0.22 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.08 0.00 0.04 0.03 0.04 0.12 0.14 0.03
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.04 0.00 0.01 0.18 0.27 0.20 0.18
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.04 0.23 0.11
O5' 0.04 0.12 0.10 0.16 0.20 0.01 0.21 0.01 0.18 0.11 0.16 0.22 0.08 0.04 0.18 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.10 0.12 0.17 0.20 0.06 0.21 0.05 0.15 0.09 0.15 0.24 0.06 0.12 0.27 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.24 0.12 0.12 0.30 0.15 0.30 0.14 0.25 0.22 0.27 0.33 0.22 0.14 0.20 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.05 0.11 0.22 0.02 0.23 0.01 0.18 0.13 0.19 0.25 0.12 0.03 0.18 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.29 0.14 0.16 0.25 0.16 0.28 0.20 0.31 0.24 0.31 0.26 0.35 0.27 0.23 0.37 0.21 0.22 0.20 0.18 0.31 0.19
C2 0.28 0.29 0.16 0.20 0.27 0.20 0.28 0.23 0.30 0.27 0.30 0.28 0.32 0.28 0.27 0.35 0.27 0.29 0.23 0.17 0.34 0.18
C2' 0.23 0.32 0.16 0.17 0.27 0.16 0.31 0.18 0.35 0.25 0.35 0.29 0.40 0.30 0.24 0.32 0.20 0.22 0.17 0.18 0.31 0.19
C3' 0.20 0.33 0.14 0.16 0.26 0.15 0.31 0.16 0.37 0.23 0.37 0.28 0.42 0.30 0.22 0.34 0.19 0.18 0.15 0.16 0.30 0.18
C4 0.28 0.29 0.17 0.20 0.26 0.20 0.27 0.21 0.29 0.25 0.29 0.28 0.30 0.26 0.26 0.34 0.26 0.28 0.21 0.17 0.34 0.20
C4' 0.18 0.31 0.11 0.13 0.24 0.13 0.29 0.16 0.35 0.21 0.35 0.26 0.40 0.27 0.19 0.40 0.17 0.16 0.16 0.15 0.30 0.17
C5 0.23 0.28 0.16 0.18 0.24 0.17 0.26 0.19 0.30 0.22 0.30 0.26 0.33 0.26 0.22 0.35 0.22 0.21 0.19 0.19 0.31 0.20
C5' 0.16 0.31 0.10 0.11 0.23 0.10 0.29 0.14 0.36 0.20 0.36 0.25 0.42 0.27 0.17 0.45 0.15 0.13 0.14 0.13 0.29 0.16
C6 0.22 0.29 0.15 0.17 0.24 0.16 0.27 0.19 0.31 0.23 0.31 0.26 0.35 0.27 0.22 0.36 0.21 0.20 0.18 0.19 0.31 0.20
N1 0.24 0.28 0.15 0.17 0.25 0.17 0.27 0.20 0.30 0.24 0.30 0.26 0.34 0.26 0.23 0.36 0.22 0.23 0.20 0.18 0.32 0.19
N3 0.31 0.30 0.17 0.21 0.29 0.22 0.29 0.24 0.30 0.29 0.31 0.30 0.32 0.29 0.29 0.34 0.30 0.32 0.24 0.16 0.35 0.19
N4 0.31 0.30 0.18 0.22 0.28 0.22 0.28 0.22 0.29 0.26 0.30 0.30 0.30 0.26 0.28 0.33 0.28 0.32 0.22 0.15 0.35 0.20
O2 0.31 0.30 0.17 0.22 0.30 0.22 0.31 0.26 0.32 0.30 0.31 0.30 0.34 0.31 0.30 0.35 0.31 0.33 0.25 0.16 0.34 0.18
O2' 0.24 0.32 0.16 0.18 0.28 0.17 0.32 0.19 0.36 0.27 0.36 0.29 0.41 0.31 0.26 0.32 0.22 0.24 0.18 0.19 0.32 0.20
O3' 0.20 0.34 0.16 0.17 0.27 0.17 0.32 0.17 0.39 0.24 0.39 0.29 0.45 0.31 0.22 0.32 0.20 0.18 0.16 0.17 0.31 0.19
O4' 0.20 0.29 0.12 0.15 0.24 0.14 0.27 0.19 0.32 0.21 0.32 0.25 0.37 0.26 0.20 0.41 0.19 0.18 0.19 0.18 0.30 0.18
O5' 0.30 0.44 0.21 0.14 0.38 0.17 0.43 0.18 0.49 0.35 0.49 0.39 0.54 0.42 0.33 0.53 0.15 0.26 0.19 0.22 0.25 0.19
OP1 0.27 0.47 0.24 0.21 0.38 0.20 0.45 0.17 0.53 0.34 0.53 0.40 0.59 0.43 0.31 0.54 0.23 0.25 0.17 0.18 0.28 0.18
OP2 0.29 0.44 0.26 0.23 0.37 0.22 0.41 0.21 0.47 0.33 0.48 0.39 0.52 0.39 0.32 0.55 0.24 0.27 0.21 0.21 0.30 0.22
P 0.25 0.40 0.20 0.14 0.33 0.14 0.38 0.13 0.44 0.29 0.45 0.34 0.50 0.36 0.27 0.55 0.14 0.21 0.15 0.18 0.27 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.00 0.08 0.27 0.13 0.24
C2 0.01 0.00 0.18 0.09 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.25 0.09 0.19 0.25 0.20 0.23
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.17 0.06 0.13 0.13 0.18 0.04 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.09 0.17 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.15 0.11 0.07 0.15 0.16 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.13 0.06
C4 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.18 0.06 0.21 0.21 0.23 0.22
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.20 0.02 0.00 0.01 0.11 0.09 0.10
C5 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.13 0.04 0.28 0.18 0.30 0.22
C5' 0.08 0.12 0.17 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.19 0.21 0.15 0.10 0.21 0.22 0.14 0.05 0.20 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.15 0.05 0.29 0.19 0.30 0.22
C8 0.01 0.00 0.13 0.15 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.11 0.04 0.29 0.17 0.31 0.22
N1 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.02 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.20 0.08 0.25 0.22 0.25 0.22
N3 0.01 0.00 0.18 0.07 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.26 0.09 0.16 0.26 0.18 0.24
N6 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.05 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.12 0.04 0.34 0.18 0.35 0.22
N7 0.01 0.00 0.09 0.16 0.00 0.06 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.11 0.02 0.33 0.17 0.35 0.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.15 0.01 0.20 0.21 0.23 0.22
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.10 0.20 0.19 0.05 0.17 0.26 0.12 0.15 0.22 0.28 0.14 0.00 0.03 0.11 0.17 0.37 0.08 0.23
O3' 0.24 0.25 0.02 0.00 0.18 0.02 0.13 0.20 0.15 0.11 0.20 0.26 0.12 0.11 0.15 0.03 0.00 0.16 0.15 0.14 0.06 0.14
O4' 0.00 0.09 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.07 0.26 0.20 0.29
O5' 0.08 0.19 0.13 0.01 0.21 0.01 0.28 0.01 0.29 0.29 0.25 0.16 0.34 0.33 0.20 0.17 0.15 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.25 0.09 0.09 0.21 0.11 0.18 0.01 0.19 0.17 0.22 0.26 0.18 0.17 0.21 0.37 0.14 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.20 0.17 0.13 0.23 0.09 0.30 0.08 0.30 0.31 0.25 0.18 0.35 0.35 0.23 0.08 0.06 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.23 0.04 0.06 0.22 0.10 0.22 0.01 0.22 0.22 0.22 0.24 0.22 0.22 0.22 0.23 0.14 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00