ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52255

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 9, 8, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.025, 0.043, 0.061, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.043 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.020, 0.042, 0.064, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.039, 0.085, 0.132, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.085 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.031, 0.080, 0.128, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.080 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.043, 0.112, 0.181, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.112 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.060, 0.147, 0.234, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.147 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.054, 0.142, 0.230, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.142 std_dev=0.088
P B 0, 0.167, 0.264, 0.361, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.264 std_dev=0.097
OP2 B 0, 0.186, 0.285, 0.384, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.285 std_dev=0.099
O5' B 0, 0.158, 0.279, 0.400, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.279 std_dev=0.121
OP1 B 0, 0.140, 0.262, 0.384, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.262 std_dev=0.122
C3' B 0, 0.190, 0.312, 0.435, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.312 std_dev=0.123
C5' B 0, 0.195, 0.318, 0.441, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.318 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.089, 0.212, 0.335, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.212 std_dev=0.123
C4' B 0, 0.174, 0.298, 0.422, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.298 std_dev=0.124
C2' B 0, 0.207, 0.337, 0.468, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.337 std_dev=0.130
O2' B 0, 0.255, 0.388, 0.522, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.388 std_dev=0.133
C5' A 0, 0.092, 0.232, 0.372, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.232 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.093, 0.235, 0.378, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.235 std_dev=0.142
O4' B 0, 0.175, 0.318, 0.461, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.318 std_dev=0.143
C1' B 0, 0.187, 0.339, 0.491, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.339 std_dev=0.152
OP2 A 0, 0.130, 0.297, 0.464, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.297 std_dev=0.167
P A 0, 0.112, 0.279, 0.446, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.279 std_dev=0.167
C8 B 0, 0.228, 0.398, 0.569, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.398 std_dev=0.171
OP1 A 0, 0.132, 0.303, 0.475, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.303 std_dev=0.172
N9 B 0, 0.201, 0.376, 0.551, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.376 std_dev=0.175
N7 B 0, 0.245, 0.446, 0.646, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.446 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.249, 0.450, 0.651, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.450 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.218, 0.420, 0.623, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.420 std_dev=0.203
C5 B 0, 0.241, 0.460, 0.679, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.460 std_dev=0.219
C2 B 0, 0.297, 0.518, 0.739, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.518 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.306, 0.555, 0.803, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.555 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.274, 0.527, 0.780, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.527 std_dev=0.253
N6 B 0, 0.299, 0.584, 0.868, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.584 std_dev=0.284
O3' B 0, 0.113, 0.402, 0.692, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.402 std_dev=0.290

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.08 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.09 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.08 0.09 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.08 0.10 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.07 0.09 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.07 0.07 0.06
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.13 0.09 0.10 0.10
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.05 0.09 0.07 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.09 0.09 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.05 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.10 0.08 0.06
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.13 0.05 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.03 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.10 0.02 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.03 0.04 0.08 0.03 0.09 0.01 0.06 0.04 0.06 0.10 0.04 0.05 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.12 0.11 0.16 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.23 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11
C2 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.17 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.18 0.13 0.14 0.12 0.15 0.12
C2' 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.12 0.10 0.17 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.12 0.10 0.10 0.20 0.10 0.14 0.12 0.14 0.12
C3' 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.15 0.09 0.12 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.08 0.20 0.09 0.12 0.12 0.13 0.11
C4 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.13 0.10 0.18 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.14 0.11 0.15 0.13 0.15 0.13
C4' 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.10 0.10 0.14 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.08 0.24 0.09 0.12 0.13 0.12 0.11
C5 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.13 0.09 0.17 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.15 0.10 0.14 0.12 0.13 0.12
C5' 0.06 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.08 0.24 0.09 0.12 0.16 0.13 0.13
C6 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.17 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.18 0.10 0.14 0.12 0.13 0.12
N1 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.17 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.19 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12
N3 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.11 0.18 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.15 0.12 0.15 0.13 0.16 0.13
N4 0.11 0.12 0.13 0.14 0.11 0.14 0.11 0.18 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.13 0.15 0.11 0.16 0.15 0.16 0.14
O2 0.13 0.14 0.12 0.12 0.14 0.14 0.13 0.17 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.19 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13
O2' 0.10 0.12 0.09 0.09 0.11 0.12 0.12 0.16 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.11 0.10 0.23 0.11 0.14 0.13 0.15 0.12
O3' 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.15 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.12 0.08 0.07 0.20 0.09 0.12 0.12 0.12 0.11
O4' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.11 0.12 0.14 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.13 0.11 0.09 0.25 0.10 0.12 0.13 0.12 0.11
O5' 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.11 0.08 0.13 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.22 0.08 0.13 0.18 0.15 0.14
OP1 0.07 0.10 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.16 0.06 0.10 0.16 0.11 0.11
OP2 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.07 0.12 0.13 0.09 0.10 0.25 0.11 0.13 0.18 0.13 0.14
P 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.10 0.06 0.06 0.20 0.07 0.10 0.17 0.12 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.03 0.09 0.03 0.02
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.25 0.05 0.04 0.11 0.05 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.04 0.08 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.08 0.05
C4 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.19 0.03 0.04 0.10 0.04 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.02 0.04 0.11 0.05 0.05
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.18 0.03 0.04 0.11 0.05 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.05 0.10 0.05 0.05
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.22 0.04 0.04 0.11 0.05 0.05
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.25 0.05 0.04 0.11 0.04 0.05
N6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.16 0.03 0.05 0.12 0.06 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.06 0.11 0.06 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.04 0.10 0.04 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.07 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.12 0.01 0.06 0.04 0.10 0.06
O3' 0.17 0.25 0.07 0.00 0.19 0.04 0.15 0.08 0.18 0.08 0.22 0.25 0.16 0.09 0.14 0.12 0.00 0.13 0.19 0.16 0.28 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.13 0.00 0.01 0.11 0.03 0.05
O5' 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.11 0.04 0.06 0.10 0.07 0.11 0.03 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.04 0.16 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.08 0.08 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.10 0.28 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.21 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00