ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52256

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 2, 2, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.029, 0.069, 0.109, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.069 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.026, 0.084, 0.143, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.084 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.251, 0.576, 0.901, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.576 std_dev=0.325
P B 0, 0.375, 0.733, 1.092, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.733 std_dev=0.359
C2' A 0, 0.247, 0.621, 0.994, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.621 std_dev=0.373
OP1 B 0, 0.388, 0.768, 1.148, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.768 std_dev=0.380
OP2 B 0, 0.441, 0.842, 1.243, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.842 std_dev=0.401
C4' A 0, 0.407, 0.831, 1.254, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.831 std_dev=0.424
C3' A 0, 0.404, 0.844, 1.283, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.844 std_dev=0.440
C5' A 0, 0.721, 1.342, 1.962, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.342 std_dev=0.621
O3' A 0, 0.478, 1.123, 1.768, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.123 std_dev=0.645
O5' B 0, 0.916, 1.572, 2.228, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.572 std_dev=0.656
O2' A 0, 0.265, 0.942, 1.618, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.942 std_dev=0.677
O5' A 0, 1.166, 1.982, 2.798, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.982 std_dev=0.816
O3' B 0, 1.595, 2.616, 3.637, 3.674 max_d=3.674 avg_d=2.616 std_dev=1.021
C5' B 0, 1.638, 2.723, 3.808, 3.590 max_d=3.590 avg_d=2.723 std_dev=1.085
C3' B 0, 1.481, 2.669, 3.856, 4.119 max_d=4.119 avg_d=2.669 std_dev=1.187
P A 0, 1.601, 2.897, 4.193, 4.024 max_d=4.024 avg_d=2.897 std_dev=1.296
C4' B 0, 2.127, 3.612, 5.098, 4.942 max_d=4.942 avg_d=3.612 std_dev=1.486
OP1 A 0, 1.926, 3.476, 5.025, 5.519 max_d=5.519 avg_d=3.476 std_dev=1.550
OP2 A 0, 2.011, 3.675, 5.338, 5.644 max_d=5.644 avg_d=3.675 std_dev=1.663
C2' B 0, 2.716, 4.872, 7.029, 6.859 max_d=6.859 avg_d=4.872 std_dev=2.156
O4' B 0, 2.986, 5.244, 7.501, 7.175 max_d=7.175 avg_d=5.244 std_dev=2.257
O2' B 0, 3.374, 6.002, 8.629, 8.306 max_d=8.306 avg_d=6.002 std_dev=2.627
C1' B 0, 3.360, 6.015, 8.670, 8.270 max_d=8.270 avg_d=6.015 std_dev=2.655
C8 B 0, 3.416, 6.101, 8.787, 8.129 max_d=8.129 avg_d=6.101 std_dev=2.685
N9 B 0, 3.775, 6.777, 9.779, 9.139 max_d=9.139 avg_d=6.777 std_dev=3.002
N7 B 0, 4.107, 7.353, 10.598, 9.587 max_d=9.587 avg_d=7.353 std_dev=3.245
C4 B 0, 4.737, 8.541, 12.344, 11.318 max_d=11.318 avg_d=8.541 std_dev=3.803
C5 B 0, 4.917, 8.848, 12.778, 11.540 max_d=11.540 avg_d=8.848 std_dev=3.930
N3 B 0, 5.409, 9.788, 14.168, 12.966 max_d=12.966 avg_d=9.788 std_dev=4.379
C6 B 0, 5.877, 10.598, 15.318, 13.686 max_d=13.686 avg_d=10.598 std_dev=4.721
N6 B 0, 6.199, 11.163, 16.127, 14.219 max_d=14.219 avg_d=11.163 std_dev=4.964
C2 B 0, 6.262, 11.345, 16.428, 14.889 max_d=14.889 avg_d=11.345 std_dev=5.083
N1 B 0, 6.531, 11.814, 17.098, 15.344 max_d=15.344 avg_d=11.814 std_dev=5.283

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.31 0.01 0.26 0.28 0.73 0.35
C2 0.03 0.00 0.21 0.20 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.23 0.18 0.55 0.63 1.13 0.75
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.04 0.02 0.18 0.25 0.24 0.02 0.17 0.06 0.37 0.00 0.04 0.02 0.28 0.33 0.73 0.40
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.27 0.01 0.27 0.04 0.23 0.16 0.25 0.30 0.18 0.03 0.02 0.03 0.20 0.22 0.23 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.27 0.00 0.12 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.32 0.09 0.05 0.61 0.75 1.27 0.85
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.19 0.07 0.06 0.13 0.16 0.26 0.03 0.01 0.02 0.22 0.29 0.05
C5 0.01 0.01 0.18 0.27 0.01 0.19 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.49 0.11 0.14 0.55 0.65 1.18 0.72
C5' 0.11 0.23 0.25 0.04 0.30 0.01 0.34 0.00 0.29 0.19 0.26 0.33 0.25 0.09 0.23 0.02 0.01 0.20 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.24 0.23 0.01 0.19 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.48 0.10 0.19 0.47 0.51 1.03 0.58
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.15 0.03 0.44 0.48 1.00 0.58
N3 0.02 0.01 0.17 0.25 0.00 0.06 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.17 0.14 0.62 0.74 1.25 0.87
N4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.01 0.13 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.11 0.06 0.65 0.84 1.33 0.92
O2 0.05 0.01 0.37 0.18 0.02 0.16 0.02 0.25 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.34 0.38 0.32 0.57 0.64 1.09 0.76
O2' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.32 0.26 0.49 0.09 0.48 0.19 0.15 0.35 0.34 0.00 0.08 0.16 0.18 0.24 0.58 0.15
O3' 0.31 0.23 0.04 0.02 0.09 0.03 0.11 0.23 0.10 0.15 0.17 0.11 0.38 0.08 0.00 0.21 0.34 0.49 0.37 0.34
O4' 0.01 0.18 0.02 0.03 0.05 0.01 0.14 0.02 0.19 0.03 0.14 0.06 0.32 0.16 0.21 0.00 0.23 0.24 0.59 0.25
O5' 0.26 0.55 0.28 0.20 0.61 0.02 0.55 0.01 0.47 0.44 0.62 0.65 0.57 0.18 0.34 0.23 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.28 0.63 0.33 0.22 0.75 0.22 0.65 0.20 0.51 0.48 0.74 0.84 0.64 0.24 0.49 0.24 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.73 1.13 0.73 0.23 1.27 0.29 1.18 0.30 1.03 1.00 1.25 1.33 1.09 0.58 0.37 0.59 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.75 0.40 0.13 0.85 0.05 0.72 0.02 0.58 0.58 0.87 0.92 0.76 0.15 0.34 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 1.08 0.73 0.62 0.92 0.51 1.18 0.56 1.41 0.85 1.31 0.89 1.72 1.18 0.73 0.68 0.65 0.42 0.34 0.21 0.22 0.23
C2 0.52 1.17 0.78 0.66 1.03 0.51 1.40 0.61 1.64 1.01 1.48 0.95 1.99 1.43 0.81 0.72 0.73 0.35 0.32 0.17 0.17 0.22
C2' 0.83 1.72 0.95 0.72 1.41 0.49 1.68 0.48 2.02 1.15 1.99 1.45 2.36 1.54 1.10 0.90 0.69 0.49 0.32 0.40 0.25 0.28
C3' 1.09 1.67 1.16 0.98 1.45 0.84 1.62 0.75 1.85 1.25 1.84 1.49 2.08 1.51 1.25 1.12 0.94 0.88 0.67 0.38 0.54 0.48
C4 0.36 0.69 0.61 0.57 0.66 0.51 0.97 0.62 1.08 0.77 0.91 0.56 1.32 1.11 0.53 0.56 0.64 0.39 0.33 0.16 0.19 0.24
C4' 0.71 1.02 0.79 0.67 0.90 0.63 1.04 0.60 1.19 0.82 1.15 0.92 1.38 1.02 0.79 0.76 0.66 0.64 0.47 0.26 0.36 0.33
C5 0.40 0.52 0.57 0.50 0.49 0.50 0.66 0.55 0.74 0.53 0.63 0.46 0.91 0.76 0.43 0.52 0.54 0.46 0.34 0.20 0.24 0.25
C5' 0.65 0.83 0.64 0.52 0.73 0.57 0.78 0.54 0.85 0.65 0.86 0.78 0.94 0.75 0.67 0.64 0.48 0.66 0.45 0.38 0.38 0.38
C6 0.45 0.70 0.62 0.53 0.63 0.50 0.81 0.54 0.93 0.62 0.83 0.61 1.13 0.87 0.53 0.57 0.56 0.46 0.33 0.21 0.24 0.24
N1 0.49 0.96 0.70 0.60 0.84 0.51 1.12 0.57 1.31 0.82 1.19 0.79 1.61 1.16 0.67 0.64 0.64 0.41 0.33 0.19 0.21 0.23
N3 0.47 1.08 0.75 0.65 0.99 0.51 1.38 0.63 1.57 1.03 1.38 0.88 1.89 1.46 0.78 0.69 0.74 0.33 0.32 0.15 0.17 0.23
N4 0.25 0.56 0.54 0.54 0.57 0.52 0.89 0.66 0.97 0.75 0.79 0.43 1.20 1.08 0.45 0.49 0.64 0.39 0.33 0.16 0.23 0.26
O2 0.60 1.46 0.87 0.72 1.24 0.51 1.64 0.61 1.96 1.14 1.82 1.17 2.37 1.60 0.95 0.83 0.79 0.33 0.31 0.16 0.16 0.22
O2' 0.68 1.76 0.78 0.56 1.37 0.42 1.71 0.61 2.12 1.13 2.10 1.41 2.53 1.55 1.02 0.75 0.52 0.40 0.47 0.85 0.57 0.70
O3' 1.01 1.72 1.06 0.88 1.45 0.71 1.65 0.62 1.92 1.22 1.93 1.50 2.18 1.51 1.21 1.03 0.83 0.76 0.55 0.33 0.43 0.38
O4' 0.51 0.66 0.65 0.57 0.61 0.59 0.78 0.61 0.90 0.62 0.80 0.59 1.13 0.83 0.54 0.61 0.61 0.56 0.41 0.22 0.30 0.27
O5' 0.37 0.42 0.40 0.45 0.40 0.40 0.47 0.41 0.48 0.47 0.43 0.41 0.58 0.56 0.39 0.38 0.49 0.42 0.39 0.47 0.40 0.43
OP1 0.28 0.33 0.41 0.58 0.20 0.41 0.21 0.46 0.19 0.36 0.27 0.30 0.26 0.38 0.25 0.39 0.70 0.33 0.54 0.74 0.60 0.62
OP2 0.75 0.57 0.88 1.08 0.67 0.85 0.70 0.90 0.61 0.87 0.56 0.61 0.60 0.84 0.76 0.83 1.20 0.70 1.00 1.09 1.05 1.07
P 0.30 0.31 0.44 0.61 0.27 0.39 0.29 0.43 0.24 0.42 0.26 0.30 0.27 0.43 0.31 0.40 0.71 0.30 0.53 0.66 0.58 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.13 0.49 0.20 0.17
C2 0.03 0.00 0.16 0.13 0.01 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.17 0.14 0.13 0.62 0.18 0.18
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.13 0.08 0.10 0.13 0.16 0.07 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.28 0.60 0.27 0.32
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.15 0.01 0.20 0.02 0.20 0.21 0.17 0.11 0.23 0.23 0.14 0.02 0.01 0.02 0.13 0.28 0.15 0.09
C4 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.08 0.12 0.61 0.16 0.15
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.16 0.04 0.06 0.08 0.15 0.07 0.18 0.03 0.00 0.01 0.18 0.15 0.04
C5 0.01 0.02 0.05 0.20 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.14 0.06 0.16 0.64 0.18 0.14
C5' 0.05 0.09 0.13 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.16 0.09 0.09 0.13 0.17 0.07 0.08 0.11 0.02 0.01 0.20 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.14 0.08 0.16 0.65 0.18 0.15
C8 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.16 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.21 0.17 0.11 0.21 0.62 0.18 0.11
N1 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.14 0.12 0.14 0.64 0.17 0.16
N3 0.03 0.00 0.16 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.14 0.13 0.59 0.18 0.18
N6 0.02 0.02 0.07 0.23 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.19 0.17 0.07 0.20 0.65 0.22 0.15
N7 0.02 0.02 0.07 0.23 0.01 0.15 0.00 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.19 0.08 0.23 0.64 0.24 0.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.09 0.03 0.12 0.59 0.15 0.14
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.12 0.18 0.17 0.08 0.17 0.21 0.14 0.13 0.19 0.22 0.12 0.00 0.03 0.12 0.23 0.51 0.25 0.26
O3' 0.14 0.17 0.03 0.01 0.11 0.03 0.14 0.11 0.14 0.17 0.14 0.18 0.17 0.19 0.09 0.03 0.00 0.11 0.20 0.27 0.22 0.14
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.02 0.08 0.11 0.12 0.14 0.07 0.08 0.03 0.12 0.11 0.00 0.11 0.30 0.22 0.11
O5' 0.13 0.13 0.28 0.13 0.12 0.01 0.16 0.01 0.16 0.21 0.14 0.13 0.20 0.23 0.12 0.23 0.20 0.11 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.49 0.62 0.60 0.28 0.61 0.18 0.64 0.20 0.65 0.62 0.64 0.59 0.65 0.64 0.59 0.51 0.27 0.30 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.18 0.27 0.15 0.16 0.15 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.22 0.24 0.15 0.25 0.22 0.22 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.18 0.32 0.09 0.15 0.04 0.14 0.02 0.15 0.11 0.16 0.18 0.15 0.13 0.14 0.26 0.14 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00