ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52257

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 1, 1, 1, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.019 std_dev=0.016
O2 A 0, -0.001, 0.042, 0.086, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.042 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.007, 0.060, 0.112, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.060 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.145, 0.496, 0.847, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.496 std_dev=0.351
P B 0, 0.449, 0.831, 1.214, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.831 std_dev=0.382
C2' A 0, 0.123, 0.518, 0.914, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.518 std_dev=0.395
C4' A 0, 0.236, 0.709, 1.182, 2.193 max_d=2.193 avg_d=0.709 std_dev=0.473
C3' A 0, 0.272, 0.763, 1.254, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.763 std_dev=0.491
O5' B 0, 0.399, 0.902, 1.406, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.902 std_dev=0.503
OP2 B 0, 0.543, 1.065, 1.587, 2.218 max_d=2.218 avg_d=1.065 std_dev=0.522
OP1 B 0, 0.650, 1.188, 1.725, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.188 std_dev=0.537
O3' A 0, 0.440, 1.015, 1.589, 2.456 max_d=2.456 avg_d=1.015 std_dev=0.575
O2' A 0, 0.036, 0.629, 1.223, 2.759 max_d=2.759 avg_d=0.629 std_dev=0.593
C3' B 0, 0.484, 1.100, 1.716, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.100 std_dev=0.616
O3' B 0, 0.391, 1.154, 1.917, 2.763 max_d=2.763 avg_d=1.154 std_dev=0.763
C5' B 0, 0.458, 1.224, 1.989, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.224 std_dev=0.765
C5' A 0, 0.442, 1.211, 1.980, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.211 std_dev=0.769
C2' B 0, 0.818, 1.782, 2.747, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.782 std_dev=0.965
C4' B 0, 0.290, 1.260, 2.230, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.260 std_dev=0.970
O2' B 0, 0.856, 2.033, 3.210, 4.272 max_d=4.272 avg_d=2.033 std_dev=1.177
O5' A 0, 0.682, 1.991, 3.300, 4.629 max_d=4.629 avg_d=1.991 std_dev=1.309
OP2 A 0, 0.807, 2.196, 3.586, 5.373 max_d=5.373 avg_d=2.196 std_dev=1.389
P A 0, 0.715, 2.124, 3.533, 5.599 max_d=5.599 avg_d=2.124 std_dev=1.409
C1' B 0, 0.613, 2.116, 3.619, 4.202 max_d=4.202 avg_d=2.116 std_dev=1.503
O4' B 0, 0.318, 1.994, 3.669, 4.393 max_d=4.393 avg_d=1.994 std_dev=1.676
OP1 A 0, 0.973, 2.793, 4.612, 6.650 max_d=6.650 avg_d=2.793 std_dev=1.820
N9 B 0, 0.655, 3.155, 5.654, 6.204 max_d=6.204 avg_d=3.155 std_dev=2.499
C8 B 0, 1.789, 4.596, 7.402, 7.775 max_d=7.775 avg_d=4.596 std_dev=2.806
N3 B 0, 1.564, 4.874, 8.184, 8.645 max_d=8.645 avg_d=4.874 std_dev=3.310
C4 B 0, 0.501, 3.924, 7.346, 7.989 max_d=7.989 avg_d=3.924 std_dev=3.422
N7 B 0, 1.993, 5.737, 9.481, 9.925 max_d=9.925 avg_d=5.737 std_dev=3.744
C5 B 0, 0.808, 5.009, 9.210, 9.819 max_d=9.819 avg_d=5.009 std_dev=4.201
C2 B 0, 1.845, 6.066, 10.287, 10.719 max_d=10.719 avg_d=6.066 std_dev=4.221
N1 B 0, 1.173, 6.335, 11.496, 12.117 max_d=12.117 avg_d=6.335 std_dev=5.162
C6 B 0, 0.541, 5.861, 11.181, 11.867 max_d=11.867 avg_d=5.861 std_dev=5.320
N6 B 0, 1.127, 7.202, 13.277, 13.964 max_d=13.964 avg_d=7.202 std_dev=6.075

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.24 0.30 0.33 0.23
C2 0.02 0.00 0.16 0.19 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.16 0.11 0.50 0.47 0.68 0.49
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.10 0.16 0.02 0.12 0.04 0.29 0.00 0.04 0.01 0.26 0.36 0.31 0.26
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.16 0.01 0.13 0.03 0.12 0.10 0.20 0.17 0.23 0.03 0.01 0.02 0.31 0.40 0.27 0.26
C4 0.02 0.01 0.03 0.16 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.11 0.02 0.65 0.66 0.97 0.67
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.06 0.07 0.09 0.15 0.02 0.01 0.01 0.27 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.09 0.10 0.67 0.71 0.98 0.70
C5' 0.05 0.16 0.10 0.03 0.16 0.01 0.14 0.00 0.11 0.11 0.17 0.17 0.18 0.06 0.14 0.01 0.01 0.33 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.12 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.09 0.12 0.60 0.61 0.79 0.60
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.01 0.46 0.44 0.60 0.43
N3 0.02 0.01 0.12 0.20 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.08 0.58 0.56 0.85 0.59
N4 0.02 0.01 0.04 0.17 0.00 0.07 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.14 0.03 0.70 0.74 1.09 0.75
O2 0.04 0.00 0.29 0.23 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.26 0.23 0.20 0.46 0.46 0.59 0.45
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.18 0.15 0.26 0.06 0.25 0.09 0.09 0.20 0.26 0.00 0.08 0.09 0.09 0.31 0.17 0.14
O3' 0.12 0.16 0.04 0.01 0.11 0.02 0.09 0.14 0.09 0.05 0.17 0.14 0.23 0.08 0.00 0.09 0.30 0.34 0.37 0.24
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.08 0.03 0.20 0.09 0.09 0.00 0.19 0.26 0.21 0.16
O5' 0.24 0.50 0.26 0.31 0.65 0.01 0.67 0.01 0.60 0.46 0.58 0.70 0.46 0.09 0.30 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.30 0.47 0.36 0.40 0.66 0.27 0.71 0.33 0.61 0.44 0.56 0.74 0.46 0.31 0.34 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.68 0.31 0.27 0.97 0.21 0.98 0.39 0.79 0.60 0.85 1.09 0.59 0.17 0.37 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.49 0.26 0.26 0.67 0.06 0.70 0.02 0.60 0.43 0.59 0.75 0.45 0.14 0.24 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 2.24 0.83 0.48 1.20 0.43 1.58 0.48 2.09 1.17 2.36 1.65 2.51 1.66 0.67 0.91 0.30 0.50 0.42 0.32 0.17 0.19
C2 0.19 2.33 0.83 0.45 1.34 0.50 1.81 0.53 2.34 1.26 2.53 1.71 2.79 1.87 0.77 0.91 0.28 0.55 0.48 0.31 0.19 0.21
C2' 0.40 2.74 0.94 0.53 1.64 0.34 2.06 0.49 2.67 1.38 2.97 2.06 3.13 1.98 1.01 0.90 0.30 0.26 0.41 0.35 0.22 0.25
C3' 0.52 2.65 1.00 0.64 1.56 0.39 1.89 0.50 2.44 1.38 2.77 2.03 2.83 1.88 1.00 0.95 0.46 0.37 0.38 0.35 0.25 0.20
C4 0.16 2.05 0.83 0.47 1.03 0.46 1.33 0.50 1.67 1.16 1.96 1.59 1.94 1.58 0.56 0.92 0.32 0.60 0.47 0.30 0.21 0.22
C4' 0.28 2.16 0.84 0.54 1.11 0.32 1.41 0.39 1.85 1.21 2.18 1.61 2.22 1.59 0.67 0.89 0.37 0.43 0.33 0.30 0.14 0.13
C5 0.18 1.92 0.82 0.51 0.83 0.38 1.02 0.43 1.31 1.10 1.71 1.50 1.54 1.38 0.42 0.90 0.37 0.55 0.40 0.31 0.18 0.19
C5' 0.32 1.91 0.77 0.53 0.90 0.23 1.18 0.26 1.48 1.28 1.81 1.44 1.79 1.54 0.64 0.81 0.39 0.48 0.30 0.25 0.19 0.15
C6 0.18 2.02 0.82 0.50 0.92 0.38 1.16 0.43 1.52 1.11 1.89 1.54 1.81 1.45 0.48 0.90 0.35 0.52 0.39 0.32 0.17 0.19
N1 0.18 2.20 0.83 0.48 1.15 0.43 1.51 0.48 1.98 1.17 2.26 1.63 2.37 1.65 0.64 0.91 0.31 0.53 0.43 0.31 0.17 0.20
N3 0.18 2.28 0.83 0.44 1.32 0.52 1.77 0.54 2.22 1.27 2.41 1.70 2.62 1.86 0.76 0.92 0.29 0.58 0.50 0.31 0.22 0.23
N4 0.16 1.87 0.82 0.47 0.93 0.49 1.16 0.53 1.42 1.14 1.70 1.51 1.60 1.47 0.49 0.91 0.33 0.65 0.50 0.32 0.27 0.25
O2 0.23 2.45 0.82 0.43 1.52 0.53 2.08 0.55 2.70 1.35 2.83 1.76 3.27 2.05 0.91 0.89 0.27 0.54 0.50 0.31 0.20 0.22
O2' 0.40 2.80 0.91 0.50 1.73 0.42 2.20 0.56 2.88 1.43 3.13 2.07 3.40 2.09 1.07 0.85 0.23 0.35 0.51 0.47 0.36 0.44
O3' 0.64 2.90 1.05 0.67 1.80 0.34 2.17 0.50 2.78 1.51 3.10 2.23 3.20 2.06 1.19 0.94 0.44 0.32 0.35 0.34 0.25 0.19
O4' 0.19 1.93 0.79 0.49 0.89 0.40 1.20 0.43 1.60 1.10 1.91 1.42 1.98 1.45 0.48 0.91 0.35 0.57 0.38 0.34 0.14 0.15
O5' 0.51 2.06 1.29 1.15 1.08 0.61 1.19 0.86 1.45 1.23 1.85 1.68 1.67 1.49 0.74 1.28 1.04 0.26 0.71 0.96 0.82 0.86
OP1 0.48 1.73 1.32 1.28 0.77 0.77 0.83 1.04 0.95 1.15 1.38 1.45 1.19 1.34 0.56 1.35 1.22 0.28 0.93 1.18 1.03 1.10
OP2 0.93 2.09 1.75 1.66 1.16 1.14 1.05 1.33 1.19 1.21 1.69 1.84 1.25 1.36 0.90 1.79 1.61 0.69 1.23 1.43 1.25 1.34
P 0.48 1.81 1.33 1.24 0.80 0.72 0.81 0.95 0.96 1.09 1.44 1.51 1.15 1.28 0.53 1.39 1.18 0.27 0.84 1.08 0.91 0.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.17 0.62 0.19 0.18
C2 0.02 0.00 0.22 0.29 0.02 0.50 0.02 0.95 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.27 0.42 0.97 1.03 1.49 1.04
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.02 0.09 0.18 0.12 0.13 0.18 0.22 0.12 0.10 0.04 0.01 0.03 0.03 0.49 0.44 0.64 0.41
C3' 0.03 0.29 0.00 0.00 0.10 0.01 0.16 0.04 0.12 0.41 0.18 0.30 0.16 0.37 0.16 0.01 0.01 0.02 0.45 0.36 0.54 0.35
C4 0.01 0.02 0.12 0.10 0.00 0.19 0.00 0.39 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.19 0.22 0.37 0.88 0.52 0.27
C4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.19 0.00 0.10 0.01 0.15 0.42 0.35 0.50 0.13 0.33 0.10 0.25 0.04 0.01 0.02 0.28 0.24 0.04
C5 0.03 0.02 0.09 0.16 0.00 0.10 0.00 0.30 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.34 0.14 0.10 0.45 1.29 0.51 0.51
C5' 0.10 0.95 0.18 0.04 0.39 0.01 0.30 0.00 0.38 0.74 0.70 0.91 0.36 0.63 0.24 0.08 0.22 0.02 0.01 0.31 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.15 0.01 0.38 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.34 0.16 0.18 0.40 1.15 0.56 0.33
C8 0.03 0.03 0.13 0.41 0.01 0.42 0.02 0.74 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.37 0.13 0.24 1.04 1.83 1.17 1.26
N1 0.03 0.00 0.18 0.18 0.02 0.35 0.02 0.70 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.25 0.22 0.33 0.66 0.95 1.06 0.63
N3 0.02 0.01 0.22 0.30 0.01 0.50 0.01 0.91 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.29 0.43 0.91 0.93 1.30 0.94
N6 0.05 0.01 0.12 0.16 0.02 0.13 0.03 0.36 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.41 0.14 0.14 0.49 1.42 0.61 0.55
N7 0.02 0.01 0.10 0.37 0.02 0.33 0.00 0.63 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.41 0.13 0.15 0.96 1.91 1.15 1.22
N9 0.01 0.03 0.04 0.16 0.01 0.10 0.02 0.24 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.21 0.16 0.02 0.40 1.05 0.39 0.46
O2' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.21 0.25 0.34 0.08 0.34 0.37 0.25 0.14 0.41 0.41 0.21 0.00 0.06 0.18 0.39 0.49 0.58 0.41
O3' 0.30 0.27 0.03 0.01 0.19 0.04 0.14 0.22 0.16 0.13 0.22 0.29 0.14 0.13 0.16 0.06 0.00 0.18 0.43 0.49 0.51 0.39
O4' 0.01 0.42 0.03 0.02 0.22 0.01 0.10 0.02 0.18 0.24 0.33 0.43 0.14 0.15 0.02 0.18 0.18 0.00 0.33 0.71 0.30 0.37
O5' 0.17 0.97 0.49 0.45 0.37 0.02 0.45 0.01 0.40 1.04 0.66 0.91 0.49 0.96 0.40 0.39 0.43 0.33 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.62 1.03 0.44 0.36 0.88 0.28 1.29 0.31 1.15 1.83 0.95 0.93 1.42 1.91 1.05 0.49 0.49 0.71 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 1.49 0.64 0.54 0.52 0.24 0.51 0.36 0.56 1.17 1.06 1.30 0.61 1.15 0.39 0.58 0.51 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.18 1.04 0.41 0.35 0.27 0.04 0.51 0.02 0.33 1.26 0.63 0.94 0.55 1.22 0.46 0.41 0.39 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00