Doublet Group distance statistics: 52258

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 2, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.007, 0.010, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3	A	0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2	A	0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O2	A	0, 0.012, 0.041, 0.069, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N4	A	0, 0.007, 0.051, 0.096, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.051 std_dev=0.044
O4'	A	0, 0.039, 0.200, 0.361, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.200 std_dev=0.161
C2'	A	0, 0.042, 0.204, 0.367, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.204 std_dev=0.162
P	B	0, 0.106, 0.277, 0.448, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.277 std_dev=0.171
O2'	A	0, 0.084, 0.260, 0.435, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.260 std_dev=0.176
C4'	A	0, 0.067, 0.313, 0.559, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.313 std_dev=0.246
C5'	B	0, 0.271, 0.517, 0.764, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.517 std_dev=0.246
C3'	A	0, 0.089, 0.359, 0.629, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.359 std_dev=0.270
O5'	B	0, 0.319, 0.618, 0.917, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.618 std_dev=0.299
C8	B	0, 0.279, 0.625, 0.971, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.625 std_dev=0.346
O3'	A	0, 0.134, 0.502, 0.870, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.502 std_dev=0.368
C4'	B	0, 0.302, 0.681, 1.061, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.681 std_dev=0.380
O5'	A	0, 0.181, 0.573, 0.964, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.573 std_dev=0.391
N7	B	0, 0.333, 0.750, 1.168, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.750 std_dev=0.417
C3'	B	0, 0.331, 0.753, 1.176, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.753 std_dev=0.423
C5'	A	0, 0.102, 0.526, 0.950, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.526 std_dev=0.424
OP2	B	0, 0.306, 0.743, 1.179, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.743 std_dev=0.437
O4'	B	0, 0.252, 0.724, 1.197, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.724 std_dev=0.473
N9	B	0, 0.320, 0.833, 1.346, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.833 std_dev=0.513
C1'	B	0, 0.305, 0.865, 1.425, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.865 std_dev=0.560
C2'	B	0, 0.337, 0.909, 1.480, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.909 std_dev=0.572
P	A	0, 0.212, 0.809, 1.405, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.809 std_dev=0.596
OP2	A	0, 0.332, 0.935, 1.538, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.935 std_dev=0.603
O3'	B	0, 0.440, 1.043, 1.646, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.043 std_dev=0.603
OP1	B	0, 0.351, 0.995, 1.639, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.995 std_dev=0.644
C5	B	0, 0.466, 1.111, 1.757, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.111 std_dev=0.646
C4	B	0, 0.496, 1.217, 1.938, 2.304 max_d=2.304 avg_d=1.217 std_dev=0.721
OP1	A	0, 0.268, 1.010, 1.752, 2.251 max_d=2.251 avg_d=1.010 std_dev=0.742
O2'	B	0, 0.425, 1.231, 2.038, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.231 std_dev=0.807
C6	B	0, 0.602, 1.488, 2.374, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.488 std_dev=0.886
N6	B	0, 0.595, 1.485, 2.375, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.485 std_dev=0.890
N3	B	0, 0.670, 1.679, 2.689, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.679 std_dev=1.009
N1	B	0, 0.758, 1.932, 3.105, 3.649 max_d=3.649 avg_d=1.932 std_dev=1.173
C2	B	0, 0.786, 2.001, 3.216, 3.515 max_d=3.515 avg_d=2.001 std_dev=1.215

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.00	0.07	0.08	0.13	0.06
C2	0.02	0.00	0.06	0.08	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.08	0.03	0.10	0.11	0.21	0.11
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.05	0.02	0.09	0.01	0.09	0.03	0.05	0.06	0.12	0.01	0.03	0.01	0.03	0.10	0.19	0.06
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.12	0.00	0.15	0.01	0.14	0.07	0.10	0.14	0.09	0.01	0.01	0.01	0.07	0.12	0.24	0.09
C4	0.01	0.01	0.05	0.12	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.18	0.03	0.14	0.18	0.26	0.18
C4'	0.00	0.03	0.02	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.06	0.03	0.04	0.06	0.03	0.06	0.05	0.00	0.01	0.11	0.12	0.02
C5	0.01	0.01	0.09	0.15	0.00	0.07	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.22	0.05	0.15	0.19	0.25	0.19
C5'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.09	0.01	0.11	0.00	0.09	0.05	0.07	0.10	0.03	0.06	0.04	0.02	0.01	0.11	0.07	0.01
C6	0.01	0.01	0.09	0.14	0.01	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.19	0.06	0.14	0.15	0.19	0.15
N1	0.01	0.01	0.03	0.07	0.01	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.08	0.01	0.10	0.10	0.17	0.10
N3	0.02	0.00	0.05	0.10	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.12	0.02	0.12	0.15	0.24	0.15
N4	0.02	0.01	0.06	0.14	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.21	0.03	0.15	0.21	0.28	0.20
O2	0.02	0.00	0.12	0.09	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.14	0.10	0.05	0.09	0.09	0.20	0.09
O2'	0.03	0.07	0.01	0.01	0.04	0.06	0.06	0.06	0.06	0.03	0.06	0.04	0.14	0.00	0.05	0.04	0.04	0.13	0.19	0.06
O3'	0.02	0.08	0.03	0.01	0.18	0.05	0.22	0.04	0.19	0.08	0.12	0.21	0.10	0.05	0.00	0.03	0.12	0.15	0.33	0.13
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.02	0.06	0.01	0.02	0.03	0.05	0.04	0.03	0.00	0.10	0.10	0.09	0.06
O5'	0.07	0.10	0.03	0.07	0.14	0.01	0.15	0.01	0.14	0.10	0.12	0.15	0.09	0.04	0.12	0.10	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.08	0.11	0.10	0.12	0.18	0.11	0.19	0.11	0.15	0.10	0.15	0.21	0.09	0.13	0.15	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.21	0.19	0.24	0.26	0.12	0.25	0.07	0.19	0.17	0.24	0.28	0.20	0.19	0.33	0.09	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.11	0.06	0.09	0.18	0.02	0.19	0.01	0.15	0.10	0.15	0.20	0.09	0.06	0.13	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.24	1.20	0.20	0.19	0.67	0.18	0.59	0.21	0.86	0.17	1.15	0.98	0.77	0.22	0.31	0.21	0.21	0.18	0.29	0.74	0.27	0.15
C2	0.10	0.87	0.08	0.09	0.47	0.10	0.47	0.15	0.75	0.16	0.93	0.67	0.72	0.13	0.16	0.11	0.10	0.09	0.25	0.78	0.27	0.14
C2'	0.21	1.24	0.18	0.14	0.66	0.14	0.59	0.21	0.89	0.15	1.21	0.98	0.83	0.20	0.28	0.22	0.17	0.13	0.36	0.68	0.36	0.10
C3'	0.17	1.11	0.17	0.11	0.59	0.12	0.51	0.23	0.78	0.11	1.07	0.90	0.72	0.15	0.23	0.24	0.14	0.08	0.41	0.61	0.39	0.12
C4	0.12	0.56	0.13	0.10	0.35	0.09	0.39	0.13	0.54	0.18	0.61	0.44	0.56	0.23	0.17	0.13	0.14	0.13	0.26	0.78	0.34	0.15
C4'	0.26	1.10	0.24	0.19	0.62	0.18	0.52	0.21	0.74	0.15	1.02	0.93	0.66	0.20	0.30	0.29	0.24	0.19	0.31	0.66	0.26	0.11
C5	0.15	0.63	0.19	0.15	0.42	0.12	0.43	0.16	0.57	0.16	0.65	0.52	0.55	0.24	0.22	0.20	0.18	0.12	0.32	0.78	0.36	0.15
C5'	0.23	0.89	0.23	0.14	0.51	0.15	0.42	0.19	0.60	0.12	0.81	0.77	0.53	0.15	0.25	0.31	0.22	0.16	0.29	0.63	0.22	0.12
C6	0.21	0.84	0.22	0.17	0.55	0.16	0.52	0.19	0.68	0.15	0.83	0.71	0.63	0.24	0.28	0.24	0.17	0.15	0.32	0.75	0.32	0.15
N1	0.16	0.98	0.15	0.13	0.58	0.13	0.54	0.18	0.78	0.13	0.98	0.80	0.71	0.18	0.24	0.16	0.14	0.12	0.29	0.77	0.29	0.15
N3	0.12	0.66	0.10	0.07	0.37	0.10	0.40	0.13	0.62	0.19	0.72	0.50	0.64	0.18	0.15	0.12	0.09	0.13	0.23	0.77	0.28	0.15
N4	0.17	0.43	0.15	0.12	0.29	0.11	0.34	0.12	0.45	0.22	0.48	0.34	0.49	0.27	0.20	0.14	0.17	0.19	0.22	0.71	0.37	0.16
O2	0.09	0.96	0.08	0.10	0.46	0.11	0.45	0.15	0.79	0.18	1.03	0.71	0.78	0.11	0.14	0.10	0.12	0.09	0.23	0.78	0.24	0.14
O2'	0.28	1.41	0.24	0.19	0.75	0.18	0.67	0.21	1.00	0.19	1.37	1.12	0.92	0.27	0.36	0.26	0.21	0.20	0.33	0.68	0.33	0.11
O3'	0.20	1.18	0.21	0.11	0.61	0.12	0.53	0.25	0.81	0.12	1.13	0.95	0.75	0.15	0.25	0.30	0.15	0.10	0.46	0.57	0.48	0.19
O4'	0.28	1.12	0.24	0.24	0.65	0.22	0.54	0.24	0.75	0.19	1.02	0.96	0.65	0.22	0.33	0.25	0.27	0.22	0.29	0.72	0.24	0.18
O5'	0.29	0.70	0.34	0.11	0.42	0.06	0.36	0.13	0.49	0.23	0.66	0.60	0.45	0.19	0.27	0.40	0.01	0.16	0.29	0.64	0.20	0.13
OP1	0.12	0.46	0.18	0.02	0.26	0.09	0.24	0.22	0.34	0.10	0.45	0.38	0.33	0.12	0.12	0.26	0.02	0.03	0.31	0.49	0.23	0.19
OP2	0.12	0.52	0.06	0.11	0.34	0.28	0.37	0.44	0.47	0.17	0.54	0.42	0.48	0.26	0.19	0.09	0.02	0.24	0.52	0.49	0.35	0.26
P	0.07	0.48	0.14	0.00	0.27	0.10	0.27	0.22	0.38	0.10	0.48	0.40	0.37	0.13	0.11	0.19	0.00	0.04	0.32	0.54	0.19	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.41	0.10	0.08
C2	0.03	0.00	0.24	0.28	0.01	0.09	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.35	0.15	0.11	0.36	0.18	0.14
C2'	0.00	0.24	0.00	0.00	0.14	0.01	0.09	0.01	0.14	0.09	0.20	0.23	0.11	0.04	0.03	0.00	0.02	0.01	0.04	0.57	0.08	0.14
C3'	0.01	0.28	0.00	0.00	0.18	0.00	0.17	0.02	0.23	0.08	0.27	0.24	0.22	0.10	0.08	0.02	0.00	0.01	0.09	0.57	0.06	0.17
C4	0.01	0.01	0.14	0.18	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.20	0.08	0.12	0.44	0.16	0.12
C4'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.08	0.09	0.08	0.08	0.09	0.09	0.04	0.07	0.01	0.00	0.01	0.27	0.04	0.04
C5	0.01	0.01	0.09	0.17	0.01	0.07	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.19	0.04	0.18	0.53	0.22	0.18
C5'	0.01	0.09	0.01	0.02	0.05	0.01	0.09	0.00	0.10	0.15	0.09	0.08	0.12	0.15	0.06	0.06	0.03	0.01	0.01	0.12	0.04	0.01
C6	0.02	0.01	0.14	0.23	0.01	0.08	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.27	0.08	0.17	0.49	0.23	0.18
C8	0.01	0.01	0.09	0.08	0.01	0.09	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.08	0.08	0.21	0.64	0.23	0.26
N1	0.02	0.00	0.20	0.27	0.01	0.08	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.34	0.13	0.14	0.42	0.21	0.15
N3	0.02	0.01	0.23	0.24	0.00	0.08	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.30	0.15	0.09	0.35	0.16	0.11
N6	0.02	0.01	0.11	0.22	0.01	0.09	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.26	0.06	0.20	0.53	0.27	0.21
N7	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.09	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.11	0.04	0.22	0.64	0.27	0.26
N9	0.00	0.01	0.03	0.08	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.01	0.13	0.49	0.14	0.13
O2'	0.02	0.12	0.00	0.02	0.05	0.07	0.02	0.06	0.05	0.07	0.09	0.12	0.03	0.05	0.01	0.00	0.04	0.08	0.03	0.52	0.05	0.12
O3'	0.01	0.35	0.02	0.00	0.20	0.01	0.19	0.03	0.27	0.08	0.34	0.30	0.26	0.11	0.08	0.04	0.00	0.01	0.13	0.59	0.09	0.21
O4'	0.00	0.15	0.01	0.01	0.08	0.00	0.04	0.01	0.08	0.08	0.13	0.15	0.06	0.04	0.01	0.08	0.01	0.00	0.10	0.21	0.12	0.07
O5'	0.07	0.11	0.04	0.09	0.12	0.01	0.18	0.01	0.17	0.21	0.14	0.09	0.20	0.22	0.13	0.03	0.13	0.10	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.41	0.36	0.57	0.57	0.44	0.27	0.53	0.12	0.49	0.64	0.42	0.35	0.53	0.64	0.49	0.52	0.59	0.21	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.10	0.18	0.08	0.06	0.16	0.04	0.22	0.04	0.23	0.23	0.21	0.16	0.27	0.27	0.14	0.05	0.09	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.14	0.14	0.17	0.12	0.04	0.18	0.01	0.18	0.26	0.15	0.11	0.21	0.26	0.13	0.12	0.21	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00