ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52259

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.027, 0.051, 0.075, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.051 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.031, 0.069, 0.106, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.069 std_dev=0.037
O5' B 0, 0.241, 0.539, 0.838, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.539 std_dev=0.298
P B 0, 0.291, 0.631, 0.970, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.631 std_dev=0.340
O4' A 0, -0.031, 0.345, 0.721, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.345 std_dev=0.376
O2' A 0, 0.063, 0.445, 0.827, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.445 std_dev=0.382
C2' A 0, -0.034, 0.352, 0.737, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.352 std_dev=0.385
OP1 B 0, 0.397, 0.836, 1.275, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.836 std_dev=0.439
C4' A 0, 0.008, 0.586, 1.164, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.586 std_dev=0.578
C3' A 0, -0.017, 0.586, 1.189, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.586 std_dev=0.603
OP2 B 0, 0.327, 0.930, 1.533, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.930 std_dev=0.603
O3' A 0, 0.014, 0.804, 1.594, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.804 std_dev=0.790
C5' B 0, 0.084, 0.927, 1.770, 2.831 max_d=2.831 avg_d=0.927 std_dev=0.843
OP2 A 0, 1.038, 1.908, 2.777, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.908 std_dev=0.869
C4' B 0, 0.795, 1.715, 2.635, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.715 std_dev=0.920
C5' A 0, 0.033, 1.075, 2.118, 3.626 max_d=3.626 avg_d=1.075 std_dev=1.043
O5' A 0, 0.049, 1.329, 2.610, 4.468 max_d=4.468 avg_d=1.329 std_dev=1.280
P A 0, 0.124, 1.498, 2.873, 4.974 max_d=4.974 avg_d=1.498 std_dev=1.374
O4' B 0, 1.253, 2.865, 4.477, 4.410 max_d=4.410 avg_d=2.865 std_dev=1.612
OP1 A 0, 1.475, 3.439, 5.404, 6.551 max_d=6.551 avg_d=3.439 std_dev=1.964
C3' B 0, 1.015, 3.128, 5.240, 5.325 max_d=5.325 avg_d=3.128 std_dev=2.112
O3' B 0, 1.616, 4.151, 6.686, 6.607 max_d=6.607 avg_d=4.151 std_dev=2.535
C1' B 0, 1.551, 4.178, 6.804, 6.727 max_d=6.727 avg_d=4.178 std_dev=2.627
O2' B 0, 1.264, 4.109, 6.955, 6.906 max_d=6.906 avg_d=4.109 std_dev=2.846
C2' B 0, 1.109, 4.106, 7.104, 7.040 max_d=7.040 avg_d=4.106 std_dev=2.997
C8 B 0, 2.207, 5.434, 8.661, 8.355 max_d=8.355 avg_d=5.434 std_dev=3.227
N9 B 0, 2.081, 5.481, 8.881, 8.610 max_d=8.610 avg_d=5.481 std_dev=3.400
N7 B 0, 2.783, 6.927, 11.070, 10.499 max_d=10.499 avg_d=6.927 std_dev=4.143
C4 B 0, 2.636, 7.210, 11.785, 11.301 max_d=11.301 avg_d=7.210 std_dev=4.574
C5 B 0, 3.056, 8.016, 12.975, 12.336 max_d=12.336 avg_d=8.016 std_dev=4.960
N3 B 0, 2.774, 8.070, 13.366, 12.767 max_d=12.767 avg_d=8.070 std_dev=5.296
C6 B 0, 3.670, 9.799, 15.928, 15.057 max_d=15.057 avg_d=9.799 std_dev=6.129
C2 B 0, 3.353, 9.735, 16.117, 15.324 max_d=15.324 avg_d=9.735 std_dev=6.382
N6 B 0, 4.138, 10.801, 17.464, 16.379 max_d=16.379 avg_d=10.801 std_dev=6.663
N1 B 0, 3.801, 10.615, 17.429, 16.502 max_d=16.502 avg_d=10.615 std_dev=6.814

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 1.01 0.61 0.44
C2 0.02 0.00 0.15 0.19 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.20 0.07 0.16 1.24 0.66 0.49
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.02 0.11 0.02 0.14 0.02 0.11 0.04 0.27 0.00 0.01 0.01 0.06 0.73 0.43 0.30
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.14 0.01 0.09 0.02 0.09 0.08 0.19 0.15 0.24 0.02 0.01 0.01 0.04 0.48 0.28 0.17
C4 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.14 0.03 0.22 1.45 0.87 0.66
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.12 0.06 0.08 0.13 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.48 0.33 0.21
C5 0.02 0.01 0.11 0.09 0.00 0.14 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.07 0.30 1.53 0.95 0.76
C5' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.26 0.01 0.30 0.00 0.26 0.13 0.18 0.29 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.26 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.09 0.01 0.12 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.09 0.28 1.44 0.85 0.71
N1 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.16 1.24 0.69 0.54
N3 0.01 0.00 0.11 0.19 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.21 0.05 0.16 1.34 0.74 0.55
N4 0.02 0.01 0.04 0.15 0.01 0.13 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.17 0.04 0.23 1.50 0.94 0.69
O2 0.02 0.00 0.27 0.24 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.28 0.12 0.23 1.15 0.61 0.44
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.08 0.06 0.13 0.06 0.13 0.04 0.07 0.09 0.19 0.00 0.04 0.07 0.09 0.63 0.56 0.30
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.14 0.02 0.10 0.04 0.10 0.07 0.21 0.17 0.28 0.04 0.00 0.02 0.07 0.21 0.38 0.11
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.05 0.04 0.12 0.07 0.02 0.00 0.12 0.95 0.60 0.43
O5' 0.11 0.16 0.06 0.04 0.22 0.02 0.30 0.01 0.28 0.16 0.16 0.23 0.23 0.09 0.07 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 1.01 1.24 0.73 0.48 1.45 0.48 1.53 0.26 1.44 1.24 1.34 1.50 1.15 0.63 0.21 0.95 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.61 0.66 0.43 0.28 0.87 0.33 0.95 0.27 0.85 0.69 0.74 0.94 0.61 0.56 0.38 0.60 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.44 0.49 0.30 0.17 0.66 0.21 0.76 0.02 0.71 0.54 0.55 0.69 0.44 0.30 0.11 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.00 1.48 0.60 0.24 1.23 0.65 1.27 0.57 1.45 0.95 1.52 1.35 1.54 1.13 1.04 0.51 0.16 1.17 0.21 0.45 0.22 0.12
C2 1.34 2.15 0.93 0.50 1.81 0.84 1.98 0.74 2.25 1.48 2.29 1.93 2.46 1.82 1.51 0.77 0.15 1.40 0.22 0.44 0.10 0.13
C2' 0.96 1.40 0.52 0.16 1.22 0.64 1.34 0.64 1.51 1.07 1.51 1.27 1.68 1.28 1.06 0.39 0.34 1.15 0.24 0.40 0.22 0.15
C3' 0.71 0.92 0.29 0.18 0.84 0.42 0.91 0.43 0.99 0.80 0.98 0.86 1.10 0.92 0.76 0.23 0.58 0.95 0.20 0.39 0.25 0.08
C4 1.25 1.87 0.85 0.45 1.65 0.78 1.81 0.72 1.99 1.43 1.99 1.71 2.14 1.72 1.42 0.68 0.14 1.32 0.22 0.42 0.09 0.14
C4' 0.66 0.88 0.28 0.17 0.72 0.39 0.68 0.32 0.75 0.55 0.85 0.83 0.74 0.59 0.63 0.24 0.46 0.91 0.23 0.45 0.33 0.18
C5 0.89 1.21 0.54 0.20 1.07 0.56 1.11 0.53 1.21 0.90 1.24 1.13 1.27 1.04 0.94 0.42 0.22 1.05 0.21 0.45 0.22 0.12
C5' 0.44 0.72 0.26 0.41 0.51 0.18 0.45 0.16 0.56 0.29 0.69 0.64 0.54 0.30 0.41 0.25 0.69 0.69 0.37 0.52 0.47 0.37
C6 0.85 1.14 0.49 0.16 0.98 0.55 1.00 0.50 1.10 0.79 1.16 1.07 1.15 0.90 0.86 0.40 0.24 1.03 0.20 0.46 0.25 0.13
N1 1.06 1.59 0.67 0.30 1.34 0.68 1.41 0.61 1.60 1.07 1.65 1.45 1.71 1.28 1.14 0.56 0.14 1.21 0.21 0.45 0.19 0.12
N3 1.45 2.32 1.03 0.59 1.99 0.90 2.21 0.80 2.48 1.67 2.49 2.08 2.71 2.06 1.67 0.84 0.21 1.47 0.23 0.42 0.10 0.14
N4 1.38 2.05 0.98 0.57 1.86 0.85 2.06 0.82 2.23 1.68 2.19 1.88 2.38 2.01 1.61 0.76 0.19 1.40 0.24 0.39 0.19 0.16
O2 1.48 2.47 1.05 0.60 2.05 0.92 2.25 0.79 2.59 1.65 2.65 2.20 2.86 2.04 1.69 0.89 0.22 1.50 0.23 0.43 0.09 0.13
O2' 1.03 1.54 0.59 0.24 1.31 0.72 1.43 0.71 1.63 1.11 1.65 1.38 1.82 1.33 1.12 0.48 0.26 1.22 0.27 0.40 0.22 0.17
O3' 0.64 0.79 0.25 0.26 0.76 0.38 0.86 0.43 0.92 0.79 0.87 0.74 1.05 0.91 0.71 0.23 0.70 0.91 0.21 0.37 0.25 0.08
O4' 0.85 1.17 0.46 0.13 0.95 0.55 0.88 0.44 0.99 0.65 1.13 1.10 0.96 0.71 0.81 0.42 0.24 1.05 0.21 0.48 0.31 0.16
O5' 0.54 0.99 0.34 0.41 0.71 0.32 0.68 0.28 0.85 0.40 0.99 0.87 0.86 0.49 0.54 0.34 0.62 0.72 0.40 0.69 0.49 0.46
OP1 0.98 0.49 1.11 1.41 0.62 1.23 0.52 1.35 0.37 0.87 0.39 0.60 0.38 0.70 0.82 1.09 1.60 1.21 1.69 1.65 1.92 1.72
OP2 0.90 1.10 1.20 1.47 1.05 1.05 1.17 1.15 1.26 1.09 1.23 1.01 1.40 1.19 1.00 1.13 1.66 0.70 1.24 1.51 1.11 1.29
P 0.15 0.62 0.49 0.86 0.34 0.47 0.48 0.63 0.68 0.33 0.73 0.43 0.84 0.46 0.19 0.42 1.09 0.37 0.92 1.10 1.03 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.19 0.01 0.38 0.41 0.74 0.32
C2 0.04 0.00 0.31 0.28 0.01 0.06 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.33 0.16 0.40 0.63 0.96 0.27
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.17 0.02 0.10 0.12 0.16 0.14 0.25 0.31 0.13 0.08 0.03 0.00 0.04 0.02 0.42 0.38 0.53 0.32
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.22 0.01 0.25 0.03 0.28 0.22 0.29 0.25 0.30 0.25 0.16 0.02 0.01 0.02 0.16 0.19 0.15 0.17
C4 0.02 0.01 0.17 0.22 0.00 0.09 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.19 0.09 0.38 0.70 0.89 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.14 0.27 0.08 0.07 0.18 0.25 0.13 0.16 0.03 0.01 0.03 0.18 0.34 0.09
C5 0.02 0.01 0.10 0.25 0.00 0.16 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.17 0.05 0.35 0.92 0.91 0.32
C5' 0.12 0.25 0.12 0.03 0.32 0.01 0.45 0.00 0.43 0.54 0.34 0.22 0.49 0.56 0.34 0.06 0.15 0.05 0.02 0.31 0.34 0.03
C6 0.03 0.01 0.16 0.28 0.01 0.14 0.01 0.43 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.22 0.09 0.37 0.93 0.95 0.31
C8 0.02 0.01 0.14 0.22 0.00 0.27 0.01 0.54 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.15 0.09 0.32 0.96 0.77 0.37
N1 0.04 0.00 0.25 0.29 0.01 0.08 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.29 0.14 0.39 0.79 0.98 0.28
N3 0.04 0.01 0.31 0.25 0.00 0.07 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.31 0.15 0.40 0.56 0.91 0.28
N6 0.03 0.02 0.13 0.30 0.02 0.18 0.01 0.49 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.23 0.22 0.08 0.35 1.06 0.96 0.33
N7 0.02 0.01 0.08 0.25 0.01 0.25 0.00 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.17 0.04 0.31 1.09 0.83 0.36
N9 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.13 0.01 0.34 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.11 0.01 0.36 0.67 0.81 0.32
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.16 0.16 0.21 0.06 0.21 0.27 0.22 0.24 0.23 0.28 0.15 0.00 0.05 0.16 0.27 0.35 0.37 0.26
O3' 0.19 0.33 0.04 0.01 0.19 0.03 0.17 0.15 0.22 0.15 0.29 0.31 0.22 0.17 0.11 0.05 0.00 0.12 0.22 0.47 0.26 0.42
O4' 0.01 0.16 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.05 0.09 0.09 0.14 0.15 0.08 0.04 0.01 0.16 0.12 0.00 0.31 0.24 0.78 0.32
O5' 0.38 0.40 0.42 0.16 0.38 0.03 0.35 0.02 0.37 0.32 0.39 0.40 0.35 0.31 0.36 0.27 0.22 0.31 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.41 0.63 0.38 0.19 0.70 0.18 0.92 0.31 0.93 0.96 0.79 0.56 1.06 1.09 0.67 0.35 0.47 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.74 0.96 0.53 0.15 0.89 0.34 0.91 0.34 0.95 0.77 0.98 0.91 0.96 0.83 0.81 0.37 0.26 0.78 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.27 0.32 0.17 0.30 0.09 0.32 0.03 0.31 0.37 0.28 0.28 0.33 0.36 0.32 0.26 0.42 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00