ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52260

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.017, 0.038, 0.059, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.038 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.011, 0.052, 0.092, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.052 std_dev=0.041
N4 A 0, -0.002, 0.060, 0.123, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.060 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.103, 0.263, 0.424, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.263 std_dev=0.161
O2' A 0, 0.151, 0.323, 0.495, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.323 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.057, 0.236, 0.416, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.236 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.167, 0.398, 0.628, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.398 std_dev=0.231
C3' A 0, 0.113, 0.389, 0.665, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.389 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.346, 0.728, 1.111, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.728 std_dev=0.383
P B 0, 0.491, 0.901, 1.312, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.901 std_dev=0.410
C5' A 0, 0.274, 0.684, 1.094, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.684 std_dev=0.410
O3' A 0, 0.178, 0.588, 0.999, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.588 std_dev=0.410
O5' A 0, 0.526, 0.961, 1.396, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.961 std_dev=0.435
OP1 B 0, 0.329, 0.816, 1.304, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.816 std_dev=0.487
P A 0, 0.324, 0.881, 1.437, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.881 std_dev=0.557
OP2 A 0, 0.339, 0.909, 1.479, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.909 std_dev=0.570
OP1 A 0, 0.373, 1.117, 1.862, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.117 std_dev=0.744
O5' B 0, 0.363, 1.330, 2.296, 3.876 max_d=3.876 avg_d=1.330 std_dev=0.966
C5' B 0, 0.524, 1.975, 3.427, 5.610 max_d=5.610 avg_d=1.975 std_dev=1.452
C4' B 0, 0.219, 1.979, 3.738, 6.446 max_d=6.446 avg_d=1.979 std_dev=1.759
C3' B 0, 0.006, 1.842, 3.679, 6.897 max_d=6.897 avg_d=1.842 std_dev=1.836
C2' B 0, -0.058, 1.991, 4.039, 7.713 max_d=7.713 avg_d=1.991 std_dev=2.049
O4' B 0, 0.110, 2.160, 4.211, 6.833 max_d=6.833 avg_d=2.160 std_dev=2.050
C1' B 0, -0.084, 2.166, 4.416, 7.825 max_d=7.825 avg_d=2.166 std_dev=2.250
O2' B 0, -0.009, 2.333, 4.676, 8.492 max_d=8.492 avg_d=2.333 std_dev=2.342
O3' B 0, -0.023, 2.345, 4.712, 8.730 max_d=8.730 avg_d=2.345 std_dev=2.367
N9 B 0, -0.262, 2.331, 4.925, 8.890 max_d=8.890 avg_d=2.331 std_dev=2.594
C8 B 0, -0.296, 2.341, 4.977, 8.526 max_d=8.526 avg_d=2.341 std_dev=2.637
N7 B 0, -0.513, 2.650, 5.814, 10.461 max_d=10.461 avg_d=2.650 std_dev=3.163
C4 B 0, -0.483, 2.716, 5.915, 11.105 max_d=11.105 avg_d=2.716 std_dev=3.199
C5 B 0, -0.623, 2.839, 6.302, 11.832 max_d=11.832 avg_d=2.839 std_dev=3.462
N3 B 0, -0.611, 3.080, 6.772, 12.744 max_d=12.744 avg_d=3.080 std_dev=3.692
C6 B 0, -0.864, 3.284, 7.432, 14.140 max_d=14.140 avg_d=3.284 std_dev=4.148
C2 B 0, -0.802, 3.528, 7.858, 14.711 max_d=14.711 avg_d=3.528 std_dev=4.330
N1 B 0, -0.948, 3.595, 8.138, 15.361 max_d=15.361 avg_d=3.595 std_dev=4.543
N6 B 0, -1.049, 3.517, 8.083, 15.462 max_d=15.462 avg_d=3.517 std_dev=4.566

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.22 0.27 0.24 0.20
C2 0.03 0.00 0.14 0.13 0.02 0.05 0.04 0.10 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.12 0.17 0.06 0.41 0.43 0.42 0.42
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.03 0.08 0.03 0.10 0.04 0.12 0.07 0.21 0.01 0.04 0.01 0.26 0.30 0.28 0.25
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.11 0.05 0.13 0.09 0.19 0.03 0.01 0.03 0.35 0.35 0.31 0.30
C4 0.02 0.02 0.07 0.09 0.00 0.09 0.02 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.10 0.06 0.57 0.63 0.63 0.62
C4' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.09 0.00 0.11 0.02 0.09 0.05 0.06 0.09 0.07 0.07 0.03 0.02 0.04 0.22 0.29 0.04
C5 0.02 0.04 0.08 0.10 0.02 0.11 0.00 0.25 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.11 0.07 0.60 0.65 0.63 0.64
C5' 0.04 0.10 0.03 0.02 0.21 0.02 0.25 0.00 0.20 0.12 0.15 0.23 0.05 0.09 0.05 0.03 0.01 0.27 0.39 0.03
C6 0.03 0.04 0.10 0.11 0.01 0.09 0.02 0.20 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.08 0.12 0.08 0.54 0.53 0.48 0.52
N1 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.40 0.40 0.38 0.39
N3 0.03 0.01 0.12 0.13 0.01 0.06 0.04 0.15 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.17 0.06 0.49 0.53 0.54 0.53
N4 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.09 0.02 0.23 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.11 0.06 0.61 0.70 0.70 0.69
O2 0.04 0.01 0.21 0.19 0.03 0.07 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.20 0.26 0.08 0.32 0.36 0.36 0.33
O2' 0.03 0.12 0.01 0.03 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.04 0.12 0.08 0.20 0.00 0.08 0.06 0.10 0.25 0.25 0.11
O3' 0.02 0.17 0.04 0.01 0.10 0.03 0.11 0.05 0.12 0.05 0.17 0.11 0.26 0.08 0.00 0.02 0.33 0.31 0.37 0.28
O4' 0.01 0.06 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.08 0.04 0.06 0.06 0.08 0.06 0.02 0.00 0.21 0.25 0.27 0.14
O5' 0.22 0.41 0.26 0.35 0.57 0.04 0.60 0.01 0.54 0.40 0.49 0.61 0.32 0.10 0.33 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.43 0.30 0.35 0.63 0.22 0.65 0.27 0.53 0.40 0.53 0.70 0.36 0.25 0.31 0.25 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.24 0.42 0.28 0.31 0.63 0.29 0.63 0.39 0.48 0.38 0.54 0.70 0.36 0.25 0.37 0.27 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.20 0.42 0.25 0.30 0.62 0.04 0.64 0.03 0.52 0.39 0.53 0.69 0.33 0.11 0.28 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 2.22 0.41 0.45 1.32 0.95 1.50 1.22 1.85 1.32 2.19 1.78 2.03 1.64 0.93 0.62 0.83 0.94 0.68 0.21 0.20 0.23
C2 0.75 2.18 0.71 0.47 1.45 0.92 1.67 1.16 1.92 1.52 2.14 1.81 2.14 1.86 1.12 0.75 0.61 0.93 0.57 0.19 0.16 0.21
C2' 0.58 2.26 0.38 0.54 1.33 0.99 1.52 1.22 1.90 1.27 2.24 1.80 2.11 1.63 0.89 0.57 0.96 0.93 0.66 0.21 0.20 0.23
C3' 0.56 2.15 0.35 0.76 1.16 1.10 1.27 1.28 1.66 1.02 2.08 1.72 1.83 1.34 0.69 0.62 1.26 0.98 0.78 0.21 0.24 0.27
C4 0.56 1.83 0.58 0.39 1.17 0.83 1.32 1.09 1.50 1.30 1.71 1.56 1.65 1.54 0.89 0.60 0.56 0.79 0.56 0.17 0.17 0.21
C4' 0.65 2.20 0.38 0.80 1.19 1.14 1.28 1.34 1.69 1.05 2.13 1.76 1.84 1.33 0.74 0.64 1.27 1.06 0.85 0.25 0.28 0.31
C5 0.42 1.77 0.31 0.39 0.99 0.86 1.10 1.11 1.33 1.09 1.63 1.46 1.45 1.29 0.66 0.55 0.81 0.79 0.68 0.18 0.21 0.22
C5' 0.86 2.23 0.66 1.09 1.24 1.33 1.23 1.47 1.65 0.98 2.12 1.84 1.75 1.21 0.82 0.84 1.58 1.24 1.01 0.35 0.44 0.46
C6 0.49 1.96 0.30 0.47 1.10 0.92 1.22 1.18 1.51 1.14 1.85 1.59 1.64 1.38 0.73 0.57 0.91 0.87 0.71 0.20 0.23 0.23
N1 0.59 2.11 0.45 0.40 1.27 0.91 1.44 1.18 1.73 1.32 2.04 1.71 1.91 1.61 0.91 0.61 0.75 0.90 0.65 0.19 0.19 0.22
N3 0.78 2.09 0.80 0.53 1.45 0.91 1.66 1.13 1.87 1.55 2.03 1.77 2.07 1.87 1.15 0.78 0.57 0.90 0.53 0.19 0.16 0.21
N4 0.57 1.64 0.68 0.46 1.12 0.77 1.27 1.02 1.39 1.29 1.52 1.45 1.53 1.49 0.89 0.62 0.48 0.72 0.48 0.20 0.18 0.21
O2 0.89 2.32 0.85 0.56 1.62 0.96 1.90 1.18 2.17 1.68 2.35 1.93 2.45 2.07 1.29 0.88 0.63 0.99 0.55 0.20 0.16 0.21
O2' 0.64 2.35 0.44 0.50 1.44 0.98 1.67 1.22 2.06 1.37 2.38 1.87 2.31 1.75 1.00 0.61 0.89 0.95 0.63 0.21 0.19 0.22
O3' 0.57 2.17 0.40 0.84 1.16 1.14 1.26 1.29 1.68 0.97 2.10 1.73 1.86 1.31 0.67 0.66 1.37 1.00 0.79 0.21 0.25 0.27
O4' 0.63 2.20 0.34 0.60 1.25 1.03 1.38 1.27 1.76 1.19 2.15 1.76 1.91 1.46 0.84 0.62 1.02 1.01 0.77 0.25 0.24 0.26
O5' 0.96 2.38 0.79 1.26 1.34 1.55 1.30 1.77 1.78 0.91 2.28 1.98 1.89 1.16 0.87 0.93 1.71 1.40 1.25 0.53 0.68 0.73
OP1 1.52 2.68 1.44 1.93 1.68 2.04 1.46 2.15 1.90 1.02 2.48 2.36 1.91 1.13 1.29 1.46 2.38 1.87 1.62 0.73 0.91 1.03
OP2 1.28 2.36 1.21 1.66 1.44 1.83 1.31 1.93 1.72 0.95 2.19 2.06 1.78 1.11 1.08 1.32 2.17 1.62 1.49 0.64 0.94 0.95
P 1.29 2.48 1.18 1.68 1.50 1.87 1.36 2.02 1.81 0.94 2.33 2.14 1.88 1.11 1.10 1.26 2.15 1.68 1.52 0.63 0.82 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.13 0.03 0.05 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.08 0.26 0.01 0.40 0.60 0.40 0.38
C2 0.07 0.00 0.35 0.35 0.05 0.26 0.03 0.51 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.22 0.30 0.25 0.49 0.49 0.86 0.46
C2' 0.02 0.35 0.00 0.01 0.18 0.04 0.11 0.21 0.16 0.26 0.25 0.35 0.15 0.18 0.07 0.01 0.06 0.04 0.56 0.51 0.71 0.54
C3' 0.03 0.35 0.01 0.00 0.18 0.01 0.11 0.06 0.17 0.19 0.27 0.34 0.16 0.13 0.07 0.05 0.01 0.05 0.32 0.36 0.41 0.30
C4 0.05 0.05 0.18 0.18 0.00 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.24 0.13 0.49 0.51 0.58 0.31
C4' 0.02 0.26 0.04 0.01 0.12 0.00 0.08 0.01 0.11 0.21 0.18 0.26 0.11 0.17 0.07 0.23 0.05 0.01 0.04 0.41 0.14 0.16
C5 0.02 0.03 0.11 0.11 0.01 0.08 0.00 0.31 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.20 0.21 0.06 0.61 0.70 0.71 0.48
C5' 0.13 0.51 0.21 0.06 0.28 0.01 0.31 0.00 0.30 0.53 0.39 0.49 0.32 0.48 0.28 0.16 0.18 0.03 0.02 0.29 0.35 0.04
C6 0.03 0.02 0.16 0.17 0.01 0.11 0.02 0.30 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.19 0.22 0.11 0.57 0.64 0.71 0.40
C8 0.05 0.07 0.26 0.19 0.01 0.21 0.04 0.53 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.35 0.25 0.16 0.80 0.99 0.99 0.81
N1 0.05 0.00 0.25 0.27 0.02 0.18 0.02 0.39 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.19 0.26 0.18 0.50 0.51 0.76 0.36
N3 0.07 0.01 0.35 0.34 0.02 0.26 0.03 0.49 0.04 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.03 0.21 0.29 0.26 0.46 0.44 0.76 0.40
N6 0.06 0.02 0.15 0.16 0.02 0.11 0.04 0.32 0.01 0.06 0.02 0.05 0.00 0.09 0.05 0.24 0.23 0.11 0.65 0.77 0.82 0.53
N7 0.03 0.03 0.18 0.13 0.01 0.17 0.01 0.48 0.04 0.03 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.32 0.22 0.12 0.79 0.99 0.98 0.78
N9 0.02 0.05 0.07 0.07 0.02 0.07 0.01 0.28 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.15 0.22 0.03 0.56 0.66 0.60 0.46
O2' 0.08 0.22 0.01 0.05 0.14 0.23 0.20 0.16 0.19 0.35 0.19 0.21 0.24 0.32 0.15 0.00 0.13 0.15 0.48 0.71 0.71 0.59
O3' 0.26 0.30 0.06 0.01 0.24 0.05 0.21 0.18 0.22 0.25 0.26 0.29 0.23 0.22 0.22 0.13 0.00 0.16 0.25 0.44 0.31 0.25
O4' 0.01 0.25 0.04 0.05 0.13 0.01 0.06 0.03 0.11 0.16 0.18 0.26 0.11 0.12 0.03 0.15 0.16 0.00 0.27 0.56 0.18 0.32
O5' 0.40 0.49 0.56 0.32 0.49 0.04 0.61 0.02 0.57 0.80 0.50 0.46 0.65 0.79 0.56 0.48 0.25 0.27 0.00 0.03 0.06 0.02
OP1 0.60 0.49 0.51 0.36 0.51 0.41 0.70 0.29 0.64 0.99 0.51 0.44 0.77 0.99 0.66 0.71 0.44 0.56 0.03 0.00 0.04 0.02
OP2 0.40 0.86 0.71 0.41 0.58 0.14 0.71 0.35 0.71 0.99 0.76 0.76 0.82 0.98 0.60 0.71 0.31 0.18 0.06 0.04 0.00 0.02
P 0.38 0.46 0.54 0.30 0.31 0.16 0.48 0.04 0.40 0.81 0.36 0.40 0.53 0.78 0.46 0.59 0.25 0.32 0.02 0.02 0.02 0.00