ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52261

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 1, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.016, 0.032, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.008, 0.049, 0.089, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.049 std_dev=0.041
N4 A 0, 0.025, 0.080, 0.134, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.080 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.081, 0.426, 0.771, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.426 std_dev=0.345
O4' A 0, 0.028, 0.399, 0.770, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.399 std_dev=0.371
OP1 B 0, 0.407, 0.799, 1.191, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.799 std_dev=0.392
P B 0, 0.338, 0.789, 1.239, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.789 std_dev=0.451
O2' A 0, 0.115, 0.588, 1.061, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.588 std_dev=0.473
OP2 B 0, 0.643, 1.213, 1.784, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.213 std_dev=0.570
C3' A 0, 0.079, 0.659, 1.239, 2.272 max_d=2.272 avg_d=0.659 std_dev=0.580
C4' A 0, 0.069, 0.670, 1.272, 2.380 max_d=2.380 avg_d=0.670 std_dev=0.602
O3' A 0, 0.171, 0.941, 1.711, 3.071 max_d=3.071 avg_d=0.941 std_dev=0.770
O5' A 0, 0.311, 1.104, 1.896, 3.160 max_d=3.160 avg_d=1.104 std_dev=0.792
C5' A 0, 0.206, 1.080, 1.955, 3.268 max_d=3.268 avg_d=1.080 std_dev=0.874
O5' B 0, -0.007, 1.024, 2.055, 4.367 max_d=4.367 avg_d=1.024 std_dev=1.031
P A 0, 0.196, 1.431, 2.666, 4.512 max_d=4.512 avg_d=1.431 std_dev=1.235
OP2 A 0, 1.184, 2.565, 3.946, 4.834 max_d=4.834 avg_d=2.565 std_dev=1.381
C5' B 0, -0.009, 1.490, 2.988, 5.841 max_d=5.841 avg_d=1.490 std_dev=1.499
OP1 A 0, 1.575, 3.361, 5.147, 6.415 max_d=6.415 avg_d=3.361 std_dev=1.786
C4' B 0, 0.155, 2.165, 4.174, 7.957 max_d=7.957 avg_d=2.165 std_dev=2.010
O4' B 0, 1.687, 3.756, 5.825, 7.970 max_d=7.970 avg_d=3.756 std_dev=2.069
C3' B 0, 1.945, 4.087, 6.230, 8.962 max_d=8.962 avg_d=4.087 std_dev=2.143
C1' B 0, 2.942, 5.460, 7.979, 9.080 max_d=9.080 avg_d=5.460 std_dev=2.518
O3' B 0, 2.501, 5.061, 7.621, 10.627 max_d=10.627 avg_d=5.061 std_dev=2.560
C2' B 0, 3.036, 5.754, 8.471, 10.483 max_d=10.483 avg_d=5.754 std_dev=2.717
C8 B 0, 3.380, 6.195, 9.011, 8.509 max_d=8.509 avg_d=6.195 std_dev=2.816
N9 B 0, 3.783, 6.650, 9.516, 8.694 max_d=8.694 avg_d=6.650 std_dev=2.867
O2' B 0, 3.158, 6.360, 9.562, 12.765 max_d=12.765 avg_d=6.360 std_dev=3.202
N7 B 0, 4.026, 7.705, 11.384, 10.631 max_d=10.631 avg_d=7.705 std_dev=3.679
C4 B 0, 4.897, 8.664, 12.431, 11.278 max_d=11.278 avg_d=8.664 std_dev=3.767
C5 B 0, 5.000, 9.202, 13.404, 12.309 max_d=12.309 avg_d=9.202 std_dev=4.202
N3 B 0, 5.716, 10.011, 14.307, 12.720 max_d=12.720 avg_d=10.011 std_dev=4.296
C2 B 0, 6.696, 11.862, 17.029, 15.214 max_d=15.214 avg_d=11.862 std_dev=5.167
C6 B 0, 6.046, 11.230, 16.414, 14.928 max_d=14.928 avg_d=11.230 std_dev=5.184
N1 B 0, 6.898, 12.518, 18.138, 16.358 max_d=16.358 avg_d=12.518 std_dev=5.620
N6 B 0, 6.270, 12.032, 17.795, 16.126 max_d=16.126 avg_d=12.032 std_dev=5.763

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.18 0.00 0.23 0.95 0.57 0.45
C2 0.02 0.00 0.21 0.23 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.12 0.33 1.26 0.59 0.59
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.06 0.02 0.12 0.11 0.16 0.03 0.17 0.08 0.35 0.01 0.02 0.01 0.40 0.75 0.38 0.43
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.28 0.01 0.25 0.01 0.21 0.16 0.28 0.30 0.24 0.02 0.01 0.02 0.18 0.47 0.27 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.28 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.16 0.06 0.36 1.50 0.72 0.74
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.19 0.07 0.07 0.15 0.09 0.19 0.02 0.00 0.01 0.41 0.26 0.17
C5 0.03 0.01 0.12 0.25 0.01 0.20 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.16 0.14 0.37 1.54 0.77 0.77
C5' 0.04 0.07 0.11 0.01 0.21 0.00 0.28 0.00 0.24 0.09 0.12 0.24 0.12 0.10 0.14 0.01 0.01 0.29 0.33 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.21 0.01 0.19 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.12 0.17 0.34 1.42 0.70 0.70
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.02 0.30 1.23 0.60 0.59
N3 0.02 0.00 0.17 0.28 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.18 0.09 0.35 1.39 0.64 0.67
N4 0.03 0.01 0.08 0.30 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.20 0.07 0.38 1.55 0.78 0.77
O2 0.03 0.01 0.35 0.24 0.02 0.09 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.25 0.28 0.22 0.36 1.14 0.55 0.53
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.19 0.19 0.29 0.10 0.28 0.12 0.10 0.21 0.25 0.00 0.05 0.14 0.19 0.58 0.46 0.29
O3' 0.18 0.18 0.02 0.01 0.16 0.02 0.16 0.14 0.12 0.06 0.18 0.20 0.28 0.05 0.00 0.13 0.05 0.18 0.37 0.07
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.14 0.01 0.17 0.02 0.09 0.07 0.22 0.14 0.13 0.00 0.07 0.86 0.59 0.41
O5' 0.23 0.33 0.40 0.18 0.36 0.01 0.37 0.01 0.34 0.30 0.35 0.38 0.36 0.19 0.05 0.07 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.95 1.26 0.75 0.47 1.50 0.41 1.54 0.29 1.42 1.23 1.39 1.55 1.14 0.58 0.18 0.86 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.57 0.59 0.38 0.27 0.72 0.26 0.77 0.33 0.70 0.60 0.64 0.78 0.55 0.46 0.37 0.59 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.45 0.59 0.43 0.17 0.74 0.17 0.77 0.02 0.70 0.59 0.67 0.77 0.53 0.29 0.07 0.41 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.23 1.00 1.44 1.50 0.92 1.39 0.93 1.19 1.10 0.78 1.06 1.02 1.36 0.91 0.94 1.72 1.93 1.29 0.79 0.21 0.28 0.21
C2 1.00 1.44 0.98 1.02 1.21 1.04 1.48 0.97 1.77 1.05 1.69 1.23 2.13 1.43 1.01 1.16 1.32 1.09 0.60 0.25 0.22 0.21
C2' 1.33 1.02 1.61 1.69 0.96 1.59 1.01 1.40 1.19 0.86 1.11 1.04 1.52 1.01 1.00 1.94 2.20 1.40 0.92 0.36 0.27 0.34
C3' 1.22 0.74 1.60 1.61 0.73 1.40 0.64 1.11 0.72 0.61 0.66 0.89 1.01 0.68 0.82 1.98 2.16 1.21 0.66 0.31 0.44 0.16
C4 0.80 1.26 0.65 0.69 1.10 0.81 1.37 0.83 1.58 1.01 1.49 1.08 1.86 1.38 0.90 0.77 0.89 0.92 0.49 0.28 0.23 0.22
C4' 1.48 1.00 1.86 1.81 0.97 1.55 0.61 1.18 0.53 0.71 0.70 1.19 0.51 0.49 1.07 2.22 2.31 1.40 0.79 0.25 0.36 0.13
C5 0.83 0.75 0.89 1.01 0.69 1.02 0.80 0.99 0.93 0.65 0.86 0.70 1.14 0.83 0.67 1.03 1.26 0.97 0.68 0.24 0.27 0.19
C5' 1.74 1.38 2.17 2.05 1.28 1.70 0.84 1.23 0.75 0.89 1.04 1.55 0.40 0.58 1.33 2.55 2.54 1.54 0.86 0.30 0.36 0.20
C6 1.05 0.75 1.21 1.32 0.72 1.26 0.72 1.14 0.83 0.65 0.78 0.79 1.04 0.73 0.78 1.41 1.67 1.15 0.78 0.21 0.29 0.20
N1 1.07 1.03 1.20 1.29 0.92 1.23 1.03 1.10 1.23 0.81 1.16 0.97 1.51 1.02 0.88 1.42 1.66 1.17 0.73 0.21 0.26 0.20
N3 0.94 1.60 0.77 0.75 1.35 0.88 1.69 0.86 1.99 1.20 1.89 1.36 2.34 1.65 1.09 0.91 0.97 1.02 0.49 0.28 0.23 0.23
N4 0.81 1.49 0.52 0.39 1.32 0.65 1.63 0.71 1.82 1.24 1.72 1.28 2.06 1.65 1.08 0.56 0.49 0.87 0.33 0.33 0.27 0.27
O2 1.08 1.68 1.03 1.03 1.38 1.06 1.69 0.98 2.05 1.17 1.98 1.42 2.46 1.61 1.12 1.23 1.33 1.14 0.59 0.25 0.22 0.22
O2' 1.38 1.09 1.61 1.71 1.01 1.69 1.08 1.54 1.30 0.90 1.23 1.08 1.66 1.06 1.04 1.94 2.20 1.48 1.05 0.46 0.31 0.48
O3' 1.15 0.65 1.57 1.60 0.66 1.35 0.60 1.07 0.69 0.58 0.58 0.81 1.01 0.68 0.76 1.94 2.15 1.13 0.65 0.34 0.38 0.15
O4' 1.41 0.99 1.69 1.67 0.96 1.46 0.70 1.16 0.68 0.75 0.78 1.14 0.72 0.60 1.05 1.97 2.10 1.38 0.81 0.22 0.34 0.18
O5' 2.18 1.79 2.55 2.46 1.71 2.16 1.30 1.70 1.20 1.35 1.47 1.95 0.88 1.05 1.77 2.91 2.95 2.01 1.31 0.51 0.26 0.57
OP1 2.06 1.49 2.47 2.59 1.62 2.20 1.38 2.01 1.19 1.67 1.27 1.68 1.00 1.42 1.81 2.54 2.95 1.96 2.02 1.57 1.71 1.74
OP2 2.42 2.17 2.86 2.62 2.09 2.20 1.76 1.72 1.69 1.75 1.90 2.31 1.44 1.54 2.12 3.14 2.91 2.10 1.45 0.98 0.79 1.00
P 2.28 1.89 2.70 2.65 1.86 2.24 1.51 1.80 1.42 1.60 1.63 2.04 1.17 1.34 1.94 2.93 3.07 2.06 1.56 0.88 0.82 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.19 0.43 0.32 0.23
C2 0.05 0.00 0.26 0.26 0.01 0.10 0.02 0.18 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.29 0.35 0.06 0.28 0.62 0.51 0.22
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.13 0.02 0.07 0.05 0.12 0.10 0.20 0.26 0.09 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.20 0.17 0.15
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.13 0.01 0.10 0.02 0.13 0.18 0.21 0.25 0.11 0.14 0.07 0.03 0.01 0.02 0.07 0.27 0.15 0.18
C4 0.03 0.01 0.13 0.13 0.00 0.05 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.04 0.25 0.67 0.45 0.27
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.16 0.07 0.10 0.11 0.15 0.07 0.12 0.02 0.00 0.02 0.23 0.19 0.09
C5 0.03 0.02 0.07 0.10 0.00 0.09 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.12 0.03 0.27 0.88 0.49 0.34
C5' 0.08 0.18 0.05 0.02 0.20 0.01 0.29 0.00 0.28 0.35 0.23 0.15 0.34 0.36 0.21 0.10 0.09 0.02 0.01 0.23 0.22 0.02
C6 0.04 0.02 0.12 0.13 0.01 0.08 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.18 0.05 0.27 0.89 0.54 0.33
C8 0.02 0.02 0.10 0.18 0.01 0.16 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.20 0.04 0.29 0.90 0.42 0.43
N1 0.05 0.00 0.20 0.21 0.01 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.06 0.27 0.76 0.54 0.26
N3 0.05 0.00 0.26 0.25 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.32 0.06 0.27 0.55 0.46 0.22
N6 0.04 0.01 0.09 0.11 0.01 0.11 0.02 0.34 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.14 0.16 0.05 0.27 1.03 0.57 0.37
N7 0.02 0.02 0.05 0.14 0.01 0.15 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.17 0.03 0.30 1.04 0.50 0.45
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.24 0.65 0.38 0.30
O2' 0.02 0.29 0.01 0.03 0.14 0.12 0.11 0.10 0.16 0.07 0.24 0.27 0.14 0.05 0.04 0.00 0.09 0.07 0.10 0.21 0.16 0.11
O3' 0.04 0.35 0.04 0.01 0.16 0.02 0.12 0.09 0.18 0.20 0.28 0.32 0.16 0.17 0.06 0.09 0.00 0.05 0.07 0.57 0.26 0.27
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.07 0.05 0.00 0.20 0.48 0.43 0.27
O5' 0.19 0.28 0.11 0.07 0.25 0.02 0.27 0.01 0.27 0.29 0.27 0.27 0.27 0.30 0.24 0.10 0.07 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.43 0.62 0.20 0.27 0.67 0.23 0.88 0.23 0.89 0.90 0.76 0.55 1.03 1.04 0.65 0.21 0.57 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.51 0.17 0.15 0.45 0.19 0.49 0.22 0.54 0.42 0.54 0.46 0.57 0.50 0.38 0.16 0.26 0.43 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.22 0.15 0.18 0.27 0.09 0.34 0.02 0.33 0.43 0.26 0.22 0.37 0.45 0.30 0.11 0.27 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00