ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52262

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 6, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.006, 0.007, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.007 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.025, 0.054, 0.084, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.054 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.005, 0.039, 0.073, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.039 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.017, 0.120, 0.224, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.120 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.009, 0.114, 0.218, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.114 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.114, 0.243, 0.373, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.243 std_dev=0.130
OP2 B 0, 0.148, 0.279, 0.410, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.279 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.007, 0.147, 0.286, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.147 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.110, 0.250, 0.390, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.250 std_dev=0.140
P B 0, 0.173, 0.348, 0.523, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.348 std_dev=0.175
O3' A 0, 0.201, 0.381, 0.561, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.180
OP1 B 0, 0.214, 0.438, 0.661, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.438 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.139, 0.390, 0.642, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.390 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.254, 0.509, 0.765, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.509 std_dev=0.255
C4' B 0, 0.188, 0.449, 0.710, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.449 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.256, 0.521, 0.785, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.521 std_dev=0.264
C5' B 0, 0.172, 0.462, 0.751, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.462 std_dev=0.289
N9 B 0, 0.224, 0.519, 0.814, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.519 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.179, 0.474, 0.770, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.474 std_dev=0.296
C2' B 0, 0.206, 0.505, 0.804, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.505 std_dev=0.299
C8 B 0, 0.181, 0.480, 0.780, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.480 std_dev=0.300
O3' B 0, 0.210, 0.549, 0.888, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.549 std_dev=0.339
N7 B 0, 0.154, 0.527, 0.901, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.527 std_dev=0.373
C4 B 0, 0.233, 0.610, 0.986, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.610 std_dev=0.376
O5' B 0, 0.112, 0.501, 0.890, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.501 std_dev=0.389
O5' A 0, 0.152, 0.544, 0.937, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.544 std_dev=0.392
C5 B 0, 0.204, 0.617, 1.030, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.617 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.171, 0.590, 1.008, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.590 std_dev=0.418
N3 B 0, 0.274, 0.715, 1.157, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.715 std_dev=0.442
C6 B 0, 0.244, 0.748, 1.252, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.748 std_dev=0.504
C2 B 0, 0.306, 0.832, 1.357, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.832 std_dev=0.526
P A 0, 0.086, 0.613, 1.140, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.613 std_dev=0.527
N1 B 0, 0.302, 0.856, 1.409, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.856 std_dev=0.554
OP2 A 0, 0.077, 0.632, 1.188, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.632 std_dev=0.556
N6 B 0, 0.228, 0.789, 1.350, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.789 std_dev=0.561
OP1 A 0, 0.213, 0.863, 1.513, 2.735 max_d=2.735 avg_d=0.863 std_dev=0.650

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.10 0.11 0.23 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.13 0.00 0.02 0.01 0.09 0.06 0.14 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05 0.12 0.03 0.01 0.03 0.10 0.07 0.11 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.10 0.16 0.27 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.10 0.16 0.26 0.17
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.07 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.08 0.12 0.21 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.08 0.19 0.12
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.10 0.14 0.26 0.16
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04 0.10 0.19 0.29 0.19
O2 0.05 0.00 0.13 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.05 0.12 0.11 0.23 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.07 0.05 0.12 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.10 0.05
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.08 0.07 0.12 0.05 0.00 0.02 0.11 0.07 0.10 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.07 0.10 0.05 0.06
O5' 0.03 0.10 0.09 0.10 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.08 0.10 0.10 0.12 0.06 0.11 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.11 0.06 0.07 0.16 0.07 0.16 0.10 0.12 0.08 0.14 0.19 0.11 0.05 0.07 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.23 0.14 0.11 0.27 0.03 0.26 0.01 0.21 0.19 0.26 0.29 0.23 0.10 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.15 0.09 0.10 0.17 0.02 0.17 0.01 0.14 0.12 0.16 0.19 0.15 0.05 0.10 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.25 0.26 0.28 0.14 0.19 0.21 0.18 0.31 0.09 0.32 0.17 0.37 0.15 0.08 0.33 0.28 0.11 0.23 0.15 0.10 0.16
C2 0.14 0.22 0.27 0.29 0.12 0.20 0.18 0.17 0.27 0.09 0.29 0.14 0.33 0.13 0.08 0.34 0.28 0.12 0.22 0.14 0.10 0.15
C2' 0.12 0.25 0.26 0.29 0.12 0.20 0.19 0.21 0.30 0.07 0.32 0.16 0.37 0.12 0.06 0.32 0.27 0.11 0.27 0.16 0.09 0.16
C3' 0.12 0.24 0.28 0.31 0.12 0.22 0.19 0.23 0.30 0.06 0.32 0.15 0.38 0.12 0.06 0.34 0.29 0.12 0.31 0.17 0.08 0.18
C4 0.10 0.24 0.25 0.28 0.16 0.18 0.25 0.15 0.31 0.12 0.30 0.16 0.37 0.23 0.09 0.33 0.29 0.09 0.19 0.14 0.10 0.15
C4' 0.11 0.25 0.25 0.28 0.15 0.18 0.21 0.18 0.31 0.08 0.32 0.17 0.38 0.16 0.07 0.32 0.28 0.10 0.24 0.14 0.13 0.14
C5 0.09 0.26 0.23 0.27 0.19 0.16 0.28 0.14 0.35 0.16 0.33 0.19 0.41 0.27 0.12 0.32 0.28 0.09 0.19 0.13 0.11 0.14
C5' 0.05 0.30 0.18 0.21 0.21 0.11 0.27 0.11 0.36 0.13 0.37 0.22 0.43 0.23 0.12 0.26 0.21 0.06 0.16 0.11 0.21 0.10
C6 0.10 0.26 0.24 0.28 0.18 0.17 0.26 0.16 0.35 0.13 0.34 0.19 0.41 0.24 0.11 0.33 0.29 0.10 0.20 0.13 0.11 0.14
N1 0.12 0.25 0.26 0.29 0.15 0.19 0.22 0.17 0.31 0.10 0.31 0.16 0.37 0.18 0.09 0.34 0.29 0.11 0.22 0.14 0.10 0.15
N3 0.13 0.22 0.26 0.28 0.13 0.20 0.20 0.17 0.28 0.08 0.29 0.14 0.34 0.16 0.07 0.34 0.28 0.11 0.21 0.14 0.10 0.15
N4 0.10 0.23 0.24 0.28 0.18 0.17 0.26 0.14 0.31 0.15 0.29 0.17 0.36 0.26 0.11 0.32 0.29 0.08 0.18 0.14 0.10 0.15
O2 0.16 0.20 0.28 0.29 0.09 0.21 0.13 0.19 0.23 0.12 0.26 0.12 0.28 0.08 0.10 0.35 0.29 0.15 0.23 0.14 0.10 0.15
O2' 0.13 0.24 0.27 0.29 0.11 0.21 0.16 0.21 0.27 0.09 0.31 0.15 0.33 0.09 0.07 0.32 0.27 0.13 0.27 0.16 0.09 0.17
O3' 0.14 0.22 0.29 0.33 0.09 0.25 0.15 0.27 0.27 0.07 0.29 0.12 0.34 0.08 0.06 0.34 0.30 0.14 0.35 0.19 0.07 0.20
O4' 0.13 0.25 0.26 0.29 0.15 0.20 0.21 0.19 0.31 0.10 0.32 0.17 0.38 0.17 0.09 0.34 0.30 0.12 0.24 0.16 0.12 0.17
O5' 0.08 0.39 0.14 0.18 0.30 0.08 0.38 0.09 0.47 0.23 0.47 0.30 0.55 0.35 0.20 0.24 0.19 0.12 0.13 0.12 0.23 0.11
OP1 0.21 0.48 0.07 0.10 0.40 0.16 0.48 0.19 0.56 0.35 0.55 0.40 0.62 0.46 0.32 0.16 0.11 0.27 0.12 0.24 0.36 0.20
OP2 0.31 0.58 0.15 0.13 0.51 0.23 0.60 0.25 0.67 0.48 0.65 0.51 0.73 0.59 0.43 0.14 0.13 0.36 0.19 0.28 0.44 0.27
P 0.19 0.47 0.07 0.09 0.39 0.12 0.48 0.15 0.56 0.35 0.55 0.39 0.62 0.46 0.31 0.17 0.12 0.24 0.10 0.20 0.34 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.19 0.07
C2 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.08 0.05 0.07 0.09 0.09 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.07 0.09 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.15 0.35 0.15
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.20 0.42 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.06 0.10 0.09 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.23 0.07
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.15 0.14 0.18
C5' 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.08 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.09 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.15 0.16 0.19
C8 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.04 0.06 0.16 0.13 0.18
N1 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.07 0.12 0.12 0.17
N3 0.02 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.08 0.05 0.07 0.08 0.09 0.11
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.18 0.20 0.21
N7 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03 0.05 0.19 0.19 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.09 0.09 0.12
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.11 0.10 0.16 0.05 0.10 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.20 0.45 0.21
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.25 0.47 0.22
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.13 0.07
O5' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.08 0.09 0.15 0.20 0.10 0.10 0.15 0.06 0.15 0.16 0.12 0.08 0.18 0.19 0.09 0.20 0.25 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.09 0.35 0.42 0.09 0.23 0.14 0.09 0.16 0.13 0.12 0.09 0.20 0.19 0.09 0.45 0.47 0.13 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.15 0.20 0.13 0.07 0.18 0.02 0.19 0.18 0.17 0.11 0.21 0.21 0.12 0.21 0.22 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00