ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52263

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.014, 0.027, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C2' A 0, -0.011, 0.200, 0.411, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.200 std_dev=0.211
O4' A 0, 0.016, 0.227, 0.438, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.227 std_dev=0.211
P B 0, 0.259, 0.502, 0.745, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.502 std_dev=0.243
OP2 B 0, 0.341, 0.614, 0.887, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.614 std_dev=0.273
O5' B 0, 0.257, 0.569, 0.881, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.569 std_dev=0.312
C4' A 0, 0.007, 0.389, 0.772, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.389 std_dev=0.383
C3' A 0, -0.016, 0.399, 0.815, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.399 std_dev=0.415
O2' A 0, -0.111, 0.310, 0.732, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.310 std_dev=0.421
C5' B 0, 0.318, 0.746, 1.174, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.746 std_dev=0.428
C4' B 0, 0.329, 0.760, 1.192, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.760 std_dev=0.431
C3' B 0, 0.198, 0.648, 1.099, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.648 std_dev=0.451
O5' A 0, 0.405, 0.885, 1.365, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.885 std_dev=0.480
C5' A 0, 0.105, 0.589, 1.074, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.589 std_dev=0.484
OP1 B 0, 0.410, 0.924, 1.438, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.924 std_dev=0.514
C2' B 0, 0.524, 1.067, 1.610, 1.857 max_d=1.857 avg_d=1.067 std_dev=0.543
P A 0, 0.400, 0.959, 1.518, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.959 std_dev=0.559
C1' B 0, 0.574, 1.166, 1.758, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.166 std_dev=0.592
O4' B 0, 0.460, 1.077, 1.694, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.077 std_dev=0.617
OP2 A 0, 0.644, 1.267, 1.890, 1.920 max_d=1.920 avg_d=1.267 std_dev=0.623
O3' A 0, -0.108, 0.584, 1.276, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.584 std_dev=0.692
O3' B 0, 0.470, 1.225, 1.981, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.225 std_dev=0.755
OP1 A 0, 0.325, 1.226, 2.127, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.226 std_dev=0.901
O2' B 0, 0.789, 1.723, 2.658, 3.418 max_d=3.418 avg_d=1.723 std_dev=0.935
N9 B 0, 0.515, 1.484, 2.452, 3.117 max_d=3.117 avg_d=1.484 std_dev=0.968
C8 B 0, 0.278, 1.457, 2.635, 3.856 max_d=3.856 avg_d=1.457 std_dev=1.178
C4 B 0, 0.715, 2.166, 3.618, 4.539 max_d=4.539 avg_d=2.166 std_dev=1.451
N3 B 0, 1.010, 2.643, 4.277, 4.489 max_d=4.489 avg_d=2.643 std_dev=1.634
N7 B 0, 0.164, 1.918, 3.672, 5.605 max_d=5.605 avg_d=1.918 std_dev=1.754
C5 B 0, 0.495, 2.387, 4.279, 6.082 max_d=6.082 avg_d=2.387 std_dev=1.892
C2 B 0, 1.249, 3.385, 5.522, 6.210 max_d=6.210 avg_d=3.385 std_dev=2.137
C6 B 0, 0.714, 3.162, 5.610, 7.822 max_d=7.822 avg_d=3.162 std_dev=2.448
N1 B 0, 1.158, 3.666, 6.174, 7.842 max_d=7.842 avg_d=3.666 std_dev=2.508
N6 B 0, 0.493, 3.475, 6.457, 9.452 max_d=9.452 avg_d=3.475 std_dev=2.982

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.18 0.00 0.26 0.26 0.28 0.20
C2 0.02 0.00 0.10 0.24 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.17 0.05 0.37 0.29 0.37 0.22
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.02 0.08 0.11 0.09 0.02 0.08 0.04 0.18 0.00 0.01 0.01 0.24 0.41 0.39 0.28
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.29 0.00 0.26 0.02 0.20 0.18 0.29 0.31 0.22 0.01 0.01 0.02 0.08 0.42 0.34 0.22
C4 0.02 0.01 0.04 0.29 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.21 0.07 0.52 0.37 0.56 0.32
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.17 0.00 0.17 0.01 0.14 0.10 0.15 0.19 0.08 0.18 0.01 0.00 0.03 0.23 0.16 0.08
C5 0.03 0.01 0.08 0.26 0.00 0.17 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.09 0.55 0.31 0.57 0.30
C5' 0.03 0.15 0.11 0.02 0.24 0.01 0.23 0.00 0.17 0.11 0.20 0.27 0.11 0.09 0.13 0.01 0.01 0.13 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.14 0.09 0.50 0.25 0.44 0.24
N1 0.02 0.01 0.02 0.18 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.04 0.37 0.25 0.34 0.20
N3 0.02 0.00 0.08 0.29 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.20 0.05 0.45 0.35 0.47 0.28
N4 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.19 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.24 0.07 0.55 0.43 0.64 0.37
O2 0.03 0.00 0.18 0.22 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.22 0.07 0.29 0.29 0.33 0.19
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.23 0.18 0.21 0.09 0.17 0.13 0.21 0.26 0.14 0.00 0.03 0.14 0.15 0.39 0.37 0.20
O3' 0.18 0.17 0.01 0.01 0.21 0.01 0.19 0.13 0.14 0.10 0.20 0.24 0.22 0.03 0.00 0.12 0.31 0.62 0.48 0.35
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.07 0.07 0.14 0.12 0.00 0.26 0.20 0.23 0.16
O5' 0.26 0.37 0.24 0.08 0.52 0.03 0.55 0.01 0.50 0.37 0.45 0.55 0.29 0.15 0.31 0.26 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.26 0.29 0.41 0.42 0.37 0.23 0.31 0.13 0.25 0.25 0.35 0.43 0.29 0.39 0.62 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.37 0.39 0.34 0.56 0.16 0.57 0.03 0.44 0.34 0.47 0.64 0.33 0.37 0.48 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.22 0.28 0.22 0.32 0.08 0.30 0.01 0.24 0.20 0.28 0.37 0.19 0.20 0.35 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 2.67 0.57 0.28 1.81 0.12 2.05 0.33 2.61 1.09 2.91 2.11 2.72 1.58 1.14 0.84 0.61 0.32 0.26 0.14 0.25 0.13
C2 0.55 2.47 0.54 0.33 1.75 0.12 2.13 0.28 2.71 1.16 2.84 1.93 2.98 1.74 1.11 0.77 0.73 0.27 0.22 0.18 0.28 0.15
C2' 0.42 2.49 0.39 0.17 1.61 0.23 1.88 0.42 2.46 0.96 2.76 1.90 2.64 1.45 0.95 0.70 0.58 0.16 0.27 0.25 0.33 0.23
C3' 0.43 2.14 0.44 0.32 1.41 0.20 1.62 0.34 2.09 0.84 2.34 1.67 2.23 1.26 0.85 0.70 0.47 0.23 0.28 0.26 0.28 0.25
C4 0.44 1.88 0.51 0.37 1.44 0.12 1.80 0.25 2.18 1.07 2.18 1.50 2.42 1.59 0.95 0.63 0.72 0.22 0.19 0.20 0.28 0.16
C4' 0.51 2.08 0.49 0.31 1.37 0.14 1.48 0.29 1.88 0.78 2.16 1.68 1.93 1.11 0.84 0.79 0.35 0.28 0.25 0.18 0.22 0.17
C5 0.44 1.74 0.51 0.35 1.38 0.09 1.66 0.30 1.95 1.03 1.96 1.43 2.08 1.45 0.93 0.63 0.68 0.24 0.22 0.16 0.27 0.14
C5' 0.41 1.50 0.39 0.31 0.98 0.16 1.05 0.29 1.33 0.55 1.54 1.23 1.37 0.78 0.59 0.75 0.22 0.26 0.25 0.25 0.30 0.22
C6 0.52 2.06 0.54 0.31 1.57 0.10 1.81 0.34 2.17 1.05 2.26 1.69 2.25 1.48 1.03 0.72 0.69 0.27 0.24 0.14 0.26 0.13
N1 0.57 2.43 0.55 0.30 1.74 0.10 2.04 0.32 2.55 1.12 2.72 1.94 2.71 1.63 1.10 0.78 0.70 0.28 0.24 0.15 0.27 0.14
N3 0.49 2.22 0.53 0.36 1.62 0.13 2.01 0.25 2.53 1.14 2.58 1.73 2.83 1.72 1.04 0.70 0.75 0.24 0.20 0.20 0.27 0.16
N4 0.36 1.63 0.48 0.38 1.25 0.13 1.60 0.20 1.94 0.99 1.91 1.29 2.20 1.47 0.83 0.55 0.68 0.20 0.15 0.25 0.25 0.17
O2 0.58 2.67 0.55 0.32 1.84 0.12 2.22 0.28 2.89 1.19 3.08 2.06 3.21 1.80 1.15 0.80 0.72 0.27 0.22 0.18 0.28 0.15
O2' 0.58 2.76 0.53 0.22 1.76 0.22 1.99 0.46 2.61 1.04 2.99 2.12 2.77 1.52 1.08 0.76 0.47 0.28 0.34 0.35 0.45 0.32
O3' 0.48 2.08 0.46 0.38 1.34 0.27 1.53 0.36 2.00 0.78 2.26 1.62 2.15 1.18 0.81 0.71 0.39 0.32 0.30 0.27 0.29 0.26
O4' 0.66 2.44 0.61 0.33 1.67 0.19 1.77 0.33 2.21 0.96 2.52 2.00 2.22 1.33 1.06 0.89 0.50 0.39 0.31 0.15 0.19 0.13
O5' 0.20 1.42 0.19 0.39 1.02 0.21 1.17 0.52 1.43 0.65 1.54 1.15 1.51 0.96 0.62 0.45 0.03 0.15 0.48 0.51 0.58 0.54
OP1 1.00 0.45 0.77 0.33 0.62 0.61 0.62 0.33 0.58 0.79 0.50 0.53 0.63 0.71 0.78 1.10 0.02 0.94 0.42 0.49 0.53 0.40
OP2 0.24 0.81 0.22 0.25 0.66 0.23 0.87 0.48 1.02 0.62 0.98 0.62 1.14 0.84 0.46 0.43 0.01 0.25 0.59 0.69 0.83 0.71
P 0.28 0.64 0.21 0.06 0.41 0.15 0.57 0.22 0.72 0.38 0.75 0.46 0.81 0.52 0.23 0.53 0.01 0.27 0.25 0.37 0.47 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.00 0.17 0.10 0.16 0.11
C2 0.03 0.00 0.42 0.64 0.01 0.25 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.47 0.77 0.11 0.40 0.33 0.56 0.31
C2' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.19 0.05 0.08 0.12 0.16 0.23 0.31 0.42 0.11 0.15 0.03 0.00 0.04 0.04 0.25 0.26 0.42 0.36
C3' 0.04 0.64 0.01 0.00 0.42 0.00 0.40 0.01 0.49 0.34 0.59 0.59 0.47 0.35 0.24 0.02 0.01 0.01 0.27 0.25 0.38 0.28
C4 0.01 0.01 0.19 0.42 0.00 0.19 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.32 0.44 0.06 0.42 0.30 0.44 0.28
C4' 0.02 0.25 0.05 0.00 0.19 0.00 0.21 0.00 0.24 0.18 0.26 0.22 0.25 0.20 0.13 0.28 0.03 0.00 0.02 0.12 0.11 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.40 0.00 0.21 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.38 0.04 0.54 0.41 0.60 0.42
C5' 0.03 0.33 0.12 0.01 0.25 0.00 0.32 0.00 0.36 0.31 0.36 0.28 0.40 0.35 0.19 0.19 0.13 0.02 0.01 0.19 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.49 0.01 0.24 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.53 0.06 0.55 0.46 0.70 0.46
C8 0.01 0.01 0.23 0.34 0.00 0.18 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.20 0.23 0.08 0.57 0.35 0.48 0.41
N1 0.02 0.00 0.31 0.59 0.01 0.26 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.69 0.09 0.48 0.42 0.67 0.40
N3 0.02 0.00 0.42 0.59 0.00 0.22 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.69 0.11 0.34 0.26 0.44 0.24
N6 0.01 0.01 0.11 0.47 0.01 0.25 0.01 0.40 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.38 0.50 0.05 0.61 0.55 0.80 0.54
N7 0.01 0.01 0.15 0.35 0.01 0.20 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.26 0.27 0.05 0.62 0.46 0.63 0.50
N9 0.00 0.01 0.03 0.24 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.19 0.01 0.39 0.23 0.32 0.23
O2' 0.01 0.47 0.00 0.02 0.32 0.28 0.32 0.19 0.38 0.20 0.44 0.43 0.38 0.26 0.17 0.00 0.07 0.23 0.15 0.16 0.32 0.19
O3' 0.23 0.77 0.04 0.01 0.44 0.03 0.38 0.13 0.53 0.23 0.69 0.69 0.50 0.27 0.19 0.07 0.00 0.15 0.23 0.29 0.52 0.32
O4' 0.00 0.11 0.04 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.09 0.11 0.05 0.05 0.01 0.23 0.15 0.00 0.11 0.18 0.12 0.18
O5' 0.17 0.40 0.25 0.27 0.42 0.02 0.54 0.01 0.55 0.57 0.48 0.34 0.61 0.62 0.39 0.15 0.23 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.33 0.26 0.25 0.30 0.12 0.41 0.19 0.46 0.35 0.42 0.26 0.55 0.46 0.23 0.16 0.29 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.56 0.42 0.38 0.44 0.11 0.60 0.06 0.70 0.48 0.67 0.44 0.80 0.63 0.32 0.32 0.52 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.31 0.36 0.28 0.28 0.04 0.42 0.02 0.46 0.41 0.40 0.24 0.54 0.50 0.23 0.19 0.32 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00