ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52264

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 2, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.005, 0.036, 0.066, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.036 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.053, 0.100, 0.148, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.100 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.039, 0.097, 0.155, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.097 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.051, 0.121, 0.190, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.121 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.054, 0.129, 0.204, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.129 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.083, 0.172, 0.261, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.172 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.105, 0.212, 0.320, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.212 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.070, 0.179, 0.288, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.179 std_dev=0.109
O5' A 0, 0.131, 0.251, 0.371, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.251 std_dev=0.120
N3 B 0, 0.203, 0.349, 0.495, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.349 std_dev=0.146
C2 B 0, 0.209, 0.358, 0.507, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.358 std_dev=0.149
C4 B 0, 0.177, 0.327, 0.477, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.327 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.195, 0.345, 0.495, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.345 std_dev=0.150
C6 B 0, 0.222, 0.381, 0.539, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.381 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.087, 0.246, 0.404, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.246 std_dev=0.158
O5' B 0, 0.203, 0.363, 0.523, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.363 std_dev=0.160
N7 B 0, 0.205, 0.367, 0.529, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.367 std_dev=0.162
N1 B 0, 0.211, 0.373, 0.535, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.373 std_dev=0.162
N9 B 0, 0.158, 0.326, 0.493, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.326 std_dev=0.167
C8 B 0, 0.171, 0.345, 0.519, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.345 std_dev=0.174
N6 B 0, 0.266, 0.447, 0.628, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.447 std_dev=0.181
P A 0, 0.212, 0.405, 0.599, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.405 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.140, 0.335, 0.530, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.335 std_dev=0.195
OP2 B 0, 0.245, 0.441, 0.638, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.441 std_dev=0.197
C5' B 0, 0.196, 0.395, 0.594, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.395 std_dev=0.199
P B 0, 0.248, 0.448, 0.648, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.448 std_dev=0.200
C4' B 0, 0.161, 0.371, 0.581, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.371 std_dev=0.210
OP1 A 0, 0.280, 0.506, 0.732, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.506 std_dev=0.226
OP2 A 0, 0.233, 0.462, 0.692, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.462 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.171, 0.405, 0.640, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.405 std_dev=0.235
OP1 B 0, 0.297, 0.538, 0.779, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.538 std_dev=0.241
C3' B 0, 0.167, 0.424, 0.682, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.424 std_dev=0.258
O2' B 0, 0.237, 0.513, 0.789, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.513 std_dev=0.276
O3' B 0, 0.177, 0.478, 0.779, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.478 std_dev=0.301

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05 0.09 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04 0.05 0.12 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.09 0.07 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.08 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.12 0.08 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.11 0.13 0.10 0.10
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02
C6 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.10 0.12 0.10 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.11 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.06 0.12 0.06 0.06
N4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.13 0.08 0.09
O2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.07 0.05 0.14 0.07 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.05 0.03 0.06 0.09 0.09 0.06
O3' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05 0.00 0.02 0.05 0.06 0.10 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.07 0.09 0.07 0.06
O5' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.10 0.06 0.06 0.09 0.05 0.06 0.05 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.12 0.09 0.08 0.12 0.06 0.13 0.05 0.12 0.11 0.12 0.13 0.14 0.09 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.05 0.10 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.04 0.04 0.08 0.03 0.10 0.02 0.09 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.06 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07
C2 0.11 0.11 0.09 0.07 0.12 0.06 0.11 0.05 0.09 0.13 0.10 0.11 0.08 0.12 0.12 0.11 0.07 0.09 0.05 0.04 0.06 0.04
C2' 0.08 0.11 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.09 0.08 0.06 0.06
C3' 0.06 0.10 0.05 0.03 0.08 0.04 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.02 0.04 0.09 0.09 0.05 0.07
C4 0.07 0.10 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.04 0.11 0.10 0.11 0.07 0.12 0.10 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06
C4' 0.08 0.10 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.04 0.06 0.11 0.11 0.08 0.09
C5 0.07 0.12 0.08 0.06 0.10 0.06 0.10 0.06 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.06 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08
C5' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.05 0.07 0.13 0.13 0.10 0.11
C6 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.10 0.10 0.07 0.08
N1 0.09 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06
N3 0.10 0.10 0.09 0.07 0.10 0.06 0.11 0.05 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11 0.07 0.09 0.05 0.05 0.09 0.06
N4 0.07 0.12 0.07 0.07 0.11 0.08 0.15 0.09 0.16 0.13 0.14 0.09 0.17 0.15 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.12 0.11
O2 0.14 0.16 0.11 0.09 0.16 0.07 0.16 0.05 0.15 0.16 0.16 0.16 0.14 0.16 0.15 0.14 0.09 0.10 0.05 0.04 0.07 0.04
O2' 0.11 0.15 0.09 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.14 0.14 0.12 0.11 0.11 0.12 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07
O3' 0.06 0.10 0.05 0.03 0.08 0.04 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.06 0.04 0.04 0.09 0.09 0.06 0.07
O4' 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.12 0.12 0.08 0.10
O5' 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.12 0.07 0.09 0.07 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.14 0.15 0.12 0.13
OP1 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.14 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.15 0.12 0.11 0.12
OP2 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.13 0.12 0.09 0.11
P 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.12 0.12 0.08 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.06 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.08 0.07 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.08 0.07 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.08 0.09 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.07 0.06
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.07 0.05
O5' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00