ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52266

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.015, 0.043, 0.070, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.028
P B 0, 0.136, 0.365, 0.593, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.365 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.129, 0.441, 0.753, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.441 std_dev=0.312
O5' B 0, 0.204, 0.525, 0.846, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.525 std_dev=0.321
O4' A 0, -0.039, 0.290, 0.620, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.290 std_dev=0.330
C2' A 0, -0.080, 0.302, 0.684, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.302 std_dev=0.382
OP1 B 0, 0.181, 0.588, 0.995, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.588 std_dev=0.407
C4' A 0, -0.065, 0.423, 0.912, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.423 std_dev=0.489
C3' A 0, -0.049, 0.441, 0.930, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.441 std_dev=0.489
O2' A 0, -0.226, 0.414, 1.053, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.414 std_dev=0.639
O3' A 0, -0.049, 0.627, 1.302, 2.259 max_d=2.259 avg_d=0.627 std_dev=0.675
C5' A 0, -0.012, 0.668, 1.348, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.668 std_dev=0.680
C5' B 0, 0.093, 0.933, 1.773, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.933 std_dev=0.840
C4' B 0, 0.011, 1.055, 2.099, 3.478 max_d=3.478 avg_d=1.055 std_dev=1.044
C3' B 0, -0.047, 1.074, 2.194, 3.737 max_d=3.737 avg_d=1.074 std_dev=1.120
C2' B 0, -0.107, 1.036, 2.178, 3.783 max_d=3.783 avg_d=1.036 std_dev=1.143
O4' B 0, -0.021, 1.132, 2.285, 3.897 max_d=3.897 avg_d=1.132 std_dev=1.153
N9 B 0, -0.174, 1.079, 2.331, 4.134 max_d=4.134 avg_d=1.079 std_dev=1.252
C1' B 0, -0.156, 1.108, 2.371, 4.205 max_d=4.205 avg_d=1.108 std_dev=1.264
O5' A 0, -0.337, 0.936, 2.209, 4.276 max_d=4.276 avg_d=0.936 std_dev=1.273
C5 B 0, -0.196, 1.092, 2.380, 4.115 max_d=4.115 avg_d=1.092 std_dev=1.288
N7 B 0, -0.172, 1.117, 2.406, 4.401 max_d=4.401 avg_d=1.117 std_dev=1.289
C8 B 0, -0.180, 1.115, 2.410, 4.434 max_d=4.434 avg_d=1.115 std_dev=1.295
C4 B 0, -0.187, 1.113, 2.412, 4.006 max_d=4.006 avg_d=1.113 std_dev=1.299
C6 B 0, -0.196, 1.165, 2.527, 4.147 max_d=4.147 avg_d=1.165 std_dev=1.362
N6 B 0, -0.190, 1.180, 2.549, 4.330 max_d=4.330 avg_d=1.180 std_dev=1.369
O2' B 0, -0.181, 1.194, 2.570, 4.449 max_d=4.449 avg_d=1.194 std_dev=1.376
N3 B 0, -0.142, 1.269, 2.680, 4.025 max_d=4.025 avg_d=1.269 std_dev=1.411
O3' B 0, -0.114, 1.335, 2.784, 4.681 max_d=4.681 avg_d=1.335 std_dev=1.449
N1 B 0, -0.172, 1.321, 2.814, 4.203 max_d=4.203 avg_d=1.321 std_dev=1.493
C2 B 0, -0.143, 1.378, 2.898, 4.168 max_d=4.168 avg_d=1.378 std_dev=1.521
OP2 A 0, -0.329, 1.195, 2.720, 4.899 max_d=4.899 avg_d=1.195 std_dev=1.525
P A 0, -0.426, 1.177, 2.781, 5.272 max_d=5.272 avg_d=1.177 std_dev=1.604
OP1 A 0, -0.577, 1.433, 3.442, 6.688 max_d=6.688 avg_d=1.433 std_dev=2.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.21 0.00 0.12 0.14 0.10 0.09
C2 0.02 0.00 0.18 0.20 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.15 0.08 0.21 0.23 0.26 0.21
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.02 0.13 0.15 0.17 0.02 0.13 0.04 0.32 0.00 0.02 0.02 0.13 0.19 0.16 0.09
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.20 0.01 0.15 0.02 0.11 0.12 0.22 0.22 0.22 0.02 0.01 0.02 0.27 0.33 0.11 0.24
C4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.09 0.02 0.35 0.38 0.43 0.35
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.07 0.06 0.19 0.02 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01
C5 0.01 0.01 0.13 0.15 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.05 0.07 0.42 0.44 0.45 0.41
C5' 0.06 0.11 0.15 0.02 0.11 0.01 0.10 0.00 0.09 0.09 0.12 0.12 0.11 0.05 0.16 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.11 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.05 0.10 0.39 0.38 0.34 0.36
N1 0.01 0.00 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.01 0.25 0.25 0.22 0.22
N3 0.02 0.01 0.13 0.22 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.07 0.27 0.30 0.35 0.27
N4 0.02 0.01 0.04 0.22 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.11 0.02 0.36 0.42 0.49 0.38
O2 0.04 0.00 0.32 0.22 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.22 0.14 0.16 0.19 0.23 0.17
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.23 0.19 0.33 0.05 0.31 0.13 0.10 0.25 0.21 0.00 0.02 0.12 0.22 0.30 0.12 0.15
O3' 0.21 0.15 0.02 0.01 0.09 0.02 0.05 0.16 0.05 0.10 0.14 0.11 0.22 0.02 0.00 0.14 0.29 0.52 0.25 0.36
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.01 0.07 0.02 0.14 0.12 0.14 0.00 0.04 0.07 0.14 0.07
O5' 0.12 0.21 0.13 0.27 0.35 0.01 0.42 0.01 0.39 0.25 0.27 0.36 0.16 0.22 0.29 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.23 0.19 0.33 0.38 0.10 0.44 0.14 0.38 0.25 0.30 0.42 0.19 0.30 0.52 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.26 0.16 0.11 0.43 0.15 0.45 0.28 0.34 0.22 0.35 0.49 0.23 0.12 0.25 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.09 0.24 0.35 0.01 0.41 0.01 0.36 0.22 0.27 0.38 0.17 0.15 0.36 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.60 0.29 0.21 0.44 0.29 0.45 0.33 0.55 0.33 0.61 0.52 0.57 0.40 0.34 0.47 0.19 0.35 0.26 0.17 0.21 0.13
C2 0.31 0.58 0.32 0.28 0.43 0.31 0.40 0.33 0.48 0.28 0.57 0.52 0.46 0.33 0.33 0.47 0.27 0.34 0.26 0.17 0.16 0.13
C2' 0.46 0.83 0.35 0.27 0.68 0.39 0.76 0.42 0.88 0.58 0.90 0.72 0.97 0.71 0.56 0.45 0.26 0.50 0.20 0.11 0.20 0.07
C3' 0.61 0.89 0.46 0.45 0.78 0.62 0.84 0.66 0.93 0.70 0.94 0.81 1.00 0.80 0.69 0.47 0.43 0.72 0.46 0.34 0.39 0.39
C4 0.22 0.43 0.30 0.20 0.29 0.23 0.25 0.23 0.30 0.22 0.39 0.39 0.27 0.23 0.22 0.50 0.20 0.28 0.27 0.19 0.15 0.12
C4' 0.30 0.61 0.27 0.19 0.46 0.35 0.50 0.43 0.60 0.35 0.64 0.52 0.65 0.44 0.36 0.45 0.16 0.43 0.33 0.26 0.31 0.27
C5 0.19 0.40 0.31 0.14 0.26 0.18 0.23 0.19 0.29 0.23 0.37 0.36 0.28 0.24 0.20 0.54 0.16 0.27 0.27 0.20 0.20 0.12
C5' 0.17 0.49 0.26 0.14 0.35 0.26 0.39 0.36 0.49 0.24 0.53 0.41 0.56 0.34 0.24 0.52 0.17 0.35 0.28 0.29 0.31 0.26
C6 0.21 0.45 0.30 0.14 0.30 0.21 0.29 0.23 0.36 0.25 0.43 0.39 0.37 0.28 0.23 0.52 0.15 0.28 0.27 0.18 0.21 0.13
N1 0.26 0.54 0.29 0.20 0.39 0.27 0.38 0.30 0.46 0.28 0.53 0.47 0.46 0.33 0.29 0.48 0.19 0.32 0.26 0.17 0.19 0.13
N3 0.29 0.52 0.32 0.28 0.38 0.29 0.33 0.30 0.39 0.23 0.49 0.47 0.35 0.26 0.29 0.49 0.28 0.31 0.26 0.18 0.14 0.13
N4 0.22 0.40 0.31 0.21 0.30 0.22 0.26 0.19 0.30 0.27 0.37 0.38 0.29 0.29 0.23 0.52 0.22 0.28 0.27 0.20 0.13 0.11
O2 0.37 0.67 0.36 0.34 0.51 0.36 0.49 0.37 0.58 0.33 0.67 0.60 0.57 0.38 0.40 0.47 0.33 0.38 0.26 0.17 0.16 0.14
O2' 0.30 0.66 0.26 0.13 0.51 0.22 0.60 0.32 0.73 0.42 0.75 0.55 0.83 0.55 0.39 0.42 0.13 0.27 0.29 0.39 0.43 0.33
O3' 0.53 0.77 0.38 0.39 0.68 0.57 0.73 0.64 0.81 0.60 0.82 0.70 0.87 0.69 0.59 0.40 0.37 0.65 0.38 0.34 0.35 0.35
O4' 0.19 0.48 0.28 0.14 0.31 0.24 0.31 0.31 0.40 0.20 0.48 0.41 0.41 0.26 0.21 0.52 0.14 0.29 0.30 0.23 0.27 0.21
O5' 0.48 0.72 0.34 0.39 0.62 0.65 0.65 0.80 0.72 0.52 0.75 0.66 0.75 0.60 0.53 0.42 0.33 0.72 0.68 0.68 0.68 0.73
OP1 0.55 0.78 0.31 0.43 0.69 0.77 0.74 0.96 0.81 0.62 0.82 0.71 0.85 0.70 0.61 0.36 0.39 0.86 0.83 0.88 0.83 0.91
OP2 0.59 0.77 0.36 0.49 0.71 0.79 0.74 0.96 0.79 0.65 0.80 0.72 0.83 0.72 0.64 0.35 0.47 0.87 0.86 0.89 0.84 0.92
P 0.44 0.67 0.29 0.36 0.57 0.65 0.61 0.83 0.67 0.49 0.70 0.60 0.71 0.57 0.50 0.43 0.34 0.73 0.73 0.78 0.74 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.18 0.29 0.12 0.13
C2 0.03 0.00 0.21 0.08 0.01 0.21 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.46 0.27 0.29 0.42 0.40 0.29 0.32
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.14 0.10 0.13 0.17 0.21 0.07 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.26 0.45 0.38 0.32
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.33 0.21 0.16
C4 0.01 0.01 0.11 0.04 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.19 0.15 0.34 0.32 0.24 0.23
C4' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.14 0.16 0.20 0.06 0.09 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.21 0.07 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.06 0.34 0.28 0.28 0.21
C5' 0.06 0.30 0.14 0.01 0.17 0.01 0.15 0.00 0.18 0.23 0.26 0.27 0.17 0.20 0.11 0.08 0.15 0.02 0.01 0.17 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.06 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.16 0.12 0.38 0.31 0.31 0.25
C8 0.01 0.02 0.13 0.10 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.07 0.18 0.26 0.20 0.25 0.13
N1 0.03 0.00 0.17 0.06 0.01 0.16 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.22 0.23 0.41 0.37 0.31 0.30
N3 0.03 0.00 0.21 0.08 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.45 0.28 0.29 0.38 0.39 0.26 0.29
N6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.08 0.38 0.29 0.34 0.25
N7 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.06 0.10 0.29 0.22 0.30 0.16
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.01 0.26 0.28 0.19 0.16
O2' 0.03 0.46 0.00 0.02 0.22 0.05 0.13 0.08 0.21 0.28 0.35 0.45 0.16 0.20 0.09 0.00 0.06 0.01 0.28 0.50 0.52 0.38
O3' 0.17 0.27 0.04 0.00 0.19 0.02 0.13 0.15 0.16 0.07 0.22 0.28 0.12 0.06 0.13 0.06 0.00 0.11 0.14 0.27 0.17 0.09
O4' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.15 0.01 0.06 0.02 0.12 0.18 0.23 0.29 0.08 0.10 0.01 0.01 0.11 0.00 0.25 0.27 0.26 0.22
O5' 0.18 0.42 0.26 0.15 0.34 0.02 0.34 0.01 0.38 0.26 0.41 0.38 0.38 0.29 0.26 0.28 0.14 0.25 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.29 0.40 0.45 0.33 0.32 0.21 0.28 0.17 0.31 0.20 0.37 0.39 0.29 0.22 0.28 0.50 0.27 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.29 0.38 0.21 0.24 0.07 0.28 0.06 0.31 0.25 0.31 0.26 0.34 0.30 0.19 0.52 0.17 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.32 0.32 0.16 0.23 0.04 0.21 0.01 0.25 0.13 0.30 0.29 0.25 0.16 0.16 0.38 0.09 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00