ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52267

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.022, 0.036, 0.050, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.036 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.027, 0.047, 0.066, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.047 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.036, 0.067, 0.098, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.067 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.047, 0.090, 0.133, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.090 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.041, 0.134, 0.227, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.134 std_dev=0.093
C4' A 0, 0.090, 0.183, 0.276, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.183 std_dev=0.093
C2' A 0, 0.047, 0.152, 0.256, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.152 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.111, 0.216, 0.320, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.216 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.132, 0.274, 0.417, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.274 std_dev=0.143
C5' A 0, 0.139, 0.306, 0.473, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.306 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.171, 0.346, 0.521, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.346 std_dev=0.175
OP1 B 0, 0.218, 0.413, 0.608, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.413 std_dev=0.195
P B 0, 0.354, 0.584, 0.815, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.584 std_dev=0.230
OP2 B 0, 0.383, 0.638, 0.892, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.638 std_dev=0.254
P A 0, 0.443, 0.703, 0.962, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.703 std_dev=0.259
C5' B 0, 0.428, 0.693, 0.959, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.693 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.457, 0.741, 1.025, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.741 std_dev=0.284
O5' A 0, 0.333, 0.639, 0.945, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.639 std_dev=0.306
C4' B 0, 0.529, 0.844, 1.159, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.844 std_dev=0.315
C3' B 0, 0.530, 0.861, 1.193, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.861 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.599, 0.948, 1.297, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.948 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.555, 0.909, 1.263, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.909 std_dev=0.354
O3' B 0, 0.540, 0.913, 1.285, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.913 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.638, 1.019, 1.400, 1.321 max_d=1.321 avg_d=1.019 std_dev=0.381
N9 B 0, 0.670, 1.073, 1.475, 1.426 max_d=1.426 avg_d=1.073 std_dev=0.402
C8 B 0, 0.686, 1.092, 1.498, 1.418 max_d=1.418 avg_d=1.092 std_dev=0.406
O2' B 0, 0.578, 0.997, 1.415, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.997 std_dev=0.418
N7 B 0, 0.745, 1.188, 1.632, 1.571 max_d=1.571 avg_d=1.188 std_dev=0.444
C4 B 0, 0.702, 1.178, 1.653, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.178 std_dev=0.476
C5 B 0, 0.741, 1.227, 1.714, 1.684 max_d=1.684 avg_d=1.227 std_dev=0.486
N3 B 0, 0.716, 1.257, 1.799, 1.766 max_d=1.766 avg_d=1.257 std_dev=0.542
OP1 A 0, 0.499, 1.047, 1.596, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.047 std_dev=0.548
C6 B 0, 0.768, 1.321, 1.874, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.321 std_dev=0.553
N6 B 0, 0.814, 1.382, 1.949, 1.872 max_d=1.872 avg_d=1.382 std_dev=0.568
C2 B 0, 0.767, 1.365, 1.962, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.365 std_dev=0.598
N1 B 0, 0.786, 1.395, 2.004, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.395 std_dev=0.609
OP2 A 0, 0.940, 1.620, 2.300, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.620 std_dev=0.680

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.16 0.19 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.08 0.05 0.13 0.13 0.28 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.07 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.01 0.01 0.10 0.25 0.17 0.12
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.10 0.31 0.17 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.20 0.12 0.40 0.14
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.07 0.05 0.21 0.12 0.41 0.15
C5' 0.04 0.08 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.10 0.08 0.09 0.11 0.08 0.07 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.07 0.06 0.18 0.11 0.34 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.13 0.12 0.27 0.09
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.07 0.04 0.17 0.13 0.36 0.13
N4 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04 0.21 0.11 0.43 0.14
O2 0.05 0.00 0.09 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.18 0.12 0.09 0.08 0.13 0.22 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.07 0.12 0.03 0.07 0.05 0.18 0.00 0.04 0.01 0.15 0.31 0.25 0.18
O3' 0.07 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.07 0.12 0.04 0.00 0.06 0.09 0.34 0.18 0.14
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.12 0.09 0.19 0.10
O5' 0.07 0.13 0.10 0.10 0.20 0.01 0.21 0.01 0.18 0.13 0.17 0.21 0.08 0.15 0.09 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.16 0.13 0.25 0.31 0.12 0.15 0.12 0.06 0.11 0.12 0.13 0.11 0.13 0.31 0.34 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.28 0.17 0.17 0.40 0.07 0.41 0.02 0.34 0.27 0.36 0.43 0.22 0.25 0.18 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.09 0.12 0.14 0.14 0.05 0.15 0.02 0.12 0.09 0.13 0.14 0.06 0.18 0.14 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.12 0.06 0.04 0.10 0.07 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09 0.03 0.10 0.07 0.08 0.16 0.08
C2 0.10 0.15 0.07 0.06 0.13 0.10 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.16 0.10 0.14 0.12 0.10 0.05 0.13 0.08 0.08 0.16 0.08
C2' 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.11 0.13 0.10 0.16 0.10 0.10 0.10 0.11 0.14 0.09
C3' 0.09 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.06 0.11 0.10 0.11 0.16 0.10
C4 0.11 0.15 0.08 0.07 0.14 0.11 0.12 0.13 0.11 0.13 0.13 0.16 0.09 0.13 0.13 0.10 0.07 0.14 0.07 0.08 0.14 0.08
C4' 0.08 0.12 0.08 0.06 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.03 0.11 0.10 0.11 0.19 0.10
C5 0.08 0.12 0.06 0.05 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.13 0.08 0.11 0.10 0.08 0.05 0.11 0.07 0.07 0.14 0.07
C5' 0.12 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.15 0.14 0.12 0.18 0.09 0.12 0.16 0.16 0.22 0.15
C6 0.07 0.11 0.06 0.04 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.07 0.10 0.09 0.08 0.03 0.09 0.07 0.07 0.15 0.07
N1 0.08 0.13 0.06 0.04 0.11 0.08 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.13 0.08 0.12 0.10 0.10 0.03 0.11 0.07 0.07 0.16 0.07
N3 0.12 0.17 0.09 0.08 0.15 0.12 0.14 0.13 0.13 0.15 0.15 0.17 0.11 0.15 0.14 0.11 0.08 0.15 0.09 0.09 0.16 0.09
N4 0.12 0.16 0.09 0.09 0.15 0.12 0.14 0.13 0.12 0.14 0.14 0.17 0.10 0.14 0.14 0.11 0.09 0.15 0.08 0.10 0.13 0.08
O2 0.10 0.17 0.08 0.06 0.15 0.10 0.15 0.13 0.13 0.15 0.15 0.17 0.11 0.16 0.14 0.11 0.06 0.14 0.08 0.08 0.18 0.10
O2' 0.13 0.09 0.17 0.17 0.11 0.15 0.12 0.12 0.12 0.13 0.10 0.09 0.15 0.14 0.11 0.21 0.17 0.13 0.13 0.13 0.11 0.11
O3' 0.08 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.13 0.12 0.08 0.15 0.06 0.09 0.10 0.10 0.12 0.08
O4' 0.10 0.16 0.07 0.07 0.12 0.11 0.11 0.14 0.10 0.11 0.13 0.16 0.08 0.12 0.11 0.08 0.07 0.13 0.10 0.09 0.20 0.10
O5' 0.22 0.26 0.22 0.21 0.24 0.22 0.24 0.23 0.23 0.26 0.24 0.25 0.20 0.26 0.24 0.22 0.19 0.23 0.22 0.27 0.35 0.24
OP1 0.19 0.19 0.20 0.21 0.18 0.18 0.16 0.20 0.16 0.15 0.17 0.20 0.16 0.15 0.17 0.26 0.24 0.18 0.10 0.09 0.13 0.06
OP2 0.46 0.50 0.44 0.44 0.48 0.47 0.47 0.50 0.46 0.50 0.48 0.50 0.42 0.49 0.49 0.41 0.43 0.48 0.44 0.52 0.54 0.46
P 0.15 0.19 0.12 0.13 0.17 0.17 0.15 0.21 0.15 0.16 0.17 0.19 0.12 0.16 0.16 0.10 0.14 0.18 0.11 0.17 0.22 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06
C2 0.06 0.00 0.13 0.10 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.21 0.11 0.06 0.09 0.10 0.12 0.09
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.13 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.08
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.08 0.06
C4 0.03 0.02 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.05 0.03 0.08 0.08 0.11 0.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.04 0.04
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.07 0.07 0.13 0.08
C5' 0.04 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05 0.09 0.07 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.12 0.03 0.03
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.05 0.04 0.06 0.07 0.15 0.07
C8 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.05 0.06 0.07 0.08 0.11 0.09
N1 0.05 0.01 0.09 0.07 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.16 0.08 0.05 0.07 0.08 0.13 0.08
N3 0.06 0.01 0.13 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.20 0.09 0.05 0.10 0.11 0.12 0.10
N6 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.09 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.08 0.04 0.04 0.04 0.06 0.07 0.10 0.20 0.10
N7 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.07 0.09 0.14 0.09
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08
O2' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.09 0.02 0.05 0.05 0.08 0.09 0.16 0.20 0.04 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.09 0.11 0.11
O3' 0.04 0.11 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.09 0.09 0.07
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.11 0.07 0.07
O5' 0.05 0.09 0.08 0.07 0.08 0.02 0.07 0.01 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.06 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.06 0.10 0.04 0.07 0.08 0.10 0.07 0.12 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.12 0.07 0.08 0.11 0.04 0.13 0.03 0.15 0.11 0.13 0.12 0.20 0.14 0.08 0.11 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.08 0.06 0.08 0.04 0.08 0.03 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00