ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52268

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.026, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.017, 0.033, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.009, 0.026, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.024, 0.067, 0.110, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.067 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.021, 0.081, 0.140, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.081 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.112, 0.279, 0.447, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.279 std_dev=0.168
C2' B 0, 0.074, 0.325, 0.576, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.325 std_dev=0.251
OP1 A 0, 0.239, 0.507, 0.775, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.507 std_dev=0.268
C2' A 0, 0.240, 0.511, 0.783, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.511 std_dev=0.272
P B 0, 0.173, 0.451, 0.729, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.451 std_dev=0.278
O4' A 0, 0.286, 0.601, 0.916, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.601 std_dev=0.315
O2' B 0, 0.003, 0.391, 0.778, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.391 std_dev=0.388
C3' B 0, 0.374, 0.765, 1.157, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.765 std_dev=0.391
P A 0, 0.316, 0.732, 1.149, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.732 std_dev=0.417
OP2 A 0, 0.348, 0.775, 1.202, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.775 std_dev=0.427
OP2 B 0, 0.362, 0.813, 1.263, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.813 std_dev=0.451
O3' B 0, 0.462, 0.958, 1.454, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.958 std_dev=0.496
C3' A 0, 0.458, 0.972, 1.486, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.972 std_dev=0.514
C4' A 0, 0.478, 1.009, 1.540, 1.473 max_d=1.473 avg_d=1.009 std_dev=0.531
C1' B 0, 0.271, 0.834, 1.397, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.834 std_dev=0.563
N3 B 0, 0.240, 0.841, 1.442, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.841 std_dev=0.601
C4' B 0, 0.538, 1.143, 1.749, 1.744 max_d=1.744 avg_d=1.143 std_dev=0.605
O5' A 0, 0.557, 1.172, 1.787, 1.631 max_d=1.631 avg_d=1.172 std_dev=0.615
O4' B 0, 0.541, 1.217, 1.892, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.217 std_dev=0.675
C4 B 0, 0.165, 0.852, 1.539, 2.505 max_d=2.505 avg_d=0.852 std_dev=0.687
OP1 B 0, 0.513, 1.215, 1.918, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.215 std_dev=0.702
O3' A 0, 0.638, 1.359, 2.081, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.359 std_dev=0.721
O5' B 0, 0.513, 1.288, 2.064, 2.024 max_d=2.024 avg_d=1.288 std_dev=0.776
N9 B 0, 0.099, 0.888, 1.677, 2.876 max_d=2.876 avg_d=0.888 std_dev=0.789
C2 B 0, 0.142, 0.938, 1.734, 2.889 max_d=2.889 avg_d=0.938 std_dev=0.796
C5' A 0, 0.760, 1.605, 2.450, 2.322 max_d=2.322 avg_d=1.605 std_dev=0.845
C5' B 0, 0.848, 1.768, 2.687, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.768 std_dev=0.920
N1 B 0, 0.062, 1.001, 1.941, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.001 std_dev=0.940
C5 B 0, -0.094, 1.019, 2.132, 3.986 max_d=3.986 avg_d=1.019 std_dev=1.113
C6 B 0, -0.072, 1.079, 2.230, 4.113 max_d=4.113 avg_d=1.079 std_dev=1.151
C8 B 0, -0.271, 1.097, 2.465, 4.831 max_d=4.831 avg_d=1.097 std_dev=1.368
N6 B 0, -0.226, 1.322, 2.870, 5.489 max_d=5.489 avg_d=1.322 std_dev=1.548
N7 B 0, -0.385, 1.181, 2.747, 5.485 max_d=5.485 avg_d=1.181 std_dev=1.566

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.11 0.19 0.05
C2 0.01 0.00 0.11 0.20 0.02 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.22 0.03 0.31 0.17 0.13 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.10 0.07 0.17 0.01 0.01 0.01 0.23 0.29 0.08 0.10
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.15 0.00 0.07 0.02 0.05 0.08 0.21 0.16 0.26 0.01 0.01 0.01 0.27 0.42 0.07 0.17
C4 0.03 0.02 0.06 0.15 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.18 0.05 0.40 0.21 0.18 0.21
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.13 0.00 0.10 0.01 0.07 0.07 0.14 0.14 0.13 0.05 0.02 0.00 0.01 0.16 0.28 0.07
C5 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.05 0.43 0.21 0.17 0.22
C5' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.20 0.01 0.16 0.00 0.11 0.10 0.21 0.22 0.18 0.05 0.03 0.01 0.01 0.22 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.41 0.18 0.12 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.32 0.16 0.13 0.09
N3 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.24 0.04 0.36 0.19 0.15 0.16
N4 0.03 0.02 0.07 0.16 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.20 0.05 0.42 0.24 0.23 0.25
O2 0.01 0.01 0.17 0.26 0.02 0.13 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.29 0.02 0.24 0.15 0.14 0.08
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.05 0.05 0.16 0.18 0.07
O3' 0.02 0.22 0.01 0.01 0.18 0.02 0.08 0.03 0.06 0.09 0.24 0.20 0.29 0.02 0.00 0.02 0.19 0.48 0.10 0.19
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.31 0.15
O5' 0.19 0.31 0.23 0.27 0.40 0.01 0.43 0.01 0.41 0.32 0.36 0.42 0.24 0.05 0.19 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.17 0.29 0.42 0.21 0.16 0.21 0.22 0.18 0.16 0.19 0.24 0.15 0.16 0.48 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.13 0.08 0.07 0.18 0.28 0.17 0.35 0.12 0.13 0.15 0.23 0.14 0.18 0.10 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.10 0.17 0.21 0.07 0.22 0.02 0.15 0.09 0.16 0.25 0.08 0.07 0.19 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.45 0.18 0.25 0.61 0.27 0.87 0.38 0.91 0.80 0.70 0.37 1.05 0.95 0.58 0.12 0.25 0.33 0.13 0.47 0.20 0.09
C2 0.47 0.29 0.22 0.20 0.68 0.26 1.12 0.33 1.10 1.16 0.62 0.27 1.39 1.39 0.76 0.10 0.16 0.46 0.19 0.37 0.13 0.11
C2' 0.29 0.52 0.14 0.16 0.60 0.20 0.88 0.35 0.96 0.78 0.79 0.38 1.14 0.96 0.55 0.18 0.14 0.27 0.17 0.56 0.16 0.13
C3' 0.23 0.37 0.22 0.08 0.48 0.13 0.74 0.33 0.81 0.68 0.63 0.25 0.97 0.84 0.45 0.36 0.08 0.16 0.18 0.60 0.22 0.14
C4 0.49 0.48 0.21 0.17 0.54 0.25 1.01 0.29 0.81 1.34 0.31 0.37 1.12 1.52 0.77 0.12 0.15 0.51 0.21 0.31 0.11 0.13
C4' 0.25 0.40 0.26 0.11 0.44 0.15 0.60 0.37 0.65 0.52 0.56 0.31 0.75 0.64 0.39 0.40 0.13 0.13 0.12 0.55 0.27 0.10
C5 0.44 0.50 0.19 0.16 0.46 0.27 0.84 0.35 0.63 1.21 0.26 0.42 0.85 1.30 0.70 0.11 0.14 0.48 0.14 0.39 0.15 0.11
C5' 0.32 0.28 0.44 0.11 0.35 0.07 0.46 0.34 0.48 0.44 0.39 0.26 0.56 0.51 0.34 0.64 0.12 0.12 0.11 0.57 0.32 0.11
C6 0.39 0.31 0.17 0.19 0.49 0.28 0.82 0.38 0.68 1.03 0.29 0.30 0.86 1.13 0.65 0.06 0.14 0.41 0.13 0.47 0.18 0.10
N1 0.41 0.27 0.19 0.21 0.62 0.26 0.97 0.36 0.92 1.02 0.54 0.27 1.11 1.18 0.68 0.08 0.17 0.40 0.15 0.44 0.16 0.10
N3 0.50 0.33 0.22 0.18 0.63 0.25 1.13 0.30 1.03 1.30 0.46 0.27 1.39 1.54 0.80 0.12 0.14 0.50 0.22 0.31 0.12 0.13
N4 0.50 0.61 0.21 0.17 0.48 0.23 0.96 0.22 0.73 1.40 0.34 0.44 1.07 1.57 0.77 0.15 0.18 0.54 0.25 0.24 0.16 0.15
O2 0.47 0.41 0.22 0.21 0.73 0.26 1.15 0.34 1.22 1.11 0.82 0.35 1.54 1.35 0.75 0.12 0.19 0.45 0.19 0.36 0.13 0.11
O2' 0.27 0.67 0.16 0.25 0.61 0.26 0.83 0.39 0.97 0.66 0.90 0.50 1.12 0.84 0.50 0.18 0.27 0.27 0.13 0.53 0.18 0.10
O3' 0.21 0.44 0.25 0.08 0.47 0.11 0.72 0.34 0.82 0.61 0.69 0.30 0.99 0.78 0.41 0.44 0.10 0.12 0.19 0.60 0.25 0.13
O4' 0.27 0.38 0.16 0.23 0.50 0.24 0.67 0.39 0.69 0.60 0.56 0.31 0.77 0.71 0.46 0.19 0.29 0.23 0.13 0.49 0.25 0.09
O5' 0.29 0.22 0.31 0.12 0.39 0.02 0.60 0.15 0.56 0.69 0.35 0.23 0.69 0.77 0.45 0.31 0.02 0.15 0.31 0.92 0.19 0.43
OP1 0.08 0.11 0.09 0.05 0.11 0.26 0.30 0.44 0.30 0.36 0.15 0.15 0.42 0.44 0.14 0.21 0.02 0.21 0.22 0.77 0.16 0.21
OP2 0.16 0.36 0.07 0.10 0.20 0.26 0.44 0.43 0.35 0.71 0.18 0.37 0.52 0.75 0.33 0.11 0.03 0.24 0.19 0.89 0.15 0.31
P 0.04 0.17 0.10 0.02 0.13 0.16 0.35 0.31 0.30 0.51 0.10 0.20 0.44 0.56 0.22 0.17 0.01 0.09 0.16 0.87 0.09 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.12 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.19 0.37 0.31 0.23
C2 0.04 0.00 0.11 0.32 0.01 0.43 0.01 0.91 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.18 0.66 0.68 1.07 0.86
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.12 0.06 0.09 0.04 0.00 0.03 0.01 0.14 0.53 0.18 0.09
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.06 0.35 0.18 0.34 0.11 0.31 0.12 0.02 0.01 0.02 0.21 0.66 0.11 0.21
C4 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.21 0.00 0.52 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.09 0.19 0.17 0.33 0.19
C4' 0.02 0.43 0.03 0.01 0.21 0.00 0.09 0.01 0.18 0.21 0.33 0.41 0.12 0.13 0.02 0.15 0.02 0.01 0.02 0.34 0.28 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.04 0.31 0.36 0.25 0.19
C5' 0.12 0.91 0.08 0.03 0.52 0.01 0.35 0.00 0.52 0.18 0.77 0.85 0.41 0.06 0.18 0.09 0.11 0.03 0.02 0.31 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.18 0.01 0.52 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.08 0.23 0.17 0.23 0.15
C8 0.02 0.01 0.09 0.35 0.00 0.21 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.29 0.13 0.85 0.94 0.88 0.83
N1 0.03 0.01 0.07 0.18 0.01 0.33 0.01 0.77 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.15 0.14 0.44 0.42 0.74 0.59
N3 0.05 0.01 0.12 0.34 0.00 0.41 0.01 0.85 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.28 0.17 0.59 0.54 0.91 0.72
N6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.41 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.18 0.05 0.30 0.30 0.18 0.13
N7 0.01 0.01 0.09 0.31 0.00 0.13 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.30 0.07 0.75 0.86 0.83 0.73
N9 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.02 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.34 0.46 0.34 0.29
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.07 0.15 0.05 0.09 0.08 0.08 0.12 0.15 0.07 0.07 0.03 0.00 0.10 0.06 0.08 0.54 0.19 0.13
O3' 0.07 0.26 0.03 0.01 0.08 0.02 0.15 0.11 0.12 0.29 0.15 0.28 0.18 0.30 0.08 0.10 0.00 0.08 0.20 0.86 0.06 0.32
O4' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.03 0.08 0.13 0.14 0.17 0.05 0.07 0.01 0.06 0.08 0.00 0.28 0.37 0.41 0.34
O5' 0.19 0.66 0.14 0.21 0.19 0.02 0.31 0.02 0.23 0.85 0.44 0.59 0.30 0.75 0.34 0.08 0.20 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.68 0.53 0.66 0.17 0.34 0.36 0.31 0.17 0.94 0.42 0.54 0.30 0.86 0.46 0.54 0.86 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 1.07 0.18 0.11 0.33 0.28 0.25 0.35 0.23 0.88 0.74 0.91 0.18 0.83 0.34 0.19 0.06 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.86 0.09 0.21 0.19 0.07 0.19 0.02 0.15 0.83 0.59 0.72 0.13 0.73 0.29 0.13 0.32 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00