ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52269

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 4, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.024, 0.044, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.028, 0.055, 0.082, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.055 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.175, 0.301, 0.427, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.301 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.236, 0.402, 0.569, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.402 std_dev=0.166
O4' A 0, 0.104, 0.310, 0.517, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.310 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.242, 0.504, 0.767, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.504 std_dev=0.262
O3' A 0, 0.300, 0.600, 0.900, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.600 std_dev=0.300
P B 0, 0.272, 0.591, 0.909, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.591 std_dev=0.319
C4' A 0, 0.193, 0.521, 0.849, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.521 std_dev=0.328
OP2 B 0, 0.642, 1.139, 1.637, 1.677 max_d=1.677 avg_d=1.139 std_dev=0.497
OP1 B 0, 0.912, 1.436, 1.960, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.436 std_dev=0.524
OP1 A 0, 0.828, 1.389, 1.950, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.389 std_dev=0.561
C5' A 0, 0.301, 0.875, 1.449, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.875 std_dev=0.574
P A 0, 1.485, 2.363, 3.241, 3.348 max_d=3.348 avg_d=2.363 std_dev=0.878
O5' A 0, 1.487, 2.411, 3.334, 3.345 max_d=3.345 avg_d=2.411 std_dev=0.923
O5' B 0, 1.964, 3.132, 4.301, 4.037 max_d=4.037 avg_d=3.132 std_dev=1.168
OP2 A 0, 1.635, 2.981, 4.326, 4.896 max_d=4.896 avg_d=2.981 std_dev=1.346
C5' B 0, 3.262, 5.110, 6.958, 6.211 max_d=6.211 avg_d=5.110 std_dev=1.848
C8 B 0, 3.436, 5.815, 8.193, 9.173 max_d=9.173 avg_d=5.815 std_dev=2.379
N7 B 0, 4.013, 6.439, 8.865, 9.284 max_d=9.284 avg_d=6.439 std_dev=2.426
C4' B 0, 4.565, 7.122, 9.679, 8.660 max_d=8.660 avg_d=7.122 std_dev=2.557
C3' B 0, 4.561, 7.291, 10.022, 9.908 max_d=9.908 avg_d=7.291 std_dev=2.731
O4' B 0, 4.937, 7.716, 10.496, 9.677 max_d=9.677 avg_d=7.716 std_dev=2.779
N9 B 0, 4.428, 7.241, 10.055, 10.563 max_d=10.563 avg_d=7.241 std_dev=2.814
C5 B 0, 5.099, 8.022, 10.946, 10.751 max_d=10.751 avg_d=8.022 std_dev=2.923
C1' B 0, 4.910, 7.923, 10.937, 11.047 max_d=11.047 avg_d=7.923 std_dev=3.013
C4 B 0, 5.319, 8.455, 11.590, 11.531 max_d=11.531 avg_d=8.455 std_dev=3.136
C2' B 0, 4.296, 7.463, 10.630, 11.600 max_d=11.600 avg_d=7.463 std_dev=3.167
O3' B 0, 5.924, 9.215, 12.507, 11.250 max_d=11.250 avg_d=9.215 std_dev=3.291
C6 B 0, 6.133, 9.514, 12.895, 11.646 max_d=11.646 avg_d=9.514 std_dev=3.381
N6 B 0, 6.378, 9.912, 13.446, 11.511 max_d=11.511 avg_d=9.912 std_dev=3.534
N3 B 0, 6.421, 10.088, 13.754, 13.032 max_d=13.032 avg_d=10.088 std_dev=3.666
O2' B 0, 5.206, 8.931, 12.656, 13.664 max_d=13.664 avg_d=8.931 std_dev=3.725
N1 B 0, 7.037, 10.907, 14.776, 13.071 max_d=13.071 avg_d=10.907 std_dev=3.869
C2 B 0, 7.099, 11.047, 14.994, 13.640 max_d=13.640 avg_d=11.047 std_dev=3.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.28 0.26 0.30 0.34
C2 0.02 0.00 0.08 0.14 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.02 0.38 0.34 0.59 0.57
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.06 0.04 0.17 0.00 0.03 0.01 0.27 0.23 0.31 0.23
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.09 0.08 0.14 0.12 0.19 0.01 0.01 0.02 0.28 0.27 0.31 0.17
C4 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.51 0.46 1.06 0.82
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.07 0.10 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.21 0.42 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.54 0.49 1.16 0.87
C5' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.19 0.12 0.17 0.23 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.33 0.26 0.03
C6 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.51 0.43 0.90 0.75
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.40 0.34 0.58 0.57
N3 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.44 0.40 0.82 0.69
N4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.02 0.53 0.50 1.22 0.89
O2 0.02 0.01 0.17 0.19 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.04 0.30 0.27 0.41 0.43
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.09 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06 0.10 0.10 0.14 0.00 0.06 0.06 0.08 0.22 0.58 0.11
O3' 0.03 0.13 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.05 0.09 0.06 0.13 0.12 0.17 0.06 0.00 0.02 0.22 0.16 0.60 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.26 0.27 0.28 0.31
O5' 0.28 0.38 0.27 0.28 0.51 0.02 0.54 0.01 0.51 0.40 0.44 0.53 0.30 0.08 0.22 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.34 0.23 0.27 0.46 0.21 0.49 0.33 0.43 0.34 0.40 0.50 0.27 0.22 0.16 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.59 0.31 0.31 1.06 0.42 1.16 0.26 0.90 0.58 0.82 1.22 0.41 0.58 0.60 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.57 0.23 0.17 0.82 0.05 0.87 0.03 0.75 0.57 0.69 0.89 0.43 0.11 0.17 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 1.29 0.17 0.32 0.89 0.35 0.98 0.42 1.24 0.59 1.40 1.04 1.31 0.79 0.62 0.13 0.84 0.46 0.27 0.06 0.07 0.09
C2 0.51 1.20 0.28 0.16 0.87 0.37 0.90 0.39 1.08 0.63 1.22 1.02 1.09 0.76 0.66 0.29 0.76 0.56 0.29 0.10 0.13 0.10
C2' 0.45 1.39 0.33 0.41 0.95 0.40 1.02 0.43 1.29 0.59 1.47 1.14 1.35 0.79 0.66 0.34 0.97 0.49 0.32 0.12 0.12 0.11
C3' 0.62 1.59 0.67 0.65 1.14 0.55 1.21 0.52 1.49 0.73 1.67 1.33 1.57 0.96 0.83 0.73 1.17 0.59 0.47 0.12 0.14 0.24
C4 0.52 1.03 0.41 0.14 0.83 0.34 0.88 0.36 0.99 0.68 1.06 0.91 1.01 0.79 0.67 0.37 0.68 0.54 0.30 0.11 0.16 0.11
C4' 0.61 1.60 0.66 0.66 1.18 0.55 1.29 0.57 1.58 0.82 1.73 1.33 1.69 1.07 0.87 0.59 1.10 0.59 0.45 0.15 0.12 0.26
C5 0.33 0.97 0.18 0.16 0.73 0.29 0.83 0.37 0.99 0.54 1.05 0.80 1.04 0.70 0.52 0.19 0.75 0.40 0.27 0.06 0.08 0.09
C5' 0.85 1.80 1.00 0.91 1.41 0.75 1.53 0.74 1.81 1.07 1.94 1.55 1.94 1.32 1.11 0.94 1.27 0.77 0.64 0.33 0.25 0.44
C6 0.32 1.10 0.08 0.27 0.79 0.32 0.89 0.41 1.11 0.54 1.21 0.89 1.18 0.73 0.54 0.13 0.83 0.41 0.27 0.06 0.08 0.10
N1 0.40 1.20 0.11 0.23 0.84 0.33 0.91 0.39 1.14 0.57 1.28 0.98 1.18 0.74 0.59 0.12 0.81 0.47 0.27 0.06 0.08 0.08
N3 0.59 1.14 0.44 0.18 0.89 0.40 0.92 0.39 1.04 0.72 1.15 1.01 1.05 0.82 0.72 0.42 0.71 0.61 0.31 0.13 0.18 0.13
N4 0.62 0.97 0.61 0.27 0.87 0.40 0.93 0.38 1.00 0.81 1.01 0.90 1.03 0.91 0.77 0.52 0.61 0.61 0.34 0.15 0.23 0.16
O2 0.56 1.25 0.32 0.19 0.90 0.40 0.92 0.40 1.09 0.65 1.25 1.07 1.10 0.77 0.69 0.33 0.78 0.60 0.30 0.11 0.15 0.11
O2' 0.48 1.46 0.33 0.39 0.99 0.40 1.05 0.43 1.32 0.61 1.52 1.20 1.38 0.81 0.69 0.31 0.94 0.52 0.29 0.15 0.14 0.09
O3' 0.75 1.77 0.84 0.75 1.28 0.61 1.33 0.55 1.64 0.83 1.84 1.51 1.71 1.06 0.95 0.94 1.25 0.66 0.51 0.13 0.16 0.26
O4' 0.39 1.34 0.29 0.43 0.95 0.38 1.08 0.46 1.36 0.66 1.49 1.06 1.47 0.89 0.66 0.21 0.87 0.44 0.28 0.08 0.09 0.14
O5' 0.39 1.55 0.58 0.61 1.07 0.50 1.24 0.58 1.58 0.71 1.72 1.22 1.74 1.01 0.71 0.55 0.85 0.35 0.24 0.52 0.62 0.41
OP1 0.32 1.31 0.58 0.68 0.88 0.57 1.14 0.47 1.49 0.59 1.56 0.96 1.73 0.95 0.52 0.67 0.91 0.32 0.51 0.53 0.60 0.46
OP2 1.02 0.72 0.83 1.31 0.44 1.55 0.61 1.56 0.90 0.72 0.97 0.40 1.15 0.64 0.65 0.86 1.33 1.33 1.50 1.71 1.71 1.56
P 0.31 1.14 0.43 0.73 0.60 0.79 0.82 0.79 1.22 0.23 1.36 0.77 1.43 0.59 0.17 0.55 0.87 0.51 0.79 0.99 1.09 0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.43 0.38 0.47 0.41
C2 0.04 0.00 0.31 0.26 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.29 0.15 0.55 0.64 0.64 0.61
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.14 0.02 0.04 0.23 0.10 0.23 0.22 0.33 0.06 0.16 0.04 0.01 0.03 0.03 0.70 0.67 0.73 0.73
C3' 0.03 0.26 0.01 0.00 0.19 0.01 0.19 0.02 0.23 0.13 0.25 0.23 0.23 0.16 0.11 0.01 0.01 0.02 0.29 0.33 0.37 0.28
C4 0.02 0.01 0.14 0.19 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.21 0.23 0.08 0.61 0.67 0.68 0.64
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.08 0.04 0.24 0.02 0.01 0.02 0.12 0.20 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.19 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.31 0.17 0.05 0.73 0.85 0.84 0.79
C5' 0.08 0.12 0.23 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.18 0.16 0.15 0.10 0.22 0.17 0.11 0.03 0.22 0.02 0.01 0.21 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.23 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.31 0.18 0.08 0.73 0.88 0.87 0.81
C8 0.02 0.01 0.23 0.13 0.01 0.07 0.01 0.16 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.36 0.17 0.09 0.77 0.84 0.82 0.80
N1 0.03 0.00 0.22 0.25 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.26 0.24 0.12 0.65 0.78 0.77 0.73
N3 0.03 0.01 0.33 0.23 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.30 0.14 0.50 0.56 0.57 0.54
N6 0.04 0.02 0.06 0.23 0.02 0.10 0.03 0.22 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.07 0.04 0.36 0.16 0.08 0.80 1.01 0.98 0.91
N7 0.02 0.01 0.16 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.39 0.14 0.05 0.81 0.95 0.92 0.88
N9 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.20 0.22 0.02 0.62 0.63 0.65 0.62
O2' 0.02 0.24 0.01 0.01 0.21 0.24 0.31 0.03 0.31 0.36 0.26 0.23 0.36 0.39 0.20 0.00 0.04 0.16 0.42 0.37 0.54 0.53
O3' 0.34 0.29 0.03 0.01 0.23 0.02 0.17 0.22 0.18 0.17 0.24 0.30 0.16 0.14 0.22 0.04 0.00 0.23 0.33 0.35 0.33 0.32
O4' 0.01 0.15 0.03 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.12 0.14 0.08 0.05 0.02 0.16 0.23 0.00 0.22 0.16 0.28 0.16
O5' 0.43 0.55 0.70 0.29 0.61 0.02 0.73 0.01 0.73 0.77 0.65 0.50 0.80 0.81 0.62 0.42 0.33 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.38 0.64 0.67 0.33 0.67 0.12 0.85 0.21 0.88 0.84 0.78 0.56 1.01 0.95 0.63 0.37 0.35 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.64 0.73 0.37 0.68 0.20 0.84 0.21 0.87 0.82 0.77 0.57 0.98 0.92 0.65 0.54 0.33 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.41 0.61 0.73 0.28 0.64 0.03 0.79 0.01 0.81 0.80 0.73 0.54 0.91 0.88 0.62 0.53 0.32 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00