ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52271

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.007, 0.032, 0.057, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.009, 0.101, 0.193, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.101 std_dev=0.092
O4' A 0, 0.020, 0.119, 0.218, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.119 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.039, 0.154, 0.270, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.154 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.050, 0.167, 0.283, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.167 std_dev=0.117
C3' A 0, 0.025, 0.164, 0.304, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.164 std_dev=0.140
C5' A 0, 0.036, 0.240, 0.445, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.240 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.043, 0.264, 0.486, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.264 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.243, 0.474, 0.704, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.474 std_dev=0.231
P B 0, 0.238, 0.473, 0.707, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.473 std_dev=0.234
O5' A 0, 0.031, 0.301, 0.571, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.301 std_dev=0.270
O5' B 0, 0.256, 0.531, 0.806, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.531 std_dev=0.275
OP2 B 0, 0.205, 0.484, 0.763, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.484 std_dev=0.279
OP2 A 0, 0.075, 0.412, 0.748, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.412 std_dev=0.336
C5' B 0, 0.308, 0.649, 0.990, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.649 std_dev=0.341
P A 0, 0.028, 0.390, 0.752, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.390 std_dev=0.362
C4' B 0, 0.344, 0.716, 1.087, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.716 std_dev=0.372
O3' B 0, 0.272, 0.646, 1.021, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.646 std_dev=0.374
C3' B 0, 0.331, 0.715, 1.099, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.715 std_dev=0.384
OP1 A 0, 0.085, 0.486, 0.886, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.486 std_dev=0.401
C2' B 0, 0.388, 0.830, 1.272, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.830 std_dev=0.442
O4' B 0, 0.407, 0.865, 1.322, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.865 std_dev=0.458
O2' B 0, 0.401, 0.882, 1.364, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.882 std_dev=0.481
C1' B 0, 0.443, 0.929, 1.414, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.929 std_dev=0.485
N9 B 0, 0.476, 1.001, 1.525, 1.518 max_d=1.518 avg_d=1.001 std_dev=0.524
C8 B 0, 0.482, 1.023, 1.564, 1.587 max_d=1.587 avg_d=1.023 std_dev=0.541
C4 B 0, 0.528, 1.125, 1.723, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.125 std_dev=0.597
N7 B 0, 0.538, 1.160, 1.782, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.160 std_dev=0.622
N3 B 0, 0.554, 1.195, 1.835, 1.869 max_d=1.869 avg_d=1.195 std_dev=0.640
C5 B 0, 0.563, 1.212, 1.861, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.212 std_dev=0.649
C2 B 0, 0.613, 1.340, 2.067, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.340 std_dev=0.727
C6 B 0, 0.620, 1.358, 2.095, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.358 std_dev=0.738
N1 B 0, 0.644, 1.412, 2.181, 2.265 max_d=2.265 avg_d=1.412 std_dev=0.768
N6 B 0, 0.666, 1.468, 2.270, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.468 std_dev=0.802

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.05 0.04 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.10 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.08 0.07 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.09 0.09 0.11 0.09
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04
C5 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.11 0.12 0.12 0.11
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.09 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.10 0.09 0.11 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.10 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.07 0.06 0.11 0.07
N4 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.11 0.12 0.12 0.11
O2 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.04 0.04 0.04 0.11 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.03 0.05 0.09 0.14 0.17 0.13
O3' 0.02 0.08 0.03 0.00 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.03 0.08 0.08 0.13 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.10 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.09 0.06
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.10 0.06 0.07 0.11 0.04 0.09 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.09 0.05 0.06 0.12 0.04 0.14 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.10 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.05 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.17 0.10 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.06 0.04 0.09 0.04 0.11 0.02 0.10 0.07 0.07 0.11 0.06 0.13 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.27 0.12 0.12 0.15 0.11 0.11 0.19 0.15 0.08 0.22 0.24 0.13 0.10 0.09 0.10 0.04 0.16 0.07 0.22 0.18 0.15
C2 0.09 0.20 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.18 0.10 0.10 0.16 0.18 0.11 0.12 0.05 0.06 0.04 0.11 0.03 0.23 0.12 0.12
C2' 0.08 0.24 0.07 0.08 0.11 0.06 0.09 0.16 0.13 0.11 0.20 0.20 0.13 0.11 0.06 0.06 0.05 0.10 0.04 0.21 0.17 0.13
C3' 0.09 0.24 0.08 0.09 0.12 0.09 0.10 0.18 0.13 0.11 0.20 0.21 0.13 0.13 0.08 0.08 0.06 0.11 0.07 0.14 0.14 0.08
C4 0.07 0.13 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.17 0.07 0.12 0.10 0.12 0.11 0.14 0.03 0.05 0.04 0.10 0.03 0.24 0.10 0.11
C4' 0.13 0.29 0.12 0.13 0.15 0.12 0.11 0.17 0.15 0.08 0.24 0.26 0.14 0.10 0.09 0.13 0.06 0.16 0.07 0.14 0.17 0.10
C5 0.08 0.14 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.16 0.08 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.04 0.06 0.07 0.12 0.05 0.23 0.18 0.15
C5' 0.12 0.28 0.12 0.12 0.15 0.11 0.12 0.15 0.15 0.10 0.23 0.25 0.14 0.12 0.09 0.13 0.08 0.15 0.07 0.12 0.19 0.08
C6 0.09 0.19 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.16 0.10 0.11 0.15 0.17 0.12 0.12 0.05 0.06 0.06 0.13 0.06 0.23 0.20 0.16
N1 0.10 0.22 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.18 0.12 0.10 0.18 0.20 0.12 0.12 0.06 0.07 0.05 0.13 0.06 0.23 0.17 0.15
N3 0.08 0.16 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.18 0.08 0.11 0.12 0.15 0.10 0.13 0.03 0.05 0.04 0.10 0.03 0.24 0.08 0.10
N4 0.07 0.10 0.06 0.06 0.04 0.06 0.09 0.16 0.08 0.14 0.07 0.09 0.12 0.17 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.24 0.08 0.09
O2 0.09 0.22 0.09 0.09 0.10 0.07 0.08 0.18 0.11 0.10 0.18 0.19 0.11 0.12 0.05 0.07 0.06 0.10 0.03 0.23 0.11 0.11
O2' 0.11 0.31 0.10 0.11 0.16 0.09 0.12 0.18 0.18 0.07 0.27 0.26 0.16 0.08 0.09 0.08 0.04 0.13 0.05 0.22 0.18 0.13
O3' 0.11 0.25 0.10 0.11 0.14 0.12 0.12 0.18 0.15 0.14 0.21 0.22 0.15 0.15 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.14 0.13 0.07
O4' 0.18 0.31 0.17 0.17 0.18 0.16 0.13 0.21 0.17 0.08 0.26 0.29 0.14 0.09 0.12 0.17 0.07 0.21 0.10 0.19 0.20 0.15
O5' 0.13 0.30 0.13 0.12 0.15 0.12 0.08 0.12 0.13 0.05 0.24 0.27 0.10 0.06 0.08 0.15 0.08 0.17 0.06 0.14 0.24 0.11
OP1 0.10 0.28 0.10 0.10 0.12 0.10 0.05 0.10 0.08 0.11 0.21 0.24 0.04 0.11 0.08 0.13 0.10 0.14 0.11 0.19 0.31 0.19
OP2 0.14 0.32 0.15 0.14 0.16 0.14 0.08 0.14 0.13 0.03 0.24 0.29 0.07 0.03 0.09 0.19 0.11 0.17 0.07 0.09 0.18 0.07
P 0.12 0.30 0.12 0.11 0.14 0.11 0.07 0.10 0.12 0.05 0.23 0.27 0.07 0.05 0.08 0.16 0.09 0.15 0.06 0.13 0.24 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.11 0.03
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.02 0.04 0.06 0.14 0.06
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.16 0.03
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.13 0.04 0.07 0.06 0.12 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.19 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.07 0.06 0.17 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.13 0.03 0.03 0.07 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.12 0.10 0.21 0.13
C5' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.16 0.01 0.23 0.00 0.22 0.30 0.16 0.09 0.25 0.31 0.18 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02 0.12 0.10 0.20 0.13
C8 0.02 0.01 0.03 0.13 0.00 0.13 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.16 0.10 0.23 0.15
N1 0.02 0.01 0.08 0.04 0.02 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.02 0.08 0.09 0.17 0.10
N3 0.02 0.01 0.09 0.07 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.13 0.02 0.03 0.05 0.13 0.05
N6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.06 0.03 0.15 0.13 0.23 0.16
N7 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.18 0.13 0.25 0.18
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.05 0.17 0.07
O2' 0.02 0.13 0.00 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.01 0.12 0.12 0.08 0.02 0.03 0.00 0.09 0.07 0.10 0.13 0.12 0.07
O3' 0.04 0.13 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.13 0.08 0.13 0.06 0.12 0.04 0.09 0.00 0.02 0.03 0.12 0.26 0.12
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.08 0.08 0.06
O5' 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.12 0.16 0.08 0.03 0.15 0.18 0.07 0.10 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.07 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.10 0.02 0.10 0.10 0.09 0.05 0.13 0.13 0.05 0.13 0.12 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.16 0.19 0.17 0.13 0.21 0.08 0.20 0.23 0.17 0.13 0.23 0.25 0.17 0.12 0.26 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.03 0.13 0.03 0.13 0.15 0.10 0.05 0.16 0.18 0.07 0.07 0.12 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00