ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52272

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.013, 0.027, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.033, 0.069, 0.105, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.069 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.016, 0.071, 0.125, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.071 std_dev=0.055
P B 0, 0.242, 0.510, 0.778, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.510 std_dev=0.268
OP1 B 0, 0.195, 0.473, 0.750, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.473 std_dev=0.278
OP2 B 0, 0.153, 0.529, 0.905, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.529 std_dev=0.376
O4' A 0, -0.051, 0.572, 1.196, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.572 std_dev=0.623
C2' A 0, 0.016, 0.640, 1.264, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.640 std_dev=0.624
O2' A 0, 0.145, 0.999, 1.853, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.999 std_dev=0.854
C3' A 0, 0.066, 0.950, 1.834, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.950 std_dev=0.884
C4' A 0, 0.023, 0.941, 1.858, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.941 std_dev=0.917
O3' A 0, 0.166, 1.285, 2.404, 2.761 max_d=2.761 avg_d=1.285 std_dev=1.119
O5' B 0, 0.043, 1.289, 2.534, 3.759 max_d=3.759 avg_d=1.289 std_dev=1.245
C5' A 0, -0.067, 1.314, 2.695, 4.068 max_d=4.068 avg_d=1.314 std_dev=1.381
C5' B 0, 0.337, 2.085, 3.832, 5.180 max_d=5.180 avg_d=2.085 std_dev=1.747
O5' A 0, -0.258, 1.934, 4.125, 6.547 max_d=6.547 avg_d=1.934 std_dev=2.191
OP2 A 0, 0.196, 2.844, 5.491, 7.770 max_d=7.770 avg_d=2.844 std_dev=2.648
C4' B 0, 0.194, 2.860, 5.525, 7.961 max_d=7.961 avg_d=2.860 std_dev=2.665
P A 0, -0.235, 2.641, 5.516, 8.518 max_d=8.518 avg_d=2.641 std_dev=2.876
C3' B 0, -0.350, 2.666, 5.683, 9.077 max_d=9.077 avg_d=2.666 std_dev=3.017
C8 B 0, 0.571, 3.684, 6.798, 8.024 max_d=8.024 avg_d=3.684 std_dev=3.113
O4' B 0, 0.360, 3.580, 6.800, 9.231 max_d=9.231 avg_d=3.580 std_dev=3.220
C2' B 0, 0.038, 3.531, 7.025, 10.251 max_d=10.251 avg_d=3.531 std_dev=3.494
N7 B 0, 0.587, 4.088, 7.588, 8.951 max_d=8.951 avg_d=4.088 std_dev=3.500
OP1 A 0, -0.610, 2.949, 6.509, 10.451 max_d=10.451 avg_d=2.949 std_dev=3.559
C1' B 0, 0.302, 4.007, 7.712, 10.529 max_d=10.529 avg_d=4.007 std_dev=3.705
N9 B 0, 0.367, 4.113, 7.859, 10.128 max_d=10.128 avg_d=4.113 std_dev=3.746
O3' B 0, -0.874, 2.912, 6.698, 11.087 max_d=11.087 avg_d=2.912 std_dev=3.786
O2' B 0, 0.026, 4.185, 8.344, 12.106 max_d=12.106 avg_d=4.185 std_dev=4.159
C5 B 0, 0.410, 4.751, 9.091, 10.687 max_d=10.687 avg_d=4.751 std_dev=4.340
C4 B 0, 0.269, 4.796, 9.323, 11.833 max_d=11.833 avg_d=4.796 std_dev=4.527
C6 B 0, 0.327, 5.413, 10.499, 12.517 max_d=12.517 avg_d=5.413 std_dev=5.086
N6 B 0, 0.415, 5.545, 10.674, 13.343 max_d=13.343 avg_d=5.545 std_dev=5.130
N3 B 0, 0.064, 5.443, 10.821, 14.203 max_d=14.203 avg_d=5.443 std_dev=5.378
N1 B 0, 0.134, 6.008, 11.882, 14.430 max_d=14.430 avg_d=6.008 std_dev=5.874
C2 B 0, 0.015, 5.989, 11.963, 15.299 max_d=15.299 avg_d=5.989 std_dev=5.974

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01 0.32 0.00 0.18 0.28 0.73 0.38
C2 0.04 0.00 0.24 0.22 0.02 0.08 0.02 0.19 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.26 0.22 0.40 0.52 1.19 0.77
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.08 0.03 0.15 0.18 0.21 0.04 0.20 0.10 0.41 0.00 0.02 0.02 0.15 0.09 0.67 0.31
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.33 0.01 0.35 0.03 0.31 0.20 0.28 0.36 0.20 0.01 0.02 0.02 0.33 0.33 0.19 0.27
C4 0.02 0.02 0.08 0.33 0.00 0.13 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.23 0.12 0.05 0.27 0.63 1.34 0.81
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.26 0.08 0.07 0.14 0.20 0.27 0.02 0.01 0.02 0.20 0.17 0.03
C5 0.02 0.02 0.15 0.35 0.01 0.24 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.43 0.14 0.14 0.11 0.48 1.15 0.60
C5' 0.06 0.19 0.18 0.03 0.24 0.01 0.31 0.00 0.30 0.13 0.21 0.27 0.28 0.11 0.21 0.01 0.02 0.20 0.06 0.03
C6 0.01 0.01 0.21 0.31 0.02 0.26 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.45 0.11 0.22 0.10 0.30 0.95 0.43
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.16 0.14 0.01 0.19 0.34 0.98 0.53
N3 0.03 0.00 0.20 0.28 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.21 0.19 0.42 0.64 1.35 0.89
N4 0.03 0.03 0.10 0.36 0.01 0.14 0.03 0.27 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.23 0.16 0.05 0.31 0.75 1.45 0.90
O2 0.09 0.01 0.41 0.20 0.03 0.20 0.03 0.28 0.03 0.04 0.03 0.05 0.00 0.35 0.40 0.37 0.52 0.53 1.14 0.81
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.23 0.27 0.43 0.11 0.45 0.16 0.06 0.23 0.35 0.00 0.03 0.18 0.32 0.39 0.48 0.21
O3' 0.32 0.26 0.02 0.02 0.12 0.02 0.14 0.21 0.11 0.14 0.21 0.16 0.40 0.03 0.00 0.21 0.62 0.85 0.46 0.62
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.19 0.05 0.37 0.18 0.21 0.00 0.31 0.40 0.61 0.40
O5' 0.18 0.40 0.15 0.33 0.27 0.02 0.11 0.02 0.10 0.19 0.42 0.31 0.52 0.32 0.62 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.28 0.52 0.09 0.33 0.63 0.20 0.48 0.20 0.30 0.34 0.64 0.75 0.53 0.39 0.85 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.73 1.19 0.67 0.19 1.34 0.17 1.15 0.06 0.95 0.98 1.35 1.45 1.14 0.48 0.46 0.61 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.77 0.31 0.27 0.81 0.03 0.60 0.03 0.43 0.53 0.89 0.90 0.81 0.21 0.62 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.84 2.22 2.32 1.67 1.90 1.30 1.66 1.01 1.77 1.31 2.03 2.20 1.66 1.33 1.70 3.09 1.90 1.26 0.73 0.06 0.32 0.20
C2 1.03 1.14 1.57 1.01 1.06 0.90 1.24 0.94 1.44 0.98 1.31 1.08 1.82 1.28 0.97 2.22 1.13 0.70 0.52 0.08 0.26 0.20
C2' 1.82 2.27 2.38 1.76 1.85 1.23 1.58 0.85 1.73 1.19 2.04 2.23 1.63 1.23 1.64 3.23 2.06 1.14 0.63 0.21 0.30 0.04
C3' 2.54 2.83 3.09 2.49 2.40 1.95 1.88 1.46 1.91 1.58 2.39 2.88 1.50 1.37 2.22 3.99 2.86 1.89 1.21 0.49 0.53 0.59
C4 0.75 0.71 1.28 0.74 0.71 0.77 0.98 0.89 1.14 0.82 0.95 0.64 1.51 1.13 0.68 1.73 0.74 0.58 0.46 0.07 0.25 0.20
C4' 2.77 3.26 3.16 2.51 2.75 2.07 2.21 1.52 2.25 1.83 2.79 3.28 1.74 1.63 2.50 4.04 2.87 2.13 1.23 0.36 0.37 0.53
C5 1.43 1.28 1.94 1.29 1.30 1.05 1.14 0.90 1.10 1.10 1.16 1.38 1.09 1.04 1.31 2.39 1.30 0.99 0.68 0.05 0.33 0.21
C5' 3.28 3.74 3.57 2.91 3.21 2.47 2.54 1.79 2.53 2.17 3.14 3.83 1.86 1.89 2.95 4.46 3.31 2.61 1.50 0.48 0.33 0.68
C6 1.81 1.89 2.30 1.60 1.79 1.27 1.53 0.97 1.50 1.34 1.68 1.97 1.32 1.26 1.70 2.90 1.71 1.25 0.76 0.06 0.33 0.20
N1 1.56 1.70 2.07 1.43 1.54 1.14 1.39 0.96 1.46 1.16 1.58 1.72 1.49 1.21 1.43 2.76 1.59 1.05 0.66 0.06 0.30 0.20
N3 0.64 0.89 1.16 0.67 0.83 0.78 1.25 0.95 1.51 0.94 1.27 0.70 1.99 1.39 0.71 1.72 0.72 0.55 0.44 0.09 0.22 0.20
N4 0.29 0.70 0.70 0.31 0.63 0.72 1.11 0.95 1.30 0.87 1.07 0.44 1.68 1.32 0.47 1.06 0.29 0.55 0.38 0.08 0.16 0.17
O2 0.94 1.19 1.47 0.95 1.07 0.90 1.36 0.99 1.64 1.02 1.47 1.05 2.11 1.40 0.94 2.16 1.10 0.67 0.51 0.09 0.26 0.22
O2' 1.56 2.26 2.07 1.48 1.77 0.89 1.64 0.57 1.86 1.20 2.13 2.13 1.90 1.38 1.49 2.93 1.81 0.83 0.46 0.60 0.57 0.46
O3' 2.45 2.76 3.03 2.51 2.27 1.90 1.74 1.37 1.80 1.42 2.30 2.80 1.44 1.23 2.09 3.98 2.98 1.79 1.12 0.43 0.49 0.49
O4' 2.39 2.87 2.74 2.06 2.46 1.75 2.07 1.33 2.13 1.69 2.54 2.86 1.75 1.58 2.22 3.53 2.32 1.82 1.03 0.22 0.37 0.40
O5' 3.15 3.42 3.44 2.87 2.89 2.42 2.16 1.70 2.11 1.89 2.75 3.56 1.40 1.54 2.70 4.39 3.35 2.54 1.37 0.25 0.33 0.49
OP1 3.33 3.48 3.60 3.22 2.92 2.68 2.14 1.83 2.08 1.93 2.75 3.64 1.39 1.56 2.77 4.51 3.84 2.74 1.61 0.74 0.85 0.85
OP2 3.60 3.38 3.85 3.52 3.07 2.95 2.31 2.12 2.16 2.22 2.70 3.67 1.55 1.84 3.01 4.67 4.10 2.98 2.03 1.16 1.29 1.34
P 3.37 3.52 3.59 3.15 3.01 2.65 2.24 1.83 2.17 2.02 2.81 3.71 1.50 1.67 2.85 4.49 3.72 2.76 1.61 0.63 0.81 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.04 0.08 0.01 0.03 0.00 0.02 0.34 0.01 0.10 0.66 0.36 0.28
C2 0.07 0.00 0.32 0.32 0.02 0.17 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.33 0.28 0.23 0.73 0.59 0.29
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.17 0.01 0.10 0.23 0.16 0.16 0.26 0.32 0.13 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.48 0.91 0.56 0.63
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.28 0.01 0.35 0.02 0.38 0.32 0.36 0.27 0.42 0.37 0.22 0.02 0.01 0.02 0.16 0.25 0.27 0.13
C4 0.04 0.02 0.17 0.28 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.17 0.15 0.24 0.73 0.45 0.22
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.23 0.12 0.16 0.14 0.21 0.09 0.29 0.03 0.01 0.03 0.07 0.35 0.10
C5 0.01 0.01 0.10 0.35 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.28 0.05 0.06 0.40 0.70 0.52 0.21
C5' 0.08 0.17 0.23 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.08 0.22 0.11 0.16 0.14 0.21 0.06 0.08 0.21 0.02 0.02 0.25 0.38 0.03
C6 0.01 0.01 0.16 0.38 0.01 0.10 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.27 0.11 0.12 0.42 0.68 0.62 0.28
C8 0.04 0.02 0.16 0.32 0.00 0.23 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.36 0.14 0.18 0.42 0.75 0.34 0.07
N1 0.04 0.01 0.26 0.36 0.02 0.12 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.23 0.21 0.33 0.70 0.62 0.30
N3 0.08 0.01 0.32 0.27 0.01 0.16 0.02 0.16 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.35 0.28 0.16 0.73 0.52 0.28
N6 0.01 0.01 0.13 0.42 0.01 0.14 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.31 0.13 0.08 0.52 0.64 0.72 0.34
N7 0.03 0.01 0.09 0.37 0.02 0.21 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.38 0.15 0.11 0.51 0.68 0.52 0.18
N9 0.00 0.02 0.01 0.22 0.00 0.09 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.21 0.11 0.01 0.21 0.74 0.34 0.19
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.17 0.29 0.28 0.08 0.27 0.36 0.20 0.14 0.31 0.38 0.21 0.00 0.03 0.20 0.39 0.91 0.64 0.60
O3' 0.34 0.33 0.03 0.01 0.17 0.03 0.05 0.21 0.11 0.14 0.23 0.35 0.13 0.15 0.11 0.03 0.00 0.26 0.13 0.36 0.36 0.19
O4' 0.01 0.28 0.02 0.02 0.15 0.01 0.06 0.02 0.12 0.18 0.21 0.28 0.08 0.11 0.01 0.20 0.26 0.00 0.23 0.31 0.47 0.19
O5' 0.10 0.23 0.48 0.16 0.24 0.03 0.40 0.02 0.42 0.42 0.33 0.16 0.52 0.51 0.21 0.39 0.13 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.66 0.73 0.91 0.25 0.73 0.07 0.70 0.25 0.68 0.75 0.70 0.73 0.64 0.68 0.74 0.91 0.36 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.59 0.56 0.27 0.45 0.35 0.52 0.38 0.62 0.34 0.62 0.52 0.72 0.52 0.34 0.64 0.36 0.47 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.29 0.63 0.13 0.22 0.10 0.21 0.03 0.28 0.07 0.30 0.28 0.34 0.18 0.19 0.60 0.19 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00