ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52273

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.017, 0.033, 0.048, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.021, 0.040, 0.060, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.040 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.012, 0.038, 0.064, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.036, 0.068, 0.099, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.068 std_dev=0.031
P B 0, 0.092, 0.232, 0.372, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.232 std_dev=0.140
O4' A 0, 0.161, 0.306, 0.452, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.306 std_dev=0.145
C2' A 0, 0.217, 0.410, 0.602, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.410 std_dev=0.192
C3' A 0, 0.314, 0.585, 0.857, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.585 std_dev=0.271
C4' A 0, 0.224, 0.514, 0.805, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.514 std_dev=0.291
O2' A 0, 0.335, 0.630, 0.925, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.630 std_dev=0.295
O5' A 0, 0.192, 0.538, 0.884, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.538 std_dev=0.346
OP2 B 0, 0.409, 0.776, 1.144, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.776 std_dev=0.367
O3' A 0, 0.398, 0.774, 1.149, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.774 std_dev=0.375
OP1 B 0, 0.457, 0.884, 1.310, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.884 std_dev=0.427
O5' B 0, 0.479, 0.933, 1.388, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.933 std_dev=0.454
C5' A 0, 0.492, 1.026, 1.560, 1.578 max_d=1.578 avg_d=1.026 std_dev=0.534
P A 0, 0.319, 0.911, 1.502, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.911 std_dev=0.592
C5' B 0, 0.236, 0.872, 1.507, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.872 std_dev=0.636
OP2 A 0, 0.348, 1.043, 1.737, 1.944 max_d=1.944 avg_d=1.043 std_dev=0.695
OP1 A 0, 0.288, 1.144, 2.000, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.144 std_dev=0.856
C4' B 0, 1.249, 2.569, 3.890, 3.955 max_d=3.955 avg_d=2.569 std_dev=1.320
O4' B 0, 2.013, 3.973, 5.932, 5.870 max_d=5.870 avg_d=3.973 std_dev=1.960
C3' B 0, 2.131, 4.145, 6.160, 6.032 max_d=6.032 avg_d=4.145 std_dev=2.015
O3' B 0, 2.041, 4.651, 7.261, 7.699 max_d=7.699 avg_d=4.651 std_dev=2.610
C1' B 0, 2.911, 5.638, 8.366, 8.165 max_d=8.165 avg_d=5.638 std_dev=2.728
C2' B 0, 2.981, 5.713, 8.445, 8.161 max_d=8.161 avg_d=5.713 std_dev=2.732
C8 B 0, 3.063, 6.083, 9.103, 9.058 max_d=9.058 avg_d=6.083 std_dev=3.020
N9 B 0, 3.141, 6.320, 9.498, 9.535 max_d=9.535 avg_d=6.320 std_dev=3.178
O2' B 0, 3.856, 7.265, 10.675, 10.118 max_d=10.118 avg_d=7.265 std_dev=3.410
N7 B 0, 3.340, 6.995, 10.649, 10.932 max_d=10.932 avg_d=6.995 std_dev=3.655
C4 B 0, 3.499, 7.485, 11.470, 11.883 max_d=11.883 avg_d=7.485 std_dev=3.985
C5 B 0, 3.612, 7.907, 12.201, 12.754 max_d=12.754 avg_d=7.907 std_dev=4.295
N3 B 0, 3.687, 8.134, 12.580, 13.189 max_d=13.189 avg_d=8.134 std_dev=4.447
C6 B 0, 3.962, 9.184, 14.405, 15.355 max_d=15.355 avg_d=9.184 std_dev=5.222
C2 B 0, 4.000, 9.294, 14.588, 15.550 max_d=15.550 avg_d=9.294 std_dev=5.294
N6 B 0, 4.116, 9.777, 15.438, 16.583 max_d=16.583 avg_d=9.777 std_dev=5.661
N1 B 0, 4.150, 9.863, 15.577, 16.716 max_d=16.716 avg_d=9.863 std_dev=5.714

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.30 0.07
C2 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04 0.02 0.04 0.06 0.45 0.16
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.16 0.22 0.14 0.10
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.05 0.10 0.06 0.08 0.11 0.07 0.01 0.00 0.03 0.30 0.31 0.09 0.22
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.15 0.00 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.04 0.04 0.24 0.58 0.28
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.18 0.08 0.08 0.17 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.11 0.25 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.20 0.00 0.49 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.06 0.05 0.28 0.58 0.30
C5' 0.06 0.21 0.03 0.05 0.43 0.01 0.49 0.00 0.42 0.24 0.31 0.48 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.15 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.18 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.06 0.04 0.18 0.49 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.06 0.41 0.14
N3 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.08 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.05 0.02 0.04 0.14 0.52 0.22
N4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.17 0.01 0.48 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.05 0.05 0.32 0.64 0.34
O2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.06 0.03 0.04 0.05 0.40 0.12
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.09 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.12 0.10 0.14 0.00 0.04 0.04 0.03 0.19 0.17 0.04
O3' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.10 0.04 0.05 0.10 0.06 0.04 0.00 0.01 0.29 0.39 0.11 0.27
O4' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.08 0.06 0.30 0.10
O5' 0.04 0.04 0.16 0.30 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.29 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.06 0.22 0.31 0.24 0.11 0.28 0.15 0.18 0.06 0.14 0.32 0.05 0.19 0.39 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.45 0.14 0.09 0.58 0.25 0.58 0.36 0.49 0.41 0.52 0.64 0.40 0.17 0.11 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.10 0.22 0.28 0.02 0.30 0.02 0.22 0.14 0.22 0.34 0.12 0.04 0.27 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.77 1.10 0.57 0.22 1.04 0.26 1.17 0.19 1.26 1.03 1.21 1.01 1.37 1.18 0.94 0.61 0.18 0.74 0.27 0.15 0.06 0.05
C2 1.13 1.77 0.90 0.54 1.62 0.44 1.83 0.30 1.99 1.53 1.94 1.60 2.16 1.81 1.42 0.78 0.16 0.98 0.34 0.15 0.06 0.04
C2' 0.84 1.36 0.50 0.14 1.25 0.25 1.46 0.20 1.61 1.22 1.53 1.20 1.80 1.47 1.09 0.49 0.37 0.84 0.29 0.16 0.13 0.06
C3' 0.40 0.68 0.29 0.31 0.66 0.10 0.83 0.10 0.91 0.72 0.82 0.59 1.07 0.88 0.58 0.48 0.80 0.51 0.11 0.24 0.05 0.15
C4 0.98 1.45 0.72 0.39 1.37 0.37 1.53 0.27 1.62 1.35 1.56 1.33 1.72 1.56 1.23 0.61 0.12 0.91 0.32 0.14 0.06 0.04
C4' 0.24 0.20 0.45 0.42 0.25 0.23 0.30 0.22 0.30 0.33 0.24 0.21 0.37 0.37 0.26 0.64 0.77 0.28 0.10 0.35 0.11 0.28
C5 0.59 0.76 0.41 0.09 0.76 0.17 0.84 0.16 0.86 0.80 0.81 0.72 0.91 0.89 0.72 0.47 0.38 0.65 0.24 0.14 0.08 0.04
C5' 0.64 0.82 1.04 1.03 0.70 0.75 0.66 0.66 0.73 0.52 0.82 0.78 0.72 0.54 0.62 1.14 1.32 0.36 0.49 0.73 0.44 0.66
C6 0.56 0.70 0.42 0.10 0.71 0.16 0.79 0.14 0.81 0.75 0.75 0.67 0.86 0.83 0.67 0.51 0.38 0.62 0.23 0.14 0.09 0.05
N1 0.82 1.19 0.60 0.26 1.12 0.28 1.27 0.21 1.36 1.11 1.30 1.09 1.47 1.28 1.01 0.60 0.16 0.78 0.28 0.14 0.05 0.04
N3 1.23 1.93 0.99 0.64 1.77 0.50 2.00 0.33 2.16 1.69 2.10 1.75 2.32 1.98 1.56 0.82 0.22 1.06 0.36 0.16 0.09 0.05
N4 1.09 1.60 0.81 0.49 1.52 0.43 1.69 0.31 1.77 1.52 1.71 1.48 1.85 1.73 1.38 0.63 0.14 0.99 0.34 0.15 0.12 0.05
O2 1.30 2.13 1.09 0.71 1.90 0.53 2.15 0.34 2.37 1.75 2.33 1.90 2.59 2.08 1.64 0.93 0.31 1.09 0.37 0.16 0.08 0.05
O2' 0.99 1.59 0.66 0.30 1.44 0.36 1.66 0.27 1.84 1.37 1.78 1.41 2.05 1.64 1.25 0.63 0.19 0.94 0.36 0.15 0.15 0.07
O3' 0.37 0.73 0.29 0.41 0.69 0.13 0.89 0.11 1.01 0.75 0.90 0.61 1.21 0.95 0.58 0.51 0.95 0.51 0.10 0.27 0.08 0.17
O4' 0.45 0.47 0.42 0.14 0.50 0.12 0.54 0.11 0.54 0.56 0.49 0.46 0.57 0.59 0.50 0.58 0.36 0.48 0.17 0.19 0.06 0.11
O5' 0.32 0.65 0.69 0.60 0.47 0.30 0.51 0.22 0.66 0.29 0.72 0.54 0.75 0.39 0.35 0.79 0.82 0.14 0.08 0.30 0.11 0.14
OP1 1.12 1.88 1.50 1.38 1.54 0.96 1.65 0.80 1.91 1.21 2.01 1.66 2.06 1.44 1.28 1.50 1.55 0.67 0.53 0.79 0.26 0.61
OP2 1.27 2.01 1.65 1.56 1.73 1.11 1.87 0.95 2.12 1.45 2.17 1.80 2.28 1.71 1.47 1.62 1.72 0.83 0.72 0.92 0.47 0.77
P 0.94 1.63 1.29 1.19 1.34 0.81 1.47 0.68 1.71 1.07 1.77 1.43 1.86 1.30 1.11 1.31 1.34 0.54 0.44 0.68 0.24 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.33 0.42 0.54 0.12
C2 0.04 0.00 0.16 0.07 0.01 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.22 0.13 0.16 0.40 0.87 0.77 0.06
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.03 0.07 0.07 0.10 0.05 0.14 0.15 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.23 0.55 0.26 0.28
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.13 0.17 0.10 0.06 0.17 0.18 0.10 0.01 0.01 0.03 0.04 0.48 0.15 0.38
C4 0.03 0.01 0.09 0.09 0.00 0.07 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.05 0.08 0.37 0.83 0.76 0.03
C4' 0.00 0.11 0.03 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.13 0.24 0.09 0.11 0.19 0.22 0.10 0.11 0.03 0.00 0.01 0.22 0.02 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.14 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.04 0.04 0.33 1.04 0.82 0.09
C5' 0.09 0.27 0.07 0.01 0.28 0.00 0.41 0.00 0.42 0.47 0.35 0.22 0.51 0.51 0.28 0.05 0.11 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.13 0.01 0.42 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.04 0.08 0.32 1.12 0.83 0.10
C8 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.24 0.01 0.47 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.19 0.10 0.09 0.36 0.91 0.80 0.15
N1 0.02 0.00 0.14 0.10 0.01 0.09 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.07 0.12 0.35 1.03 0.80 0.05
N3 0.04 0.00 0.15 0.06 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.21 0.14 0.16 0.40 0.75 0.74 0.09
N6 0.01 0.02 0.08 0.17 0.02 0.19 0.02 0.51 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.14 0.07 0.07 0.27 1.27 0.83 0.19
N7 0.02 0.02 0.04 0.18 0.02 0.22 0.00 0.51 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.18 0.10 0.05 0.33 1.12 0.86 0.17
N9 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01 0.36 0.70 0.71 0.07
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.12 0.11 0.13 0.05 0.14 0.19 0.18 0.21 0.14 0.18 0.09 0.00 0.02 0.10 0.12 0.44 0.23 0.28
O3' 0.10 0.13 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.11 0.04 0.10 0.07 0.14 0.07 0.10 0.02 0.02 0.00 0.06 0.27 0.41 0.62 0.66
O4' 0.01 0.16 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.09 0.12 0.16 0.07 0.05 0.01 0.10 0.06 0.00 0.39 0.11 0.63 0.35
O5' 0.33 0.40 0.23 0.04 0.37 0.01 0.33 0.01 0.32 0.36 0.35 0.40 0.27 0.33 0.36 0.12 0.27 0.39 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.42 0.87 0.55 0.48 0.83 0.22 1.04 0.10 1.12 0.91 1.03 0.75 1.27 1.12 0.70 0.44 0.41 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.54 0.77 0.26 0.15 0.76 0.02 0.82 0.01 0.83 0.80 0.80 0.74 0.83 0.86 0.71 0.23 0.62 0.63 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.06 0.28 0.38 0.03 0.09 0.09 0.00 0.10 0.15 0.05 0.09 0.19 0.17 0.07 0.28 0.66 0.35 0.00 0.00 0.01 0.00