Doublet Group distance statistics: 52274

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4	A	0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.008
O2	A	0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N3	A	0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N4	A	0, 0.011, 0.041, 0.071, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.041 std_dev=0.030
O4'	A	0, 0.116, 0.261, 0.407, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.261 std_dev=0.146
C4'	A	0, 0.146, 0.326, 0.506, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.326 std_dev=0.180
C2'	A	0, 0.230, 0.471, 0.712, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.471 std_dev=0.241
P	B	0, 0.254, 0.549, 0.845, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.549 std_dev=0.296
C3'	A	0, 0.286, 0.610, 0.934, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.610 std_dev=0.324
O5'	B	0, 0.212, 0.547, 0.882, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.547 std_dev=0.335
O2'	A	0, 0.339, 0.695, 1.051, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.695 std_dev=0.356
OP2	B	0, 0.353, 0.723, 1.092, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.723 std_dev=0.369
C5'	B	0, 0.331, 0.727, 1.123, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.727 std_dev=0.396
C5'	A	0, 0.343, 0.739, 1.135, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.739 std_dev=0.396
OP1	B	0, 0.361, 0.798, 1.236, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.798 std_dev=0.438
O4'	B	0, 0.346, 0.817, 1.287, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.817 std_dev=0.471
C4'	B	0, 0.379, 0.863, 1.346, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.863 std_dev=0.484
O3'	A	0, 0.403, 0.912, 1.420, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.912 std_dev=0.509
O5'	A	0, 0.404, 0.922, 1.440, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.922 std_dev=0.518
N7	B	0, 0.523, 1.152, 1.782, 1.741 max_d=1.741 avg_d=1.152 std_dev=0.630
C8	B	0, 0.497, 1.131, 1.765, 1.818 max_d=1.818 avg_d=1.131 std_dev=0.634
C5	B	0, 0.570, 1.214, 1.858, 1.845 max_d=1.845 avg_d=1.214 std_dev=0.644
N9	B	0, 0.506, 1.154, 1.803, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.154 std_dev=0.648
C4	B	0, 0.551, 1.211, 1.871, 1.976 max_d=1.976 avg_d=1.211 std_dev=0.660
C6	B	0, 0.622, 1.288, 1.954, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.288 std_dev=0.666
N6	B	0, 0.634, 1.302, 1.971, 1.824 max_d=1.824 avg_d=1.302 std_dev=0.668
C1'	B	0, 0.512, 1.203, 1.895, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.203 std_dev=0.692
N3	B	0, 0.576, 1.278, 1.981, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.278 std_dev=0.702
N1	B	0, 0.652, 1.360, 2.067, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.360 std_dev=0.707
C3'	B	0, 0.588, 1.300, 2.013, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.300 std_dev=0.713
C2	B	0, 0.627, 1.353, 2.078, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.353 std_dev=0.725
P	A	0, 0.541, 1.270, 1.999, 1.989 max_d=1.989 avg_d=1.270 std_dev=0.729
O3'	B	0, 0.687, 1.455, 2.223, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.455 std_dev=0.768
OP2	A	0, 0.639, 1.592, 2.544, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.592 std_dev=0.953
C2'	B	0, 0.611, 1.611, 2.610, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.611 std_dev=0.999
OP1	A	0, 0.791, 1.809, 2.828, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.809 std_dev=1.018
O2'	B	0, 0.781, 2.345, 3.910, 4.503 max_d=4.503 avg_d=2.345 std_dev=1.564

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.00	0.10	0.26	0.39	0.10
C2	0.02	0.00	0.06	0.12	0.01	0.07	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.12	0.02	0.17	0.21	0.50	0.13
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.05	0.03	0.06	0.05	0.09	0.00	0.02	0.01	0.04	0.29	0.34	0.07
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.14	0.00	0.13	0.03	0.12	0.09	0.14	0.14	0.12	0.03	0.00	0.02	0.03	0.26	0.31	0.05
C4	0.01	0.01	0.05	0.14	0.00	0.09	0.00	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.05	0.16	0.01	0.23	0.18	0.59	0.20
C4'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.09	0.00	0.09	0.01	0.08	0.06	0.08	0.09	0.07	0.03	0.02	0.00	0.02	0.30	0.24	0.08
C5	0.01	0.01	0.05	0.13	0.00	0.09	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.16	0.01	0.24	0.18	0.60	0.21
C5'	0.02	0.12	0.02	0.03	0.16	0.01	0.17	0.00	0.14	0.10	0.14	0.17	0.10	0.04	0.05	0.02	0.02	0.18	0.22	0.03
C6	0.00	0.01	0.05	0.12	0.00	0.08	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.12	0.01	0.22	0.15	0.55	0.17
N1	0.01	0.01	0.03	0.09	0.01	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.08	0.01	0.17	0.18	0.49	0.13
N3	0.02	0.01	0.06	0.14	0.00	0.08	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.15	0.02	0.20	0.18	0.55	0.16
N4	0.01	0.00	0.05	0.14	0.00	0.09	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.05	0.17	0.01	0.24	0.20	0.61	0.22
O2	0.03	0.01	0.09	0.12	0.02	0.07	0.02	0.10	0.02	0.02	0.02	0.02	0.00	0.08	0.12	0.03	0.14	0.27	0.45	0.12
O2'	0.03	0.06	0.00	0.03	0.05	0.03	0.03	0.04	0.02	0.03	0.06	0.05	0.08	0.00	0.06	0.04	0.05	0.36	0.29	0.10
O3'	0.01	0.12	0.02	0.00	0.16	0.02	0.16	0.05	0.12	0.08	0.15	0.17	0.12	0.06	0.00	0.01	0.08	0.36	0.25	0.12
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.00	0.10	0.25	0.35	0.10
O5'	0.10	0.17	0.04	0.03	0.23	0.02	0.24	0.02	0.22	0.17	0.20	0.24	0.14	0.05	0.08	0.10	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.26	0.21	0.29	0.26	0.18	0.30	0.18	0.18	0.15	0.18	0.18	0.20	0.27	0.36	0.36	0.25	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.39	0.50	0.34	0.31	0.59	0.24	0.60	0.22	0.55	0.49	0.55	0.61	0.45	0.29	0.25	0.35	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.13	0.07	0.05	0.20	0.08	0.21	0.03	0.17	0.13	0.16	0.22	0.12	0.10	0.12	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.27	0.26	0.60	0.11	0.25	0.10	0.27	0.06	0.29	0.27	0.29	0.25	0.32	0.28	0.25	1.15	0.10	0.19	0.11	0.17	0.05	0.07
C2	0.23	0.25	0.57	0.09	0.23	0.08	0.26	0.09	0.29	0.26	0.28	0.23	0.32	0.27	0.23	1.04	0.11	0.15	0.16	0.11	0.06	0.04
C2'	0.20	0.26	0.56	0.08	0.22	0.08	0.25	0.04	0.29	0.23	0.29	0.22	0.33	0.25	0.21	1.07	0.07	0.19	0.11	0.17	0.06	0.08
C3'	0.14	0.24	0.55	0.05	0.18	0.10	0.22	0.09	0.27	0.17	0.28	0.19	0.31	0.21	0.15	1.06	0.05	0.24	0.14	0.24	0.13	0.15
C4	0.25	0.31	0.62	0.12	0.29	0.08	0.32	0.07	0.34	0.29	0.33	0.28	0.37	0.32	0.26	1.03	0.11	0.19	0.13	0.11	0.06	0.04
C4'	0.24	0.26	0.62	0.11	0.24	0.11	0.27	0.10	0.29	0.25	0.29	0.23	0.32	0.27	0.23	1.19	0.10	0.23	0.09	0.25	0.09	0.13
C5	0.30	0.32	0.68	0.16	0.31	0.12	0.34	0.07	0.35	0.32	0.34	0.31	0.37	0.34	0.30	1.13	0.12	0.24	0.09	0.17	0.05	0.08
C5'	0.19	0.25	0.59	0.10	0.22	0.16	0.25	0.20	0.29	0.22	0.29	0.22	0.32	0.25	0.20	1.16	0.10	0.30	0.16	0.33	0.17	0.22
C6	0.30	0.31	0.67	0.15	0.30	0.12	0.32	0.08	0.34	0.31	0.33	0.29	0.36	0.33	0.29	1.17	0.12	0.22	0.09	0.18	0.05	0.08
N1	0.27	0.28	0.62	0.12	0.26	0.10	0.29	0.05	0.31	0.28	0.30	0.26	0.34	0.29	0.26	1.13	0.11	0.19	0.12	0.15	0.05	0.06
N3	0.22	0.27	0.57	0.10	0.24	0.07	0.28	0.11	0.31	0.26	0.30	0.24	0.34	0.28	0.23	0.99	0.13	0.14	0.17	0.09	0.07	0.04
N4	0.22	0.33	0.59	0.10	0.30	0.07	0.33	0.08	0.36	0.27	0.35	0.30	0.38	0.32	0.26	0.91	0.10	0.21	0.14	0.08	0.07	0.04
O2	0.22	0.22	0.53	0.09	0.20	0.09	0.23	0.13	0.25	0.24	0.25	0.19	0.29	0.24	0.21	0.99	0.13	0.12	0.18	0.10	0.06	0.04
O2'	0.27	0.29	0.57	0.12	0.27	0.12	0.30	0.09	0.32	0.29	0.32	0.27	0.35	0.31	0.27	1.10	0.12	0.19	0.13	0.16	0.07	0.08
O3'	0.10	0.23	0.53	0.05	0.16	0.12	0.21	0.13	0.26	0.15	0.27	0.18	0.30	0.19	0.12	1.04	0.06	0.25	0.18	0.27	0.17	0.18
O4'	0.31	0.28	0.66	0.16	0.28	0.13	0.29	0.09	0.31	0.30	0.30	0.27	0.33	0.30	0.29	1.24	0.14	0.21	0.09	0.20	0.05	0.09
O5'	0.40	0.43	0.65	0.33	0.42	0.39	0.43	0.41	0.44	0.43	0.44	0.42	0.44	0.44	0.42	1.22	0.31	0.48	0.22	0.51	0.28	0.38
OP1	0.38	0.36	0.78	0.30	0.35	0.23	0.38	0.28	0.41	0.37	0.40	0.34	0.45	0.39	0.35	1.38	0.29	0.24	0.36	0.30	0.33	0.30
OP2	0.59	0.48	0.99	0.49	0.50	0.41	0.48	0.42	0.46	0.52	0.46	0.50	0.44	0.49	0.53	1.58	0.45	0.36	0.62	0.37	0.61	0.50
P	0.34	0.28	0.74	0.21	0.28	0.15	0.29	0.22	0.30	0.30	0.29	0.27	0.32	0.30	0.29	1.37	0.19	0.19	0.31	0.25	0.27	0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.07	0.02	0.01	0.03	0.05	0.03	0.00	0.01	0.02	0.25	0.00	0.13	0.29	0.26	0.16
C2	0.05	0.00	0.17	0.03	0.00	0.16	0.01	0.29	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.31	0.33	0.22	0.22	0.26	0.35	0.20
C2'	0.00	0.17	0.00	0.01	0.08	0.01	0.04	0.21	0.06	0.12	0.13	0.16	0.06	0.07	0.01	0.01	0.05	0.04	0.51	0.71	0.60	0.58
C3'	0.02	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.09	0.02	0.06	0.16	0.02	0.04	0.09	0.15	0.08	0.01	0.01	0.02	0.21	0.43	0.18	0.24
C4	0.02	0.00	0.08	0.03	0.00	0.07	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.05	0.24	0.12	0.17	0.24	0.34	0.18
C4'	0.02	0.16	0.01	0.00	0.07	0.00	0.04	0.01	0.09	0.09	0.14	0.15	0.08	0.04	0.02	0.19	0.02	0.01	0.02	0.19	0.15	0.06
C5	0.01	0.01	0.04	0.09	0.00	0.04	0.00	0.18	0.02	0.01	0.01	0.00	0.04	0.01	0.01	0.12	0.17	0.07	0.16	0.22	0.34	0.18
C5'	0.07	0.29	0.21	0.02	0.20	0.01	0.18	0.00	0.25	0.04	0.28	0.26	0.25	0.10	0.10	0.04	0.14	0.03	0.00	0.05	0.08	0.02
C6	0.02	0.00	0.06	0.06	0.01	0.09	0.02	0.25	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.03	0.02	0.05	0.21	0.13	0.19	0.23	0.35	0.19
C8	0.01	0.01	0.12	0.16	0.00	0.09	0.01	0.04	0.03	0.00	0.02	0.01	0.06	0.00	0.00	0.44	0.08	0.10	0.11	0.19	0.31	0.14
N1	0.03	0.01	0.13	0.02	0.01	0.14	0.01	0.28	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.18	0.28	0.18	0.21	0.24	0.36	0.20
N3	0.05	0.00	0.16	0.04	0.00	0.15	0.00	0.26	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.31	0.33	0.22	0.21	0.26	0.34	0.20
N6	0.03	0.00	0.06	0.09	0.03	0.08	0.04	0.25	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.07	0.05	0.14	0.19	0.11	0.20	0.23	0.35	0.20
N7	0.00	0.01	0.07	0.15	0.00	0.04	0.01	0.10	0.03	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.00	0.36	0.08	0.05	0.12	0.19	0.32	0.15
N9	0.01	0.01	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.10	0.02	0.00	0.01	0.01	0.05	0.00	0.00	0.15	0.17	0.02	0.13	0.23	0.31	0.16
O2'	0.02	0.31	0.01	0.01	0.05	0.19	0.12	0.04	0.05	0.44	0.18	0.31	0.14	0.36	0.15	0.00	0.11	0.09	0.44	0.75	0.76	0.61
O3'	0.25	0.33	0.05	0.01	0.24	0.02	0.17	0.14	0.21	0.08	0.28	0.33	0.19	0.08	0.17	0.11	0.00	0.18	0.15	0.22	0.09	0.11
O4'	0.00	0.22	0.04	0.02	0.12	0.01	0.07	0.03	0.13	0.10	0.18	0.22	0.11	0.05	0.02	0.09	0.18	0.00	0.16	0.12	0.36	0.21
O5'	0.13	0.22	0.51	0.21	0.17	0.02	0.16	0.00	0.19	0.11	0.21	0.21	0.20	0.12	0.13	0.44	0.15	0.16	0.00	0.04	0.03	0.02
OP1	0.29	0.26	0.71	0.43	0.24	0.19	0.22	0.05	0.23	0.19	0.24	0.26	0.23	0.19	0.23	0.75	0.22	0.12	0.04	0.00	0.01	0.01
OP2	0.26	0.35	0.60	0.18	0.34	0.15	0.34	0.08	0.35	0.31	0.36	0.34	0.35	0.32	0.31	0.76	0.09	0.36	0.03	0.01	0.00	0.01
P	0.16	0.20	0.58	0.24	0.18	0.06	0.18	0.02	0.19	0.14	0.20	0.20	0.20	0.15	0.16	0.61	0.11	0.21	0.02	0.01	0.01	0.00