ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52275

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.004, 0.031, 0.058, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.031 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.016, 0.052, 0.088, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.052 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.029, 0.113, 0.196, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.113 std_dev=0.084
OP1 B 0, 0.232, 0.580, 0.928, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.580 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.140, 0.517, 0.894, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.517 std_dev=0.377
O4' A 0, -0.052, 0.441, 0.933, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.441 std_dev=0.493
C2' A 0, -0.049, 0.450, 0.949, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.450 std_dev=0.499
P B 0, 0.053, 0.569, 1.084, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.569 std_dev=0.515
O2' A 0, -0.063, 0.569, 1.201, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.569 std_dev=0.632
C4' A 0, -0.077, 0.651, 1.380, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.651 std_dev=0.729
C3' A 0, -0.062, 0.668, 1.399, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.668 std_dev=0.730
O3' A 0, -0.062, 0.841, 1.743, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.841 std_dev=0.902
O5' B 0, -0.059, 1.279, 2.617, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.279 std_dev=1.338
C5' A 0, -0.193, 1.196, 2.586, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.196 std_dev=1.390
O5' A 0, -0.440, 1.787, 4.014, 5.559 max_d=5.559 avg_d=1.787 std_dev=2.227
C5' B 0, -0.230, 2.033, 4.296, 5.306 max_d=5.306 avg_d=2.033 std_dev=2.263
N7 B 0, -0.208, 2.269, 4.746, 5.560 max_d=5.560 avg_d=2.269 std_dev=2.477
C8 B 0, -0.207, 2.296, 4.799, 5.512 max_d=5.512 avg_d=2.296 std_dev=2.503
P A 0, -0.676, 2.510, 5.696, 8.102 max_d=8.102 avg_d=2.510 std_dev=3.186
C4' B 0, -0.424, 2.884, 6.191, 8.010 max_d=8.010 avg_d=2.884 std_dev=3.308
OP2 A 0, -0.728, 2.778, 6.283, 9.003 max_d=9.003 avg_d=2.778 std_dev=3.505
O4' B 0, -0.396, 3.180, 6.755, 8.137 max_d=8.137 avg_d=3.180 std_dev=3.576
N9 B 0, -0.427, 3.224, 6.875, 8.083 max_d=8.083 avg_d=3.224 std_dev=3.651
C5 B 0, -0.444, 3.236, 6.915, 8.045 max_d=8.045 avg_d=3.236 std_dev=3.680
OP1 A 0, -0.738, 2.970, 6.679, 9.311 max_d=9.311 avg_d=2.970 std_dev=3.708
N6 B 0, -0.493, 3.278, 7.050, 8.852 max_d=8.852 avg_d=3.278 std_dev=3.771
C3' B 0, -0.572, 3.342, 7.255, 9.785 max_d=9.785 avg_d=3.342 std_dev=3.914
C2' B 0, -0.532, 3.484, 7.500, 9.666 max_d=9.666 avg_d=3.484 std_dev=4.016
C1' B 0, -0.508, 3.551, 7.610, 9.344 max_d=9.344 avg_d=3.551 std_dev=4.059
C6 B 0, -0.574, 3.713, 8.000, 9.589 max_d=9.589 avg_d=3.713 std_dev=4.287
C4 B 0, -0.568, 3.835, 8.238, 9.325 max_d=9.325 avg_d=3.835 std_dev=4.403
O3' B 0, -0.796, 4.096, 8.988, 12.292 max_d=12.292 avg_d=4.096 std_dev=4.892
O2' B 0, -0.749, 4.152, 9.052, 12.114 max_d=12.114 avg_d=4.152 std_dev=4.901
N1 B 0, -0.799, 4.701, 10.201, 11.986 max_d=11.986 avg_d=4.701 std_dev=5.500
N3 B 0, -0.786, 4.830, 10.446, 11.908 max_d=11.908 avg_d=4.830 std_dev=5.616
C2 B 0, -0.877, 5.190, 11.256, 12.769 max_d=12.769 avg_d=5.190 std_dev=6.067

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.21 0.15 0.35 0.22
C2 0.05 0.00 0.12 0.20 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.18 0.11 0.50 0.43 1.00 0.64
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.19 0.02 0.22 0.04 0.07 0.07 0.25 0.00 0.01 0.01 0.32 0.35 0.46 0.35
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.11 0.01 0.06 0.02 0.10 0.07 0.20 0.13 0.25 0.02 0.01 0.02 0.40 0.51 0.43 0.41
C4 0.03 0.01 0.07 0.11 0.00 0.10 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.09 0.01 0.82 0.89 1.47 1.09
C4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.04 0.06 0.12 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.20 0.18 0.03
C5 0.02 0.01 0.19 0.06 0.00 0.12 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.09 0.08 0.89 0.97 1.36 1.12
C5' 0.04 0.14 0.02 0.02 0.31 0.00 0.34 0.00 0.28 0.16 0.22 0.34 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.29 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.22 0.10 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.13 0.11 0.76 0.77 1.01 0.88
N1 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.02 0.51 0.45 0.81 0.59
N3 0.05 0.01 0.07 0.20 0.00 0.06 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.19 0.07 0.67 0.66 1.31 0.89
N4 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.12 0.01 0.34 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.16 0.12 0.02 0.90 1.03 1.67 1.24
O2 0.09 0.00 0.25 0.25 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.12 0.26 0.20 0.34 0.24 0.84 0.45
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.16 0.03 0.20 0.03 0.19 0.08 0.10 0.16 0.12 0.00 0.04 0.07 0.15 0.21 0.27 0.13
O3' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.09 0.02 0.09 0.04 0.13 0.04 0.19 0.12 0.26 0.04 0.00 0.02 0.31 0.51 0.42 0.33
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.11 0.02 0.07 0.02 0.20 0.07 0.02 0.00 0.07 0.14 0.03 0.09
O5' 0.21 0.50 0.32 0.40 0.82 0.02 0.89 0.00 0.76 0.51 0.67 0.90 0.34 0.15 0.31 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.43 0.35 0.51 0.89 0.20 0.97 0.29 0.77 0.45 0.66 1.03 0.24 0.21 0.51 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 1.00 0.46 0.43 1.47 0.18 1.36 0.35 1.01 0.81 1.31 1.67 0.84 0.27 0.42 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.64 0.35 0.41 1.09 0.03 1.12 0.01 0.88 0.59 0.89 1.24 0.45 0.13 0.33 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.97 1.64 2.44 2.35 1.51 1.82 1.13 1.57 1.09 1.11 1.35 1.77 0.87 0.85 1.55 2.92 2.42 1.86 0.79 0.23 0.47 0.25
C2 1.62 1.67 1.75 1.59 1.44 1.48 1.21 1.39 1.28 1.02 1.51 1.68 1.15 0.91 1.37 1.96 1.42 1.76 0.60 0.26 0.41 0.29
C2' 1.94 1.56 2.36 2.34 1.45 1.85 1.07 1.60 1.03 1.07 1.26 1.72 0.86 0.84 1.50 2.86 2.54 1.87 0.78 0.53 0.68 0.44
C3' 2.16 1.57 2.65 2.79 1.49 2.14 1.00 1.77 0.90 1.07 1.17 1.80 0.70 0.75 1.59 3.22 3.17 1.99 0.95 0.36 0.52 0.28
C4 1.41 1.51 1.34 1.12 1.33 1.27 1.14 1.27 1.21 0.96 1.39 1.51 1.11 0.89 1.24 1.35 0.83 1.63 0.53 0.27 0.38 0.31
C4' 2.43 1.83 3.04 3.09 1.74 2.32 1.18 1.88 1.04 1.27 1.37 2.08 0.68 0.87 1.84 3.70 3.44 2.16 1.11 0.07 0.33 0.29
C5 1.46 1.22 1.67 1.61 1.14 1.42 0.92 1.39 0.93 0.87 1.07 1.29 0.84 0.72 1.17 1.79 1.48 1.54 0.66 0.25 0.45 0.25
C5' 2.78 1.96 3.42 3.58 1.92 2.73 1.25 2.17 1.03 1.43 1.40 2.29 0.54 0.93 2.08 4.11 4.06 2.44 1.44 0.31 0.12 0.57
C6 1.73 1.33 2.14 2.12 1.27 1.69 0.95 1.52 0.92 0.97 1.10 1.46 0.77 0.73 1.34 2.40 2.07 1.70 0.76 0.24 0.46 0.23
N1 1.74 1.52 2.10 2.02 1.38 1.64 1.08 1.48 1.09 1.02 1.30 1.60 0.95 0.82 1.39 2.42 1.97 1.75 0.71 0.25 0.46 0.26
N3 1.53 1.72 1.45 1.22 1.47 1.38 1.27 1.33 1.36 1.03 1.58 1.71 1.24 0.97 1.36 1.50 0.91 1.76 0.54 0.26 0.36 0.32
N4 1.44 1.64 1.14 0.78 1.45 1.27 1.27 1.25 1.34 1.05 1.52 1.63 1.22 1.01 1.33 0.97 0.29 1.70 0.53 0.31 0.29 0.39
O2 1.68 1.82 1.78 1.60 1.54 1.52 1.29 1.40 1.39 1.06 1.65 1.81 1.25 0.97 1.43 2.02 1.42 1.83 0.59 0.25 0.39 0.30
O2' 2.03 1.72 2.45 2.35 1.57 1.86 1.16 1.60 1.11 1.14 1.39 1.87 0.85 0.89 1.60 3.02 2.52 1.93 0.78 0.52 0.69 0.48
O3' 2.24 1.66 2.71 2.86 1.55 2.21 1.02 1.79 0.89 1.09 1.20 1.91 0.63 0.75 1.64 3.35 3.36 2.05 0.98 0.43 0.56 0.31
O4' 2.22 1.75 2.82 2.75 1.65 2.06 1.18 1.70 1.10 1.22 1.39 1.94 0.81 0.88 1.73 3.40 2.90 2.00 0.95 0.12 0.37 0.25
O5' 3.01 1.82 3.68 4.05 1.93 3.23 1.23 2.73 0.91 1.61 1.24 2.23 0.39 1.01 2.22 4.18 4.49 2.78 2.05 0.93 0.63 1.20
OP1 3.66 2.40 4.15 4.55 2.50 3.86 1.69 3.19 1.31 2.08 1.69 2.89 0.61 1.43 2.78 4.74 5.34 3.43 2.61 1.42 1.00 1.65
OP2 3.27 1.66 3.78 4.48 1.96 3.95 1.24 3.46 0.80 1.80 1.02 2.20 0.48 1.14 2.37 4.06 5.09 3.26 2.87 1.59 1.38 1.90
P 3.49 2.03 4.04 4.57 2.24 3.88 1.45 3.27 1.03 1.94 1.36 2.55 0.34 1.26 2.59 4.47 5.28 3.34 2.65 1.41 1.09 1.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.29 0.00 0.41 0.21 0.68 0.20
C2 0.03 0.00 0.22 0.16 0.01 0.10 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.28 0.30 0.19 0.41 0.36 0.89 0.19
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.11 0.02 0.05 0.19 0.09 0.12 0.17 0.21 0.05 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.59 0.49 0.51 0.30
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.21 0.01 0.32 0.04 0.30 0.36 0.24 0.11 0.35 0.39 0.22 0.03 0.01 0.02 0.31 0.61 0.22 0.41
C4 0.02 0.01 0.11 0.21 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.10 0.40 0.35 0.80 0.16
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.15 0.28 0.10 0.10 0.18 0.27 0.14 0.21 0.03 0.01 0.01 0.37 0.31 0.10
C5 0.01 0.02 0.05 0.32 0.01 0.17 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.06 0.05 0.37 0.42 0.77 0.16
C5' 0.05 0.19 0.19 0.04 0.21 0.01 0.32 0.00 0.31 0.40 0.25 0.16 0.36 0.43 0.22 0.06 0.10 0.03 0.01 0.41 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.30 0.01 0.15 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.05 0.10 0.38 0.43 0.82 0.19
C8 0.01 0.02 0.12 0.36 0.01 0.28 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.34 0.19 0.11 0.35 0.40 0.63 0.12
N1 0.02 0.00 0.17 0.24 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.16 0.15 0.40 0.40 0.87 0.19
N3 0.03 0.00 0.21 0.11 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.34 0.19 0.42 0.32 0.86 0.18
N6 0.03 0.02 0.05 0.35 0.01 0.18 0.02 0.36 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.33 0.09 0.08 0.37 0.45 0.80 0.20
N7 0.01 0.02 0.06 0.39 0.01 0.27 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.36 0.21 0.06 0.34 0.46 0.66 0.15
N9 0.00 0.02 0.00 0.22 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.08 0.01 0.39 0.32 0.72 0.15
O2' 0.01 0.28 0.01 0.03 0.22 0.21 0.28 0.06 0.29 0.34 0.28 0.27 0.33 0.36 0.19 0.00 0.05 0.20 0.53 0.63 0.44 0.33
O3' 0.29 0.30 0.04 0.01 0.15 0.03 0.06 0.10 0.05 0.19 0.16 0.34 0.09 0.21 0.08 0.05 0.00 0.21 0.48 0.75 0.58 0.75
O4' 0.00 0.19 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.03 0.10 0.11 0.15 0.19 0.08 0.06 0.01 0.20 0.21 0.00 0.32 0.26 0.74 0.27
O5' 0.41 0.41 0.59 0.31 0.40 0.01 0.37 0.01 0.38 0.35 0.40 0.42 0.37 0.34 0.39 0.53 0.48 0.32 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.21 0.36 0.49 0.61 0.35 0.37 0.42 0.41 0.43 0.40 0.40 0.32 0.45 0.46 0.32 0.63 0.75 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.68 0.89 0.51 0.22 0.80 0.31 0.77 0.29 0.82 0.63 0.87 0.86 0.80 0.66 0.72 0.44 0.58 0.74 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.19 0.30 0.41 0.16 0.10 0.16 0.01 0.19 0.12 0.19 0.18 0.20 0.15 0.15 0.33 0.75 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00