ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52276

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.001, 0.048, 0.096, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.048 std_dev=0.047
O2 A 0, 0.015, 0.076, 0.136, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.076 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.030, 0.128, 0.226, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.128 std_dev=0.098
O4' A 0, 0.027, 0.131, 0.234, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.131 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.050, 0.214, 0.377, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.214 std_dev=0.163
C4' A 0, 0.051, 0.301, 0.551, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.301 std_dev=0.250
C3' A 0, 0.059, 0.316, 0.572, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.316 std_dev=0.256
OP2 B 0, 0.108, 0.394, 0.680, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.394 std_dev=0.286
O5' B 0, 0.151, 0.450, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.450 std_dev=0.299
P B 0, 0.114, 0.441, 0.767, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.441 std_dev=0.327
OP1 B 0, 0.089, 0.427, 0.765, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.427 std_dev=0.338
C5' B 0, 0.171, 0.540, 0.909, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.540 std_dev=0.369
O3' A 0, 0.056, 0.428, 0.799, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.428 std_dev=0.372
C5' A 0, 0.136, 0.529, 0.922, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.529 std_dev=0.393
OP2 A 0, 0.168, 0.729, 1.291, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.729 std_dev=0.562
C4' B 0, 0.196, 0.767, 1.339, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.767 std_dev=0.572
OP1 A 0, 0.218, 0.798, 1.378, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.798 std_dev=0.580
O4' B 0, 0.216, 0.802, 1.388, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.802 std_dev=0.586
N7 B 0, 0.253, 0.840, 1.426, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.840 std_dev=0.586
P A 0, -0.016, 0.572, 1.160, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.572 std_dev=0.588
N6 B 0, 0.298, 0.892, 1.485, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.892 std_dev=0.593
C8 B 0, 0.252, 0.860, 1.468, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.860 std_dev=0.608
C5 B 0, 0.285, 0.916, 1.547, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.916 std_dev=0.631
C6 B 0, 0.307, 0.940, 1.574, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.940 std_dev=0.634
N9 B 0, 0.272, 0.956, 1.640, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.956 std_dev=0.684
C4 B 0, 0.292, 0.978, 1.663, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.978 std_dev=0.686
N1 B 0, 0.329, 1.019, 1.709, 1.603 max_d=1.603 avg_d=1.019 std_dev=0.690
C3' B 0, 0.222, 0.917, 1.612, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.917 std_dev=0.695
C2 B 0, 0.326, 1.067, 1.808, 1.848 max_d=1.848 avg_d=1.067 std_dev=0.741
C1' B 0, 0.250, 0.999, 1.747, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.999 std_dev=0.749
N3 B 0, 0.309, 1.059, 1.810, 1.875 max_d=1.875 avg_d=1.059 std_dev=0.751
O3' B 0, 0.212, 1.005, 1.798, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.005 std_dev=0.793
O5' A 0, 0.064, 0.886, 1.709, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.886 std_dev=0.822
C2' B 0, 0.250, 1.095, 1.939, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.095 std_dev=0.845
O2' B 0, 0.213, 1.215, 2.216, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.215 std_dev=1.001

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.12 0.18 0.16 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.12 0.13 0.24 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.20 0.15 0.08
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.15 0.01 0.15 0.02 0.13 0.09 0.13 0.16 0.08 0.01 0.01 0.02 0.14 0.25 0.15 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.16 0.03 0.09 0.09 0.24 0.14
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.09 0.10 0.12 0.07 0.01 0.03 0.00 0.03 0.20 0.18 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.14 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.04 0.06 0.06 0.23 0.13
C5' 0.05 0.17 0.01 0.02 0.25 0.01 0.28 0.00 0.25 0.17 0.21 0.26 0.15 0.01 0.09 0.02 0.02 0.30 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.13 0.01 0.13 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.04 0.03 0.08 0.23 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.13 0.22 0.11
N3 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.03 0.12 0.12 0.25 0.14
N4 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.18 0.04 0.10 0.09 0.24 0.14
O2 0.06 0.01 0.06 0.08 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.06 0.08 0.14 0.14 0.25 0.15
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.16 0.18 0.12
O3' 0.03 0.09 0.04 0.01 0.16 0.03 0.15 0.09 0.13 0.07 0.13 0.18 0.06 0.07 0.00 0.02 0.26 0.29 0.16 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.08 0.05 0.02 0.00 0.20 0.18 0.14 0.06
O5' 0.12 0.12 0.05 0.14 0.09 0.03 0.06 0.02 0.03 0.08 0.12 0.10 0.14 0.06 0.26 0.20 0.00 0.00 0.03 0.00
OP1 0.18 0.13 0.20 0.25 0.09 0.20 0.06 0.30 0.08 0.13 0.12 0.09 0.14 0.16 0.29 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.24 0.15 0.15 0.24 0.18 0.23 0.17 0.23 0.22 0.25 0.24 0.25 0.18 0.16 0.14 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.08 0.07 0.14 0.08 0.13 0.01 0.13 0.11 0.14 0.14 0.15 0.12 0.10 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.09 0.10 0.06 0.07 0.07 0.03 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.08 0.07 0.13 0.16 0.04 0.07 0.07 0.12 0.05
C2 0.12 0.13 0.09 0.06 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.14 0.06 0.05 0.10 0.08 0.03 0.12 0.13 0.02 0.07 0.05
C2' 0.06 0.05 0.10 0.11 0.06 0.08 0.06 0.03 0.06 0.09 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.16 0.16 0.05 0.08 0.06 0.11 0.05
C3' 0.02 0.08 0.06 0.06 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.04 0.12 0.12 0.04 0.15 0.05 0.08 0.06
C4 0.18 0.16 0.17 0.15 0.14 0.16 0.10 0.15 0.10 0.09 0.13 0.18 0.08 0.07 0.13 0.17 0.13 0.16 0.15 0.01 0.07 0.05
C4' 0.03 0.09 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.04 0.11 0.12 0.07 0.16 0.05 0.08 0.05
C5 0.07 0.10 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.10 0.07 0.06 0.06 0.03 0.06 0.07 0.11 0.08 0.14 0.06
C5' 0.11 0.16 0.04 0.04 0.13 0.07 0.13 0.14 0.13 0.10 0.15 0.15 0.13 0.11 0.11 0.07 0.08 0.16 0.27 0.15 0.14 0.16
C6 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.09 0.10 0.03 0.08 0.10 0.15 0.07
N1 0.05 0.08 0.02 0.03 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.10 0.05 0.11 0.03
N3 0.19 0.17 0.17 0.14 0.15 0.16 0.11 0.14 0.10 0.10 0.14 0.19 0.08 0.07 0.14 0.18 0.11 0.17 0.15 0.04 0.06 0.08
N4 0.27 0.22 0.28 0.25 0.19 0.26 0.14 0.23 0.13 0.13 0.17 0.24 0.09 0.09 0.19 0.30 0.25 0.24 0.17 0.05 0.05 0.10
O2 0.14 0.14 0.10 0.06 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.15 0.07 0.06 0.11 0.10 0.04 0.13 0.14 0.04 0.07 0.07
O2' 0.06 0.05 0.10 0.11 0.06 0.08 0.06 0.03 0.05 0.09 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.16 0.16 0.05 0.08 0.07 0.13 0.05
O3' 0.06 0.12 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.12 0.07 0.06 0.08 0.11 0.10 0.08 0.17 0.07 0.11 0.08
O4' 0.10 0.09 0.16 0.17 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11 0.13 0.09 0.10 0.12 0.13 0.12 0.20 0.23 0.08 0.04 0.13 0.17 0.11
O5' 0.04 0.08 0.09 0.10 0.01 0.06 0.04 0.05 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.10 0.03 0.12 0.10 0.05 0.07 0.22 0.16 0.15
OP1 0.19 0.07 0.28 0.28 0.11 0.23 0.11 0.17 0.09 0.16 0.06 0.10 0.10 0.14 0.16 0.36 0.35 0.12 0.05 0.15 0.18 0.14
OP2 0.03 0.09 0.12 0.12 0.06 0.04 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.15 0.19 0.06 0.13 0.10 0.04 0.07
P 0.06 0.05 0.14 0.14 0.05 0.08 0.06 0.03 0.05 0.09 0.04 0.06 0.06 0.09 0.07 0.18 0.18 0.02 0.08 0.11 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.23 0.22 0.15
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.17 0.02 0.08 0.14 0.14 0.10
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.09 0.12 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.17 0.20 0.11
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.10 0.13 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.12 0.15 0.07
C4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.02 0.09 0.15 0.13 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.17 0.09
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.10 0.11 0.07 0.06
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.10 0.03 0.06 0.06 0.10 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01
C6 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.10 0.09 0.06 0.06
C8 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.14 0.14 0.07 0.07
N1 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.02 0.08 0.11 0.10 0.07
N3 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.15 0.02 0.07 0.17 0.17 0.11
N6 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.04 0.11 0.07 0.04 0.07
N7 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.14 0.09 0.03 0.06
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.18 0.14 0.10
O2' 0.01 0.14 0.01 0.03 0.08 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.12 0.14 0.08 0.03 0.03 0.00 0.08 0.05 0.04 0.18 0.21 0.11
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.08 0.05 0.14 0.15 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.03 0.08 0.12 0.04
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.25 0.21 0.17
O5' 0.05 0.08 0.03 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.14 0.08 0.07 0.11 0.14 0.09 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.14 0.17 0.12 0.15 0.13 0.11 0.02 0.09 0.14 0.11 0.17 0.07 0.09 0.18 0.18 0.08 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.14 0.20 0.15 0.13 0.17 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.17 0.04 0.03 0.14 0.21 0.12 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.10 0.11 0.07 0.09 0.09 0.06 0.01 0.06 0.07 0.07 0.11 0.07 0.06 0.10 0.11 0.04 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00