ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52277

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.014, 0.040, 0.067, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.011, 0.038, 0.064, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.038 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.064, 0.155, 0.247, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.155 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.038, 0.142, 0.246, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.142 std_dev=0.104
O5' B 0, 0.133, 0.336, 0.539, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.336 std_dev=0.203
C3' A 0, 0.121, 0.331, 0.540, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.331 std_dev=0.209
O2' A 0, 0.165, 0.408, 0.650, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.408 std_dev=0.243
P B 0, 0.171, 0.476, 0.780, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.476 std_dev=0.304
C4' A 0, 0.189, 0.496, 0.803, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.496 std_dev=0.307
O3' A 0, 0.215, 0.534, 0.853, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.534 std_dev=0.319
OP1 B 0, 0.241, 0.656, 1.071, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.656 std_dev=0.415
OP2 B 0, 0.269, 0.687, 1.104, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.687 std_dev=0.417
C4' B 0, 0.088, 0.617, 1.145, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.617 std_dev=0.528
C5' A 0, 0.416, 1.036, 1.656, 1.621 max_d=1.621 avg_d=1.036 std_dev=0.620
C3' B 0, 0.287, 0.941, 1.596, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.941 std_dev=0.654
O3' B 0, 0.433, 1.230, 2.027, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.230 std_dev=0.797
C5' B 0, 0.244, 1.064, 1.885, 2.225 max_d=2.225 avg_d=1.064 std_dev=0.820
O2' B 0, 0.394, 1.320, 2.247, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.320 std_dev=0.926
O4' B 0, 0.111, 1.194, 2.276, 2.943 max_d=2.943 avg_d=1.194 std_dev=1.082
C2' B 0, 0.032, 1.201, 2.370, 3.138 max_d=3.138 avg_d=1.201 std_dev=1.169
O5' A 0, 0.029, 1.296, 2.563, 3.397 max_d=3.397 avg_d=1.296 std_dev=1.267
C1' B 0, -0.205, 1.428, 3.061, 4.205 max_d=4.205 avg_d=1.428 std_dev=1.633
P A 0, -0.304, 1.426, 3.156, 4.382 max_d=4.382 avg_d=1.426 std_dev=1.730
OP2 A 0, -0.467, 1.270, 3.008, 4.264 max_d=4.264 avg_d=1.270 std_dev=1.738
OP1 A 0, -0.393, 2.113, 4.620, 6.372 max_d=6.372 avg_d=2.113 std_dev=2.507
N9 B 0, -0.542, 2.071, 4.684, 6.554 max_d=6.554 avg_d=2.071 std_dev=2.613
C8 B 0, -0.589, 2.268, 5.125, 7.168 max_d=7.168 avg_d=2.268 std_dev=2.857
C4 B 0, -0.856, 2.633, 6.122, 8.635 max_d=8.635 avg_d=2.633 std_dev=3.489
N3 B 0, -0.873, 2.738, 6.350, 8.951 max_d=8.951 avg_d=2.738 std_dev=3.611
N7 B 0, -0.904, 2.911, 6.726, 9.469 max_d=9.469 avg_d=2.911 std_dev=3.815
C5 B 0, -1.096, 3.124, 7.344, 10.388 max_d=10.388 avg_d=3.124 std_dev=4.220
C2 B 0, -1.157, 3.384, 7.925, 11.202 max_d=11.202 avg_d=3.384 std_dev=4.541
C6 B 0, -1.432, 3.768, 8.968, 12.724 max_d=12.724 avg_d=3.768 std_dev=5.200
N1 B 0, -1.447, 3.882, 9.211, 13.062 max_d=13.062 avg_d=3.882 std_dev=5.329
N6 B 0, -1.720, 4.290, 10.301, 14.642 max_d=14.642 avg_d=4.290 std_dev=6.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.24 0.18 0.18
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.38 0.34 0.56 0.35
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.00 0.02 0.02 0.27 0.36 0.16 0.24
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.33 0.48 0.13 0.28
C4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.09 0.01 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.10 0.02 0.62 0.67 0.95 0.64
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.06 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.23 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.74 0.81 1.01 0.77
C5' 0.06 0.16 0.03 0.01 0.25 0.01 0.28 0.00 0.24 0.17 0.21 0.26 0.11 0.02 0.04 0.02 0.01 0.31 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.10 0.00 0.24 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.69 0.70 0.77 0.66
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.44 0.42 0.51 0.40
N3 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.04 0.47 0.46 0.76 0.47
N4 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.09 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03 0.65 0.74 1.07 0.71
O2 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.02 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.06 0.05 0.25 0.19 0.41 0.20
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.08 0.00 0.04 0.06 0.08 0.17 0.09 0.08
O3' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.07 0.05 0.09 0.11 0.06 0.04 0.00 0.01 0.29 0.48 0.19 0.25
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.01 0.00 0.20 0.23 0.06 0.15
O5' 0.23 0.38 0.27 0.33 0.62 0.01 0.74 0.01 0.69 0.44 0.47 0.65 0.25 0.08 0.29 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.24 0.34 0.36 0.48 0.67 0.19 0.81 0.31 0.70 0.42 0.46 0.74 0.19 0.17 0.48 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.56 0.16 0.13 0.95 0.23 1.01 0.41 0.77 0.51 0.76 1.07 0.41 0.09 0.19 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.35 0.24 0.28 0.64 0.01 0.77 0.02 0.66 0.40 0.47 0.71 0.20 0.08 0.25 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.87 0.78 0.33 0.88 0.19 1.32 0.38 1.48 1.14 1.23 0.67 1.87 1.52 0.74 0.71 0.13 0.17 0.21 0.26 0.31 0.20
C2 0.33 0.93 0.82 0.38 0.97 0.21 1.42 0.47 1.56 1.26 1.28 0.73 1.93 1.66 0.82 0.73 0.16 0.16 0.23 0.17 0.29 0.14
C2' 0.55 1.36 0.92 0.40 1.31 0.14 1.82 0.31 2.06 1.51 1.79 1.09 2.52 1.99 1.10 0.78 0.15 0.18 0.18 0.22 0.29 0.17
C3' 0.53 1.20 0.91 0.43 1.17 0.11 1.60 0.26 1.80 1.36 1.57 0.98 2.20 1.76 1.00 0.78 0.19 0.17 0.15 0.24 0.27 0.17
C4 0.17 0.47 0.70 0.29 0.55 0.24 0.84 0.43 0.88 0.84 0.68 0.38 1.09 1.05 0.49 0.66 0.11 0.27 0.23 0.19 0.29 0.16
C4' 0.27 0.71 0.76 0.36 0.74 0.16 1.10 0.34 1.23 0.98 1.00 0.55 1.56 1.28 0.64 0.70 0.17 0.12 0.19 0.29 0.28 0.20
C5 0.13 0.35 0.63 0.24 0.40 0.23 0.64 0.34 0.69 0.64 0.52 0.27 0.88 0.82 0.36 0.62 0.11 0.29 0.22 0.27 0.31 0.22
C5' 0.28 0.50 0.77 0.46 0.56 0.29 0.81 0.44 0.87 0.77 0.70 0.42 1.11 0.98 0.52 0.73 0.32 0.22 0.32 0.40 0.34 0.32
C6 0.17 0.51 0.67 0.26 0.55 0.21 0.85 0.34 0.93 0.79 0.74 0.39 1.18 1.04 0.48 0.65 0.11 0.24 0.21 0.28 0.31 0.22
N1 0.26 0.76 0.76 0.32 0.80 0.20 1.20 0.39 1.32 1.07 1.08 0.59 1.66 1.41 0.68 0.70 0.12 0.19 0.22 0.24 0.31 0.19
N3 0.29 0.79 0.80 0.37 0.86 0.22 1.27 0.48 1.35 1.18 1.09 0.63 1.65 1.52 0.75 0.72 0.16 0.19 0.23 0.15 0.29 0.12
N4 0.13 0.29 0.64 0.27 0.36 0.26 0.57 0.45 0.57 0.62 0.43 0.24 0.72 0.75 0.33 0.63 0.11 0.35 0.24 0.15 0.28 0.12
O2 0.42 1.19 0.89 0.44 1.19 0.21 1.73 0.50 1.93 1.47 1.62 0.93 2.38 1.95 1.00 0.78 0.20 0.12 0.23 0.14 0.27 0.11
O2' 0.56 1.50 0.92 0.39 1.41 0.17 1.97 0.34 2.27 1.60 1.99 1.18 2.81 2.13 1.16 0.77 0.15 0.20 0.21 0.23 0.31 0.18
O3' 0.66 1.46 0.98 0.48 1.38 0.14 1.85 0.25 2.09 1.54 1.86 1.19 2.54 1.99 1.17 0.83 0.21 0.28 0.15 0.23 0.26 0.17
O4' 0.15 0.49 0.67 0.27 0.54 0.23 0.88 0.38 0.98 0.79 0.76 0.37 1.29 1.07 0.46 0.66 0.12 0.28 0.21 0.30 0.30 0.22
O5' 0.61 0.55 1.15 0.86 0.73 0.58 0.91 0.79 0.88 1.04 0.69 0.55 1.04 1.13 0.79 1.05 0.71 0.42 0.68 0.46 0.60 0.62
OP1 0.62 0.32 1.18 0.99 0.55 0.75 0.64 1.00 0.52 0.89 0.36 0.39 0.58 0.87 0.69 1.08 0.86 0.50 0.90 0.73 0.88 0.91
OP2 0.98 0.69 1.54 1.32 0.89 1.08 0.92 1.26 0.80 1.14 0.70 0.77 0.80 1.08 1.01 1.46 1.19 0.84 1.17 1.00 1.13 1.14
P 0.55 0.31 1.14 0.91 0.50 0.65 0.59 0.88 0.49 0.81 0.35 0.37 0.54 0.79 0.62 1.07 0.78 0.40 0.78 0.60 0.75 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.27 0.00 0.11 0.49 0.18 0.08
C2 0.05 0.00 0.24 0.13 0.03 0.05 0.02 0.15 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.41 0.40 0.09 0.13 0.90 0.22 0.23
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.13 0.01 0.11 0.16 0.15 0.10 0.21 0.23 0.16 0.09 0.04 0.00 0.04 0.03 0.46 0.35 0.64 0.40
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.10 0.01 0.14 0.04 0.14 0.18 0.13 0.12 0.16 0.18 0.10 0.01 0.01 0.01 0.29 0.20 0.36 0.22
C4 0.03 0.03 0.13 0.10 0.00 0.02 0.00 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.29 0.26 0.05 0.13 0.96 0.24 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.11 0.04 0.06 0.09 0.10 0.04 0.21 0.04 0.00 0.02 0.21 0.07 0.16
C5 0.03 0.02 0.11 0.14 0.00 0.06 0.00 0.18 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.34 0.18 0.02 0.17 1.21 0.27 0.36
C5' 0.06 0.15 0.16 0.04 0.13 0.01 0.18 0.00 0.19 0.19 0.17 0.13 0.23 0.21 0.12 0.07 0.22 0.02 0.01 0.12 0.06 0.01
C6 0.04 0.01 0.15 0.14 0.02 0.05 0.02 0.19 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.38 0.23 0.04 0.18 1.24 0.27 0.37
C8 0.01 0.03 0.10 0.18 0.00 0.11 0.01 0.19 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.26 0.05 0.07 0.18 1.21 0.25 0.36
N1 0.05 0.01 0.21 0.13 0.03 0.04 0.03 0.17 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.41 0.32 0.07 0.15 1.09 0.25 0.31
N3 0.04 0.00 0.23 0.12 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.37 0.40 0.09 0.12 0.78 0.21 0.18
N6 0.06 0.01 0.16 0.16 0.03 0.09 0.04 0.23 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.41 0.19 0.05 0.21 1.36 0.26 0.42
N7 0.01 0.02 0.09 0.18 0.00 0.10 0.01 0.21 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.32 0.06 0.04 0.20 1.37 0.29 0.44
N9 0.01 0.04 0.04 0.10 0.01 0.04 0.02 0.12 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.18 0.18 0.01 0.13 0.89 0.22 0.23
O2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.29 0.21 0.34 0.07 0.38 0.26 0.41 0.37 0.41 0.32 0.18 0.00 0.03 0.14 0.37 0.42 0.67 0.39
O3' 0.27 0.40 0.04 0.01 0.26 0.04 0.18 0.22 0.23 0.05 0.32 0.40 0.19 0.06 0.18 0.03 0.00 0.17 0.15 0.13 0.17 0.09
O4' 0.00 0.09 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.07 0.09 0.05 0.04 0.01 0.14 0.17 0.00 0.13 0.53 0.19 0.29
O5' 0.11 0.13 0.46 0.29 0.13 0.02 0.17 0.01 0.18 0.18 0.15 0.12 0.21 0.20 0.13 0.37 0.15 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 0.90 0.35 0.20 0.96 0.21 1.21 0.12 1.24 1.21 1.09 0.78 1.36 1.37 0.89 0.42 0.13 0.53 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.22 0.64 0.36 0.24 0.07 0.27 0.06 0.27 0.25 0.25 0.21 0.26 0.29 0.22 0.67 0.17 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.23 0.40 0.22 0.26 0.16 0.36 0.01 0.37 0.36 0.31 0.18 0.42 0.44 0.23 0.39 0.09 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00