ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52279

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.001, 0.020, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.002, 0.045, 0.089, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.006, 0.071, 0.137, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.071 std_dev=0.065
O5' B 0, 0.010, 0.312, 0.614, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.312 std_dev=0.302
P B 0, 0.013, 0.343, 0.673, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.343 std_dev=0.330
C5' B 0, -0.030, 0.331, 0.692, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.331 std_dev=0.361
C8 B 0, -0.010, 0.459, 0.927, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.459 std_dev=0.468
OP1 B 0, -0.015, 0.464, 0.944, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.464 std_dev=0.479
N7 B 0, -0.003, 0.478, 0.959, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.478 std_dev=0.481
O4' A 0, -0.028, 0.488, 1.003, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.488 std_dev=0.515
C4' B 0, -0.050, 0.487, 1.024, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.487 std_dev=0.537
C2' A 0, -0.033, 0.507, 1.047, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.507 std_dev=0.540
C3' B 0, -0.019, 0.568, 1.155, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.568 std_dev=0.587
O4' B 0, -0.035, 0.615, 1.265, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.615 std_dev=0.650
OP2 B 0, -0.086, 0.574, 1.234, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.574 std_dev=0.660
N9 B 0, -0.013, 0.669, 1.352, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.669 std_dev=0.682
C1' B 0, -0.029, 0.694, 1.418, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.694 std_dev=0.724
C2' B 0, -0.020, 0.728, 1.476, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.728 std_dev=0.748
C3' A 0, -0.031, 0.779, 1.590, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.779 std_dev=0.811
O2' A 0, -0.151, 0.680, 1.510, 2.047 max_d=2.047 avg_d=0.680 std_dev=0.830
C4' A 0, -0.054, 0.795, 1.644, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.795 std_dev=0.849
C5 B 0, -0.067, 0.811, 1.690, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.811 std_dev=0.879
O3' B 0, -0.001, 0.933, 1.867, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.933 std_dev=0.934
O3' A 0, -0.010, 1.010, 2.029, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.010 std_dev=1.019
O2' B 0, 0.014, 1.083, 2.153, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.083 std_dev=1.069
N6 B 0, -0.136, 0.951, 2.037, 2.652 max_d=2.652 avg_d=0.951 std_dev=1.086
C4 B 0, -0.148, 0.974, 2.096, 2.744 max_d=2.744 avg_d=0.974 std_dev=1.122
O5' A 0, -0.077, 1.054, 2.185, 2.706 max_d=2.706 avg_d=1.054 std_dev=1.131
P A 0, -0.100, 1.143, 2.386, 2.994 max_d=2.994 avg_d=1.143 std_dev=1.243
OP2 A 0, -0.160, 1.098, 2.357, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.098 std_dev=1.259
C5' A 0, -0.070, 1.194, 2.459, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.194 std_dev=1.264
C6 B 0, -0.200, 1.066, 2.331, 3.102 max_d=3.102 avg_d=1.066 std_dev=1.266
OP1 A 0, -0.177, 1.530, 3.237, 4.154 max_d=4.154 avg_d=1.530 std_dev=1.707
N3 B 0, -0.374, 1.363, 3.100, 4.254 max_d=4.254 avg_d=1.363 std_dev=1.737
N1 B 0, -0.435, 1.461, 3.357, 4.634 max_d=4.634 avg_d=1.461 std_dev=1.896
C2 B 0, -0.511, 1.581, 3.673, 5.102 max_d=5.102 avg_d=1.581 std_dev=2.092

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.15 0.23 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.11 0.12 0.24 0.20 0.36 0.23
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.02 0.13 0.12 0.17 0.01 0.11 0.05 0.28 0.00 0.02 0.01 0.30 0.26 0.47 0.33
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.35 0.00 0.37 0.02 0.33 0.22 0.29 0.38 0.17 0.01 0.00 0.02 0.11 0.14 0.17 0.12
C4 0.01 0.00 0.04 0.35 0.00 0.19 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.22 0.05 0.52 0.54 0.72 0.54
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.19 0.00 0.29 0.01 0.28 0.10 0.08 0.21 0.12 0.24 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.13 0.37 0.00 0.29 0.00 0.40 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.44 0.31 0.14 0.60 0.62 0.72 0.61
C5' 0.02 0.05 0.12 0.02 0.28 0.01 0.40 0.00 0.35 0.12 0.14 0.33 0.12 0.11 0.14 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.17 0.33 0.00 0.28 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.26 0.17 0.48 0.46 0.43 0.43
N1 0.00 0.01 0.01 0.22 0.00 0.10 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.05 0.02 0.25 0.22 0.25 0.22
N3 0.00 0.00 0.11 0.29 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.14 0.08 0.38 0.36 0.56 0.39
N4 0.00 0.00 0.05 0.38 0.00 0.21 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.41 0.27 0.07 0.59 0.65 0.88 0.65
O2 0.01 0.00 0.28 0.17 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.23 0.23 0.11 0.05 0.24 0.10
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.37 0.24 0.44 0.11 0.38 0.20 0.23 0.41 0.16 0.00 0.05 0.18 0.20 0.13 0.50 0.24
O3' 0.17 0.11 0.02 0.00 0.22 0.01 0.31 0.14 0.26 0.05 0.14 0.27 0.23 0.05 0.00 0.10 0.14 0.29 0.18 0.19
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.05 0.00 0.14 0.02 0.17 0.02 0.08 0.07 0.23 0.18 0.10 0.00 0.08 0.10 0.10 0.11
O5' 0.02 0.24 0.30 0.11 0.52 0.03 0.60 0.00 0.48 0.25 0.38 0.59 0.11 0.20 0.14 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.02 0.20 0.26 0.14 0.54 0.03 0.62 0.03 0.46 0.22 0.36 0.65 0.05 0.13 0.29 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.36 0.47 0.17 0.72 0.04 0.72 0.03 0.43 0.25 0.56 0.88 0.24 0.50 0.18 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.23 0.33 0.12 0.54 0.01 0.61 0.00 0.43 0.22 0.39 0.65 0.10 0.24 0.19 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 1.73 0.47 0.22 1.00 0.26 0.77 0.23 1.07 0.36 1.52 1.52 0.86 0.38 0.51 0.78 0.14 0.36 0.24 0.08 0.18 0.21
C2 0.33 1.52 0.41 0.09 0.87 0.16 0.74 0.18 1.09 0.23 1.46 1.27 0.92 0.26 0.37 0.75 0.08 0.23 0.22 0.10 0.12 0.23
C2' 0.49 1.82 0.56 0.40 1.01 0.43 0.81 0.51 1.17 0.22 1.65 1.55 1.02 0.34 0.48 0.87 0.29 0.42 0.51 0.19 0.50 0.47
C3' 0.31 1.59 0.33 0.12 0.83 0.11 0.65 0.11 0.97 0.39 1.41 1.35 0.85 0.39 0.34 0.70 0.04 0.18 0.09 0.44 0.10 0.11
C4 0.21 0.95 0.33 0.12 0.58 0.06 0.53 0.13 0.74 0.18 0.94 0.80 0.67 0.21 0.24 0.52 0.27 0.13 0.17 0.16 0.16 0.23
C4' 0.31 1.46 0.30 0.11 0.75 0.12 0.52 0.05 0.79 0.27 1.23 1.29 0.63 0.20 0.29 0.69 0.07 0.21 0.05 0.36 0.06 0.04
C5 0.31 1.03 0.39 0.20 0.68 0.16 0.60 0.19 0.77 0.24 0.98 0.91 0.67 0.30 0.36 0.50 0.35 0.21 0.25 0.13 0.22 0.25
C5' 0.25 1.13 0.18 0.05 0.55 0.04 0.33 0.05 0.56 0.28 0.93 1.02 0.43 0.17 0.15 0.56 0.00 0.15 0.07 0.49 0.13 0.18
C6 0.43 1.30 0.50 0.26 0.86 0.26 0.71 0.26 0.91 0.30 1.19 1.17 0.76 0.35 0.48 0.64 0.29 0.33 0.30 0.10 0.26 0.25
N1 0.43 1.55 0.47 0.19 0.95 0.23 0.77 0.23 1.04 0.30 1.41 1.36 0.86 0.35 0.47 0.75 0.15 0.31 0.26 0.08 0.16 0.23
N3 0.24 1.18 0.36 0.06 0.68 0.09 0.61 0.14 0.92 0.19 1.17 0.97 0.82 0.19 0.27 0.65 0.15 0.16 0.18 0.14 0.19 0.23
N4 0.12 0.64 0.25 0.18 0.35 0.08 0.33 0.12 0.51 0.17 0.65 0.51 0.50 0.11 0.10 0.41 0.34 0.12 0.14 0.22 0.31 0.23
O2 0.35 1.73 0.41 0.09 0.90 0.17 0.74 0.19 1.19 0.20 1.68 1.38 1.01 0.22 0.36 0.83 0.05 0.25 0.21 0.10 0.14 0.22
O2' 0.51 1.96 0.48 0.32 1.07 0.37 0.85 0.53 1.24 0.25 1.77 1.64 1.06 0.33 0.54 0.71 0.17 0.41 0.60 0.34 0.78 0.66
O3' 0.30 1.76 0.29 0.03 0.88 0.01 0.69 0.11 1.07 0.29 1.58 1.46 0.93 0.26 0.33 0.64 0.12 0.14 0.10 0.56 0.13 0.17
O4' 0.39 1.49 0.40 0.20 0.82 0.23 0.55 0.14 0.80 0.27 1.24 1.36 0.61 0.20 0.37 0.76 0.18 0.30 0.12 0.21 0.06 0.06
O5' 0.13 0.92 0.16 0.04 0.45 0.01 0.37 0.13 0.51 0.47 0.77 0.82 0.47 0.44 0.17 0.45 0.01 0.04 0.21 0.68 0.26 0.36
OP1 0.14 0.68 0.03 0.01 0.30 0.09 0.23 0.31 0.34 0.36 0.55 0.61 0.32 0.33 0.07 0.14 0.02 0.05 0.39 0.94 0.41 0.60
OP2 0.07 0.50 0.07 0.03 0.34 0.12 0.49 0.34 0.49 0.66 0.48 0.43 0.58 0.69 0.33 0.17 0.02 0.14 0.54 1.11 0.54 0.77
P 0.08 0.62 0.06 0.01 0.30 0.07 0.30 0.25 0.36 0.46 0.51 0.56 0.38 0.44 0.15 0.20 0.01 0.02 0.36 0.84 0.37 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.08 0.23 0.08 0.14
C2 0.02 0.00 0.39 0.28 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.67 0.43 0.22 0.10 0.19 0.11 0.18
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.23 0.01 0.15 0.11 0.22 0.12 0.33 0.38 0.18 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.23 0.16 0.20 0.24
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.19 0.33 0.23 0.27 0.20 0.29 0.15 0.01 0.01 0.02 0.05 0.17 0.04 0.08
C4 0.01 0.01 0.23 0.17 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.43 0.20 0.13 0.06 0.21 0.19 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.13 0.05 0.02 0.08 0.12 0.07 0.19 0.03 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.15 0.19 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.37 0.15 0.08 0.06 0.21 0.33 0.10
C5' 0.03 0.05 0.11 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.15 0.03 0.05 0.06 0.13 0.05 0.08 0.15 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01
C6 0.02 0.00 0.22 0.19 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.48 0.21 0.14 0.04 0.19 0.30 0.12
C8 0.01 0.01 0.12 0.33 0.00 0.13 0.00 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.27 0.10 0.14 0.24 0.42 0.08
N1 0.02 0.00 0.33 0.23 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.60 0.34 0.19 0.07 0.19 0.20 0.15
N3 0.01 0.01 0.38 0.27 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.63 0.41 0.21 0.11 0.20 0.09 0.17
N6 0.02 0.01 0.18 0.20 0.02 0.08 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.44 0.19 0.11 0.06 0.19 0.39 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.29 0.00 0.12 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.19 0.23 0.03 0.14 0.22 0.48 0.08
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.05 0.02 0.03 0.23 0.21 0.11
O2' 0.02 0.67 0.00 0.01 0.43 0.19 0.37 0.08 0.48 0.11 0.60 0.63 0.44 0.19 0.18 0.00 0.02 0.13 0.14 0.03 0.21 0.16
O3' 0.11 0.43 0.02 0.01 0.20 0.03 0.15 0.15 0.21 0.27 0.34 0.41 0.19 0.23 0.05 0.02 0.00 0.07 0.19 0.44 0.17 0.27
O4' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.13 0.01 0.08 0.02 0.14 0.10 0.19 0.21 0.11 0.03 0.02 0.13 0.07 0.00 0.06 0.28 0.12 0.12
O5' 0.08 0.10 0.23 0.05 0.06 0.02 0.06 0.00 0.04 0.14 0.07 0.11 0.06 0.14 0.03 0.14 0.19 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.19 0.16 0.17 0.21 0.09 0.21 0.09 0.19 0.24 0.19 0.20 0.19 0.22 0.23 0.03 0.44 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.11 0.20 0.04 0.19 0.05 0.33 0.12 0.30 0.42 0.20 0.09 0.39 0.48 0.21 0.21 0.17 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.18 0.24 0.08 0.14 0.02 0.10 0.01 0.12 0.08 0.15 0.17 0.09 0.08 0.11 0.16 0.27 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00