ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52280

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.002, 0.039, 0.075, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.039 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.008, 0.046, 0.083, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.037
N9 B 0, 0.009, 0.052, 0.096, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.052 std_dev=0.044
C1' B 0, 0.013, 0.064, 0.116, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.064 std_dev=0.051
C4 B 0, 0.023, 0.078, 0.133, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.078 std_dev=0.055
C5 B 0, 0.024, 0.083, 0.142, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.083 std_dev=0.059
C8 B 0, 0.024, 0.096, 0.167, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.096 std_dev=0.071
N7 B 0, 0.031, 0.104, 0.178, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.104 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.034, 0.120, 0.206, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.120 std_dev=0.086
C6 B 0, 0.036, 0.123, 0.210, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.123 std_dev=0.087
O4' B 0, -0.003, 0.086, 0.176, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.086 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.028, 0.118, 0.209, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.118 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.040, 0.135, 0.231, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.135 std_dev=0.096
N3 B 0, 0.040, 0.138, 0.236, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.138 std_dev=0.098
N6 B 0, 0.043, 0.149, 0.256, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.149 std_dev=0.107
C2' B 0, 0.042, 0.152, 0.262, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.152 std_dev=0.110
N1 B 0, 0.049, 0.171, 0.294, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.171 std_dev=0.123
C4' B 0, 0.031, 0.155, 0.278, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.155 std_dev=0.124
C2 B 0, 0.053, 0.182, 0.310, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.182 std_dev=0.129
C3' B 0, 0.059, 0.204, 0.350, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.204 std_dev=0.146
OP1 A 0, 0.050, 0.203, 0.357, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.203 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.060, 0.218, 0.376, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.218 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.072, 0.246, 0.420, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.246 std_dev=0.174
O2' B 0, 0.070, 0.250, 0.431, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.250 std_dev=0.181
P A 0, 0.071, 0.255, 0.439, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.255 std_dev=0.184
O5' A 0, 0.081, 0.281, 0.482, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.281 std_dev=0.201
OP2 A 0, 0.081, 0.283, 0.484, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.283 std_dev=0.202
P B 0, 0.064, 0.268, 0.471, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.268 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.034, 0.240, 0.446, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.240 std_dev=0.206
C5' B 0, 0.061, 0.267, 0.473, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.267 std_dev=0.206
O3' B 0, 0.086, 0.296, 0.506, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.296 std_dev=0.210
OP2 B 0, 0.085, 0.296, 0.507, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.296 std_dev=0.211
O5' B 0, 0.120, 0.440, 0.759, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.440 std_dev=0.320

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.04 0.03 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.04 0.03 0.05
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03
N4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.05 0.05 0.06
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.05
O5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.09 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.03 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.13 0.04 0.03 0.05
C2 0.01 0.07 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.11 0.03 0.03 0.04
C2' 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.13 0.05 0.03 0.05
C3' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.12 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.10 0.03 0.02 0.03
C4' 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.11 0.03 0.05 0.02
C5 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.08 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.14 0.04 0.03 0.06
C5' 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.02 0.06 0.08 0.06 0.05 0.01 0.03 0.08 0.05 0.08 0.02
C6 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.15 0.05 0.03 0.06
N1 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.13 0.04 0.03 0.05
N3 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.03 0.03
N4 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02
O2 0.02 0.08 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.07 0.03 0.02 0.07 0.06 0.05 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.11 0.03 0.03 0.04
O2' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.12 0.04 0.04 0.05
O3' 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.12 0.05 0.05 0.03
O4' 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.08 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.13 0.03 0.03 0.04
O5' 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.03 0.08 0.02 0.06 0.11 0.03 0.03 0.08 0.11 0.08 0.07 0.01 0.05 0.04 0.08 0.13 0.05
OP1 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.08 0.01 0.02 0.09 0.02 0.06 0.01
OP2 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.07 0.08 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.06 0.08 0.01
P 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.00 0.01 0.07 0.06 0.09 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.11 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.12 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02
N3 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.09 0.12 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.13 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.03
O5' 0.01 0.06 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.01 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.04 0.11 0.12 0.07 0.08 0.07 0.03 0.05 0.12 0.04 0.06 0.04 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00