ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52281

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.003, 0.024, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.027
C4 A 0, -0.003, 0.025, 0.053, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.028
C1' A 0, -0.004, 0.025, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.029
C6 A 0, -0.003, 0.026, 0.055, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.029
N1 A 0, -0.005, 0.026, 0.057, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.031
O2 A 0, -0.009, 0.058, 0.125, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.058 std_dev=0.067
O4' A 0, -0.002, 0.068, 0.138, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.068 std_dev=0.070
N4 A 0, -0.010, 0.072, 0.153, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.072 std_dev=0.082
C2' A 0, -0.016, 0.066, 0.148, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.066 std_dev=0.082
O2' A 0, -0.015, 0.119, 0.253, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.119 std_dev=0.134
C3' A 0, -0.026, 0.109, 0.245, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.109 std_dev=0.136
C4' A 0, -0.021, 0.116, 0.253, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.116 std_dev=0.137
OP1 B 0, -0.011, 0.153, 0.317, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.153 std_dev=0.164
P B 0, -0.028, 0.141, 0.310, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.141 std_dev=0.169
O3' A 0, -0.022, 0.148, 0.317, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.148 std_dev=0.170
C5' A 0, -0.043, 0.162, 0.368, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.162 std_dev=0.206
O5' B 0, -0.058, 0.231, 0.520, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.231 std_dev=0.289
C3' B 0, -0.059, 0.242, 0.544, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.242 std_dev=0.302
O5' A 0, -0.092, 0.261, 0.613, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.261 std_dev=0.353
OP2 A 0, -0.090, 0.274, 0.639, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.274 std_dev=0.365
O3' B 0, -0.094, 0.290, 0.673, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.290 std_dev=0.383
C2' B 0, -0.079, 0.309, 0.698, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.309 std_dev=0.388
P A 0, -0.103, 0.293, 0.688, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.293 std_dev=0.396
C4' B 0, -0.098, 0.369, 0.835, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.369 std_dev=0.467
OP2 B 0, -0.128, 0.350, 0.829, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.350 std_dev=0.478
O2' B 0, -0.098, 0.398, 0.895, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.398 std_dev=0.497
OP1 A 0, -0.124, 0.383, 0.890, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.383 std_dev=0.507
C5' B 0, -0.133, 0.431, 0.995, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.431 std_dev=0.564
O4' B 0, -0.123, 0.453, 1.030, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.453 std_dev=0.576
C1' B 0, -0.125, 0.458, 1.040, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.458 std_dev=0.583
C8 B 0, -0.131, 0.473, 1.077, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.473 std_dev=0.604
N9 B 0, -0.144, 0.515, 1.175, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.515 std_dev=0.659
N7 B 0, -0.158, 0.547, 1.251, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.547 std_dev=0.705
C4 B 0, -0.163, 0.591, 1.345, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.591 std_dev=0.754
C5 B 0, -0.177, 0.621, 1.420, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.621 std_dev=0.798
N3 B 0, -0.173, 0.639, 1.451, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.639 std_dev=0.812
C2 B 0, -0.202, 0.733, 1.668, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.733 std_dev=0.935
C6 B 0, -0.211, 0.729, 1.668, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.729 std_dev=0.939
N1 B 0, -0.219, 0.784, 1.787, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.784 std_dev=1.003
N6 B 0, -0.232, 0.780, 1.791, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.780 std_dev=1.012

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.07 0.01 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
C5 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.04 0.04 0.07 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.08 0.07 0.06
N4 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.09 0.10 0.11 0.09
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.04
O2' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.05 0.00 0.01 0.10 0.09 0.01 0.07
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.11 0.09
O5' 0.02 0.05 0.07 0.10 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.06 0.05 0.10 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.08 0.10 0.06 0.07 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.11 0.03 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.09 0.04 0.04 0.07 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.10 0.09 0.17 0.09 0.10 0.07 0.05 0.10 0.10 0.09 0.19 0.03 0.02 0.13 0.04 0.22 0.09
C2 0.04 0.07 0.07 0.05 0.07 0.13 0.11 0.22 0.11 0.10 0.10 0.05 0.14 0.12 0.08 0.20 0.05 0.07 0.11 0.01 0.07 0.04
C2' 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.16 0.04 0.25 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03 0.13 0.09 0.09 0.16 0.09 0.18 0.06
C3' 0.04 0.06 0.02 0.12 0.04 0.18 0.02 0.26 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.08 0.11 0.11 0.17 0.13 0.21 0.05
C4 0.03 0.08 0.09 0.04 0.08 0.13 0.12 0.21 0.13 0.11 0.11 0.06 0.17 0.13 0.08 0.21 0.04 0.09 0.08 0.02 0.01 0.02
C4' 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.08 0.05 0.13 0.11 0.28 0.08
C5 0.03 0.04 0.07 0.03 0.05 0.11 0.08 0.18 0.08 0.08 0.06 0.03 0.11 0.09 0.06 0.19 0.02 0.07 0.08 0.01 0.08 0.05
C5' 0.06 0.09 0.07 0.14 0.07 0.16 0.06 0.22 0.08 0.04 0.09 0.09 0.08 0.05 0.05 0.01 0.11 0.09 0.08 0.19 0.27 0.03
C6 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.10 0.06 0.17 0.05 0.07 0.04 0.01 0.07 0.07 0.05 0.18 0.02 0.05 0.10 0.03 0.16 0.07
N1 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.11 0.08 0.19 0.07 0.08 0.06 0.03 0.09 0.09 0.06 0.18 0.04 0.05 0.11 0.03 0.14 0.07
N3 0.04 0.09 0.09 0.04 0.09 0.13 0.13 0.22 0.14 0.11 0.13 0.07 0.18 0.14 0.09 0.22 0.05 0.08 0.10 0.01 0.01 0.03
N4 0.04 0.11 0.10 0.03 0.10 0.13 0.15 0.21 0.17 0.12 0.15 0.08 0.22 0.16 0.09 0.22 0.05 0.10 0.07 0.06 0.09 0.01
O2 0.04 0.07 0.06 0.06 0.07 0.14 0.11 0.22 0.11 0.10 0.10 0.05 0.14 0.12 0.08 0.19 0.06 0.07 0.12 0.01 0.06 0.04
O2' 0.03 0.04 0.04 0.09 0.05 0.15 0.07 0.23 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.06 0.15 0.08 0.06 0.15 0.09 0.20 0.06
O3' 0.06 0.09 0.03 0.11 0.06 0.18 0.04 0.26 0.06 0.02 0.08 0.08 0.05 0.02 0.04 0.05 0.12 0.11 0.21 0.14 0.23 0.07
O4' 0.08 0.04 0.07 0.02 0.07 0.05 0.08 0.11 0.07 0.11 0.05 0.04 0.08 0.10 0.09 0.18 0.01 0.02 0.13 0.03 0.30 0.13
O5' 0.06 0.06 0.10 0.01 0.07 0.10 0.09 0.18 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.08 0.20 0.01 0.01 0.20 0.16 0.35 0.10
OP1 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.25 0.19 0.38 0.10
OP2 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.13 0.02 0.25 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.11 0.03 0.10 0.33 0.20 0.29 0.08
P 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.05 0.24 0.18 0.36 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.23 0.12 0.47 0.06
C2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.16 0.03 0.05 0.33 0.07 0.43 0.04
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03 0.06 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.14 0.04 0.52 0.14
C3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.47 0.14
C4 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.34 0.07 0.44 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.04 0.01 0.08 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.22 0.40 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.37 0.01 0.42 0.06
C5' 0.08 0.13 0.08 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.20 0.22 0.17 0.11 0.24 0.24 0.15 0.07 0.05 0.04 0.01 0.30 0.36 0.02
C6 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.05 0.37 0.01 0.40 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.36 0.02 0.43 0.06
N1 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.02 0.06 0.36 0.03 0.42 0.05
N3 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.02 0.05 0.31 0.09 0.44 0.04
N6 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.24 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.02 0.06 0.37 0.05 0.39 0.07
N7 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.38 0.02 0.39 0.06
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.33 0.07 0.46 0.05
O2' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.10 0.01 0.07 0.07 0.10 0.02 0.13 0.15 0.09 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.04 0.55 0.19
O3' 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.14 0.14 0.45 0.13
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.23 0.36 0.02
O5' 0.23 0.33 0.14 0.07 0.34 0.01 0.37 0.01 0.37 0.36 0.36 0.31 0.37 0.38 0.33 0.07 0.14 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.12 0.07 0.04 0.11 0.07 0.22 0.01 0.30 0.01 0.02 0.03 0.09 0.05 0.02 0.07 0.04 0.14 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.43 0.52 0.47 0.44 0.40 0.42 0.36 0.40 0.43 0.42 0.44 0.39 0.39 0.46 0.55 0.45 0.36 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.04 0.14 0.14 0.04 0.06 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.19 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00