ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52282

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.000, 0.195, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O4' A 0, 0.000, 0.211, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O2' A 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
P A 0, 0.000, 0.280, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C3' A 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
P B 0, 0.000, 0.363, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.363 std_dev=0.363
OP2 B 0, 0.000, 0.383, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.383 std_dev=0.383
OP1 B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O3' A 0, 0.000, 0.454, 0.908, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.454 std_dev=0.454
C4' A 0, 0.000, 0.495, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.495 std_dev=0.495
O5' A 0, 0.000, 0.613, 1.226, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.613 std_dev=0.613
O5' B 0, 0.000, 0.630, 1.259, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.630 std_dev=0.630
OP2 A 0, 0.000, 0.671, 1.341, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.671 std_dev=0.671
OP1 A 0, 0.000, 0.991, 1.982, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.991 std_dev=0.991
C5' B 0, 0.000, 1.166, 2.332, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.166 std_dev=1.166
C5' A 0, 0.000, 1.220, 2.439, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.220 std_dev=1.220
C4' B 0, 0.000, 2.580, 5.161, 5.161 max_d=5.161 avg_d=2.580 std_dev=2.580
C2' B 0, 0.000, 3.356, 6.713, 6.713 max_d=6.713 avg_d=3.356 std_dev=3.356
O4' B 0, 0.000, 3.359, 6.719, 6.719 max_d=6.719 avg_d=3.359 std_dev=3.359
C3' B 0, 0.000, 3.454, 6.907, 6.907 max_d=6.907 avg_d=3.454 std_dev=3.454
N9 B 0, 0.000, 3.630, 7.260, 7.260 max_d=7.260 avg_d=3.630 std_dev=3.630
C8 B 0, 0.000, 3.686, 7.372, 7.372 max_d=7.372 avg_d=3.686 std_dev=3.686
C4 B 0, 0.000, 3.766, 7.532, 7.532 max_d=7.532 avg_d=3.766 std_dev=3.766
N3 B 0, 0.000, 3.766, 7.532, 7.532 max_d=7.532 avg_d=3.766 std_dev=3.766
C1' B 0, 0.000, 3.785, 7.571, 7.571 max_d=7.571 avg_d=3.785 std_dev=3.785
N7 B 0, 0.000, 3.993, 7.986, 7.986 max_d=7.986 avg_d=3.993 std_dev=3.993
C5 B 0, 0.000, 4.138, 8.276, 8.276 max_d=8.276 avg_d=4.138 std_dev=4.138
C2 B 0, 0.000, 4.223, 8.446, 8.446 max_d=8.446 avg_d=4.223 std_dev=4.223
O2' B 0, 0.000, 4.405, 8.810, 8.810 max_d=8.810 avg_d=4.405 std_dev=4.405
O3' B 0, 0.000, 4.725, 9.450, 9.450 max_d=9.450 avg_d=4.725 std_dev=4.725
C6 B 0, 0.000, 4.776, 9.552, 9.552 max_d=9.552 avg_d=4.776 std_dev=4.776
N1 B 0, 0.000, 4.820, 9.639, 9.639 max_d=9.639 avg_d=4.820 std_dev=4.820
N6 B 0, 0.000, 5.467, 10.933, 10.933 max_d=10.933 avg_d=5.467 std_dev=5.467

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.10 0.71 0.04 0.18
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.48 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.66 0.10 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.12 0.05 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01 0.16 0.55 0.08 0.07
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.05 0.10 0.04 0.01 0.04 0.09 0.02 0.00 0.01 0.21 0.37 0.13 0.03
C4 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.20 0.00 0.63 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.02 0.11 0.56 0.22 0.12
C4' 0.01 0.13 0.03 0.00 0.20 0.00 0.20 0.00 0.17 0.12 0.17 0.21 0.10 0.19 0.02 0.00 0.00 0.61 0.25 0.28
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.20 0.00 0.61 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.04 0.09 0.53 0.21 0.11
C5' 0.17 0.48 0.12 0.05 0.63 0.00 0.61 0.00 0.51 0.42 0.59 0.67 0.42 0.10 0.09 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.17 0.00 0.51 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.01 0.60 0.14 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.66 0.07 0.15
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.01 0.59 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.62 0.17 0.14
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.21 0.00 0.67 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.03 0.15 0.52 0.26 0.11
O2 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.10 0.00 0.42 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.09 0.06 0.00 0.02 0.69 0.06 0.17
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.19 0.03 0.10 0.04 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.05 0.04 0.24 0.51 0.04 0.05
O3' 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.02 0.14 0.09 0.12 0.04 0.06 0.13 0.06 0.05 0.00 0.09 0.25 0.30 0.15 0.06
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.09 0.00 0.10 0.76 0.20 0.26
O5' 0.10 0.03 0.16 0.21 0.11 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.09 0.15 0.02 0.24 0.25 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.71 0.66 0.55 0.37 0.56 0.61 0.53 0.06 0.60 0.66 0.62 0.52 0.69 0.51 0.30 0.76 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.10 0.08 0.13 0.22 0.25 0.21 0.03 0.14 0.07 0.17 0.26 0.06 0.04 0.15 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.15 0.07 0.03 0.12 0.28 0.11 0.03 0.13 0.15 0.14 0.11 0.17 0.05 0.06 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 2.17 1.29 1.58 0.93 0.88 1.24 0.48 2.09 0.12 2.56 1.37 2.35 0.58 0.03 1.78 1.85 0.38 0.22 0.20 0.14 0.04
C2 0.23 2.65 0.53 0.89 1.65 0.32 1.94 0.21 2.68 0.64 3.00 2.00 2.87 1.29 0.82 0.84 0.97 0.38 0.06 0.26 0.10 0.03
C2' 0.58 2.12 1.27 1.61 0.95 0.86 1.29 0.39 2.11 0.01 2.52 1.35 2.42 0.69 0.09 1.80 1.95 0.33 0.12 0.32 0.02 0.08
C3' 0.84 1.88 1.43 1.79 0.69 1.02 1.00 0.40 1.79 0.25 2.22 1.11 2.05 0.41 0.16 1.98 2.25 0.58 0.11 0.33 0.03 0.10
C4 0.58 2.52 0.10 0.43 1.74 0.01 1.80 0.04 2.28 0.70 2.61 2.11 2.21 1.15 1.02 0.28 0.42 0.71 0.01 0.26 0.12 0.04
C4' 1.36 1.49 1.88 2.23 0.21 1.48 0.53 0.81 1.35 0.76 1.84 0.67 1.62 0.08 0.67 2.42 2.72 1.13 0.52 0.11 0.45 0.33
C5 0.03 2.23 0.60 0.90 1.20 0.45 1.21 0.27 1.77 0.04 2.25 1.73 1.71 0.52 0.40 0.80 0.94 0.13 0.15 0.24 0.17 0.01
C5' 1.69 1.18 2.09 2.52 0.15 1.87 0.09 1.13 0.89 1.18 1.43 0.38 1.09 0.54 1.04 2.48 3.01 1.54 0.92 0.48 0.93 0.75
C6 0.45 2.17 1.06 1.36 0.96 0.77 1.09 0.43 1.79 0.20 2.32 1.49 1.83 0.38 0.09 1.36 1.48 0.25 0.22 0.22 0.17 0.04
N1 0.27 2.39 0.96 1.28 1.21 0.66 1.45 0.37 2.24 0.12 2.70 1.66 2.39 0.76 0.33 1.33 1.44 0.07 0.17 0.23 0.14 0.01
N3 0.62 2.70 0.14 0.51 1.90 0.03 2.12 0.06 2.70 0.94 2.95 2.19 2.77 1.51 1.15 0.37 0.51 0.73 0.01 0.26 0.09 0.06
N4 1.06 2.42 0.38 0.08 1.92 0.41 1.87 0.20 2.14 1.03 2.41 2.20 2.01 1.32 1.38 0.26 0.16 1.18 0.15 0.24 0.10 0.07
O2 0.29 2.70 0.50 0.88 1.74 0.29 2.10 0.19 2.88 0.81 3.14 2.03 3.21 1.51 0.93 0.84 0.98 0.44 0.05 0.26 0.07 0.05
O2' 0.65 2.09 1.34 1.65 0.91 0.89 1.30 0.43 2.15 0.02 2.54 1.29 2.53 0.70 0.05 1.91 2.02 0.38 0.14 0.31 0.02 0.07
O3' 0.96 1.67 1.54 1.86 0.54 1.04 0.88 0.35 1.65 0.32 2.04 0.92 1.95 0.34 0.27 2.16 2.40 0.66 0.02 0.44 0.15 0.23
O4' 1.06 1.82 1.63 1.89 0.50 1.17 0.79 0.63 1.64 0.54 2.17 0.99 1.88 0.13 0.40 2.19 2.25 0.79 0.34 0.08 0.25 0.15
O5' 1.61 1.03 1.91 2.33 0.16 1.66 0.08 0.78 0.79 1.05 1.25 0.30 0.97 0.46 0.96 2.34 3.02 1.45 0.50 0.16 0.46 0.34
OP1 2.34 0.19 2.56 2.62 1.03 1.91 0.85 1.03 0.18 1.91 0.34 0.51 0.03 1.39 1.80 3.22 3.27 1.97 0.69 0.09 0.46 0.36
OP2 1.86 0.23 1.93 2.08 0.70 1.44 0.48 0.41 0.06 1.32 0.41 0.36 0.22 0.87 1.32 2.47 2.99 1.58 0.01 0.41 0.24 0.28
P 2.02 0.43 2.18 2.42 0.70 1.73 0.49 0.76 0.14 1.50 0.59 0.24 0.29 0.98 1.43 2.68 3.25 1.76 0.41 0.03 0.24 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.61 0.15 0.09
C2 0.00 0.00 0.51 0.53 0.00 0.44 0.00 0.73 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.36 0.15 0.09 1.11 0.63 1.08 0.84
C2' 0.00 0.51 0.00 0.01 0.27 0.03 0.12 0.15 0.23 0.25 0.40 0.52 0.15 0.14 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.60 0.18 0.22
C3' 0.00 0.53 0.01 0.00 0.24 0.00 0.09 0.01 0.21 0.26 0.40 0.52 0.13 0.16 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.73 0.32 0.28
C4 0.01 0.00 0.27 0.24 0.00 0.16 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.06 0.05 0.55 0.04 0.59 0.29
C4' 0.01 0.44 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.11 0.33 0.30 0.43 0.02 0.25 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.74 0.10 0.21
C5 0.01 0.00 0.12 0.09 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.02 0.02 0.30 0.13 0.46 0.10
C5' 0.12 0.73 0.15 0.01 0.17 0.00 0.13 0.00 0.09 0.74 0.47 0.70 0.08 0.60 0.25 0.14 0.02 0.00 0.00 0.14 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.23 0.21 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.06 0.04 0.53 0.17 0.69 0.33
C8 0.00 0.01 0.25 0.26 0.00 0.33 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.04 0.33 0.74 0.08 0.44
N1 0.01 0.00 0.40 0.40 0.00 0.30 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.11 0.07 0.90 0.53 0.98 0.67
N3 0.00 0.00 0.52 0.52 0.00 0.43 0.00 0.70 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.14 0.09 1.02 0.39 0.93 0.71
N6 0.01 0.01 0.15 0.13 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.04 0.03 0.37 0.11 0.59 0.20
N7 0.00 0.00 0.14 0.16 0.00 0.25 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.19 0.53 0.07 0.31
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.13 0.48 0.23 0.08
O2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.20 0.02 0.13 0.14 0.20 0.09 0.30 0.34 0.16 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.13 0.64 0.23 0.24
O3' 0.01 0.15 0.03 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.11 0.14 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.09 0.95 0.31 0.31
O4' 0.00 0.09 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.00 0.30 0.66 0.27 0.02
O5' 0.14 1.11 0.10 0.14 0.55 0.01 0.30 0.00 0.53 0.33 0.90 1.02 0.37 0.19 0.13 0.13 0.09 0.30 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.61 0.63 0.60 0.73 0.04 0.74 0.13 0.14 0.17 0.74 0.53 0.39 0.11 0.53 0.48 0.64 0.95 0.66 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 1.08 0.18 0.32 0.59 0.10 0.46 0.01 0.69 0.08 0.98 0.93 0.59 0.07 0.23 0.23 0.31 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.84 0.22 0.28 0.29 0.21 0.10 0.00 0.33 0.44 0.67 0.71 0.20 0.31 0.08 0.24 0.31 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00