ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52284

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O5' A 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.000, 0.131, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O4' A 0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C2' A 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
C4' B 0, 0.000, 0.256, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C4' A 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
P A 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
C5' B 0, 0.000, 0.277, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O4' B 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
N9 B 0, 0.000, 0.326, 0.652, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C1' B 0, 0.000, 0.327, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.327 std_dev=0.327
C4 B 0, 0.000, 0.330, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C8 B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C5 B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
OP2 A 0, 0.000, 0.341, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.341 std_dev=0.341
N7 B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O2' B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
N3 B 0, 0.000, 0.352, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C3' B 0, 0.000, 0.371, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
C2' B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C6 B 0, 0.000, 0.384, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.384 std_dev=0.384
O2' A 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
N1 B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C5' A 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
O3' B 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
N6 B 0, 0.000, 0.447, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.447 std_dev=0.447
OP1 A 0, 0.000, 0.458, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.458 std_dev=0.458
O5' B 0, 0.000, 0.466, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.466 std_dev=0.466
P B 0, 0.000, 0.508, 1.017, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.508 std_dev=0.508
OP2 B 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
OP1 B 0, 0.000, 0.639, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.639 std_dev=0.639

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.06 0.12 0.00
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.08 0.02 0.16 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.22 0.24 0.08 0.17
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.16 0.21 0.04 0.14
C4 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.06 0.01 0.06 0.05 0.20 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.05 0.03 0.04 0.07 0.20 0.09
C5' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.13 0.05 0.04 0.05 0.04 0.18 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.16 0.04
N3 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.07 0.01 0.18 0.05
N4 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.02 0.07 0.06 0.19 0.07
O2 0.05 0.00 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.10 0.11 0.08 0.12 0.01
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.13 0.05 0.03 0.11 0.06 0.00 0.02 0.01 0.23 0.32 0.13 0.21
O3' 0.05 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.07 0.11 0.02 0.00 0.03 0.07 0.17 0.00 0.08
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.10 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.22 0.11
O5' 0.07 0.08 0.22 0.16 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.07 0.11 0.23 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.02 0.24 0.21 0.05 0.02 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.08 0.32 0.17 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.16 0.08 0.04 0.20 0.11 0.20 0.09 0.18 0.16 0.18 0.19 0.12 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.17 0.14 0.07 0.02 0.09 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.01 0.21 0.08 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.02 0.11 0.06 0.08 0.06 0.07 0.03 0.01 0.17 0.05 0.04 0.04 0.14 0.13 0.12 0.05 0.14 0.08 0.04 0.25 0.06
C2 0.10 0.04 0.07 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.05 0.14 0.08 0.02 0.10 0.11 0.10 0.08 0.00 0.11 0.14 0.11 0.19 0.01
C2' 0.10 0.09 0.08 0.07 0.02 0.07 0.00 0.00 0.09 0.12 0.14 0.02 0.15 0.08 0.09 0.09 0.06 0.13 0.06 0.03 0.24 0.07
C3' 0.11 0.03 0.10 0.07 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.13 0.06 0.03 0.07 0.09 0.10 0.11 0.07 0.12 0.07 0.04 0.21 0.05
C4 0.14 0.00 0.11 0.06 0.08 0.05 0.05 0.05 0.03 0.17 0.05 0.06 0.10 0.12 0.13 0.12 0.04 0.13 0.11 0.10 0.25 0.03
C4' 0.14 0.05 0.14 0.10 0.11 0.06 0.11 0.03 0.05 0.16 0.03 0.09 0.03 0.14 0.14 0.14 0.10 0.13 0.05 0.01 0.23 0.07
C5 0.16 0.02 0.14 0.10 0.10 0.08 0.07 0.01 0.01 0.18 0.03 0.08 0.07 0.13 0.15 0.14 0.09 0.16 0.04 0.01 0.30 0.10
C5' 0.13 0.06 0.15 0.11 0.11 0.05 0.09 0.04 0.05 0.14 0.03 0.10 0.01 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.04 0.00 0.21 0.07
C6 0.15 0.01 0.13 0.09 0.10 0.07 0.07 0.02 0.00 0.17 0.03 0.07 0.06 0.13 0.15 0.13 0.08 0.15 0.05 0.01 0.28 0.09
N1 0.13 0.01 0.11 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.01 0.16 0.05 0.05 0.06 0.13 0.13 0.12 0.04 0.14 0.09 0.06 0.24 0.05
N3 0.11 0.03 0.08 0.02 0.06 0.02 0.04 0.08 0.05 0.15 0.08 0.03 0.13 0.12 0.11 0.09 0.00 0.11 0.15 0.13 0.19 0.02
N4 0.13 0.00 0.11 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.05 0.16 0.05 0.05 0.11 0.09 0.13 0.11 0.04 0.13 0.12 0.12 0.26 0.02
O2 0.06 0.10 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.11 0.09 0.09 0.14 0.04 0.13 0.08 0.05 0.04 0.06 0.06 0.19 0.15 0.13 0.06
O2' 0.11 0.15 0.08 0.07 0.00 0.10 0.02 0.06 0.15 0.14 0.21 0.06 0.21 0.08 0.09 0.09 0.06 0.16 0.03 0.00 0.29 0.11
O3' 0.17 0.03 0.15 0.11 0.12 0.10 0.11 0.02 0.04 0.19 0.00 0.08 0.01 0.17 0.16 0.16 0.10 0.18 0.04 0.01 0.26 0.09
O4' 0.17 0.08 0.16 0.10 0.15 0.07 0.14 0.03 0.09 0.20 0.06 0.12 0.07 0.18 0.17 0.16 0.09 0.16 0.05 0.00 0.25 0.08
O5' 0.20 0.07 0.19 0.15 0.15 0.12 0.14 0.04 0.07 0.22 0.04 0.12 0.03 0.18 0.20 0.19 0.14 0.20 0.04 0.10 0.35 0.18
OP1 0.07 0.02 0.06 0.01 0.04 0.03 0.03 0.11 0.01 0.09 0.04 0.02 0.04 0.07 0.08 0.05 0.01 0.06 0.09 0.03 0.21 0.04
OP2 0.04 0.17 0.05 0.08 0.09 0.11 0.12 0.18 0.18 0.03 0.20 0.12 0.21 0.07 0.05 0.06 0.08 0.04 0.15 0.06 0.15 0.01
P 0.07 0.05 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.04 0.09 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.05 0.00 0.06 0.08 0.01 0.23 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.04 0.07
C2 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.16 0.10 0.03 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.09 0.08
C4 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.17 0.10 0.03 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.02 0.09 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.24 0.17 0.05 0.15
C5' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.16 0.13 0.14 0.07 0.19 0.17 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.24 0.18 0.06 0.16
C8 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.24 0.16 0.05 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.21 0.15 0.05 0.14
N3 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.13 0.06 0.02 0.08
N6 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.27 0.23 0.07 0.19
N7 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.27 0.22 0.06 0.19
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.08 0.03 0.10
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.13 0.20 0.11 0.13
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.05 0.04 0.07
O5' 0.09 0.16 0.00 0.06 0.17 0.00 0.24 0.00 0.24 0.24 0.21 0.13 0.27 0.27 0.16 0.01 0.13 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.10 0.06 0.12 0.10 0.01 0.17 0.02 0.18 0.16 0.15 0.06 0.23 0.22 0.08 0.04 0.20 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.03 0.02 0.09 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.07 0.06 0.03 0.03 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.01 0.08 0.10 0.01 0.15 0.00 0.16 0.16 0.14 0.08 0.19 0.19 0.10 0.01 0.13 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00