ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52286

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O3' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C2' A 0, 0.000, 0.094, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.094 std_dev=0.094
O4' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
OP1 B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O5' A 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
P B 0, 0.000, 0.428, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.428 std_dev=0.428
P A 0, 0.000, 0.543, 1.085, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.543 std_dev=0.543
C2' B 0, 0.000, 0.624, 1.249, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.624 std_dev=0.624
O4' B 0, 0.000, 0.626, 1.252, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.626 std_dev=0.626
O2' B 0, 0.000, 0.631, 1.263, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.631 std_dev=0.631
C1' B 0, 0.000, 0.638, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.638 std_dev=0.638
N9 B 0, 0.000, 0.663, 1.326, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.663 std_dev=0.663
C3' B 0, 0.000, 0.672, 1.345, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.672 std_dev=0.672
OP2 A 0, 0.000, 0.674, 1.348, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.674 std_dev=0.674
OP1 A 0, 0.000, 0.677, 1.353, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.677 std_dev=0.677
C8 B 0, 0.000, 0.682, 1.364, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.682 std_dev=0.682
C4 B 0, 0.000, 0.713, 1.426, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.713 std_dev=0.713
C4' B 0, 0.000, 0.728, 1.457, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.728 std_dev=0.728
N3 B 0, 0.000, 0.735, 1.470, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.735 std_dev=0.735
O3' B 0, 0.000, 0.739, 1.478, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.739 std_dev=0.739
N7 B 0, 0.000, 0.741, 1.482, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.741 std_dev=0.741
OP2 B 0, 0.000, 0.752, 1.503, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.752 std_dev=0.752
O5' B 0, 0.000, 0.755, 1.510, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.755 std_dev=0.755
C5 B 0, 0.000, 0.758, 1.515, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.758 std_dev=0.758
C2 B 0, 0.000, 0.795, 1.591, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.795 std_dev=0.795
C6 B 0, 0.000, 0.820, 1.639, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.820 std_dev=0.820
N1 B 0, 0.000, 0.831, 1.663, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.831 std_dev=0.831
N6 B 0, 0.000, 0.879, 1.757, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.879 std_dev=0.879
C5' B 0, 0.000, 0.903, 1.807, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.903 std_dev=0.903

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.19 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.11 0.07
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.17 0.12
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.09 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.09
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.20 0.14
N4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.18 0.13
O2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.07 0.20 0.13
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.13 0.08
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02
O5' 0.00 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.08 0.03 0.01 0.11 0.04 0.09 0.05 0.06 0.05 0.11 0.13 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.19 0.11 0.06 0.17 0.02 0.10 0.01 0.08 0.13 0.20 0.18 0.20 0.13 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.07 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.07 0.09 0.14 0.13 0.13 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.01 0.10 0.05 0.12 0.06 0.34 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.09 0.05 0.07 0.14 0.04 0.31 0.04
C2 0.10 0.11 0.06 0.16 0.12 0.21 0.13 0.46 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.14 0.12 0.04 0.11 0.15 0.25 0.01 0.18 0.03
C2' 0.05 0.05 0.03 0.11 0.06 0.12 0.06 0.33 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.15 0.05 0.33 0.04
C3' 0.02 0.04 0.01 0.10 0.04 0.09 0.04 0.30 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.08 0.06 0.05 0.12 0.08 0.35 0.06
C4 0.06 0.07 0.01 0.11 0.09 0.16 0.11 0.44 0.11 0.13 0.09 0.07 0.12 0.13 0.10 0.12 0.03 0.12 0.25 0.05 0.10 0.06
C4' 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.10 0.37 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.30 0.04 0.05 0.02 0.00 0.06 0.06 0.03 0.18 0.05 0.02 0.14 0.00 0.21 0.01
C5' 0.04 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.21 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.02 0.02 0.05 0.15 0.38 0.08
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.28 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.16 0.03 0.02 0.11 0.04 0.28 0.05
N1 0.04 0.05 0.01 0.10 0.06 0.12 0.07 0.37 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.07 0.10 0.04 0.08 0.17 0.02 0.26 0.02
N3 0.12 0.12 0.07 0.17 0.14 0.24 0.15 0.50 0.15 0.16 0.13 0.12 0.16 0.16 0.15 0.04 0.12 0.18 0.29 0.04 0.11 0.06
N4 0.08 0.08 0.01 0.11 0.11 0.19 0.14 0.49 0.13 0.17 0.10 0.08 0.15 0.17 0.13 0.14 0.02 0.16 0.31 0.10 0.01 0.11
O2 0.14 0.15 0.10 0.20 0.15 0.26 0.16 0.49 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.16 0.15 0.01 0.17 0.18 0.27 0.02 0.17 0.03
O2' 0.08 0.08 0.06 0.14 0.09 0.16 0.08 0.36 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.02 0.10 0.11 0.19 0.02 0.30 0.03
O3' 0.03 0.04 0.01 0.10 0.04 0.11 0.04 0.32 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.08 0.06 0.05 0.12 0.06 0.35 0.06
O4' 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.28 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.01 0.02 0.08 0.07 0.35 0.07
O5' 0.08 0.07 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.15 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.15 0.01 0.07 0.00 0.09 0.45 0.14
OP1 0.01 0.02 0.05 0.13 0.02 0.05 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.08 0.29 0.32 0.01
OP2 0.05 0.04 0.10 0.16 0.04 0.08 0.03 0.20 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.03 0.13 0.04 0.10 0.24 0.36 0.03
P 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.24 0.37 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.10 0.04
C2 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.05 0.23 0.23 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.31 0.11 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.09 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.11 0.23 0.12 0.02
C4 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05 0.20 0.23 0.02
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.04 0.08 0.09 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.30 0.04 0.09
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.08 0.14 0.28 0.04
C5' 0.03 0.16 0.02 0.03 0.16 0.00 0.21 0.00 0.22 0.19 0.20 0.13 0.24 0.23 0.13 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.08 0.14 0.30 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.09 0.12 0.26 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.07 0.18 0.27 0.03
N3 0.02 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.24 0.20 0.00
N6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.09 0.09 0.33 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.10 0.09 0.31 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.20 0.21 0.01
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.07 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.43 0.01 0.12
O3' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.09 0.30 0.02 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.28 0.04 0.07
O5' 0.01 0.05 0.06 0.11 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.03 0.09 0.10 0.05 0.02 0.09 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.29 0.23 0.31 0.23 0.20 0.30 0.14 0.04 0.14 0.12 0.18 0.24 0.09 0.09 0.20 0.43 0.30 0.28 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.23 0.11 0.12 0.23 0.04 0.28 0.07 0.30 0.26 0.27 0.20 0.33 0.31 0.21 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.09 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.12 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00