ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52287

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C3' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O3' A 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
P B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O5' A 0, 0.000, 0.272, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.272 std_dev=0.272
OP1 B 0, 0.000, 0.355, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.355 std_dev=0.355
OP2 B 0, 0.000, 0.424, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.424 std_dev=0.424
P A 0, 0.000, 0.435, 0.870, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.435 std_dev=0.435
O5' B 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
OP1 A 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C4' B 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
C8 B 0, 0.000, 0.511, 1.022, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.511 std_dev=0.511
C3' B 0, 0.000, 0.516, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.516 std_dev=0.516
N7 B 0, 0.000, 0.529, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.529 std_dev=0.529
OP2 A 0, 0.000, 0.536, 1.071, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.536 std_dev=0.536
O4' B 0, 0.000, 0.537, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.537 std_dev=0.537
C5' B 0, 0.000, 0.539, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.539 std_dev=0.539
N9 B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
C1' B 0, 0.000, 0.556, 1.112, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.556 std_dev=0.556
C2' B 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C5 B 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
O3' B 0, 0.000, 0.582, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C4 B 0, 0.000, 0.588, 1.176, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.588 std_dev=0.588
C6 B 0, 0.000, 0.618, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.618 std_dev=0.618
N6 B 0, 0.000, 0.626, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.626 std_dev=0.626
N3 B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638
N1 B 0, 0.000, 0.663, 1.326, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.663 std_dev=0.663
C2 B 0, 0.000, 0.669, 1.337, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.669 std_dev=0.669
O2' B 0, 0.000, 0.671, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.671 std_dev=0.671

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05
N4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.06
O2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00
O5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.14 0.04 0.29 0.02 0.08 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.06 0.02 0.14 0.30 0.07 0.00 0.05
C2 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.12 0.04 0.26 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.15 0.29 0.02 0.04 0.05
C2' 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.13 0.03 0.28 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.03 0.13 0.29 0.04 0.00 0.06
C3' 0.05 0.01 0.02 0.05 0.04 0.14 0.04 0.29 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.13 0.27 0.08 0.02 0.05
C4 0.01 0.06 0.08 0.05 0.03 0.09 0.04 0.23 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.03 0.01 0.10 0.11 0.11 0.29 0.01 0.01 0.06
C4' 0.05 0.02 0.00 0.07 0.05 0.15 0.06 0.29 0.04 0.09 0.03 0.03 0.04 0.08 0.07 0.05 0.02 0.14 0.28 0.12 0.03 0.04
C5 0.03 0.10 0.11 0.05 0.07 0.08 0.08 0.25 0.10 0.03 0.11 0.08 0.11 0.06 0.04 0.13 0.10 0.08 0.30 0.06 0.04 0.07
C5' 0.04 0.03 0.01 0.08 0.05 0.13 0.06 0.27 0.04 0.08 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.06 0.03 0.12 0.28 0.13 0.08 0.05
C6 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.10 0.05 0.27 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.02 0.02 0.11 0.07 0.10 0.31 0.07 0.04 0.06
N1 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.12 0.01 0.27 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.08 0.05 0.13 0.30 0.06 0.00 0.05
N3 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.11 0.01 0.24 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.09 0.14 0.28 0.01 0.05 0.06
N4 0.01 0.07 0.10 0.09 0.05 0.06 0.07 0.19 0.08 0.03 0.08 0.05 0.09 0.06 0.03 0.10 0.14 0.09 0.26 0.03 0.03 0.07
O2 0.08 0.04 0.01 0.02 0.07 0.13 0.07 0.26 0.06 0.11 0.04 0.05 0.06 0.10 0.08 0.04 0.05 0.16 0.28 0.01 0.06 0.05
O2' 0.05 0.01 0.02 0.04 0.04 0.13 0.04 0.28 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.06 0.02 0.14 0.30 0.03 0.01 0.06
O3' 0.05 0.02 0.01 0.06 0.04 0.14 0.04 0.29 0.03 0.07 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06 0.00 0.13 0.25 0.08 0.02 0.04
O4' 0.06 0.02 0.00 0.07 0.05 0.15 0.06 0.30 0.04 0.10 0.02 0.03 0.04 0.08 0.07 0.05 0.02 0.15 0.29 0.12 0.01 0.03
O5' 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.29 0.10 0.13 0.08
OP1 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.09 0.03 0.21 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.25 0.13 0.16 0.07
OP2 0.04 0.05 0.01 0.08 0.05 0.10 0.04 0.21 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.09 0.21 0.14 0.16 0.06
P 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.09 0.03 0.22 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.26 0.14 0.16 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.27 0.19 0.02
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.18 0.16 0.17 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.19 0.26 0.07
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.27 0.15 0.31 0.12
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.18 0.18 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.27 0.25 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.12 0.17 0.08
C5' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.26 0.32 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.25 0.09 0.15 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.28 0.17 0.19 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.22 0.12 0.16 0.07
N3 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.16 0.19 0.18 0.03
N6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.27 0.03 0.14 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.29 0.09 0.17 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.22 0.19 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.21 0.25 0.04
O3' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.12 0.32 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.33 0.16 0.10
O5' 0.08 0.18 0.20 0.27 0.20 0.00 0.25 0.00 0.25 0.28 0.22 0.16 0.27 0.29 0.19 0.12 0.22 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.16 0.19 0.15 0.18 0.27 0.12 0.26 0.09 0.17 0.12 0.19 0.03 0.09 0.22 0.21 0.12 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.17 0.26 0.31 0.18 0.25 0.17 0.32 0.15 0.19 0.16 0.18 0.14 0.17 0.19 0.25 0.32 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.07 0.12 0.04 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.03 0.10 0.10 0.03 0.04 0.13 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00