ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52288

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
OP1 B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
P B 0, 0.000, 0.326, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C2' A 0, 0.000, 0.338, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.338 std_dev=0.338
O4' A 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
C4' A 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
OP2 B 0, 0.000, 0.541, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.541 std_dev=0.541
C5' B 0, 0.000, 0.748, 1.496, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.748 std_dev=0.748
O2' A 0, 0.000, 0.762, 1.523, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.762 std_dev=0.762
O5' B 0, 0.000, 0.816, 1.632, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.816 std_dev=0.816
C3' A 0, 0.000, 0.836, 1.671, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.836 std_dev=0.836
C5' A 0, 0.000, 1.157, 2.314, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.157 std_dev=1.157
C4' B 0, 0.000, 1.244, 2.488, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.244 std_dev=1.244
O3' A 0, 0.000, 1.482, 2.964, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.482 std_dev=1.482
O4' B 0, 0.000, 1.498, 2.996, 2.996 max_d=2.996 avg_d=1.498 std_dev=1.498
C3' B 0, 0.000, 1.740, 3.480, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.740 std_dev=1.740
O3' B 0, 0.000, 1.907, 3.813, 3.813 max_d=3.813 avg_d=1.907 std_dev=1.907
C1' B 0, 0.000, 2.049, 4.098, 4.098 max_d=4.098 avg_d=2.049 std_dev=2.049
C8 B 0, 0.000, 2.132, 4.264, 4.264 max_d=4.264 avg_d=2.132 std_dev=2.132
C2' B 0, 0.000, 2.190, 4.381, 4.381 max_d=4.381 avg_d=2.190 std_dev=2.190
N9 B 0, 0.000, 2.285, 4.570, 4.570 max_d=4.570 avg_d=2.285 std_dev=2.285
O2' B 0, 0.000, 2.332, 4.664, 4.664 max_d=4.664 avg_d=2.332 std_dev=2.332
O5' A 0, 0.000, 2.469, 4.939, 4.939 max_d=4.939 avg_d=2.469 std_dev=2.469
N7 B 0, 0.000, 2.483, 4.966, 4.966 max_d=4.966 avg_d=2.483 std_dev=2.483
C4 B 0, 0.000, 2.759, 5.517, 5.517 max_d=5.517 avg_d=2.759 std_dev=2.759
C5 B 0, 0.000, 2.870, 5.740, 5.740 max_d=5.740 avg_d=2.870 std_dev=2.870
N3 B 0, 0.000, 3.067, 6.135, 6.135 max_d=6.135 avg_d=3.067 std_dev=3.067
C6 B 0, 0.000, 3.345, 6.690, 6.690 max_d=6.690 avg_d=3.345 std_dev=3.345
P A 0, 0.000, 3.460, 6.920, 6.920 max_d=6.920 avg_d=3.460 std_dev=3.460
C2 B 0, 0.000, 3.498, 6.996, 6.996 max_d=6.996 avg_d=3.498 std_dev=3.498
N6 B 0, 0.000, 3.524, 7.048, 7.048 max_d=7.048 avg_d=3.524 std_dev=3.524
OP2 A 0, 0.000, 3.623, 7.247, 7.247 max_d=7.247 avg_d=3.623 std_dev=3.623
N1 B 0, 0.000, 3.646, 7.291, 7.291 max_d=7.291 avg_d=3.646 std_dev=3.646
OP1 A 0, 0.000, 3.871, 7.743, 7.743 max_d=7.743 avg_d=3.871 std_dev=3.871

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.21 0.00 0.23 0.58 0.07 0.32
C2 0.05 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.28 0.10 0.04 0.48 1.07 0.40 0.79
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.15 0.08 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.56 0.72 0.09 0.53
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.26 0.00 0.33 0.00 0.32 0.16 0.15 0.27 0.02 0.01 0.00 0.02 0.33 0.39 0.14 0.20
C4 0.02 0.01 0.03 0.26 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.21 0.10 0.00 0.39 1.34 0.63 0.91
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.05 0.05 0.08 0.03 0.22 0.00 0.00 0.00 0.19 0.35 0.07
C5 0.00 0.01 0.07 0.33 0.00 0.11 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.02 0.22 1.23 0.49 0.73
C5' 0.06 0.10 0.15 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.03 0.08 0.01 0.13 0.06 0.16 0.00 0.01 0.26 0.07 0.00
C6 0.00 0.01 0.08 0.32 0.01 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.13 0.02 0.15 1.02 0.28 0.55
N1 0.01 0.02 0.01 0.16 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.13 0.05 0.01 0.32 0.93 0.23 0.59
N3 0.04 0.00 0.02 0.15 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.28 0.01 0.03 0.50 1.26 0.58 0.93
N4 0.02 0.01 0.02 0.27 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.24 0.13 0.00 0.41 1.43 0.76 1.00
O2 0.09 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.13 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.35 0.20 0.09 0.52 0.95 0.32 0.75
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.21 0.22 0.11 0.06 0.05 0.13 0.28 0.24 0.35 0.00 0.02 0.15 0.30 0.37 0.32 0.21
O3' 0.21 0.10 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.16 0.13 0.05 0.01 0.13 0.20 0.02 0.00 0.15 0.09 0.09 0.60 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.15 0.15 0.00 0.06 0.34 0.24 0.05
O5' 0.23 0.48 0.56 0.33 0.39 0.00 0.22 0.01 0.15 0.32 0.50 0.41 0.52 0.30 0.09 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.58 1.07 0.72 0.39 1.34 0.19 1.23 0.26 1.02 0.93 1.26 1.43 0.95 0.37 0.09 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.40 0.09 0.14 0.63 0.35 0.49 0.07 0.28 0.23 0.58 0.76 0.32 0.32 0.60 0.24 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.32 0.79 0.53 0.20 0.91 0.07 0.73 0.00 0.55 0.59 0.93 1.00 0.75 0.21 0.17 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.05 0.41 0.44 0.06 0.28 0.03 0.21 0.06 0.02 0.02 0.09 0.13 0.06 0.10 0.43 0.59 0.16 0.17 0.13 0.05 0.00
C2 0.03 0.26 0.14 0.21 0.23 0.11 0.32 0.08 0.37 0.23 0.34 0.20 0.45 0.33 0.16 0.16 0.34 0.03 0.03 0.13 0.17 0.07
C2' 0.19 0.04 0.42 0.49 0.02 0.33 0.14 0.26 0.20 0.07 0.14 0.03 0.30 0.18 0.04 0.48 0.68 0.15 0.18 0.21 0.10 0.01
C3' 0.62 0.40 0.88 0.92 0.40 0.74 0.26 0.65 0.20 0.32 0.28 0.46 0.08 0.19 0.45 0.95 1.14 0.56 0.55 0.51 0.20 0.33
C4 0.01 0.21 0.13 0.19 0.18 0.11 0.26 0.09 0.30 0.19 0.27 0.16 0.35 0.28 0.12 0.15 0.30 0.01 0.05 0.14 0.14 0.06
C4' 0.51 0.42 0.76 0.78 0.39 0.54 0.30 0.41 0.28 0.29 0.35 0.45 0.21 0.23 0.40 0.80 0.97 0.40 0.38 0.24 0.11 0.15
C5 0.19 0.05 0.35 0.39 0.06 0.26 0.01 0.20 0.04 0.03 0.00 0.09 0.09 0.04 0.10 0.36 0.51 0.16 0.18 0.13 0.05 0.01
C5' 0.64 0.64 0.96 0.97 0.56 0.65 0.47 0.48 0.48 0.42 0.56 0.64 0.41 0.37 0.55 0.99 1.20 0.48 0.46 0.25 0.16 0.17
C6 0.25 0.12 0.43 0.46 0.12 0.31 0.04 0.23 0.01 0.07 0.06 0.15 0.04 0.00 0.15 0.45 0.59 0.19 0.20 0.12 0.03 0.02
N1 0.15 0.03 0.33 0.38 0.01 0.24 0.10 0.18 0.14 0.04 0.10 0.02 0.20 0.13 0.04 0.35 0.51 0.11 0.14 0.14 0.08 0.01
N3 0.11 0.35 0.04 0.12 0.31 0.04 0.40 0.04 0.46 0.31 0.43 0.29 0.53 0.41 0.24 0.06 0.24 0.09 0.02 0.14 0.20 0.09
N4 0.11 0.31 0.01 0.07 0.28 0.02 0.36 0.03 0.39 0.29 0.37 0.26 0.44 0.37 0.22 0.02 0.16 0.08 0.02 0.16 0.19 0.09
O2 0.13 0.41 0.05 0.13 0.35 0.04 0.46 0.03 0.53 0.34 0.49 0.33 0.61 0.46 0.27 0.08 0.28 0.11 0.03 0.11 0.22 0.12
O2' 0.11 0.40 0.13 0.21 0.37 0.06 0.50 0.00 0.58 0.40 0.52 0.32 0.69 0.54 0.29 0.20 0.43 0.13 0.10 0.02 0.39 0.26
O3' 0.47 0.16 0.72 0.77 0.18 0.63 0.01 0.54 0.08 0.11 0.01 0.26 0.23 0.05 0.26 0.83 1.00 0.44 0.39 0.37 0.03 0.16
O4' 0.36 0.30 0.58 0.59 0.28 0.37 0.21 0.25 0.20 0.21 0.25 0.32 0.16 0.16 0.28 0.59 0.74 0.26 0.26 0.11 0.04 0.04
O5' 0.47 0.56 0.85 0.86 0.45 0.45 0.37 0.23 0.40 0.27 0.50 0.54 0.35 0.25 0.40 0.88 1.14 0.25 0.25 0.02 0.03 0.09
OP1 0.48 0.14 0.06 0.10 0.33 0.64 0.34 0.92 0.22 0.57 0.13 0.23 0.20 0.48 0.46 0.08 0.18 0.80 0.80 1.20 0.95 1.16
OP2 0.19 0.04 0.23 0.24 0.11 0.25 0.13 0.46 0.05 0.29 0.03 0.02 0.05 0.24 0.19 0.21 0.52 0.46 0.36 0.60 0.48 0.65
P 0.13 0.08 0.31 0.31 0.07 0.19 0.12 0.44 0.05 0.29 0.05 0.03 0.07 0.26 0.16 0.32 0.62 0.40 0.38 0.68 0.59 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.02 0.13 0.14 0.13 0.13
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.09 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.11 0.11 0.10 0.11
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.13 0.12 0.13
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.13 0.14 0.14 0.14
C8 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.06 0.10
N1 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.15 0.14 0.14
N3 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.02 0.12 0.12 0.11 0.12
N6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.12 0.14 0.14 0.14
N7 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.12 0.10 0.13
N9 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.06 0.08
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04
O3' 0.00 0.09 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.09 0.09 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02
O5' 0.03 0.13 0.02 0.02 0.11 0.00 0.12 0.01 0.13 0.09 0.13 0.12 0.12 0.11 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.14 0.03 0.03 0.11 0.02 0.13 0.02 0.14 0.09 0.15 0.12 0.14 0.12 0.08 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.13 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.14 0.06 0.14 0.11 0.14 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.13 0.03 0.03 0.11 0.00 0.13 0.01 0.14 0.10 0.14 0.12 0.14 0.13 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00