ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52289

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N4 A 0, 0.000, 0.065, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.065 std_dev=0.065
OP2 A 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O4' A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C2' A 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
P B 0, 0.000, 0.508, 1.016, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.508 std_dev=0.508
C5' A 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
O2' A 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
C4' A 0, 0.000, 0.612, 1.225, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.612 std_dev=0.612
OP1 B 0, 0.000, 0.675, 1.350, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.675 std_dev=0.675
OP2 B 0, 0.000, 0.858, 1.717, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.858 std_dev=0.858
C3' A 0, 0.000, 0.864, 1.727, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.864 std_dev=0.864
O5' A 0, 0.000, 0.897, 1.794, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.897 std_dev=0.897
P A 0, 0.000, 1.261, 2.521, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.261 std_dev=1.261
N7 B 0, 0.000, 1.311, 2.622, 2.622 max_d=2.622 avg_d=1.311 std_dev=1.311
N6 B 0, 0.000, 1.339, 2.678, 2.678 max_d=2.678 avg_d=1.339 std_dev=1.339
C6 B 0, 0.000, 1.540, 3.080, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.540 std_dev=1.540
O3' A 0, 0.000, 1.547, 3.094, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.547 std_dev=1.547
C5 B 0, 0.000, 1.763, 3.526, 3.526 max_d=3.526 avg_d=1.763 std_dev=1.763
O5' B 0, 0.000, 1.966, 3.933, 3.933 max_d=3.933 avg_d=1.966 std_dev=1.966
C8 B 0, 0.000, 2.044, 4.088, 4.088 max_d=4.088 avg_d=2.044 std_dev=2.044
N1 B 0, 0.000, 2.155, 4.310, 4.310 max_d=4.310 avg_d=2.155 std_dev=2.155
OP1 A 0, 0.000, 2.205, 4.411, 4.411 max_d=4.411 avg_d=2.205 std_dev=2.205
C4 B 0, 0.000, 2.814, 5.628, 5.628 max_d=5.628 avg_d=2.814 std_dev=2.814
C5' B 0, 0.000, 2.877, 5.755, 5.755 max_d=5.755 avg_d=2.877 std_dev=2.877
N9 B 0, 0.000, 3.025, 6.050, 6.050 max_d=6.050 avg_d=3.025 std_dev=3.025
C2 B 0, 0.000, 3.093, 6.185, 6.185 max_d=6.185 avg_d=3.093 std_dev=3.093
N3 B 0, 0.000, 3.556, 7.112, 7.112 max_d=7.112 avg_d=3.556 std_dev=3.556
C4' B 0, 0.000, 3.847, 7.693, 7.693 max_d=7.693 avg_d=3.847 std_dev=3.847
O4' B 0, 0.000, 3.969, 7.938, 7.938 max_d=7.938 avg_d=3.969 std_dev=3.969
C3' B 0, 0.000, 4.046, 8.093, 8.093 max_d=8.093 avg_d=4.046 std_dev=4.046
C1' B 0, 0.000, 4.129, 8.257, 8.257 max_d=8.257 avg_d=4.129 std_dev=4.129
C2' B 0, 0.000, 4.739, 9.479, 9.479 max_d=9.479 avg_d=4.739 std_dev=4.739
O3' B 0, 0.000, 4.800, 9.600, 9.600 max_d=9.600 avg_d=4.800 std_dev=4.800
O2' B 0, 0.000, 6.013, 12.025, 12.025 max_d=12.025 avg_d=6.013 std_dev=6.013

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.00 0.28 0.42 0.10 0.33
C2 0.01 0.00 0.10 0.17 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.14 0.03 0.39 0.74 0.08 0.51
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.15 0.03 0.03 0.10 0.08 0.13 0.00 0.02 0.01 0.51 0.62 0.27 0.51
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.33 0.00 0.35 0.00 0.30 0.19 0.25 0.37 0.05 0.00 0.01 0.01 0.23 0.16 0.03 0.16
C4 0.01 0.00 0.07 0.33 0.00 0.12 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.12 0.00 0.49 1.06 0.07 0.69
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.15 0.00 0.14 0.07 0.08 0.13 0.01 0.22 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.35 0.00 0.15 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.21 0.03 0.52 1.10 0.06 0.73
C5' 0.05 0.00 0.15 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.03 0.09 0.03 0.07 0.17 0.00 0.01 0.12 0.05 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.30 0.01 0.14 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.05 0.50 0.93 0.07 0.65
N1 0.00 0.01 0.03 0.19 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.06 0.00 0.41 0.71 0.08 0.51
N3 0.01 0.00 0.10 0.25 0.00 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.03 0.03 0.44 0.91 0.07 0.60
N4 0.01 0.01 0.08 0.37 0.00 0.13 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.18 0.00 0.50 1.15 0.06 0.74
O2 0.01 0.00 0.13 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.32 0.05 0.31 0.59 0.08 0.40
O2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.22 0.22 0.21 0.07 0.18 0.14 0.19 0.23 0.10 0.00 0.02 0.15 0.22 0.35 0.08 0.25
O3' 0.25 0.14 0.02 0.01 0.12 0.00 0.21 0.17 0.15 0.06 0.03 0.18 0.32 0.02 0.00 0.17 0.03 0.27 0.15 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.15 0.17 0.00 0.04 0.11 0.01 0.11
O5' 0.28 0.39 0.51 0.23 0.49 0.02 0.52 0.01 0.50 0.41 0.44 0.50 0.31 0.22 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.42 0.74 0.62 0.16 1.06 0.09 1.10 0.12 0.93 0.71 0.91 1.15 0.59 0.35 0.27 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.08 0.27 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.51 0.51 0.16 0.69 0.00 0.73 0.01 0.65 0.51 0.60 0.74 0.40 0.25 0.12 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.94 1.14 2.26 2.18 1.25 1.95 0.84 1.52 0.61 1.13 0.79 1.40 0.23 0.73 1.47 2.57 2.65 1.84 0.80 0.25 0.30 0.22
C2 1.39 0.84 1.63 1.60 0.94 1.36 0.68 1.13 0.52 0.91 0.62 1.01 0.29 0.64 1.10 1.74 1.90 1.29 0.47 0.14 0.24 0.13
C2' 2.05 1.21 2.30 2.21 1.33 2.11 0.88 1.70 0.64 1.18 0.84 1.49 0.25 0.77 1.54 2.65 2.65 2.02 0.89 0.29 0.20 0.25
C3' 1.86 0.93 2.13 1.98 1.05 1.88 0.56 1.39 0.29 0.89 0.50 1.25 0.15 0.43 1.29 2.59 2.47 1.81 0.61 0.05 0.62 0.11
C4 1.03 0.62 1.15 1.14 0.72 1.01 0.56 0.93 0.44 0.75 0.48 0.74 0.29 0.55 0.84 1.14 1.27 0.99 0.34 0.14 0.16 0.10
C4' 2.21 1.25 2.57 2.39 1.37 2.18 0.84 1.60 0.55 1.18 0.79 1.58 0.08 0.69 1.62 3.07 2.93 2.09 0.89 0.18 0.46 0.14
C5 1.38 0.76 1.51 1.53 0.89 1.45 0.63 1.30 0.46 0.89 0.55 0.94 0.22 0.59 1.07 1.57 1.73 1.38 0.66 0.28 0.21 0.20
C5' 2.40 1.34 2.76 2.54 1.46 2.37 0.86 1.71 0.54 1.22 0.82 1.70 0.01 0.68 1.72 3.35 3.10 2.30 1.04 0.24 0.45 0.19
C6 1.71 0.95 1.93 1.94 1.08 1.80 0.73 1.50 0.52 1.02 0.66 1.18 0.20 0.66 1.30 2.10 2.30 1.69 0.80 0.29 0.27 0.22
N1 1.69 0.98 1.95 1.92 1.10 1.71 0.75 1.39 0.55 1.03 0.69 1.20 0.24 0.68 1.29 2.15 2.31 1.61 0.70 0.23 0.27 0.19
N3 1.08 0.67 1.26 1.24 0.76 1.03 0.59 0.91 0.47 0.78 0.53 0.80 0.31 0.58 0.89 1.28 1.43 0.99 0.29 0.08 0.18 0.08
N4 0.63 0.41 0.66 0.63 0.49 0.53 0.44 0.58 0.37 0.56 0.37 0.47 0.31 0.47 0.57 0.56 0.63 0.59 0.06 0.03 0.06 0.02
O2 1.40 0.87 1.67 1.61 0.96 1.34 0.70 1.09 0.54 0.91 0.64 1.04 0.30 0.65 1.10 1.80 1.93 1.26 0.42 0.10 0.25 0.11
O2' 2.10 1.24 2.32 2.26 1.37 2.19 0.93 1.83 0.68 1.25 0.86 1.53 0.29 0.83 1.59 2.66 2.68 2.09 1.02 0.51 0.01 0.44
O3' 1.80 0.83 2.06 1.92 0.99 1.82 0.51 1.37 0.22 0.89 0.41 1.16 0.21 0.43 1.25 2.52 2.38 1.75 0.62 0.04 0.56 0.06
O4' 2.14 1.26 2.53 2.41 1.38 2.11 0.90 1.57 0.64 1.22 0.85 1.55 0.21 0.77 1.61 2.92 2.94 2.00 0.91 0.26 0.37 0.24
O5' 2.86 1.67 3.21 3.10 1.83 2.98 1.19 2.32 0.84 1.60 1.12 2.07 0.26 1.01 2.14 3.76 3.70 2.84 1.65 0.86 0.08 0.78
OP1 3.69 2.28 3.86 3.76 2.50 3.97 1.76 3.25 1.34 2.25 1.65 2.76 0.67 1.58 2.86 4.42 4.13 3.85 2.61 1.69 0.93 1.62
OP2 2.78 1.58 3.17 2.81 1.70 2.65 0.97 1.82 0.62 1.35 0.96 2.01 0.02 0.73 1.98 3.95 3.24 2.64 1.32 0.40 0.37 0.37
P 3.29 1.96 3.64 3.50 2.16 3.41 1.45 2.64 1.07 1.91 1.37 2.41 0.43 1.26 2.49 4.22 4.04 3.28 2.05 1.16 0.37 1.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.37 0.38 0.04 0.22
C2 0.01 0.00 0.26 0.27 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.35 0.14 0.52 0.34 0.09 0.28
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.14 0.01 0.10 0.02 0.15 0.08 0.22 0.24 0.13 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.19 0.31 0.19 0.07
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.19 0.00 0.19 0.01 0.24 0.03 0.28 0.23 0.24 0.11 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.35 0.09
C4 0.00 0.01 0.14 0.19 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.22 0.08 0.50 0.37 0.04 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.14 0.07 0.02 0.11 0.14 0.08 0.07 0.00 0.00 0.01 0.21 0.26 0.06
C5 0.00 0.00 0.10 0.19 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.05 0.52 0.36 0.06 0.33
C5' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.15 0.00 0.22 0.00 0.20 0.30 0.15 0.09 0.23 0.29 0.18 0.07 0.07 0.03 0.02 0.31 0.30 0.03
C6 0.01 0.00 0.15 0.24 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.29 0.08 0.53 0.34 0.10 0.33
C8 0.00 0.01 0.08 0.03 0.00 0.14 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.08 0.47 0.39 0.04 0.34
N1 0.01 0.00 0.22 0.28 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.35 0.12 0.53 0.33 0.11 0.31
N3 0.01 0.00 0.24 0.23 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.30 0.13 0.49 0.35 0.06 0.27
N6 0.01 0.00 0.13 0.24 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.29 0.07 0.52 0.32 0.12 0.34
N7 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.03 0.49 0.37 0.02 0.36
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.47 0.38 0.01 0.28
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.04 0.07 0.01 0.07 0.04 0.08 0.09 0.11 0.03 0.05 0.02 0.00 0.09 0.10 0.03 0.17 0.26 0.06
O3' 0.04 0.35 0.05 0.01 0.22 0.00 0.22 0.07 0.29 0.03 0.35 0.30 0.29 0.11 0.10 0.09 0.00 0.03 0.23 0.10 0.44 0.27
O4' 0.00 0.14 0.02 0.00 0.08 0.00 0.05 0.03 0.08 0.08 0.12 0.13 0.07 0.03 0.00 0.10 0.03 0.00 0.34 0.37 0.01 0.21
O5' 0.37 0.52 0.19 0.01 0.50 0.01 0.52 0.02 0.53 0.47 0.53 0.49 0.52 0.49 0.47 0.03 0.23 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.38 0.34 0.31 0.23 0.37 0.21 0.36 0.31 0.34 0.39 0.33 0.35 0.32 0.37 0.38 0.17 0.10 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.19 0.35 0.04 0.26 0.06 0.30 0.10 0.04 0.11 0.06 0.12 0.02 0.01 0.26 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.28 0.07 0.09 0.30 0.06 0.33 0.03 0.33 0.34 0.31 0.27 0.34 0.36 0.28 0.06 0.27 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00