ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52293

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 11, 32, 16, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.015, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.009, 0.014, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.018, 0.027, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.017, 0.027, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.021, 0.031, 0.042, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.027, 0.038, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.038 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.031, 0.054, 0.076, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.054 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.059, 0.094, 0.129, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.094 std_dev=0.035
P B 0, 0.462, 0.653, 0.844, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.653 std_dev=0.191
OP2 B 0, 0.407, 0.621, 0.836, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.621 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.880, 1.229, 1.578, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.229 std_dev=0.349
O5' B 0, 1.222, 1.631, 2.041, 2.076 max_d=2.076 avg_d=1.631 std_dev=0.409
O4' A 0, 1.147, 1.578, 2.009, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.578 std_dev=0.431
O3' B 0, 1.246, 1.703, 2.160, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.703 std_dev=0.457
C2' A 0, 1.264, 1.741, 2.218, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.741 std_dev=0.477
C5' B 0, 1.799, 2.435, 3.070, 3.137 max_d=3.137 avg_d=2.435 std_dev=0.635
C4' A 0, 1.622, 2.273, 2.923, 2.743 max_d=2.743 avg_d=2.273 std_dev=0.651
O2' A 0, 1.846, 2.503, 3.160, 3.158 max_d=3.158 avg_d=2.503 std_dev=0.657
C3' A 0, 1.573, 2.243, 2.913, 2.717 max_d=2.717 avg_d=2.243 std_dev=0.670
C3' B 0, 1.441, 2.179, 2.916, 3.450 max_d=3.450 avg_d=2.179 std_dev=0.738
P A 0, 1.905, 2.686, 3.467, 4.053 max_d=4.053 avg_d=2.686 std_dev=0.781
OP1 A 0, 1.165, 1.960, 2.756, 4.262 max_d=4.262 avg_d=1.960 std_dev=0.795
C4' B 0, 2.106, 2.928, 3.749, 4.132 max_d=4.132 avg_d=2.928 std_dev=0.821
O5' A 0, 2.254, 3.125, 3.997, 4.525 max_d=4.525 avg_d=3.125 std_dev=0.871
O3' A 0, 1.592, 2.465, 3.339, 3.072 max_d=3.072 avg_d=2.465 std_dev=0.873
C5' A 0, 2.492, 3.401, 4.309, 4.324 max_d=4.324 avg_d=3.401 std_dev=0.908
O4' B 0, 2.902, 4.001, 5.100, 5.410 max_d=5.410 avg_d=4.001 std_dev=1.099
OP2 A 0, 2.079, 3.257, 4.434, 4.993 max_d=4.993 avg_d=3.257 std_dev=1.177
C8 B 0, 3.599, 4.867, 6.135, 6.162 max_d=6.162 avg_d=4.867 std_dev=1.268
C2' B 0, 2.818, 4.107, 5.396, 5.644 max_d=5.644 avg_d=4.107 std_dev=1.289
C1' B 0, 3.368, 4.720, 6.072, 6.316 max_d=6.316 avg_d=4.720 std_dev=1.352
N9 B 0, 3.566, 4.924, 6.281, 6.409 max_d=6.409 avg_d=4.924 std_dev=1.358
N7 B 0, 4.022, 5.446, 6.870, 7.235 max_d=7.235 avg_d=5.446 std_dev=1.424
C4 B 0, 4.016, 5.589, 7.163, 8.015 max_d=8.015 avg_d=5.589 std_dev=1.574
C5 B 0, 4.241, 5.860, 7.480, 8.674 max_d=8.674 avg_d=5.860 std_dev=1.620
O2' B 0, 3.531, 5.154, 6.776, 6.895 max_d=6.895 avg_d=5.154 std_dev=1.622
N3 B 0, 4.276, 6.015, 7.753, 9.348 max_d=9.348 avg_d=6.015 std_dev=1.739
C6 B 0, 4.753, 6.652, 8.551, 10.890 max_d=10.890 avg_d=6.652 std_dev=1.899
C2 B 0, 4.734, 6.728, 8.722, 11.373 max_d=11.373 avg_d=6.728 std_dev=1.994
O6 B 0, 5.128, 7.148, 9.169, 11.903 max_d=11.903 avg_d=7.148 std_dev=2.020
N1 B 0, 4.929, 7.010, 9.090, 12.073 max_d=12.073 avg_d=7.010 std_dev=2.080
N2 B 0, 5.098, 7.312, 9.525, 13.063 max_d=13.063 avg_d=7.312 std_dev=2.214

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.23 0.01 0.16 0.63 0.16 0.24
C2 0.01 0.00 0.16 0.19 0.01 0.07 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.14 0.12 0.21 0.66 0.27 0.25
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.19 0.16 0.02 0.13 0.04 0.27 0.00 0.05 0.01 0.16 0.58 0.34 0.25
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.25 0.01 0.24 0.02 0.19 0.15 0.23 0.28 0.16 0.02 0.01 0.03 0.22 0.57 0.31 0.24
C4 0.01 0.01 0.04 0.25 0.00 0.10 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.14 0.04 0.31 0.61 0.38 0.26
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.08 0.11 0.10 0.24 0.02 0.00 0.02 0.41 0.18 0.10
C5 0.01 0.01 0.11 0.24 0.01 0.13 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.15 0.07 0.36 0.59 0.35 0.29
C5' 0.10 0.22 0.19 0.02 0.29 0.01 0.30 0.00 0.26 0.19 0.26 0.32 0.20 0.09 0.18 0.02 0.01 0.31 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.19 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.11 0.11 0.35 0.59 0.27 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.02 0.24 0.64 0.22 0.26
N3 0.01 0.00 0.13 0.23 0.00 0.08 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.13 0.10 0.25 0.65 0.34 0.25
N4 0.02 0.01 0.04 0.28 0.01 0.11 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.25 0.18 0.05 0.32 0.61 0.43 0.26
O2 0.03 0.01 0.27 0.16 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.28 0.23 0.19 0.15 0.68 0.24 0.25
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.24 0.24 0.30 0.09 0.28 0.14 0.20 0.25 0.28 0.00 0.08 0.16 0.17 0.50 0.36 0.19
O3' 0.23 0.14 0.05 0.01 0.14 0.02 0.15 0.18 0.11 0.11 0.13 0.18 0.23 0.08 0.00 0.18 0.20 0.55 0.39 0.21
O4' 0.01 0.12 0.01 0.03 0.04 0.00 0.07 0.02 0.11 0.02 0.10 0.05 0.19 0.16 0.18 0.00 0.21 0.67 0.16 0.32
O5' 0.16 0.21 0.16 0.22 0.31 0.02 0.36 0.01 0.35 0.24 0.25 0.32 0.15 0.17 0.20 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.63 0.66 0.58 0.57 0.61 0.41 0.59 0.31 0.59 0.64 0.65 0.61 0.68 0.50 0.55 0.67 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.27 0.34 0.31 0.38 0.18 0.35 0.28 0.27 0.22 0.34 0.43 0.24 0.36 0.39 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.25 0.25 0.24 0.26 0.10 0.29 0.02 0.29 0.26 0.25 0.26 0.25 0.19 0.21 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.56 1.24 0.47 0.35 0.91 0.51 1.02 0.52 1.28 0.65 1.36 1.34 1.03 0.90 0.66 0.52 0.35 0.55 0.32 1.43 0.13 0.12 0.14
C2 0.56 1.31 0.42 0.31 0.98 0.52 1.14 0.57 1.38 0.78 1.43 1.39 1.08 1.08 0.71 0.48 0.31 0.56 0.34 1.55 0.11 0.12 0.13
C2' 0.51 1.12 0.41 0.31 0.88 0.41 1.02 0.45 1.25 0.71 1.26 1.18 0.94 0.95 0.66 0.43 0.31 0.46 0.33 1.42 0.16 0.17 0.19
C3' 0.56 1.14 0.40 0.24 0.88 0.36 1.01 0.36 1.24 0.75 1.28 1.22 0.94 0.93 0.69 0.45 0.16 0.52 0.32 1.40 0.35 0.28 0.33
C4 0.52 1.07 0.40 0.30 0.85 0.50 0.96 0.54 1.10 0.69 1.12 1.11 0.94 0.94 0.64 0.44 0.29 0.53 0.34 1.19 0.11 0.13 0.14
C4' 0.69 1.39 0.63 0.42 1.05 0.49 1.14 0.42 1.42 0.72 1.51 1.50 1.18 0.94 0.79 0.67 0.41 0.60 0.29 1.57 0.22 0.17 0.19
C5 0.51 0.99 0.45 0.33 0.78 0.46 0.84 0.47 0.98 0.55 1.02 1.04 0.88 0.73 0.58 0.46 0.31 0.50 0.30 1.02 0.12 0.12 0.13
C5' 0.91 1.58 0.89 0.67 1.27 0.63 1.36 0.50 1.62 0.94 1.69 1.67 1.39 1.14 1.02 0.91 0.64 0.76 0.46 1.76 0.34 0.35 0.35
C6 0.53 1.09 0.47 0.34 0.83 0.47 0.90 0.47 1.09 0.57 1.15 1.15 0.94 0.77 0.61 0.49 0.33 0.52 0.30 1.17 0.14 0.13 0.13
N1 0.55 1.21 0.45 0.33 0.90 0.50 1.01 0.52 1.25 0.66 1.31 1.29 1.01 0.90 0.65 0.49 0.33 0.54 0.32 1.38 0.12 0.12 0.13
N3 0.56 1.26 0.39 0.29 0.98 0.53 1.15 0.58 1.35 0.83 1.37 1.33 1.07 1.14 0.72 0.46 0.30 0.57 0.35 1.52 0.12 0.13 0.15
N4 0.49 0.94 0.35 0.28 0.80 0.49 0.92 0.56 1.01 0.74 0.98 0.97 0.85 0.99 0.62 0.39 0.27 0.52 0.35 1.11 0.14 0.16 0.16
O2 0.58 1.41 0.41 0.29 1.04 0.53 1.24 0.59 1.53 0.86 1.57 1.52 1.15 1.20 0.76 0.49 0.31 0.57 0.34 1.75 0.11 0.13 0.13
O2' 0.54 1.14 0.51 0.49 0.89 0.61 1.05 0.70 1.27 0.71 1.28 1.20 0.95 0.97 0.67 0.51 0.52 0.55 0.57 1.46 0.39 0.40 0.45
O3' 0.54 1.21 0.39 0.25 0.90 0.33 1.03 0.32 1.29 0.73 1.36 1.32 0.99 0.93 0.68 0.44 0.20 0.49 0.30 1.45 0.33 0.24 0.31
O4' 0.70 1.45 0.64 0.44 1.05 0.56 1.11 0.50 1.42 0.65 1.55 1.57 1.22 0.88 0.77 0.69 0.45 0.65 0.29 1.55 0.21 0.16 0.14
O5' 0.74 1.43 0.75 0.52 1.09 0.51 1.17 0.45 1.44 0.73 1.53 1.53 1.22 0.93 0.84 0.77 0.55 0.61 0.33 1.59 0.50 0.36 0.40
OP1 0.62 1.24 0.62 0.52 0.96 0.41 1.04 0.42 1.28 0.69 1.35 1.33 1.05 0.88 0.74 0.64 0.61 0.47 0.43 1.42 0.68 0.51 0.54
OP2 1.22 1.87 1.31 1.03 1.57 0.92 1.62 0.73 1.83 1.21 1.92 1.96 1.70 1.40 1.33 1.30 1.06 1.02 0.63 1.91 0.43 0.53 0.43
P 0.70 1.39 0.70 0.42 1.08 0.39 1.16 0.32 1.41 0.73 1.49 1.49 1.20 0.94 0.82 0.72 0.46 0.54 0.21 1.55 0.47 0.26 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.07 0.13 0.11 0.02 0.01 0.02 0.14 0.00 0.09 0.03 0.32 0.19 0.15
C2 0.11 0.00 0.25 0.18 0.02 0.21 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.18 0.17 0.34 0.32 0.01 0.51 0.39 0.36
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.14 0.02 0.08 0.10 0.13 0.12 0.20 0.29 0.24 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.11 0.47 0.27 0.29
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.16 0.01 0.19 0.02 0.21 0.13 0.20 0.17 0.15 0.17 0.11 0.02 0.01 0.01 0.06 0.22 0.35 0.17 0.17
C4 0.04 0.02 0.14 0.16 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.16 0.16 0.01 0.45 0.31 0.24
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.14 0.15 0.29 0.20 0.11 0.03 0.15 0.02 0.00 0.01 0.06 0.18 0.12 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.19 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.08 0.10 0.02 0.46 0.29 0.18
C5' 0.04 0.30 0.10 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.13 0.16 0.23 0.39 0.28 0.13 0.04 0.07 0.09 0.01 0.01 0.11 0.17 0.17 0.01
C6 0.04 0.01 0.13 0.21 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.17 0.15 0.15 0.00 0.49 0.32 0.22
C8 0.04 0.02 0.12 0.13 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.20 0.07 0.16 0.18 0.03 0.41 0.22 0.08
N1 0.07 0.01 0.20 0.20 0.01 0.15 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.18 0.26 0.25 0.01 0.50 0.36 0.30
N2 0.13 0.00 0.29 0.17 0.02 0.29 0.01 0.39 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.25 0.18 0.42 0.40 0.02 0.53 0.43 0.41
N3 0.11 0.01 0.24 0.15 0.01 0.20 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.17 0.14 0.33 0.29 0.02 0.49 0.37 0.34
N7 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.11 0.00 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.12 0.08 0.13 0.03 0.45 0.27 0.10
N9 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.07 0.02 0.40 0.23 0.16
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.08 0.15 0.11 0.07 0.10 0.20 0.13 0.25 0.17 0.19 0.08 0.00 0.04 0.11 0.15 0.12 0.39 0.21 0.22
O3' 0.14 0.17 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.09 0.17 0.07 0.18 0.18 0.14 0.12 0.06 0.04 0.00 0.10 0.11 0.20 0.43 0.20 0.20
O4' 0.00 0.34 0.01 0.01 0.16 0.00 0.08 0.01 0.15 0.16 0.26 0.42 0.33 0.08 0.01 0.11 0.10 0.00 0.05 0.11 0.14 0.14 0.09
O5' 0.09 0.32 0.21 0.06 0.16 0.01 0.10 0.01 0.15 0.18 0.25 0.40 0.29 0.13 0.07 0.15 0.11 0.05 0.00 0.12 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.11 0.22 0.01 0.06 0.02 0.11 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.12 0.20 0.11 0.12 0.00 0.49 0.31 0.19
OP1 0.32 0.51 0.47 0.35 0.45 0.18 0.46 0.17 0.49 0.41 0.50 0.53 0.49 0.45 0.40 0.39 0.43 0.14 0.02 0.49 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.39 0.27 0.17 0.31 0.12 0.29 0.17 0.32 0.22 0.36 0.43 0.37 0.27 0.23 0.21 0.20 0.14 0.02 0.31 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.36 0.29 0.17 0.24 0.06 0.18 0.01 0.22 0.08 0.30 0.41 0.34 0.10 0.16 0.22 0.20 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00