ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52294

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 9, 25, 8, 4, 0, 0, 2, 4, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.014 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.005, 0.033, 0.062, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.033 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.002, 0.035, 0.068, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.035 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.004, 0.091, 0.178, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.091 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.007, 0.105, 0.202, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.105 std_dev=0.097
P B 0, 0.156, 0.407, 0.658, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.407 std_dev=0.251
C4' A 0, -0.066, 0.188, 0.443, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.188 std_dev=0.254
OP2 B 0, 0.136, 0.411, 0.685, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.411 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.173, 0.479, 0.785, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.479 std_dev=0.306
O2' A 0, -0.084, 0.262, 0.608, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.262 std_dev=0.346
C5' A 0, -0.087, 0.297, 0.681, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.297 std_dev=0.384
C3' A 0, -0.156, 0.270, 0.695, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.270 std_dev=0.425
O5' A 0, -0.149, 0.370, 0.890, 3.145 max_d=3.145 avg_d=0.370 std_dev=0.519
O3' A 0, -0.357, 0.467, 1.292, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.467 std_dev=0.825
P A 0, -0.378, 0.616, 1.609, 5.561 max_d=5.561 avg_d=0.616 std_dev=0.994
O5' B 0, -0.249, 0.756, 1.762, 3.729 max_d=3.729 avg_d=0.756 std_dev=1.005
OP1 A 0, -0.417, 0.662, 1.741, 5.608 max_d=5.608 avg_d=0.662 std_dev=1.079
OP2 A 0, -0.484, 0.840, 2.164, 7.760 max_d=7.760 avg_d=0.840 std_dev=1.324
C5' B 0, -0.557, 1.073, 2.702, 5.744 max_d=5.744 avg_d=1.073 std_dev=1.630
O4' B 0, -0.798, 1.208, 3.214, 8.721 max_d=8.721 avg_d=1.208 std_dev=2.006
C8 B 0, -0.905, 1.264, 3.434, 9.138 max_d=9.138 avg_d=1.264 std_dev=2.169
C4' B 0, -0.871, 1.334, 3.539, 8.235 max_d=8.235 avg_d=1.334 std_dev=2.205
N9 B 0, -1.008, 1.405, 3.819, 10.278 max_d=10.278 avg_d=1.405 std_dev=2.413
C1' B 0, -1.042, 1.473, 3.988, 9.957 max_d=9.957 avg_d=1.473 std_dev=2.515
N7 B 0, -1.175, 1.460, 4.094, 10.465 max_d=10.465 avg_d=1.460 std_dev=2.635
C3' B 0, -1.220, 1.557, 4.333, 8.982 max_d=8.982 avg_d=1.557 std_dev=2.777
C4 B 0, -1.222, 1.627, 4.476, 12.413 max_d=12.413 avg_d=1.627 std_dev=2.849
C5 B 0, -1.327, 1.668, 4.663, 12.421 max_d=12.421 avg_d=1.668 std_dev=2.995
C2' B 0, -1.346, 1.703, 4.752, 10.742 max_d=10.742 avg_d=1.703 std_dev=3.049
N3 B 0, -1.400, 1.839, 5.078, 14.299 max_d=14.299 avg_d=1.839 std_dev=3.239
O3' B 0, -1.615, 1.837, 5.289, 10.577 max_d=10.577 avg_d=1.837 std_dev=3.452
C6 B 0, -1.648, 1.966, 5.579, 14.510 max_d=14.510 avg_d=1.966 std_dev=3.613
C2 B 0, -1.590, 2.044, 5.677, 16.187 max_d=16.187 avg_d=2.044 std_dev=3.633
O2' B 0, -1.687, 2.060, 5.806, 13.115 max_d=13.115 avg_d=2.060 std_dev=3.746
N1 B 0, -1.700, 2.114, 5.928, 16.237 max_d=16.237 avg_d=2.114 std_dev=3.814
N2 B 0, -1.771, 2.275, 6.321, 18.402 max_d=18.402 avg_d=2.275 std_dev=4.046
O6 B 0, -1.924, 2.149, 6.223, 15.045 max_d=15.045 avg_d=2.149 std_dev=4.073

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.19 0.00 0.12 0.14 0.17 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.14 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.14 0.02 0.24 0.25 0.43 0.23
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.13 0.04 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.04 0.01 0.19 0.27 0.23 0.12
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.26 0.00 0.28 0.02 0.25 0.16 0.20 0.28 0.09 0.03 0.01 0.01 0.21 0.31 0.27 0.12
C4 0.01 0.01 0.04 0.26 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.18 0.03 0.35 0.51 0.69 0.49
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.06 0.11 0.04 0.21 0.02 0.00 0.02 0.32 0.07 0.16
C5 0.01 0.01 0.04 0.28 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.21 0.03 0.36 0.55 0.70 0.53
C5' 0.05 0.08 0.13 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.17 0.09 0.11 0.18 0.06 0.10 0.14 0.01 0.01 0.20 0.19 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.25 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.03 0.30 0.40 0.55 0.40
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.10 0.01 0.23 0.23 0.39 0.22
N3 0.02 0.00 0.05 0.20 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.13 0.02 0.30 0.38 0.57 0.36
N4 0.01 0.01 0.04 0.28 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.21 0.03 0.37 0.59 0.78 0.57
O2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.23 0.03 0.18 0.19 0.32 0.15
O2' 0.02 0.24 0.00 0.03 0.24 0.21 0.17 0.10 0.12 0.14 0.27 0.26 0.27 0.00 0.07 0.15 0.17 0.59 0.34 0.46
O3' 0.19 0.14 0.04 0.01 0.18 0.02 0.21 0.14 0.16 0.10 0.13 0.21 0.23 0.07 0.00 0.14 0.18 0.52 0.24 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.15 0.14 0.00 0.04 0.13 0.09 0.10
O5' 0.12 0.24 0.19 0.21 0.35 0.02 0.36 0.01 0.30 0.23 0.30 0.37 0.18 0.17 0.18 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.14 0.25 0.27 0.31 0.51 0.32 0.55 0.20 0.40 0.23 0.38 0.59 0.19 0.59 0.52 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.43 0.23 0.27 0.69 0.07 0.70 0.19 0.55 0.39 0.57 0.78 0.32 0.34 0.24 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.23 0.12 0.12 0.49 0.16 0.53 0.02 0.40 0.22 0.36 0.57 0.15 0.46 0.19 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.36 1.81 1.79 1.69 1.68 0.96 1.80 0.62 1.93 1.53 1.92 1.80 1.70 1.72 1.52 1.91 1.94 0.87 0.71 2.02 0.37 0.16 0.21
C2 0.95 1.68 1.16 1.03 1.57 0.50 1.90 0.41 2.12 1.53 1.97 1.60 1.47 1.91 1.33 1.19 1.14 0.51 0.49 2.37 0.34 0.11 0.17
C2' 1.29 1.65 1.67 1.65 1.53 0.97 1.61 0.62 1.74 1.38 1.73 1.66 1.56 1.54 1.39 1.81 1.99 0.88 0.69 1.83 0.42 0.15 0.19
C3' 1.68 1.76 2.14 2.17 1.71 1.41 1.68 1.00 1.70 1.59 1.73 1.78 1.76 1.63 1.67 2.32 2.59 1.25 1.09 1.69 0.78 0.24 0.53
C4 0.70 1.28 0.80 0.75 1.28 0.33 1.62 0.38 1.74 1.40 1.55 1.16 1.11 1.74 1.11 0.80 0.78 0.33 0.40 1.95 0.31 0.11 0.16
C4' 1.69 1.75 2.25 2.24 1.67 1.42 1.58 0.96 1.58 1.49 1.66 1.80 1.77 1.47 1.63 2.48 2.66 1.20 0.97 1.51 0.53 0.16 0.36
C5 1.02 1.26 1.27 1.29 1.31 0.71 1.48 0.50 1.50 1.40 1.39 1.18 1.21 1.55 1.25 1.29 1.39 0.63 0.64 1.56 0.34 0.15 0.21
C5' 1.85 1.69 2.47 2.51 1.65 1.67 1.42 1.16 1.34 1.44 1.49 1.77 1.79 1.29 1.66 2.75 3.03 1.37 1.08 1.16 0.56 0.27 0.44
C6 1.26 1.49 1.63 1.62 1.49 0.93 1.58 0.62 1.61 1.46 1.56 1.44 1.44 1.58 1.41 1.69 1.80 0.82 0.73 1.65 0.36 0.17 0.22
N1 1.19 1.67 1.53 1.45 1.59 0.79 1.78 0.52 1.91 1.52 1.83 1.62 1.54 1.75 1.43 1.60 1.63 0.73 0.64 2.03 0.36 0.14 0.20
N3 0.72 1.50 0.81 0.69 1.43 0.32 1.84 0.42 2.05 1.47 1.84 1.39 1.27 1.91 1.18 0.80 0.73 0.34 0.36 2.34 0.32 0.12 0.15
N4 0.41 1.05 0.36 0.29 1.06 0.30 1.46 0.51 1.59 1.26 1.36 0.92 0.87 1.65 0.89 0.34 0.27 0.17 0.20 1.83 0.27 0.15 0.14
O2 0.94 1.83 1.13 0.96 1.65 0.46 2.02 0.41 2.31 1.57 2.16 1.75 1.56 2.00 1.36 1.17 1.07 0.50 0.45 2.61 0.34 0.11 0.16
O2' 1.19 1.73 1.56 1.47 1.52 0.84 1.63 0.56 1.83 1.30 1.84 1.77 1.58 1.52 1.32 1.72 1.82 0.78 0.52 1.96 0.30 0.31 0.17
O3' 1.66 1.70 2.13 2.16 1.66 1.40 1.62 1.00 1.62 1.55 1.65 1.73 1.72 1.57 1.63 2.35 2.61 1.24 1.09 1.61 0.89 0.24 0.57
O4' 1.58 1.83 2.11 2.02 1.72 1.21 1.70 0.79 1.75 1.51 1.81 1.86 1.79 1.58 1.61 2.29 2.33 1.04 0.82 1.72 0.37 0.20 0.24
O5' 1.84 1.68 2.49 2.47 1.57 1.68 1.25 1.17 1.16 1.25 1.40 1.82 1.78 1.05 1.58 2.82 2.99 1.39 0.97 0.90 0.32 0.61 0.48
OP1 1.79 1.46 2.40 2.47 1.40 1.78 1.08 1.36 0.94 1.19 1.16 1.60 1.59 0.95 1.47 2.76 3.01 1.45 1.17 0.67 0.75 0.95 0.91
OP2 1.62 1.45 2.29 2.25 1.25 1.57 0.86 1.17 0.78 0.90 1.11 1.68 1.55 0.64 1.27 2.72 2.78 1.26 0.96 0.53 0.86 1.22 0.97
P 1.72 1.50 2.36 2.36 1.37 1.65 1.04 1.21 0.93 1.10 1.20 1.67 1.60 0.86 1.41 2.72 2.88 1.35 1.01 0.65 0.68 0.97 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.25 0.00 0.16 0.03 0.35 0.17 0.16
C2 0.05 0.00 0.21 0.15 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.24 0.17 0.15 0.02 0.62 0.28 0.17
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.17 0.08 0.15 0.15 0.27 0.21 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.31 0.08 0.44 0.21 0.33
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.22 0.23 0.18 0.15 0.12 0.25 0.15 0.02 0.01 0.01 0.15 0.25 0.21 0.15 0.12
C4 0.02 0.01 0.10 0.16 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.13 0.10 0.14 0.01 0.58 0.31 0.16
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.14 0.05 0.14 0.09 0.12 0.04 0.22 0.03 0.00 0.01 0.09 0.13 0.18 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.07 0.06 0.13 0.01 0.67 0.44 0.14
C5' 0.07 0.14 0.17 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.14 0.13 0.14 0.17 0.13 0.15 0.06 0.06 0.15 0.01 0.01 0.18 0.25 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.07 0.09 0.13 0.00 0.72 0.45 0.13
C8 0.03 0.01 0.15 0.23 0.00 0.14 0.01 0.13 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.29 0.12 0.09 0.17 0.04 0.57 0.48 0.15
N1 0.03 0.01 0.15 0.18 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.14 0.14 0.13 0.01 0.69 0.36 0.15
N2 0.08 0.01 0.27 0.15 0.02 0.14 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.22 0.32 0.21 0.16 0.03 0.61 0.25 0.19
N3 0.05 0.01 0.21 0.12 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.14 0.26 0.17 0.15 0.01 0.56 0.25 0.18
N7 0.03 0.01 0.10 0.25 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.13 0.05 0.16 0.04 0.67 0.57 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.10 0.01 0.15 0.03 0.50 0.30 0.16
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.11 0.22 0.20 0.06 0.17 0.29 0.11 0.22 0.14 0.30 0.15 0.00 0.05 0.15 0.25 0.22 0.40 0.20 0.27
O3' 0.25 0.24 0.03 0.01 0.13 0.03 0.07 0.15 0.07 0.12 0.14 0.32 0.26 0.13 0.10 0.05 0.00 0.20 0.21 0.08 0.48 0.19 0.24
O4' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.09 0.14 0.21 0.17 0.05 0.01 0.15 0.20 0.00 0.06 0.09 0.15 0.16 0.07
O5' 0.16 0.15 0.31 0.15 0.14 0.01 0.13 0.01 0.13 0.17 0.13 0.16 0.15 0.16 0.15 0.25 0.21 0.06 0.00 0.14 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.08 0.25 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.22 0.08 0.09 0.14 0.00 0.76 0.53 0.13
OP1 0.35 0.62 0.44 0.21 0.58 0.13 0.67 0.25 0.72 0.57 0.69 0.61 0.56 0.67 0.50 0.40 0.48 0.15 0.02 0.76 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.28 0.21 0.15 0.31 0.18 0.44 0.29 0.45 0.48 0.36 0.25 0.25 0.57 0.30 0.20 0.19 0.16 0.02 0.53 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.17 0.33 0.12 0.16 0.02 0.14 0.02 0.13 0.15 0.15 0.19 0.18 0.14 0.16 0.27 0.24 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00