ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52295

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 8, 5, 7, 3, 1, 2, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.020, 0.058, 0.095, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.058 std_dev=0.038
N4 A 0, 0.010, 0.057, 0.105, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.057 std_dev=0.047
O4' A 0, -0.077, 0.150, 0.378, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.150 std_dev=0.228
OP2 B 0, 0.200, 0.457, 0.715, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.457 std_dev=0.258
C2' A 0, -0.059, 0.210, 0.479, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.210 std_dev=0.269
OP1 B 0, 0.189, 0.480, 0.771, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.480 std_dev=0.291
P B 0, 0.157, 0.450, 0.742, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.450 std_dev=0.293
C4' A 0, -0.076, 0.276, 0.629, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.276 std_dev=0.352
C5' A 0, -0.008, 0.370, 0.747, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.370 std_dev=0.378
C3' A 0, -0.090, 0.340, 0.771, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.340 std_dev=0.431
O2' A 0, -0.193, 0.382, 0.957, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.382 std_dev=0.575
O5' B 0, 0.022, 0.617, 1.213, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.617 std_dev=0.596
O3' A 0, -0.200, 0.578, 1.356, 2.728 max_d=2.728 avg_d=0.578 std_dev=0.778
C5' B 0, -0.098, 0.732, 1.561, 2.844 max_d=2.844 avg_d=0.732 std_dev=0.829
O5' A 0, -0.358, 0.574, 1.505, 3.137 max_d=3.137 avg_d=0.574 std_dev=0.932
OP2 A 0, -0.197, 0.787, 1.770, 3.431 max_d=3.431 avg_d=0.787 std_dev=0.983
C3' B 0, -0.202, 0.810, 1.823, 3.476 max_d=3.476 avg_d=0.810 std_dev=1.013
P A 0, -0.285, 0.785, 1.854, 3.631 max_d=3.631 avg_d=0.785 std_dev=1.070
C2' B 0, -0.174, 0.915, 2.003, 4.092 max_d=4.092 avg_d=0.915 std_dev=1.088
C4' B 0, -0.370, 0.852, 2.074, 4.138 max_d=4.138 avg_d=0.852 std_dev=1.222
O3' B 0, -0.325, 0.973, 2.271, 4.324 max_d=4.324 avg_d=0.973 std_dev=1.298
O2' B 0, -0.287, 1.189, 2.665, 5.859 max_d=5.859 avg_d=1.189 std_dev=1.476
C1' B 0, -0.493, 1.023, 2.538, 5.084 max_d=5.084 avg_d=1.023 std_dev=1.515
O4' B 0, -0.550, 0.989, 2.528, 5.074 max_d=5.074 avg_d=0.989 std_dev=1.539
N9 B 0, -0.685, 1.047, 2.778, 6.085 max_d=6.085 avg_d=1.047 std_dev=1.731
C8 B 0, -0.828, 1.092, 3.012, 6.792 max_d=6.792 avg_d=1.092 std_dev=1.920
OP1 A 0, -0.713, 1.227, 3.167, 6.353 max_d=6.353 avg_d=1.227 std_dev=1.940
C4 B 0, -0.867, 1.268, 3.402, 7.394 max_d=7.394 avg_d=1.268 std_dev=2.135
N3 B 0, -0.795, 1.408, 3.611, 7.675 max_d=7.675 avg_d=1.408 std_dev=2.203
N7 B 0, -1.152, 1.395, 3.942, 8.718 max_d=8.718 avg_d=1.395 std_dev=2.547
C2 B 0, -0.993, 1.611, 4.216, 9.005 max_d=9.005 avg_d=1.611 std_dev=2.605
C5 B 0, -1.170, 1.447, 4.063, 8.869 max_d=8.869 avg_d=1.447 std_dev=2.617
N2 B 0, -0.950, 1.790, 4.530, 9.610 max_d=9.610 avg_d=1.790 std_dev=2.740
N1 B 0, -1.305, 1.753, 4.811, 10.278 max_d=10.278 avg_d=1.753 std_dev=3.058
C6 B 0, -1.438, 1.743, 4.923, 10.552 max_d=10.552 avg_d=1.743 std_dev=3.180
O6 B 0, -1.750, 2.039, 5.828, 12.333 max_d=12.333 avg_d=2.039 std_dev=3.789

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.28 0.00 0.26 0.39 0.20 0.17
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.21 0.05 0.52 0.91 0.48 0.46
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.20 0.12 0.02 0.05 0.05 0.16 0.00 0.03 0.02 0.05 0.11 0.51 0.12
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.21 0.00 0.23 0.01 0.19 0.13 0.18 0.23 0.10 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.23 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.12 0.03 0.71 1.34 0.77 0.71
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.05 0.09 0.03 0.20 0.01 0.00 0.01 0.15 0.18 0.02
C5 0.02 0.01 0.10 0.23 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.12 0.03 0.73 1.34 0.73 0.72
C5' 0.08 0.07 0.20 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.10 0.07 0.09 0.13 0.08 0.03 0.17 0.01 0.01 0.28 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.19 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.04 0.64 1.05 0.49 0.56
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.15 0.02 0.50 0.81 0.37 0.41
N3 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.16 0.05 0.63 1.16 0.65 0.60
N4 0.02 0.01 0.05 0.23 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.30 0.14 0.03 0.75 1.49 0.89 0.79
O2 0.03 0.01 0.16 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.32 0.09 0.40 0.73 0.41 0.35
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.27 0.20 0.26 0.03 0.21 0.16 0.24 0.30 0.14 0.00 0.04 0.15 0.09 0.09 0.49 0.11
O3' 0.28 0.21 0.03 0.01 0.12 0.01 0.12 0.17 0.10 0.15 0.16 0.14 0.32 0.04 0.00 0.21 0.17 0.26 0.21 0.25
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.09 0.15 0.21 0.00 0.25 0.34 0.07 0.18
O5' 0.26 0.52 0.05 0.12 0.71 0.01 0.73 0.01 0.64 0.50 0.63 0.75 0.40 0.09 0.17 0.25 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.39 0.91 0.11 0.09 1.34 0.15 1.34 0.28 1.05 0.81 1.16 1.49 0.73 0.09 0.26 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.48 0.51 0.23 0.77 0.18 0.73 0.30 0.49 0.37 0.65 0.89 0.41 0.49 0.21 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.46 0.12 0.09 0.71 0.02 0.72 0.01 0.56 0.41 0.60 0.79 0.35 0.11 0.25 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.47 1.50 0.50 0.25 1.42 0.09 2.01 0.38 2.29 1.53 1.97 1.32 1.19 2.13 1.10 1.03 0.58 0.43 0.29 2.67 0.23 0.17 0.29
C2 0.67 1.60 0.51 0.27 1.57 0.20 2.12 0.37 2.33 1.76 2.02 1.43 1.33 2.32 1.31 0.82 0.47 0.70 0.24 2.67 0.24 0.15 0.24
C2' 0.38 1.45 0.63 0.47 1.33 0.21 1.97 0.31 2.34 1.46 2.00 1.29 1.09 2.10 0.98 1.17 0.86 0.28 0.43 2.85 0.32 0.21 0.37
C3' 0.39 1.23 0.79 0.67 0.99 0.49 1.56 0.50 1.92 1.09 1.66 1.19 0.90 1.68 0.64 1.39 1.08 0.17 0.47 2.37 0.28 0.41 0.45
C4 0.51 1.11 0.54 0.35 1.14 0.16 1.51 0.35 1.61 1.39 1.39 0.98 0.94 1.71 1.00 0.71 0.42 0.60 0.23 1.82 0.22 0.14 0.21
C4' 0.48 1.10 0.79 0.56 0.90 0.39 1.38 0.34 1.68 0.96 1.45 1.08 0.86 1.48 0.60 1.42 0.93 0.25 0.47 2.05 0.23 0.27 0.39
C5 0.32 0.83 0.66 0.46 0.86 0.10 1.21 0.36 1.30 1.12 1.09 0.72 0.68 1.41 0.74 0.87 0.53 0.32 0.30 1.49 0.21 0.18 0.28
C5' 0.73 0.65 1.01 0.81 0.45 0.68 0.80 0.44 1.03 0.50 0.82 0.75 0.61 0.94 0.30 1.61 1.18 0.57 0.61 1.36 0.26 0.30 0.45
C6 0.33 0.95 0.66 0.44 0.97 0.11 1.40 0.38 1.52 1.22 1.27 0.82 0.76 1.61 0.79 1.03 0.62 0.27 0.33 1.76 0.22 0.19 0.31
N1 0.49 1.36 0.55 0.31 1.35 0.08 1.88 0.38 2.06 1.56 1.76 1.19 1.11 2.08 1.10 0.96 0.55 0.48 0.28 2.38 0.24 0.17 0.28
N3 0.68 1.45 0.50 0.30 1.46 0.24 1.92 0.36 2.07 1.68 1.81 1.31 1.23 2.13 1.25 0.72 0.42 0.75 0.23 2.35 0.23 0.14 0.20
N4 0.52 1.00 0.51 0.35 1.02 0.21 1.32 0.32 1.40 1.23 1.23 0.90 0.86 1.48 0.91 0.58 0.35 0.63 0.22 1.57 0.20 0.13 0.13
O2 0.78 1.87 0.49 0.24 1.78 0.26 2.38 0.38 2.69 1.88 2.36 1.70 1.55 2.51 1.44 0.80 0.45 0.79 0.24 3.12 0.26 0.15 0.24
O2' 0.42 1.66 0.39 0.30 1.51 0.12 2.21 0.32 2.67 1.60 2.31 1.45 1.23 2.27 1.13 0.97 0.71 0.39 0.42 3.26 0.40 0.27 0.39
O3' 0.66 1.54 0.93 0.76 1.19 0.59 1.70 0.42 2.12 1.12 1.95 1.55 1.19 1.72 0.82 1.52 1.18 0.43 0.58 2.58 0.30 0.33 0.46
O4' 0.42 1.25 0.61 0.30 1.15 0.13 1.62 0.35 1.85 1.21 1.61 1.13 1.00 1.70 0.85 1.20 0.60 0.27 0.35 2.15 0.22 0.18 0.32
O5' 0.71 0.58 0.99 0.99 0.20 0.91 0.67 0.93 0.86 0.61 0.67 0.84 0.51 0.97 0.13 1.53 1.31 0.70 0.70 1.21 0.61 0.95 0.77
OP1 1.15 0.82 1.16 1.21 0.59 1.34 0.51 1.49 0.38 0.91 0.42 1.20 0.94 0.95 0.75 1.54 1.49 1.24 1.11 0.64 1.47 1.77 1.44
OP2 1.22 0.46 1.24 1.36 0.42 1.55 0.15 1.41 0.28 0.45 0.25 0.66 0.65 0.37 0.66 1.49 1.44 1.35 1.27 0.57 0.91 1.22 1.18
P 1.30 0.73 1.43 1.45 0.54 1.45 0.19 1.23 0.21 0.51 0.32 1.04 0.91 0.54 0.70 1.83 1.77 1.30 1.02 0.56 0.77 1.10 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.34 0.17 0.25
C2 0.03 0.00 0.25 0.26 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.12 0.10 0.36 0.01 0.56 0.27 0.36
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.02 0.08 0.13 0.12 0.12 0.20 0.30 0.24 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.49 0.10 0.47 0.50 0.56
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.25 0.00 0.31 0.02 0.34 0.25 0.32 0.24 0.21 0.31 0.20 0.02 0.01 0.02 0.35 0.36 0.28 0.33 0.35
C4 0.02 0.01 0.13 0.25 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.12 0.05 0.39 0.01 0.59 0.29 0.38
C4' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.12 0.15 0.08 0.03 0.04 0.16 0.08 0.22 0.03 0.01 0.01 0.14 0.10 0.17 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.31 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.19 0.03 0.44 0.01 0.74 0.40 0.44
C5' 0.05 0.10 0.13 0.02 0.13 0.00 0.21 0.00 0.21 0.22 0.16 0.07 0.07 0.26 0.13 0.10 0.15 0.01 0.01 0.25 0.11 0.27 0.02
C6 0.01 0.00 0.12 0.34 0.00 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.21 0.05 0.44 0.01 0.77 0.41 0.45
C8 0.01 0.01 0.12 0.25 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.07 0.45 0.02 0.72 0.39 0.43
N1 0.02 0.00 0.20 0.32 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.08 0.41 0.01 0.68 0.35 0.41
N2 0.03 0.01 0.30 0.24 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.12 0.33 0.01 0.50 0.24 0.33
N3 0.03 0.01 0.24 0.21 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.11 0.10 0.34 0.01 0.50 0.24 0.33
N7 0.01 0.01 0.07 0.31 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.23 0.04 0.47 0.02 0.82 0.46 0.47
N9 0.00 0.01 0.03 0.20 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.38 0.01 0.55 0.27 0.36
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.14 0.22 0.20 0.10 0.20 0.22 0.17 0.19 0.15 0.24 0.14 0.00 0.05 0.16 0.20 0.23 0.22 0.39 0.33
O3' 0.20 0.12 0.02 0.01 0.12 0.03 0.19 0.15 0.21 0.17 0.16 0.13 0.11 0.23 0.10 0.05 0.00 0.13 0.27 0.26 0.37 0.17 0.22
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.12 0.10 0.04 0.01 0.16 0.13 0.00 0.09 0.04 0.17 0.20 0.02
O5' 0.27 0.36 0.49 0.35 0.39 0.01 0.44 0.01 0.44 0.45 0.41 0.33 0.34 0.47 0.38 0.20 0.27 0.09 0.00 0.46 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.26 0.04 0.46 0.00 0.86 0.47 0.47
OP1 0.34 0.56 0.47 0.28 0.59 0.10 0.74 0.11 0.77 0.72 0.68 0.50 0.50 0.82 0.55 0.22 0.37 0.17 0.01 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.27 0.50 0.33 0.29 0.17 0.40 0.27 0.41 0.39 0.35 0.24 0.24 0.46 0.27 0.39 0.17 0.20 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.36 0.56 0.35 0.38 0.02 0.44 0.02 0.45 0.43 0.41 0.33 0.33 0.47 0.36 0.33 0.22 0.02 0.00 0.47 0.01 0.00 0.00