ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52296

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 4, 15, 4, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.001, 0.037, 0.074, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.018, 0.077, 0.137, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.077 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.015, 0.077, 0.139, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.077 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.042, 0.121, 0.200, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.121 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.027, 0.111, 0.195, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.111 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.034, 0.124, 0.215, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.124 std_dev=0.091
O3' A 0, 0.041, 0.172, 0.302, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.172 std_dev=0.130
C8 B 0, 0.077, 0.210, 0.342, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.210 std_dev=0.132
N7 B 0, 0.055, 0.187, 0.320, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.187 std_dev=0.133
C5' A 0, 0.077, 0.211, 0.344, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.211 std_dev=0.133
OP2 B 0, 0.091, 0.238, 0.385, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.238 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.071, 0.220, 0.369, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.220 std_dev=0.149
P B 0, 0.084, 0.265, 0.447, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.265 std_dev=0.181
C5 B 0, 0.050, 0.236, 0.422, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.236 std_dev=0.186
N9 B 0, 0.072, 0.282, 0.492, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.282 std_dev=0.210
O6 B 0, 0.046, 0.261, 0.475, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.261 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.045, 0.262, 0.479, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.262 std_dev=0.217
C5' B 0, 0.069, 0.297, 0.525, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.297 std_dev=0.228
O5' B 0, 0.074, 0.309, 0.544, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.309 std_dev=0.235
OP1 B 0, 0.100, 0.338, 0.577, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.338 std_dev=0.238
O4' B 0, 0.081, 0.322, 0.563, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.322 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.059, 0.302, 0.545, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.302 std_dev=0.243
P A 0, 0.083, 0.330, 0.577, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.330 std_dev=0.247
C4' B 0, 0.067, 0.337, 0.607, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.337 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.073, 0.345, 0.616, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.345 std_dev=0.271
OP2 A 0, 0.119, 0.398, 0.676, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.398 std_dev=0.278
OP1 A 0, 0.078, 0.367, 0.656, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.367 std_dev=0.289
N1 B 0, 0.049, 0.338, 0.627, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.338 std_dev=0.289
C3' B 0, 0.060, 0.351, 0.642, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.351 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.059, 0.379, 0.700, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.379 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.058, 0.389, 0.719, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.389 std_dev=0.330
C2 B 0, 0.054, 0.399, 0.743, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.399 std_dev=0.344
O3' B 0, 0.064, 0.413, 0.761, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.413 std_dev=0.348
O2' B 0, 0.051, 0.458, 0.865, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.458 std_dev=0.407
N2 B 0, 0.063, 0.491, 0.918, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.491 std_dev=0.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.09 0.04 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.06 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.10 0.05 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.10 0.08 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.05 0.09 0.04 0.06
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
O5' 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.06 0.06 0.09 0.02 0.07 0.02 0.06 0.07 0.10 0.10 0.09 0.05 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.05 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.06 0.03 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.14 0.08 0.08 0.07
C2 0.08 0.13 0.07 0.06 0.09 0.07 0.12 0.07 0.16 0.08 0.16 0.13 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.10 0.07 0.20 0.07 0.07 0.06
C2' 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.07 0.13 0.08 0.08 0.07
C3' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.12 0.09 0.08 0.07
C4 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.14 0.07 0.12 0.09 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.12 0.08 0.17 0.08 0.08 0.07
C4' 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.08 0.08
C5 0.15 0.10 0.14 0.14 0.10 0.16 0.10 0.15 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.15 0.13 0.18 0.12 0.15 0.10 0.10 0.10
C5' 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09
C6 0.15 0.10 0.14 0.14 0.11 0.16 0.10 0.14 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.13 0.15 0.12 0.17 0.11 0.15 0.10 0.09 0.09
N1 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.10 0.08 0.09 0.12 0.08 0.11 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.12 0.07 0.16 0.08 0.08 0.07
N3 0.09 0.13 0.07 0.06 0.10 0.07 0.13 0.07 0.17 0.08 0.16 0.13 0.11 0.11 0.08 0.08 0.06 0.10 0.07 0.20 0.07 0.08 0.06
N4 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.14 0.08 0.12 0.09 0.08 0.11 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.17 0.09 0.10 0.08
O2 0.10 0.18 0.09 0.07 0.14 0.08 0.15 0.07 0.21 0.10 0.21 0.19 0.15 0.11 0.11 0.10 0.07 0.10 0.08 0.24 0.06 0.07 0.05
O2' 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.08 0.11 0.07 0.11 0.08 0.08 0.07
O3' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07
O4' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.08 0.07
O5' 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.07
OP1 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06 0.14 0.09 0.07 0.07
OP2 0.09 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08 0.13 0.08 0.08 0.07
P 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.13 0.08 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.12 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.04 0.03 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.10 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.10 0.00 0.11 0.13 0.10
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.11 0.08
N2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.04
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.13 0.01 0.13 0.14 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04 0.08 0.05 0.06
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.06 0.06 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.04 0.05 0.13 0.07 0.06 0.04 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.00 0.13 0.15 0.13
OP1 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.10 0.04 0.11 0.11 0.08 0.05 0.05 0.13 0.07 0.08 0.06 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.12 0.03 0.13 0.11 0.11 0.08 0.07 0.14 0.07 0.05 0.06 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.08 0.04 0.04 0.12 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00