ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52297

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 2, 5, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.014, 0.049, 0.083, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.049 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.008, 0.054, 0.099, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.054 std_dev=0.046
O4' A 0, -0.017, 0.140, 0.297, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.140 std_dev=0.157
OP2 B 0, 0.276, 0.461, 0.646, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.461 std_dev=0.185
C2' A 0, -0.050, 0.182, 0.415, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.182 std_dev=0.232
OP1 B 0, 0.395, 0.655, 0.915, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.655 std_dev=0.260
C4' A 0, -0.065, 0.280, 0.625, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.280 std_dev=0.345
C3' A 0, -0.088, 0.321, 0.731, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.321 std_dev=0.409
C5' A 0, -0.022, 0.394, 0.809, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.394 std_dev=0.416
O2' A 0, -0.098, 0.340, 0.777, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.340 std_dev=0.437
P B 0, 0.145, 0.778, 1.411, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.778 std_dev=0.633
O3' A 0, -0.156, 0.522, 1.201, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.522 std_dev=0.679
O5' A 0, -0.224, 1.015, 2.253, 3.616 max_d=3.616 avg_d=1.015 std_dev=1.239
P A 0, -0.424, 1.297, 3.017, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.297 std_dev=1.720
O5' B 0, -0.298, 1.608, 3.514, 4.890 max_d=4.890 avg_d=1.608 std_dev=1.906
OP1 A 0, -0.445, 1.499, 3.442, 5.413 max_d=5.413 avg_d=1.499 std_dev=1.943
OP2 A 0, -0.615, 1.797, 4.209, 7.150 max_d=7.150 avg_d=1.797 std_dev=2.412
C5' B 0, -0.202, 2.292, 4.786, 6.678 max_d=6.678 avg_d=2.292 std_dev=2.494
C4' B 0, -0.959, 2.871, 6.701, 9.528 max_d=9.528 avg_d=2.871 std_dev=3.830
O4' B 0, -1.024, 3.230, 7.484, 10.653 max_d=10.653 avg_d=3.230 std_dev=4.254
C3' B 0, -1.327, 2.991, 7.310, 10.468 max_d=10.468 avg_d=2.991 std_dev=4.319
C2' B 0, -1.398, 3.504, 8.406, 12.064 max_d=12.064 avg_d=3.504 std_dev=4.902
C1' B 0, -1.302, 3.683, 8.668, 12.108 max_d=12.108 avg_d=3.683 std_dev=4.985
C8 B 0, -0.487, 4.540, 9.568, 12.843 max_d=12.843 avg_d=4.540 std_dev=5.028
N9 B 0, -1.078, 3.971, 9.020, 12.559 max_d=12.559 avg_d=3.971 std_dev=5.049
N3 B 0, -0.540, 4.572, 9.685, 13.123 max_d=13.123 avg_d=4.572 std_dev=5.113
O3' B 0, -1.643, 3.510, 8.663, 12.352 max_d=12.352 avg_d=3.510 std_dev=5.153
C4 B 0, -1.035, 4.213, 9.461, 13.173 max_d=13.173 avg_d=4.213 std_dev=5.248
N7 B 0, -0.517, 4.866, 10.249, 13.771 max_d=13.771 avg_d=4.866 std_dev=5.383
C2 B 0, -0.301, 5.134, 10.569, 14.007 max_d=14.007 avg_d=5.134 std_dev=5.435
N2 B 0, 0.128, 5.689, 11.249, 14.087 max_d=14.087 avg_d=5.689 std_dev=5.560
C5 B 0, -1.050, 4.553, 10.156, 14.048 max_d=14.048 avg_d=4.553 std_dev=5.603
O2' B 0, -1.723, 4.172, 10.066, 14.383 max_d=14.383 avg_d=4.172 std_dev=5.895
N1 B 0, -0.590, 5.315, 11.220, 15.161 max_d=15.161 avg_d=5.315 std_dev=5.905
C6 B 0, -1.055, 5.021, 11.096, 15.263 max_d=15.263 avg_d=5.021 std_dev=6.076
O6 B 0, -1.138, 5.464, 12.066, 16.592 max_d=16.592 avg_d=5.464 std_dev=6.602

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.08 0.02 0.15 0.00 0.22 0.22 0.41 0.24
C2 0.04 0.00 0.12 0.21 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.08 0.02 0.54 0.44 0.97 0.60
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.09 0.12 0.03 0.09 0.07 0.23 0.00 0.02 0.02 0.29 0.53 0.52 0.35
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.28 0.00 0.25 0.02 0.21 0.17 0.26 0.30 0.21 0.02 0.01 0.02 0.40 0.77 0.59 0.49
C4 0.03 0.01 0.06 0.28 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.20 0.04 0.76 0.52 1.33 0.83
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.14 0.09 0.11 0.16 0.10 0.20 0.02 0.01 0.02 0.32 0.14 0.07
C5 0.03 0.01 0.10 0.25 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.26 0.21 0.05 0.78 0.47 1.24 0.80
C5' 0.02 0.13 0.09 0.02 0.20 0.01 0.22 0.00 0.19 0.12 0.16 0.23 0.11 0.11 0.13 0.02 0.01 0.36 0.30 0.02
C6 0.03 0.02 0.12 0.21 0.01 0.14 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.21 0.16 0.05 0.68 0.38 0.96 0.64
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.16 0.07 0.02 0.51 0.36 0.80 0.52
N3 0.03 0.00 0.09 0.26 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.13 0.02 0.66 0.51 1.20 0.74
N4 0.04 0.02 0.07 0.30 0.01 0.16 0.02 0.23 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.28 0.24 0.05 0.81 0.57 1.47 0.91
O2 0.08 0.01 0.23 0.21 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.14 0.11 0.05 0.43 0.42 0.85 0.51
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.26 0.20 0.26 0.11 0.21 0.16 0.22 0.28 0.14 0.00 0.05 0.14 0.27 0.49 0.47 0.33
O3' 0.15 0.08 0.02 0.01 0.20 0.02 0.21 0.13 0.16 0.07 0.13 0.24 0.11 0.05 0.00 0.08 0.39 1.05 0.64 0.58
O4' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.14 0.08 0.00 0.08 0.07 0.13 0.13
O5' 0.22 0.54 0.29 0.40 0.76 0.02 0.78 0.01 0.68 0.51 0.66 0.81 0.43 0.27 0.39 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.22 0.44 0.53 0.77 0.52 0.32 0.47 0.36 0.38 0.36 0.51 0.57 0.42 0.49 1.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.97 0.52 0.59 1.33 0.14 1.24 0.30 0.96 0.80 1.20 1.47 0.85 0.47 0.64 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.60 0.35 0.49 0.83 0.07 0.80 0.02 0.64 0.52 0.74 0.91 0.51 0.33 0.58 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.27 0.46 2.19 2.26 0.30 1.71 1.08 1.35 1.45 1.01 0.81 0.91 0.70 1.59 0.53 2.85 2.86 1.04 0.87 2.28 0.16 0.17 0.32
C2 0.26 1.33 0.93 1.14 1.28 0.75 2.29 0.72 2.68 2.06 2.03 1.43 0.92 2.80 1.07 1.39 1.63 0.22 0.41 3.49 0.15 0.16 0.20
C2' 1.19 0.31 2.14 2.31 0.25 1.74 1.21 1.35 1.63 1.00 0.97 0.68 0.52 1.68 0.41 2.80 3.03 0.99 0.81 2.48 0.16 0.17 0.24
C3' 1.98 0.77 2.87 3.05 0.68 2.47 0.46 1.94 0.83 0.56 0.20 1.19 1.24 0.91 1.00 3.54 3.83 1.77 1.33 1.66 0.46 0.45 0.62
C4 0.52 1.46 0.43 0.59 1.42 0.32 2.31 0.42 2.47 2.41 1.86 1.77 1.14 3.00 1.35 0.71 0.91 0.53 0.29 3.09 0.15 0.16 0.16
C4' 2.41 1.27 3.27 3.28 1.19 2.65 0.45 2.02 0.46 0.79 0.48 1.64 1.72 0.60 1.47 4.05 4.01 2.09 1.40 1.14 0.35 0.34 0.59
C5 0.51 1.00 1.30 1.39 0.44 1.03 1.26 0.92 1.40 1.53 0.92 1.63 0.90 2.00 0.46 1.61 1.66 0.39 0.61 2.02 0.15 0.17 0.27
C5' 3.08 2.02 3.88 3.83 1.91 3.17 1.01 2.38 0.67 1.31 1.23 2.37 2.45 0.66 2.15 4.65 4.59 2.70 1.72 0.41 0.46 0.44 0.75
C6 1.07 0.82 1.93 2.01 0.23 1.53 0.93 1.26 1.15 1.12 0.62 1.42 0.94 1.60 0.41 2.37 2.40 0.87 0.85 1.86 0.16 0.18 0.33
N1 0.78 0.68 1.68 1.81 0.47 1.33 1.43 1.11 1.76 1.38 1.13 1.10 0.59 2.01 0.45 2.20 2.30 0.62 0.70 2.55 0.15 0.17 0.28
N3 0.68 1.79 0.37 0.57 1.79 0.29 2.77 0.40 3.08 2.59 2.42 1.86 1.39 3.32 1.60 0.69 0.98 0.65 0.30 3.82 0.15 0.16 0.16
N4 1.23 1.89 0.52 0.33 2.00 0.43 2.81 0.29 2.82 3.05 2.24 2.16 1.62 3.56 2.01 0.35 0.33 1.18 0.50 3.30 0.15 0.17 0.18
O2 0.34 1.62 0.83 1.08 1.54 0.68 2.58 0.67 3.07 2.19 2.44 1.57 1.12 2.99 1.25 1.34 1.62 0.29 0.37 3.96 0.15 0.16 0.18
O2' 1.12 0.44 2.08 2.23 0.50 1.63 1.45 1.23 1.93 1.11 1.29 0.47 0.40 1.85 0.49 2.82 3.00 0.89 0.71 2.81 0.24 0.26 0.24
O3' 2.08 0.70 2.95 3.18 0.69 2.63 0.45 2.06 0.90 0.45 0.34 1.07 1.22 0.81 1.05 3.67 4.06 1.91 1.39 1.76 0.55 0.49 0.67
O4' 1.97 0.99 2.86 2.81 0.87 2.20 0.54 1.69 0.72 0.77 0.37 1.41 1.39 0.95 1.13 3.59 3.39 1.64 1.15 1.45 0.19 0.21 0.44
O5' 3.51 2.51 4.24 4.31 2.36 3.74 1.44 2.99 1.09 1.72 1.69 2.87 2.93 1.03 2.58 4.83 4.95 3.24 2.33 0.45 1.02 1.03 1.36
OP1 3.95 2.98 4.37 4.38 2.83 4.03 1.95 3.04 1.63 2.16 2.21 3.32 3.37 1.50 3.03 4.98 5.20 3.73 2.24 0.95 0.79 0.75 1.12
OP2 3.95 3.23 4.42 4.67 2.97 4.44 2.08 3.75 1.82 2.19 2.45 3.62 3.58 1.57 3.08 4.70 5.15 3.91 3.01 1.14 1.70 1.74 2.02
P 4.03 3.07 4.55 4.69 2.91 4.27 2.00 3.39 1.68 2.20 2.28 3.41 3.47 1.53 3.10 5.03 5.42 3.84 2.64 0.96 1.21 1.18 1.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.20 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.18 0.07 0.05 0.16 0.22 0.19 0.05 0.00 0.04 0.19 0.00 0.28 0.06 0.40 0.26 0.23
C2 0.20 0.00 0.18 0.32 0.06 0.56 0.01 1.14 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.18 0.14 0.48 1.52 0.02 2.42 1.55 1.99
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.12 0.04 0.07 0.23 0.09 0.19 0.12 0.23 0.18 0.12 0.06 0.00 0.03 0.02 0.44 0.08 0.41 0.38 0.41
C3' 0.03 0.32 0.01 0.00 0.17 0.01 0.28 0.02 0.25 0.51 0.20 0.47 0.32 0.48 0.23 0.03 0.01 0.02 0.26 0.31 0.26 0.31 0.15
C4 0.06 0.06 0.12 0.17 0.00 0.20 0.00 0.50 0.03 0.02 0.08 0.05 0.01 0.02 0.03 0.08 0.07 0.23 0.57 0.03 1.04 0.53 0.68
C4' 0.01 0.56 0.04 0.01 0.20 0.00 0.16 0.01 0.17 0.54 0.37 0.76 0.55 0.43 0.17 0.28 0.04 0.01 0.03 0.16 0.18 0.26 0.06
C5 0.03 0.01 0.07 0.28 0.00 0.16 0.00 0.48 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.20 0.18 0.09 0.27 0.02 0.56 0.85 0.27
C5' 0.18 1.14 0.23 0.02 0.50 0.01 0.48 0.00 0.50 1.05 0.81 1.53 1.06 0.90 0.45 0.13 0.20 0.03 0.01 0.49 0.26 0.30 0.02
C6 0.07 0.02 0.09 0.25 0.03 0.17 0.02 0.50 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.16 0.18 0.18 0.39 0.01 1.00 0.76 0.53
C8 0.05 0.07 0.19 0.51 0.02 0.54 0.03 1.05 0.04 0.00 0.08 0.07 0.05 0.01 0.01 0.36 0.23 0.30 1.09 0.04 0.84 1.67 1.21
N1 0.16 0.01 0.12 0.20 0.08 0.37 0.04 0.81 0.00 0.08 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.11 0.13 0.37 1.00 0.01 1.88 1.02 1.38
N2 0.22 0.00 0.23 0.47 0.05 0.76 0.01 1.53 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.29 0.22 0.58 2.08 0.03 3.25 2.38 2.82
N3 0.19 0.01 0.18 0.32 0.01 0.55 0.02 1.06 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.18 0.16 0.48 1.43 0.03 2.07 1.32 1.74
N7 0.05 0.01 0.12 0.48 0.02 0.43 0.00 0.90 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.34 0.27 0.18 0.92 0.03 0.66 1.71 1.06
N9 0.00 0.10 0.06 0.23 0.03 0.17 0.02 0.45 0.05 0.01 0.10 0.10 0.09 0.03 0.00 0.17 0.09 0.03 0.29 0.04 0.36 0.62 0.26
O2' 0.04 0.18 0.00 0.03 0.08 0.28 0.20 0.13 0.16 0.36 0.11 0.29 0.18 0.34 0.17 0.00 0.06 0.17 0.37 0.21 0.35 0.35 0.30
O3' 0.19 0.14 0.03 0.01 0.07 0.04 0.18 0.20 0.18 0.23 0.13 0.22 0.16 0.27 0.09 0.06 0.00 0.23 0.24 0.25 0.50 0.33 0.20
O4' 0.00 0.48 0.02 0.02 0.23 0.01 0.09 0.03 0.18 0.30 0.37 0.58 0.48 0.18 0.03 0.17 0.23 0.00 0.28 0.12 0.31 0.35 0.27
O5' 0.28 1.52 0.44 0.26 0.57 0.03 0.27 0.01 0.39 1.09 1.00 2.08 1.43 0.92 0.29 0.37 0.24 0.28 0.00 0.28 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.02 0.08 0.31 0.03 0.16 0.02 0.49 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.21 0.25 0.12 0.28 0.00 0.72 1.02 0.34
OP1 0.40 2.42 0.41 0.26 1.04 0.18 0.56 0.26 1.00 0.84 1.88 3.25 2.07 0.66 0.36 0.35 0.50 0.31 0.02 0.72 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 1.55 0.38 0.31 0.53 0.26 0.85 0.30 0.76 1.67 1.02 2.38 1.32 1.71 0.62 0.35 0.33 0.35 0.02 1.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 1.99 0.41 0.15 0.68 0.06 0.27 0.02 0.53 1.21 1.38 2.82 1.74 1.06 0.26 0.30 0.20 0.27 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00