ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52299

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.022, 0.040, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.020, 0.079, 0.138, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.079 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.038, 0.105, 0.173, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.105 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.043, 0.117, 0.191, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.117 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.035, 0.142, 0.249, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.142 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.063, 0.171, 0.279, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.171 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.028, 0.154, 0.280, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.154 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.149, 0.316, 0.483, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.316 std_dev=0.167
C5' A 0, 0.070, 0.238, 0.405, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.238 std_dev=0.167
O3' A 0, 0.085, 0.276, 0.467, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.276 std_dev=0.191
OP1 A 0, 0.205, 0.513, 0.821, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.513 std_dev=0.308
P A 0, 0.222, 0.551, 0.881, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.551 std_dev=0.330
OP2 B 0, 0.336, 0.680, 1.025, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.680 std_dev=0.345
OP1 B 0, 0.223, 0.576, 0.930, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.576 std_dev=0.354
P B 0, 0.258, 0.668, 1.077, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.668 std_dev=0.409
OP2 A 0, 0.230, 0.738, 1.247, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.738 std_dev=0.509
O5' B 0, 0.293, 0.842, 1.391, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.842 std_dev=0.549
C5' B 0, 0.333, 0.917, 1.501, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.917 std_dev=0.584
O3' B 0, 0.419, 1.030, 1.641, 1.730 max_d=1.730 avg_d=1.030 std_dev=0.611
C4' B 0, 0.386, 1.005, 1.624, 1.683 max_d=1.683 avg_d=1.005 std_dev=0.619
C3' B 0, 0.409, 1.033, 1.656, 1.754 max_d=1.754 avg_d=1.033 std_dev=0.623
O2' B 0, 0.475, 1.165, 1.855, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.165 std_dev=0.690
C2' B 0, 0.463, 1.180, 1.897, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.180 std_dev=0.717
O4' B 0, 0.457, 1.197, 1.937, 1.920 max_d=1.920 avg_d=1.197 std_dev=0.740
C1' B 0, 0.494, 1.277, 2.059, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.277 std_dev=0.783
N9 B 0, 0.544, 1.404, 2.264, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.404 std_dev=0.860
C8 B 0, 0.528, 1.396, 2.264, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.396 std_dev=0.868
C4 B 0, 0.623, 1.540, 2.456, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.540 std_dev=0.917
N3 B 0, 0.671, 1.598, 2.525, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.598 std_dev=0.927
N7 B 0, 0.592, 1.519, 2.446, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.519 std_dev=0.927
C5 B 0, 0.654, 1.612, 2.569, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.612 std_dev=0.958
C2 B 0, 0.749, 1.739, 2.729, 2.707 max_d=2.707 avg_d=1.739 std_dev=0.990
N2 B 0, 0.804, 1.812, 2.820, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.812 std_dev=1.008
C6 B 0, 0.742, 1.769, 2.796, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.769 std_dev=1.027
N1 B 0, 0.782, 1.823, 2.864, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.823 std_dev=1.041
O6 B 0, 0.792, 1.877, 2.963, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.877 std_dev=1.085

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.09 0.04 0.04 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.09 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.02 0.05 0.09 0.12 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.11 0.03 0.07 0.10 0.13 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.11 0.03 0.05 0.08 0.10 0.07
N1 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07
N4 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.11 0.14 0.10
O2 0.08 0.01 0.10 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.12 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.12 0.00 0.04 0.03 0.03 0.07 0.07 0.04
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.04 0.11 0.04 0.04 0.07 0.10 0.04 0.00 0.02 0.06 0.08 0.13 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.03 0.06 0.05 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.10 0.05 0.08 0.05 0.07 0.11 0.08 0.07 0.08 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02
OP2 0.05 0.08 0.07 0.09 0.12 0.04 0.13 0.03 0.10 0.07 0.10 0.14 0.08 0.07 0.13 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02
P 0.03 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.10 0.07 0.04 0.07 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09
C2 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.04 0.06 0.07 0.03 0.07 0.11 0.07 0.14 0.09
C2' 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.07 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.08 0.03 0.05 0.06 0.02 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09
C3' 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06 0.06 0.04 0.08 0.13 0.10 0.08 0.08
C4 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.10 0.03 0.10 0.10 0.08 0.06 0.04 0.12 0.05 0.05 0.07 0.04 0.04 0.13 0.06 0.12 0.08
C4' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.07 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.03 0.08 0.03 0.04 0.05 0.02 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08
C5 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.11 0.06 0.11 0.11 0.08 0.05 0.05 0.14 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.14 0.09 0.07 0.07
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.09 0.05 0.10 0.07 0.08 0.04 0.03 0.10 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.13 0.07 0.05 0.06
C6 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.10 0.10 0.08 0.06 0.06 0.13 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.13 0.10 0.07 0.08
N1 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.10 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09
N3 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.07 0.09 0.05 0.07 0.12 0.06 0.16 0.10
N4 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.12 0.03 0.13 0.13 0.10 0.07 0.06 0.15 0.09 0.07 0.10 0.07 0.05 0.16 0.05 0.15 0.09
O2 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.05 0.09 0.10 0.05 0.10 0.10 0.08 0.17 0.12
O2' 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.08 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.08 0.02 0.05 0.06 0.02 0.09 0.11 0.08 0.12 0.10
O3' 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.06 0.12 0.06 0.14 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.18 0.12 0.06 0.05
O4' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.11 0.08 0.08 0.09
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.08 0.05 0.10 0.07 0.07 0.04 0.04 0.10 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.13 0.08 0.06 0.06
OP1 0.09 0.15 0.08 0.07 0.14 0.07 0.18 0.08 0.20 0.14 0.19 0.14 0.12 0.18 0.12 0.07 0.05 0.09 0.09 0.23 0.07 0.06 0.06
OP2 0.09 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.14 0.08 0.15 0.12 0.14 0.11 0.10 0.14 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.17 0.07 0.08 0.07
P 0.04 0.09 0.05 0.03 0.08 0.04 0.11 0.05 0.13 0.09 0.12 0.08 0.07 0.13 0.07 0.03 0.03 0.05 0.06 0.16 0.07 0.08 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.12 0.09
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.08 0.03 0.10 0.02 0.05 0.16 0.12
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.05 0.08 0.08
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.05
C4 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.09 0.02 0.06 0.16 0.13
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.12 0.03 0.10 0.19 0.15
C5' 0.03 0.09 0.05 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.12 0.04 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.02 0.13 0.01 0.10 0.20 0.16
C8 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.11 0.04 0.10 0.18 0.15
N1 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.10 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.08 0.07 0.03 0.12 0.02 0.08 0.18 0.14
N2 0.05 0.01 0.07 0.08 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.11 0.04 0.09 0.03 0.03 0.14 0.11
N3 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.08 0.03 0.08 0.01 0.03 0.14 0.11
N7 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.13 0.04 0.12 0.21 0.16
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.03 0.06 0.15 0.12
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.08 0.03 0.08 0.11 0.08 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07
O3' 0.05 0.08 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.11 0.08 0.05 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.06 0.12 0.10
O5' 0.04 0.10 0.06 0.03 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.09 0.08 0.13 0.08 0.05 0.02 0.03 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04 0.03 0.12 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.06 0.04 0.15 0.00 0.12 0.22 0.17
OP1 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.10 0.04 0.10 0.10 0.08 0.03 0.03 0.12 0.06 0.06 0.09 0.06 0.02 0.12 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.16 0.08 0.04 0.16 0.06 0.19 0.04 0.20 0.18 0.18 0.14 0.14 0.21 0.15 0.08 0.05 0.12 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.08 0.05 0.13 0.06 0.15 0.02 0.16 0.15 0.14 0.11 0.11 0.16 0.12 0.07 0.04 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00